# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.113 0.071 0.033 0.141 0.028 0.048 0.139 0.099 0.153 0.076 2 F 0.066 0.232 0.116 0.037 0.141 0.025 0.028 0.107 0.077 0.118 0.054 3 D 0.057 0.266 0.161 0.041 0.144 0.022 0.023 0.106 0.058 0.085 0.036 4 P 0.061 0.119 0.047 0.012 0.116 0.010 0.018 0.357 0.159 0.075 0.027 5 E 0.007 0.032 0.018 0.012 0.013 0.025 0.042 0.600 0.157 0.079 0.013 6 S 0.024 0.150 0.037 0.003 0.059 0.002 0.008 0.602 0.065 0.036 0.014 7 L 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.852 0.109 0.020 0.002 8 K 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.935 0.047 0.002 0.001 9 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.931 0.049 0.005 0.001 10 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.907 0.062 0.018 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.087 0.014 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.934 0.055 0.002 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.946 0.033 0.003 0.001 14 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.042 0.005 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.060 0.006 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.052 0.002 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.945 0.037 0.003 0.001 18 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.904 0.077 0.006 0.001 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.773 0.188 0.024 0.002 20 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.690 0.242 0.028 0.001 21 A 0.007 0.015 0.003 0.001 0.017 0.004 0.170 0.506 0.127 0.144 0.005 22 V 0.017 0.342 0.142 0.006 0.130 0.029 0.056 0.044 0.030 0.178 0.026 23 F 0.541 0.023 0.003 0.001 0.257 0.001 0.001 0.019 0.007 0.009 0.141 24 P 0.001 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.567 0.390 0.020 0.001 25 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.848 0.122 0.009 0.001 26 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.861 0.100 0.011 0.001 27 A 0.004 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.032 0.857 0.065 0.022 0.004 28 V 0.007 0.007 0.003 0.002 0.011 0.002 0.007 0.665 0.208 0.081 0.006 29 K 0.003 0.020 0.007 0.004 0.008 0.006 0.039 0.644 0.244 0.024 0.001 30 E 0.006 0.030 0.011 0.006 0.018 0.012 0.118 0.592 0.162 0.040 0.004 31 T 0.028 0.014 0.008 0.006 0.026 0.013 0.145 0.275 0.144 0.311 0.029 32 L 0.133 0.290 0.065 0.009 0.300 0.006 0.008 0.028 0.032 0.074 0.056 33 P 0.134 0.190 0.054 0.019 0.264 0.033 0.031 0.074 0.054 0.087 0.060 34 K 0.073 0.279 0.101 0.015 0.225 0.009 0.013 0.073 0.068 0.106 0.038 35 L 0.072 0.213 0.190 0.040 0.111 0.021 0.044 0.171 0.068 0.040 0.030 36 N 0.027 0.031 0.051 0.079 0.040 0.086 0.093 0.273 0.159 0.126 0.036 37 L 0.007 0.206 0.193 0.265 0.045 0.068 0.083 0.067 0.028 0.033 0.004 38 D 0.009 0.033 0.066 0.086 0.016 0.074 0.147 0.172 0.142 0.227 0.028 39 R 0.063 0.466 0.087 0.003 0.313 0.003 0.006 0.013 0.014 0.014 0.018 40 V 0.183 0.106 0.005 0.001 0.682 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 41 I 0.093 0.101 0.005 0.001 0.788 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 42 L 0.324 0.033 0.001 0.001 0.609 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 43 V 0.189 0.027 0.007 0.016 0.194 0.113 0.124 0.090 0.041 0.076 0.123 44 A 0.185 0.210 0.077 0.021 0.282 0.010 0.019 0.067 0.030 0.031 0.070 45 V 0.042 0.025 0.011 0.038 0.026 0.036 0.026 0.156 0.171 0.357 0.112 46 G 0.009 0.136 0.200 0.245 0.035 0.050 0.032 0.143 0.075 0.058 0.017 47 K 0.005 0.024 0.018 0.014 0.009 0.010 0.032 0.654 0.190 0.034 0.010 48 A 0.005 0.011 0.008 0.003 0.007 0.003 0.022 0.779 0.128 0.031 0.005 49 A 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.863 0.106 0.008 