# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.005 0.004 0.020 0.143 0.816 2 F 0.037 0.028 0.015 0.065 0.190 0.666 3 D 0.030 0.012 0.018 0.067 0.257 0.617 4 P 0.013 0.004 0.054 0.300 0.277 0.352 5 E 0.007 0.002 0.052 0.540 0.231 0.168 6 S 0.008 0.006 0.041 0.530 0.200 0.214 7 L 0.004 0.004 0.034 0.786 0.097 0.075 8 K 0.003 0.001 0.018 0.783 0.076 0.119 9 K 0.001 0.001 0.030 0.851 0.062 0.054 10 L 0.001 0.001 0.027 0.916 0.032 0.024 11 A 0.001 0.001 0.012 0.928 0.027 0.031 12 I 0.001 0.001 0.003 0.975 0.010 0.012 13 E 0.001 0.001 0.002 0.968 0.011 0.019 14 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.005 15 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 16 K 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.004 17 K 0.001 0.001 0.003 0.977 0.013 0.006 18 S 0.001 0.001 0.004 0.978 0.011 0.006 19 I 0.001 0.001 0.019 0.938 0.028 0.014 20 E 0.001 0.001 0.062 0.841 0.071 0.026 21 A 0.001 0.001 0.038 0.765 0.118 0.076 22 V 0.004 0.003 0.013 0.359 0.174 0.447 23 F 0.006 0.002 0.004 0.086 0.150 0.752 24 P 0.003 0.001 0.028 0.818 0.083 0.067 25 D 0.003 0.001 0.036 0.884 0.058 0.018 26 R 0.006 0.001 0.056 0.881 0.044 0.012 27 A 0.020 0.003 0.056 0.863 0.045 0.014 28 V 0.016 0.003 0.037 0.883 0.041 0.020 29 K 0.017 0.001 0.128 0.771 0.066 0.018 30 E 0.013 0.001 0.103 0.763 0.077 0.044 31 T 0.023 0.005 0.074 0.653 0.123 0.122 32 L 0.057 0.027 0.023 0.141 0.273 0.479 33 P 0.115 0.015 0.029 0.054 0.374 0.413 34 K 0.155 0.028 0.034 0.036 0.391 0.355 35 L 0.045 0.017 0.038 0.025 0.688 0.187 36 N 0.022 0.010 0.042 0.024 0.779 0.123 37 L 0.022 0.005 0.026 0.008 0.766 0.173 38 D 0.083 0.007 0.006 0.003 0.591 0.310 39 R 0.557 0.008 0.001 0.001 0.088 0.345 40 V 0.967 0.005 0.001 0.001 0.003 0.024 41 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 42 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 44 A 0.793 0.004 0.001 0.005 0.018 0.180 45 V 0.213 0.006 0.007 0.059 0.182 0.533 46 G 0.010 0.003 0.020 0.190 0.226 0.552 47 K 0.001 0.001 0.028 0.878 0.052 0.040 48 A 0.001 0.001 0.013 0.938 0.027 0.020 49 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 50 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.006 59 V 0.001 0.001 0.001 0.947 0.022 0.029 60 L 0.001 0.002 0.007 0.878 0.051 0.061 61 G 0.002 0.003 0.021 0.688 0.161 0.125 62 K 0.006 0.002 0.062 0.382 0.329 0.220 63 K 0.026 0.007 0.091 0.229 0.403 0.244 64 I 0.096 0.037 0.075 0.176 0.418 0.197 65 R 0.095 0.013 0.048 0.060 0.574 0.210 66 K 0.083 0.001 0.017 0.025 0.536 0.338 67 G 0.666 0.005 0.006 0.006 0.176 0.141 68 V 0.946 0.007 0.001 0.002 0.015 0.029 69 V 0.973 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 70 V 0.965 0.004 0.001 0.001 0.006 0.024 71 T 0.839 0.007 0.002 0.003 0.040 0.110 72 K 0.406 0.010 0.007 0.006 0.291 0.281 73 Y 0.041 0.009 0.020 0.008 0.625 0.296 74 G 0.021 0.011 0.035 0.012 0.678 0.242 75 H 0.057 0.033 0.052 0.026 0.567 0.265 76 S 0.080 0.020 0.023 0.022 0.366 0.489 77 E 0.098 0.042 0.027 0.015 0.394 0.424 78 G 