# TARGET T0185 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0185.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 248 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.006 0.032 0.095 0.423 0.421 2 E 0.034 0.014 0.033 0.150 0.414 0.356 3 R 0.034 0.011 0.016 0.130 0.384 0.425 4 V 0.088 0.024 0.013 0.117 0.314 0.444 5 P 0.127 0.021 0.014 0.185 0.138 0.516 6 I 0.274 0.040 0.029 0.251 0.109 0.297 7 E 0.319 0.021 0.029 0.313 0.100 0.217 8 N 0.295 0.012 0.029 0.306 0.083 0.277 9 R 0.168 0.006 0.050 0.543 0.071 0.163 10 L 0.039 0.002 0.061 0.733 0.065 0.100 11 H 0.015 0.002 0.068 0.815 0.060 0.040 12 Y 0.008 0.002 0.038 0.883 0.048 0.022 13 F 0.006 0.001 0.026 0.875 0.057 0.035 14 R 0.004 0.002 0.035 0.842 0.077 0.040 15 D 0.003 0.001 0.036 0.784 0.104 0.072 16 T 0.004 0.005 0.036 0.720 0.130 0.105 17 L 0.004 0.007 0.116 0.496 0.262 0.116 18 K 0.004 0.003 0.208 0.311 0.360 0.114 19 R 0.007 0.003 0.238 0.174 0.449 0.129 20 E 0.015 0.009 0.109 0.100 0.531 0.235 21 K 0.039 0.014 0.020 0.015 0.350 0.562 22 K 0.133 0.009 0.010 0.007 0.244 0.596 23 E 0.520 0.006 0.007 0.006 0.109 0.352 24 E 0.936 0.006 0.001 0.003 0.013 0.041 25 F 0.973 0.002 0.001 0.002 0.005 0.018 26 A 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 27 V 0.929 0.002 0.001 0.002 0.014 0.052 28 T 0.687 0.014 0.003 0.003 0.057 0.236 29 G 0.166 0.013 0.012 0.005 0.400 0.404 30 T 0.020 0.015 0.030 0.006 0.640 0.290 31 D 0.016 0.022 0.016 0.014 0.575 0.358 32 G 0.011 0.020 0.008 0.052 0.441 0.468 33 K 0.006 0.004 0.002 0.728 0.098 0.161 34 T 0.003 0.003 0.001 0.927 0.029 0.037 35 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 36 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 37 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 42 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 44 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.002 45 K 0.001 0.001 0.007 0.958 0.025 0.009 46 H 0.001 0.001 0.017 0.932 0.033 0.018 47 L 0.001 0.002 0.022 0.813 0.063 0.099 48 R 0.002 0.001 0.006 0.025 0.145 0.820 49 K 0.024 0.007 0.007 0.012 0.214 0.736 50 S 0.065 0.024 0.012 0.013 0.328 0.558 51 P 0.098 0.017 0.116 0.065 0.453 0.251 52 T 0.155 0.010 0.250 0.065 0.375 0.145 53 V 0.224 0.014 0.270 0.077 0.324 0.091 54 F 0.316 0.043 0.132 0.103 0.265 0.140 55 L 0.219 0.020 0.060 0.119 0.337 0.245 56 G 0.088 0.009 0.031 0.113 0.411 0.348 57 G 0.103 0.024 0.033 0.145 0.379 0.316 58 I 0.149 0.035 0.027 0.228 0.271 0.290 59 M 0.180 0.019 0.023 0.248 0.221 0.309 60 D 0.183 0.018 0.030 0.286 0.214 0.269 61 S 0.183 0.021 0.044 0.360 0.172 0.221 62 L 0.137 0.008 0.076 0.442 0.161 0.176 63 E 0.160 0.006 0.131 0.431 0.167 0.105 64 H 0.151 0.007 0.175 0.427 0.170 0.072 65 G 0.079 0.006 0.186 0.445 0.208 0.076 66 N 0.089 0.008 0.138 0.373 0.263 0.129 67 Y 0.092 0.015 0.090 0.259 0.354 0.190 68 E 0.048 0.009 0.086 0.149 0.598 0.111 69 K 0.019 0.004 0.064 0.058 0.705 0.150 70 G 0.035 0.010 0.037 0.009 0.697 0.213 71 N 0.089 0.004 0.007 0.003 0.547 0.349 72 G 0.290 0.003 0.002 0.001 0.122 0.582 73 P 0.963 0.004 0.001 0.001 0.007 0.026 74 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 