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.924 0.061 0.003 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.042 0.003 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.003 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.035 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.958 0.034 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.029 0.002 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.065 0.003 0.001 57 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.862 0.126 0.002 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.877 0.071 0.002 0.001 59 V 0.003 0.005 0.003 0.002 0.003 0.015 0.175 0.528 0.144 0.119 0.002 60 L 0.085 0.205 0.033 0.007 0.118 0.005 0.020 0.161 0.111 0.169 0.085 61 G 0.017 0.087 0.056 0.068 0.025 0.060 0.075 0.265 0.196 0.132 0.019 62 K 0.022 0.083 0.094 0.037 0.066 0.017 0.032 0.217 0.217 0.181 0.032 63 K 0.037 0.050 0.016 0.009 0.050 0.017 0.077 0.359 0.310 0.056 0.020 64 I 0.124 0.047 0.010 0.004 0.119 0.008 0.027 0.101 0.162 0.317 0.081 65 R 0.114 0.155 0.041 0.019 0.218 0.032 0.058 0.119 0.085 0.119 0.039 66 K 0.128 0.059 0.035 0.043 0.152 0.073 0.091 0.101 0.095 0.156 0.066 67 G 0.075 0.207 0.145 0.115 0.303 0.007 0.005 0.016 0.017 0.073 0.038 68 V 0.143 0.160 0.012 0.001 0.665 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 69 V 0.158 0.095 0.005 0.001 0.720 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 70 V 0.377 0.046 0.004 0.001 0.368 0.001 0.003 0.003 0.001 0.030 0.165 71 T 0.017 0.428 0.373 0.026 0.142 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 72 K 0.048 0.232 0.464 0.073 0.088 0.014 0.008 0.036 0.012 0.007 0.018 73 Y 0.004 0.031 0.017 0.039 0.015 0.117 0.397 0.254 0.092 0.028 0.004 74 G 0.018 0.034 0.053 0.100 0.019 0.051 0.052 0.075 0.076 0.445 0.078 75 H 0.068 0.254 0.077 0.021 0.181 0.031 0.043 0.095 0.078 0.117 0.036 76 S 0.130 0.071 0.050 0.032 0.152 0.027 0.029 0.054 0.081 0.218 0.155 77 E 0.084 0.257 0.147 0.045 0.200 0.021 0.026 0.059 0.063 0.066 0.032 78 G 0.050 0.228 0.229 0.054 0.111 0.028 0.053 0.118 0.066 0.038 0.025 79 P 0.094 0.164 0.114 0.026 0.137 0.013 0.032 0.082 0.115 0.153 0.069 80 I 0.097 0.285 0.157 0.033 0.216 0.020 0.024 0.051 0.043 0.047 0.027 81 D 0.024 0.129 0.109 0.071 0.071 0.094 0.147 0.178 0.095 0.071 0.011 82 D 0.221 0.155 0.048 0.010 0.294 0.005 0.017 0.037 0.038 0.094 0.082 83 F 0.261 0.167 0.010 0.002 0.507 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.038 84 E 0.096 0.233 0.024 0.002 0.618 0.002 0.004 0.006 0.002 0.003 0.009 85 I 0.571 0.027 0.003 0.001 0.347 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.045 86 Y 0.131 0.158 0.044 0.086 0.322 0.133 0.059 0.025 0.007 0.009 0.027 87 E 0.233 0.175 0.103 0.011 0.332 0.004 0.003 0.007 0.007 0.022 0.104 88 A 0.129 0.243 0.131 0.035 0.240 0.017 0.022 0.039 0.041 0.047 0.055 89 G 0.084 0.114 0.055 0.083 0.125 0.100 0.158 0.061 0.060 0.104 0.056 90 H 0.068 0.244 0.152 0.099 0.184 0.039 0.037 0.047 0.051 0.048 0.031 91 P 0.098 0.131 0.082 0.042 0.166 0.025 0.043 0.079 0.106 0.163 0.066 92 V 0.071 0.320 0.182 0.024 0.185 0.012 0.023 0.037 0.034 0.069 0.045 93 P 0.052 0.379 0.162 0.029 0.121 0.014 0.018 0.042 0.035 0.099 0.048 94 D 0.074 0.316 0.227 0.023 0.186 0.013 0.009 0.062 0.032 0.035 0.025 95 E 0.002 0.005 0.004 0.003 0.004 0.009 0.023 0.693 0.228 0.026 0.003 96 N 0.003 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.007 0.788 0.120 0.051 0.005 97 T 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.895 0.079 0.011 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.042 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.035 0.001 0.001 100 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.037 