# TARGET T0185 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0185.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 248 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.014 0.083 0.041 0.108 0.077 0.633 2 E 0.055 0.018 0.076 0.091 0.097 0.351 0.312 3 R 0.046 0.006 0.025 0.041 0.134 0.364 0.385 4 V 0.040 0.010 0.004 0.037 0.106 0.010 0.792 5 P 0.326 0.037 0.003 0.085 0.022 0.012 0.515 6 I 0.386 0.052 0.013 0.152 0.020 0.024 0.354 7 E 0.447 0.024 0.018 0.147 0.055 0.039 0.269 8 N 0.287 0.015 0.025 0.280 0.108 0.048 0.239 9 R 0.065 0.003 0.021 0.704 0.086 0.021 0.100 10 L 0.037 0.002 0.018 0.861 0.024 0.013 0.044 11 H 0.018 0.001 0.017 0.891 0.022 0.017 0.034 12 Y 0.012 0.002 0.017 0.901 0.015 0.029 0.023 13 F 0.006 0.002 0.019 0.888 0.013 0.047 0.024 14 R 0.006 0.002 0.031 0.782 0.019 0.131 0.028 15 D 0.006 0.002 0.055 0.658 0.035 0.171 0.072 16 T 0.006 0.005 0.085 0.550 0.058 0.170 0.126 17 L 0.011 0.009 0.141 0.328 0.106 0.194 0.211 18 K 0.006 0.006 0.172 0.202 0.105 0.391 0.118 19 R 0.007 0.005 0.153 0.119 0.140 0.398 0.177 20 E 0.016 0.017 0.077 0.056 0.236 0.247 0.351 21 K 0.033 0.008 0.022 0.011 0.208 0.267 0.452 22 K 0.098 0.006 0.004 0.002 0.257 0.023 0.610 23 E 0.361 0.005 0.002 0.001 0.173 0.009 0.449 24 E 0.940 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.046 25 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 26 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 27 V 0.963 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 28 T 0.795 0.011 0.001 0.001 0.028 0.003 0.162 29 G 0.151 0.006 0.003 0.001 0.176 0.045 0.617 30 T 0.013 0.006 0.007 0.002 0.437 0.302 0.233 31 D 0.004 0.011 0.005 0.005 0.627 0.222 0.126 32 G 0.003 0.002 0.005 0.025 0.736 0.067 0.162 33 K 0.004 0.004 0.025 0.488 0.194 0.091 0.194 34 T 0.016 0.029 0.025 0.661 0.076 0.053 0.140 35 T 0.015 0.012 0.014 0.819 0.032 0.020 0.088 36 T 0.004 0.001 0.003 0.944 0.009 0.007 0.032 37 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 38 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 42 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 45 K 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.032 0.001 46 H 0.001 0.001 0.002 0.863 0.005 0.124 0.005 47 L 0.001 0.001 0.005 0.341 0.033 0.596 0.023 48 R 0.001 0.002 0.005 0.021 0.115 0.658 0.198 49 K 0.008 0.017 0.007 0.008 0.191 0.027 0.741 50 S 0.034 0.029 0.018 0.012 0.137 0.017 0.753 51 P 0.077 0.017 0.163 0.073 0.137 0.164 0.369 52 T 0.150 0.018 0.185 0.096 0.112 0.198 0.241 53 V 0.244 0.031 0.152 0.104 0.112 0.112 0.245 54 F 0.262 0.038 0.067 0.135 0.101 0.183 0.214 55 L 0.168 0.024 0.047 0.132 0.117 0.344 0.168 56 G 0.098 0.010 0.036 0.083 0.216 0.334 0.223 57 G 0.120 0.024 0.039 0.114 0.215 0.192 0.295 58 I 0.230 0.046 0.042 0.173 0.124 0.145 0.241 59 M 0.225 0.029 0.037 0.180 0.117 0.134 0.279 60 D 0.161 0.021 0.054 0.283 0.144 0.085 0.251 61 S 0.163 0.020 0.054 0.407 0.080 0.085 0.190 62 L 0.105 0.014 0.088 0.484 0.048 0.100 0.160 63 E 0.119 0.014 0.128 0.417 0.052 0.126 0.144 64 H 0.137 0.011 0.156 0.381 0.067 0.089 0.158 65 G 0.124 0.010 0.151 0.455 0.049 0.084 0.127 66 N 0.122 0.010 0.094 0.452 0.071 0.116 0.136 67 Y 0.090 0.015 0.076 0.373 