0.064 0.012 0.016 0.009 0.348 0.550 79 P 0.076 0.039 0.022 0.013 0.304 0.547 80 I 0.082 0.029 0.007 0.007 0.286 0.589 81 D 0.133 0.004 0.007 0.005 0.189 0.663 82 D 0.591 0.021 0.009 0.004 0.110 0.265 83 F 0.817 0.005 0.002 0.002 0.039 0.135 84 E 0.933 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 85 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 86 Y 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 87 E 0.923 0.003 0.001 0.001 0.009 0.065 88 A 0.571 0.004 0.003 0.002 0.067 0.354 89 G 0.180 0.025 0.003 0.002 0.216 0.574 90 H 0.083 0.012 0.003 0.001 0.352 0.549 91 P 0.105 0.035 0.006 0.003 0.367 0.483 92 V 0.072 0.030 0.004 0.005 0.297 0.591 93 P 0.034 0.019 0.011 0.023 0.399 0.514 94 D 0.013 0.013 0.022 0.167 0.356 0.428 95 E 0.004 0.003 0.026 0.576 0.239 0.153 96 N 0.003 0.004 0.022 0.626 0.202 0.144 97 T 0.003 0.004 0.006 0.908 0.032 0.047 98 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 99 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 100 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 102 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 107 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.005 108 V 0.001 0.001 0.016 0.960 0.015 0.007 109 D 0.001 0.001 0.059 0.873 0.044 0.022 110 Q 0.001 0.001 0.073 0.277 0.329 0.318 111 L 0.001 0.003 0.007 0.016 0.271 0.701 112 N 0.002 0.005 0.005 0.007 0.568 0.413 113 E 0.003 0.003 0.254 0.028 0.666 0.045 114 N 0.013 0.001 0.191 0.011 0.739 0.045 115 D 0.115 0.001 0.268 0.011 0.530 0.075 116 T 0.831 0.003 0.002 0.001 0.033 0.130 117 V 0.970 0.004 0.001 0.001 0.005 0.021 118 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 119 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 120 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 122 S 0.727 0.014 0.002 0.003 0.075 0.179 123 G 0.098 0.014 0.015 0.015 0.314 0.544 124 G 0.010 0.003 0.078 0.015 0.416 0.479 125 G 0.005 0.003 0.646 0.021 0.265 0.060 126 S 0.006 0.004 0.747 0.029 0.187 0.027 127 S 0.015 0.005 0.724 0.034 0.194 0.028 128 L 0.059 0.006 0.390 0.051 0.380 0.114 129 F 0.085 0.009 0.112 0.039 0.402 0.354 130 E 0.160 0.120 0.033 0.030 0.291 0.365 131 L 0.146 0.092 0.009 0.016 0.285 0.452 132 P 0.136 0.101 0.007 0.008 0.595 0.152 133 L 0.055 0.024 0.018 0.006 0.839 0.059 134 E 0.012 0.001 0.011 0.003 0.915 0.058 135 G 0.036 0.007 0.010 0.002 0.817 0.128 136 V 0.200 0.253 0.002 0.002 0.235 0.308 137 S 0.101 0.053 0.001 0.008 0.079 0.758 138 L 0.004 0.001 0.026 0.908 0.035 0.027 139 E 0.001 0.001 0.022 0.952 0.021 0.004 140 E 0.001 0.001 0.022 0.961 0.014 0.003 141 I 0.001 0.001 0.007 0.974 0.010 0.008 142 Q 0.001 0.001 0.004 0.976 0.011 0.007 143 K 0.001 0.001 0.005 0.972 0.014 0.008 144 L 0.001 0.001 0.002 0.974 0.010 0.012 145 T 0.001 0.001 0.003 0.962 0.015 0.018 146 S 0.001 0.001 0.006 0.959 0.020 0.013 147 A 0.001 0.001 0.015 0.904 0.044 0.035 148 L 0.002 0.002 0.018 0.879 0.039 0.061 149 L 0.001 0.003 0.018 0.697 0.042 0.240 150 K 0.001 0.001 0.001 0.044 0.024 0.931