0.003 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.001 0.001 102 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.952 0.040 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.063 0.002 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.170 0.002 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.891 0.097 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.649 0.261 0.053 0.001 108 V 0.039 0.005 0.001 0.001 0.024 0.002 0.014 0.325 0.392 0.165 0.033 109 D 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.037 0.166 0.473 0.301 0.008 0.001 110 Q 0.005 0.004 0.001 0.004 0.003 0.002 0.005 0.019 0.063 0.880 0.014 111 L 0.024 0.415 0.374 0.027 0.126 0.003 0.004 0.001 0.003 0.016 0.008 112 N 0.004 0.325 0.588 0.060 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 113 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.014 0.144 0.416 0.411 0.003 0.001 114 N 0.011 0.005 0.005 0.004 0.011 0.006 0.017 0.076 0.211 0.601 0.054 115 D 0.089 0.208 0.014 0.002 0.347 0.007 0.057 0.020 0.016 0.192 0.048 116 T 0.273 0.066 0.002 0.001 0.629 0.002 0.005 0.006 0.001 0.002 0.012 117 V 0.215 0.022 0.001 0.003 0.727 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 118 L 0.190 0.007 0.001 0.001 0.786 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 119 F 0.138 0.036 0.001 0.001 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 120 L 0.347 0.017 0.001 0.001 0.538 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.093 121 L 0.292 0.018 0.003 0.007 0.177 0.017 0.023 0.024 0.021 0.185 0.233 122 S 0.030 0.164 0.195 0.297 0.088 0.049 0.042 0.034 0.028 0.056 0.016 123 G 0.031 0.096 0.122 0.195 0.051 0.098 0.067 0.088 0.068 0.136 0.049 124 G 0.021 0.059 0.059 0.089 0.034 0.071 0.062 0.088 0.122 0.332 0.063 125 G 0.036 0.139 0.170 0.138 0.075 0.055 0.041 0.083 0.065 0.165 0.032 126 S 0.146 0.149 0.053 0.015 0.274 0.015 0.032 0.129 0.079 0.072 0.034 127 S 0.132 0.121 0.060 0.020 0.276 0.024 0.028 0.150 0.091 0.065 0.032 128 L 0.210 0.093 0.035 0.012 0.360 0.011 0.017 0.082 0.043 0.078 0.059 129 F 0.118 0.265 0.124 0.017 0.288 0.008 0.017 0.089 0.024 0.025 0.026 130 E 0.075 0.322 0.222 0.013 0.187 0.006 0.015 0.056 0.030 0.051 0.024 131 L 0.049 0.364 0.297 0.024 0.153 0.011 0.018 0.042 0.015 0.013 0.013 132 P 0.024 0.440 0.263 0.013 0.136 0.004 0.021 0.050 0.022 0.017 0.010 133 L 0.058 0.198 0.075 0.029 0.076 0.047 0.089 0.231 0.124 0.051 0.021 134 E 0.002 0.038 0.025 0.022 0.013 0.240 0.445 0.140 0.065 0.010 0.001 135 G 0.040 0.012 0.007 0.006 0.011 0.003 0.002 0.002 0.023 0.671 0.222 136 V 0.036 0.536 0.227 0.003 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 137 S 0.001 0.650 0.339 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.730 0.257 0.002 0.001 139 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.061 0.001 0.001 140 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.895 0.067 0.030 0.001 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.073 0.003 0.001 142 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.049 0.002 0.001 143 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.941 0.038 0.007 0.001 144 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.939 0.040 0.005 0.001 145 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.891 0.085 0.011 0.002 146 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.848 0.130 0.007 0.001 147 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.032 0.879 0.074 0.004 0.001 148 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.006 0.060 0.677 0.175 0.067 0.002 149 L 0.031 0.052 0.008 0.003 0.054 0.006 0.033 0.461 0.164 0.161 0.027 150 K 0.022 0.057 0.025 0.019 0.044 0.028 0.059 0.433 0.170 0.124 0.019