# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.038 0.180 0.258 0.197 0.112 0.040 0.026 0.028 0.034 0.059 0.028 2 P 0.130 0.225 0.119 0.014 0.279 0.011 0.020 0.051 0.058 0.048 0.043 3 A 0.098 0.239 0.105 0.012 0.237 0.011 0.027 0.038 0.060 0.115 0.057 4 W 0.064 0.395 0.197 0.006 0.237 0.003 0.008 0.015 0.015 0.035 0.025 5 P 0.023 0.528 0.241 0.017 0.112 0.012 0.012 0.009 0.007 0.022 0.016 6 D 0.059 0.266 0.115 0.009 0.469 0.003 0.004 0.028 0.028 0.008 0.011 7 S 0.005 0.014 0.009 0.004 0.011 0.006 0.034 0.434 0.413 0.063 0.007 8 S 0.008 0.049 0.012 0.003 0.029 0.013 0.167 0.310 0.131 0.267 0.011 9 T 0.036 0.494 0.106 0.003 0.090 0.002 0.005 0.102 0.051 0.088 0.022 10 S 0.005 0.004 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.658 0.282 0.028 0.005 11 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.015 0.865 0.097 0.006 0.001 12 D 0.001 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.883 0.075 0.022 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.071 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.043 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.036 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.897 0.091 0.005 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.844 0.121 0.004 0.001 19 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.150 0.710 0.100 0.028 0.001 20 Y 0.018 0.540 0.117 0.006 0.142 0.007 0.018 0.052 0.055 0.037 0.008 21 G 0.118 0.027 0.007 0.006 0.045 0.006 0.014 0.060 0.128 0.376 0.213 22 I 0.093 0.187 0.036 0.004 0.273 0.006 0.012 0.078 0.140 0.118 0.054 23 E 0.107 0.059 0.020 0.014 0.133 0.018 0.070 0.080 0.145 0.271 0.083 24 T 0.019 0.361 0.472 0.023 0.081 0.003 0.002 0.007 0.008 0.018 0.006 25 S 0.022 0.653 0.130 0.004 0.166 0.001 0.001 0.010 0.006 0.005 0.005 26 E 0.006 0.004 0.002 0.002 0.019 0.008 0.025 0.533 0.386 0.012 0.003 27 S 0.008 0.009 0.004 0.001 0.013 0.001 0.014 0.688 0.201 0.053 0.007 28 V 0.011 0.006 0.001 0.001 0.015 0.002 0.014 0.630 0.186 0.128 0.007 29 K 0.010 0.017 0.004 0.003 0.021 0.005 0.021 0.677 0.208 0.030 0.005 30 R 0.010 0.014 0.007 0.008 0.021 0.006 0.059 0.637 0.185 0.043 0.009 31 A 0.024 0.028 0.010 0.005 0.049 0.014 0.106 0.482 0.122 0.142 0.016 32 I 0.097 0.086 0.016 0.009 0.140 0.007 0.044 0.223 0.161 0.159 0.058 33 L 0.063 0.116 0.075 0.028 0.137 0.023 0.081 0.206 0.136 0.101 0.034 34 Q 0.076 0.230 0.141 0.023 0.179 0.014 0.047 0.131 0.060 0.067 0.032 35 E 0.047 0.230 0.137 0.037 0.124 0.034 0.085 0.137 0.086 0.060 0.022 36 T 0.067 0.246 0.149 0.050 0.136 0.030 0.043 0.069 0.063 0.095 0.051 37 P 0.110 0.170 0.066 0.016 0.240 0.014 0.020 0.107 0.138 0.077 0.042 38 K 0.051 0.064 0.033 0.013 0.080 0.020 0.059 0.286 0.271 0.092 0.030 39 H 0.075 0.079 0.031 0.014 0.101 0.017 0.052 0.157 0.161 0.261 0.053 40 L 0.160 0.149 0.056 0.019 0.244 0.012 0.012 0.083 0.090 0.111 0.062 41 S 0.042 0.096 0.050 0.043 0.102 0.080 0.139 0.213 0.159 0.060 0.015 42 N 0.259 0.050 0.017 0.008 0.214 0.005 0.019 0.035 0.047 0.192 0.153 43 V 0.247 0.178 0.018 0.007 0.445 0.008 0.008 0.008 0.006 0.028 0.048 44 E 0.286 0.063 0.006 0.008 0.506 0.029 0.033 0.012 0.004 0.012 0.040 45 I 0.427 0.025 0.002 0.007 0.468 0.003 0.003 0.003 0.001 0.007 0.055 46 H 0.129 0.090 0.003 0.003 0.759 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 47 L 0.258 0.032 0.002 0.001 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 48 I 0.380 0.026 0.003 0.003 0.344 0.004 0.006 0.003 0.001 0.012 0.217 49 G 0.114 0.163 0.077 0.079 0.164 0.040 0.019 0.014 0.018 0.152 0.160 50 N 0.036 0.429 0.321 0.037 0.135 0.005 0.003 0.008 0.004 0.008 0.014 51 V 0.043 0.040 0.019 0.023 0.043 0.027 0.021 