0.091 0.152 0.202 68 E 0.073 0.010 0.094 0.228 0.179 0.149 0.268 69 K 0.031 0.005 0.080 0.110 0.209 0.430 0.135 70 G 0.032 0.004 0.036 0.024 0.208 0.533 0.163 71 N 0.163 0.007 0.006 0.004 0.207 0.042 0.572 72 G 0.347 0.005 0.002 0.001 0.203 0.016 0.426 73 P 0.916 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.065 74 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 75 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 76 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 77 E 0.925 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.062 78 L 0.704 0.008 0.004 0.007 0.034 0.012 0.230 79 D 0.304 0.017 0.033 0.022 0.154 0.126 0.343 80 E 0.084 0.012 0.062 0.043 0.273 0.386 0.141 81 S 0.041 0.009 0.057 0.039 0.258 0.405 0.190 82 E 0.039 0.011 0.059 0.045 0.251 0.199 0.396 83 E 0.089 0.015 0.081 0.067 0.227 0.184 0.336 84 F 0.155 0.018 0.117 0.110 0.171 0.171 0.259 85 F 0.244 0.021 0.086 0.095 0.111 0.058 0.385 86 S 0.295 0.024 0.117 0.102 0.106 0.090 0.266 87 E 0.506 0.015 0.059 0.052 0.072 0.087 0.210 88 F 0.614 0.021 0.011 0.027 0.077 0.031 0.221 89 S 0.516 0.022 0.002 0.005 0.049 0.009 0.398 90 P 0.403 0.004 0.004 0.009 0.081 0.016 0.482 91 N 0.452 0.001 0.003 0.003 0.466 0.010 0.065 92 Y 0.983 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 93 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 95 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 96 T 0.778 0.002 0.003 0.005 0.062 0.006 0.144 97 N 0.423 0.008 0.008 0.011 0.168 0.017 0.366 98 A 0.112 0.036 0.011 0.010 0.222 0.025 0.583 99 R 0.051 0.017 0.015 0.018 0.187 0.028 0.683 100 G 0.001 0.001 0.582 0.270 0.020 0.119 0.008 101 D 0.001 0.001 0.661 0.198 0.020 0.113 0.007 102 H 0.001 0.002 0.694 0.202 0.017 0.058 0.027 103 L 0.002 0.005 0.464 0.380 0.020 0.088 0.041 104 E 0.004 0.003 0.406 0.329 0.031 0.198 0.029 105 N 0.003 0.005 0.415 0.245 0.068 0.219 0.044 106 Y 0.007 0.014 0.159 0.222 0.133 0.283 0.182 107 G 0.005 0.004 0.057 0.066 0.102 0.659 0.107 108 N 0.007 0.011 0.023 0.043 0.378 0.230 0.309 109 S 0.004 0.019 0.006 0.115 0.242 0.018 0.595 110 L 0.001 0.001 0.007 0.986 0.003 0.003 0.001 111 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 112 R 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 113 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 114 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.009 0.004 117 F 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.008 0.003 118 E 0.002 0.001 0.002 0.976 0.002 0.015 0.003 119 K 0.001 0.001 0.004 0.957 0.003 0.030 0.004 120 I 0.002 0.001 0.006 0.941 0.008 0.029 0.011 121 S 0.010 0.003 0.028 0.880 0.014 0.047 0.019 122 R 0.014 0.001 0.049 0.701 0.034 0.175 0.026 123 N 0.017 0.003 0.044 0.414 0.090 0.357 0.075 124 T 0.039 0.005 0.021 0.082 0.283 0.211 0.358 125 D 0.080 0.002 0.014 0.013 0.299 0.221 0.371 126 L 0.556 0.013 0.011 0.009 0.097 0.032 0.283 127 V 0.846 0.011 0.003 0.005 0.020 0.005 0.111 128 V 0.911 0.010 0.002 0.004 0.008 0.002 0.063 129 T 0.799 0.025 0.002 0.005 0.015 0.005 0.149 130 F 0.271 0.013 0.005 0.006 0.069 0.032 0.604 131 A 0.037 0.006 0.026 0.018 0.215 0.467 0.231 132 E 0.010 0.012 0.032 0.021 0.351 0.371 0.203 133 D 0.007 0.011 0.027 0.055 