75 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 76 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 77 E 0.962 0.002 0.001 0.001 0.010 0.025 78 L 0.774 0.007 0.003 0.002 0.083 0.131 79 D 0.243 0.010 0.016 0.006 0.556 0.169 80 E 0.039 0.005 0.084 0.023 0.754 0.095 81 S 0.028 0.006 0.051 0.019 0.798 0.098 82 E 0.060 0.008 0.061 0.025 0.746 0.100 83 E 0.164 0.013 0.049 0.044 0.466 0.263 84 F 0.377 0.034 0.072 0.045 0.333 0.138 85 F 0.317 0.019 0.128 0.041 0.350 0.144 86 S 0.421 0.018 0.092 0.030 0.278 0.162 87 E 0.412 0.027 0.059 0.031 0.277 0.194 88 F 0.233 0.090 0.021 0.031 0.274 0.351 89 S 0.134 0.011 0.007 0.008 0.544 0.297 90 P 0.156 0.003 0.009 0.009 0.612 0.211 91 N 0.442 0.007 0.005 0.003 0.410 0.133 92 Y 0.958 0.005 0.001 0.001 0.023 0.013 93 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 94 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 95 I 0.939 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 96 T 0.820 0.003 0.001 0.001 0.028 0.147 97 N 0.317 0.016 0.001 0.002 0.130 0.534 98 A 0.078 0.060 0.001 0.003 0.152 0.705 99 R 0.025 0.007 0.002 0.005 0.139 0.823 100 G 0.020 0.009 0.195 0.319 0.295 0.163 101 D 0.007 0.003 0.261 0.500 0.187 0.042 102 H 0.006 0.005 0.378 0.454 0.147 0.009 103 L 0.008 0.005 0.132 0.697 0.134 0.024 104 E 0.007 0.018 0.102 0.680 0.143 0.050 105 N 0.011 0.026 0.074 0.366 0.392 0.130 106 Y 0.009 0.012 0.019 0.096 0.605 0.260 107 G 0.004 0.007 0.007 0.033 0.660 0.290 108 N 0.003 0.017 0.007 0.031 0.619 0.323 109 S 0.005 0.020 0.011 0.129 0.431 0.404 110 L 0.001 0.001 0.011 0.950 0.028 0.011 111 T 0.001 0.001 0.007 0.966 0.021 0.006 112 R 0.001 0.001 0.008 0.971 0.017 0.003 113 Y 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.006 114 R 0.001 0.001 0.002 0.981 0.011 0.005 115 S 0.001 0.001 0.002 0.970 0.017 0.011 116 A 0.001 0.001 0.002 0.958 0.015 0.024 117 F 0.001 0.001 0.002 0.983 0.006 0.009 118 E 0.001 0.001 0.004 0.980 0.010 0.006 119 K 0.001 0.001 0.005 0.978 0.010 0.006 120 I 0.003 0.001 0.012 0.954 0.021 0.010 121 S 0.005 0.001 0.025 0.932 0.031 0.007 122 R 0.006 0.001 0.027 0.906 0.042 0.018 123 N 0.021 0.003 0.027 0.635 0.163 0.150 124 T 0.040 0.005 0.011 0.148 0.322 0.473 125 D 0.041 0.001 0.005 0.016 0.291 0.647 126 L 0.650 0.009 0.005 0.013 0.107 0.216 127 V 0.949 0.004 0.001 0.002 0.016 0.027 128 V 0.966 0.002 0.001 0.001 0.009 0.021 129 T 0.941 0.006 0.001 0.001 0.013 0.039 130 F 0.569 0.026 0.005 0.005 0.222 0.173 131 A 0.041 0.005 0.018 0.019 0.639 0.277 132 E 0.006 0.003 0.010 0.012 0.535 0.434 133 D 0.007 0.016 0.071 0.112 0.683 0.111 134 E 0.004 0.003 0.255 0.406 0.273 0.059 135 L 0.007 0.004 0.433 0.330 0.205 0.021 136 T 0.007 0.001 0.561 0.221 0.191 0.018 137 S 0.021 0.005 0.308 0.329 0.259 0.077 138 H 0.056 0.019 0.117 0.183 0.382 0.243 139 L 0.092 0.018 0.042 0.037 0.400 0.411 140 G 0.145 0.003 0.027 0.014 0.353 0.458 141 D 0.555 0.008 0.014 0.015 0.175 0.233 142 V 0.788 0.007 0.005 0.008 0.078 0.114 143 T 0.917 0.006 0.001 0.004 0.020 0.053 144 F 0.895 0.004 0.001 0.003 0.023 0.073 145 G 0.738 0.009 0.003 0.006 0.080 0.162 146 V 0.447 