0.288 0.286 0.159 0.051 52 Q 0.006 0.014 0.009 0.008 0.013 0.014 0.039 0.660 0.209 0.025 0.005 53 K 0.005 0.021 0.005 0.001 0.010 0.001 0.010 0.796 0.116 0.031 0.004 54 V 0.002 0.015 0.006 0.001 0.004 0.002 0.009 0.844 0.089 0.028 0.002 55 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.912 0.069 0.008 0.002 56 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.943 0.039 0.002 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.027 0.004 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.051 0.010 0.001 59 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.052 0.004 0.001 60 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.030 0.003 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.947 0.037 0.006 0.001 62 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.905 0.067 0.012 0.003 63 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.755 0.212 0.006 0.001 64 E 0.001 0.016 0.010 0.005 0.002 0.007 0.093 0.774 0.085 0.008 0.001 65 K 0.001 0.680 0.294 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 66 G 0.048 0.011 0.009 0.011 0.014 0.004 0.004 0.006 0.006 0.523 0.365 67 F 0.073 0.440 0.091 0.011 0.283 0.011 0.014 0.025 0.012 0.022 0.019 68 N 0.094 0.293 0.088 0.048 0.329 0.031 0.032 0.020 0.011 0.021 0.034 69 A 0.238 0.187 0.027 0.003 0.512 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.018 70 E 0.096 0.168 0.015 0.001 0.690 0.003 0.006 0.010 0.003 0.002 0.007 71 I 0.363 0.045 0.007 0.001 0.545 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.033 72 I 0.275 0.066 0.015 0.018 0.359 0.059 0.040 0.042 0.013 0.040 0.072 73 T 0.120 0.220 0.111 0.082 0.251 0.019 0.015 0.045 0.034 0.057 0.047 74 T 0.042 0.048 0.024 0.031 0.056 0.033 0.086 0.333 0.223 0.087 0.037 75 S 0.075 0.210 0.078 0.021 0.164 0.017 0.052 0.157 0.100 0.090 0.036 76 L 0.249 0.078 0.018 0.015 0.208 0.021 0.037 0.168 0.067 0.055 0.084 77 D 0.033 0.057 0.042 0.080 0.043 0.122 0.121 0.273 0.100 0.093 0.035 78 C 0.022 0.097 0.142 0.114 0.043 0.035 0.024 0.290 0.105 0.090 0.038 79 E 0.011 0.030 0.020 0.007 0.015 0.004 0.016 0.625 0.183 0.078 0.011 80 A 0.011 0.011 0.003 0.002 0.013 0.002 0.005 0.728 0.202 0.020 0.005 81 R 0.001 0.006 0.004 0.005 0.002 0.007 0.021 0.869 0.084 0.002 0.001 82 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.899 0.064 0.009 0.003 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.806 0.170 0.018 0.001 84 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.091 0.001 0.001 85 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.946 0.041 0.001 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.954 0.035 0.003 0.001 87 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.081 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.052 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.020 0.001 0.001 90 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 91 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.002 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.047 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.944 0.045 0.003 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.873 0.088 0.010 0.001 95 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.039 0.751 0.179 0.017 0.003 96 F 0.003 0.006 0.001 0.002 0.005 0.007 0.081 0.691 0.131 0.071 0.003 97 K 0.005 0.599 0.186 0.011 0.092 0.013 0.027 0.033 0.017 0.016 0.002 98 D 0.133 0.013 0.006 0.007 0.026 0.004 0.006 0.009 0.019 0.425 0.351 99 R 0.042 0.469 0.245 0.019 0.135 0.008 0.010 0.020 0.019 0.016 0.018 100 P 0.118 0.265 0.062 0.014 0.280 0.009 0.010 0.039 0.050 0.084 0.069 101 L 0.150 0.161 0.104 0.025 0.242 0.023 0.038 0.070 0.078 0.064 0.045 102 K 0.030 0.126 0.244 0.130 0.076 0.072 0.136 0.074 0.038 0.061 0.013 103 K 0.032 0.329 0.273 0.068 0.106 0.025 0.047 0.062 0.030 0.018 0.011 104 P 0.167 0.194 0.024 0.003 0.557 0.003 0.005 0.011 0.006 0.008 0.021 105 A 0.191 0.052 0.002 0.001 0.723 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.017 106 A 0.191 0.056 0.002 0.001 0.738 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 107 L 0.342 0.046 0.003 0.001 0.571 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 108 I 0.405 0.021 0.008 0.010 0.150 0.021 0.012 0.013 0.017 0.077 0.267 109 F 0.031 0.178 0.208 0.324 0.066 0.057 0.038 0.021 0.024 0.035 0.018 110 G 0.027 0.110 0.081 0.238 0.048 0.071 0.061 0.041 0.065 0.202 0.056 111 G 0.051 0.075 0.085 0.159 0.076 0.069 0.054 0.032 0.088 0.215 0.096 112 E 0.110 0.246 0.152 0.037 0.237 0.022 0.041 0.035 0.059 0.037 0.023 113 T 0.205 0.200 0.044 0.012 0.353 0.014 0.024 0.032 0.036 0.035 0.045 114 V 0.241 0.082 0.009 0.005 0.530 0.004 0.005 0.009 0.011 0.035 0.068 115 V 0.199 0.070 0.004 0.001 0.686 0.001 0.002 0.004 0.002 0.008 0.021 116 H 0.222 0.094 0.013 0.001 0.636 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.027 117 V 0.351 0.090 0.013 0.007 0.397 0.004 0.004 0.014 0.008 0.016 0.095 118 K 0.083 0.151 0.089 0.106 0.128 0.047 0.052 0.052 0.054 0.162 0.076 119 G 0.070 0.165 0.144 0.129 0.134 0.071 0.073 0.066 0.053 0.059 0.035 120 N 0.063 0.079 0.099 0.157 0.074 0.054 0.048 0.036 0.043 0.236 0.110 121 G 0.027 0.116 0.222 0.316 0.056 0.059 0.018 0.028 0.023 0.094 0.041 122 I 0.040 0.097 0.122 0.129 0.070 0.133 0.122 0.138 0.058 0.072 0.021 123 G 0.055 0.043 0.057 0.111 0.055 0.121 0.113 0.082 0.051 0.236 0.077 124 G 0.054 0.073 0.198 0.257 0.091 0.062 0.023 0.079 0.036 0.077 0.050 125 R 0.087 0.172 0.085 0.026 0.129 0.042 0.050 0.209 0.076 0.071 0.053 126 N 0.108 0.083 0.038 0.021 0.126 0.019 0.029 0.366 0.110 0.060 0.041 127 Q 0.009 0.018 0.012 0.004 0.015 0.005 0.014 0.664 0.178 0.074 0.008 128 E 0.007 0.019 0.004 0.001 0.012 0.001 0.007 0.821 0.108 0.015 0.005 129 L 0.003 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.900 0.069 0.006 0.002 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.074 0.002 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.918 0.073 0.001 0.001 132 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.040 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.091 0.004 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.129 0.003 0.001 135 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.864 0.106 0.002 0.001 136 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.693 0.201 0.055 0.003 137 L 0.021 0.011 0.001 0.001 0.022 0.003 0.019 0.501 0.321 0.085 0.014 138 E 0.005 0.046 0.014 0.007 0.019 0.029 0.092 0.464 0.296 0.025 0.002 139 G 0.087 0.010 0.004 0.004 0.022 0.004 0.009 0.075 0.108 0.570 0.108 140 I 0.179 0.149 0.044 0.016 0.302 0.016 0.011 0.032 0.053 0.127 0.073 141 E 0.015 0.025 0.015 0.127 0.022 0.197 0.298 0.164 0.096 0.032 0.010 142 G 0.047 0.024 0.028 0.038 0.034 0.007 0.007 0.038 0.075 0.589 0.113 143 V 0.218 0.209 0.014 0.004 0.472 0.002 0.003 0.010 0.011 0.020 0.036 144 I 0.244 0.050 0.019 0.033 0.410 0.033 0.051 0.048 0.026 0.029 0.057 145 L 0.295 0.110 0.013 0.003 0.501 0.001 0.005 0.020 0.007 0.010 0.035 146 C 0.286 0.072 0.014 0.016 0.444 0.029 0.024 0.019 0.008 0.022 0.066 147 S 0.200 0.138 0.072 0.040 0.333 0.020 0.012 0.024 0.020 0.050 0.091 148 A 0.071 0.183 0.066 0.060 0.155 0.042 0.078 0.098 0.089 0.104 0.055 149 G 0.109 0.083 0.043 0.043 0.116 0.023 0.025 0.033 0.052 0.337 0.136 150 T 0.055 0.262 0.238 0.086 0.156 0.021 0.019 0.050 0.042 0.043 0.028