0.011 0.007 0.011 0.211 0.313 147 K 0.169 0.012 0.006 0.007 0.433 0.372 148 K 0.086 0.015 0.019 0.015 0.669 0.196 149 G 0.054 0.005 0.027 0.027 0.610 0.278 150 T 0.238 0.024 0.046 0.057 0.424 0.212 151 Y 0.453 0.023 0.025 0.062 0.206 0.231 152 T 0.626 0.010 0.019 0.057 0.101 0.187 153 L 0.792 0.011 0.027 0.044 0.072 0.055 154 E 0.712 0.004 0.029 0.058 0.113 0.085 155 M 0.765 0.003 0.017 0.039 0.097 0.077 156 R 0.792 0.006 0.010 0.040 0.073 0.079 157 S 0.830 0.008 0.008 0.033 0.059 0.062 158 A 0.805 0.010 0.012 0.040 0.072 0.061 159 S 0.638 0.011 0.019 0.041 0.188 0.104 160 R 0.373 0.009 0.046 0.058 0.399 0.115 161 A 0.189 0.007 0.054 0.056 0.535 0.158 162 E 0.273 0.009 0.024 0.021 0.451 0.223 163 Q 0.559 0.011 0.009 0.009 0.199 0.214 164 K 0.771 0.006 0.004 0.008 0.077 0.134 165 A 0.894 0.005 0.003 0.007 0.033 0.059 166 M 0.918 0.004 0.003 0.007 0.028 0.041 167 V 0.945 0.003 0.002 0.004 0.021 0.026 168 E 0.910 0.004 0.002 0.004 0.040 0.041 169 K 0.736 0.009 0.005 0.007 0.167 0.077 170 N 0.199 0.004 0.021 0.020 0.624 0.131 171 G 0.133 0.005 0.041 0.019 0.678 0.124 172 K 0.398 0.017 0.035 0.022 0.401 0.126 173 R 0.667 0.023 0.012 0.014 0.148 0.136 174 Y 0.732 0.011 0.009 0.012 0.097 0.138 175 L 0.703 0.006 0.010 0.010 0.123 0.148 176 E 0.746 0.007 0.010 0.010 0.092 0.135 177 L 0.778 0.013 0.006 0.009 0.064 0.131 178 K 0.679 0.010 0.008 0.010 0.081 0.212 179 L 0.423 0.016 0.011 0.013 0.141 0.395 180 K 0.159 0.016 0.020 0.021 0.233 0.552 181 V 0.048 0.020 0.020 0.043 0.265 0.603 182 P 0.025 0.018 0.022 0.085 0.239 0.611 183 G 0.010 0.012 0.008 0.141 0.144 0.685 184 F 0.001 0.001 0.005 0.928 0.027 0.038 185 H 0.001 0.001 0.003 0.944 0.024 0.026 186 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 187 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 192 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 193 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 195 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 197 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 198 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 199 S 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.004 200 L 0.001 0.001 0.006 0.922 0.015 0.056 201 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.964 202 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.035 0.956 203 D 0.002 0.002 0.001 0.003 0.031 0.961 204 L 0.001 0.001 0.027 0.946 0.016 0.011 205 A 0.001 0.001 0.024 0.965 0.009 0.002 206 P 0.001 0.001 0.026 0.966 0.007 0.001 207 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 208 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 209 E 0.001 0.001 0.005 0.982 0.010 0.003 210 A 0.001 0.001 0.007 0.976 0.011 0.005 211 L 0.001 0.001 0.021 0.955 0.016 0.006 212 E 0.001 0.001 0.047 0.885 0.043 0.024 213 E 0.002 0.001 0.036 0.677 0.135 0.151 214 F 0.010 0.007 0.018 0.199 0.378 0.387 215 R 0.024 0.014 0.015 0.108 0.372 0.468 216 G 0.060 0.011 0.027 0.059 0.413 0.429 217 V 0.049 0.015 0.049 0.048 0.453 0.385 218 H 0.046 0.020 0.040 0.037 0.284 0.574 219 R 0.018 0.005 0.014 0.017 0.199 0.747 220 R 0.001 0.003 0.002 0.004 0.052 0.938