0.291 0.041 0.569 134 E 0.004 0.003 0.191 0.539 0.046 0.153 0.064 135 L 0.006 0.006 0.256 0.455 0.043 0.186 0.049 136 T 0.011 0.010 0.402 0.378 0.036 0.101 0.063 137 S 0.038 0.007 0.226 0.425 0.064 0.150 0.090 138 H 0.077 0.008 0.152 0.335 0.061 0.254 0.113 139 L 0.155 0.012 0.028 0.090 0.204 0.059 0.452 140 G 0.250 0.007 0.011 0.030 0.173 0.056 0.472 141 D 0.698 0.025 0.007 0.024 0.043 0.020 0.184 142 V 0.823 0.016 0.005 0.017 0.014 0.006 0.120 143 T 0.771 0.012 0.006 0.012 0.020 0.007 0.171 144 F 0.651 0.015 0.012 0.017 0.058 0.037 0.210 145 G 0.366 0.016 0.015 0.016 0.159 0.098 0.331 146 V 0.129 0.011 0.012 0.019 0.239 0.071 0.519 147 K 0.048 0.013 0.008 0.010 0.184 0.050 0.688 148 K 0.040 0.011 0.087 0.092 0.269 0.276 0.225 149 G 0.048 0.007 0.117 0.124 0.202 0.329 0.173 150 T 0.138 0.026 0.122 0.153 0.134 0.139 0.288 151 Y 0.363 0.028 0.044 0.182 0.087 0.055 0.242 152 T 0.550 0.027 0.029 0.145 0.040 0.038 0.170 153 L 0.530 0.013 0.048 0.205 0.043 0.040 0.122 154 E 0.550 0.009 0.043 0.202 0.049 0.046 0.101 155 M 0.552 0.008 0.042 0.183 0.049 0.043 0.124 156 R 0.640 0.011 0.025 0.132 0.039 0.030 0.122 157 S 0.673 0.011 0.020 0.112 0.036 0.031 0.117 158 A 0.655 0.013 0.026 0.095 0.048 0.048 0.114 159 S 0.466 0.017 0.039 0.087 0.095 0.098 0.197 160 R 0.270 0.010 0.064 0.068 0.180 0.197 0.211 161 A 0.138 0.007 0.056 0.038 0.212 0.413 0.135 162 E 0.194 0.006 0.034 0.016 0.270 0.299 0.181 163 Q 0.424 0.010 0.012 0.008 0.141 0.059 0.346 164 K 0.709 0.011 0.006 0.003 0.055 0.023 0.192 165 A 0.896 0.004 0.003 0.002 0.015 0.005 0.074 166 M 0.946 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.040 167 V 0.944 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 168 E 0.917 0.008 0.001 0.002 0.010 0.004 0.058 169 K 0.749 0.007 0.004 0.003 0.033 0.017 0.188 170 N 0.218 0.005 0.024 0.008 0.165 0.462 0.118 171 G 0.108 0.003 0.046 0.011 0.172 0.582 0.077 172 K 0.470 0.010 0.025 0.013 0.177 0.080 0.224 173 R 0.713 0.032 0.011 0.014 0.040 0.029 0.161 174 Y 0.779 0.017 0.009 0.011 0.034 0.021 0.130 175 L 0.711 0.008 0.018 0.013 0.059 0.035 0.156 176 E 0.795 0.008 0.011 0.006 0.050 0.016 0.115 177 L 0.884 0.005 0.004 0.006 0.018 0.005 0.078 178 K 0.862 0.012 0.003 0.005 0.015 0.006 0.097 179 L 0.735 0.013 0.003 0.007 0.030 0.012 0.201 180 K 0.455 0.017 0.007 0.011 0.160 0.049 0.301 181 V 0.206 0.046 0.008 0.030 0.254 0.028 0.428 182 P 0.062 0.020 0.016 0.071 0.180 0.104 0.547 183 G 0.026 0.010 0.028 0.292 0.220 0.190 0.233 184 F 0.005 0.004 0.015 0.827 0.056 0.046 0.047 185 H 0.001 0.002 0.008 0.905 0.018 0.028 0.038 186 N 0.001 0.001 0.002 0.962 0.008 0.014 0.013 187 V 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.008 0.007 188 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 0.002 189 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 192 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 193 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 195 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 197 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 198 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 199 S 0.001 0.001 0.002 0.921 0.001 0.076 0.001 200 L 0.001 0.001 0.002 0.398 0.008 0.588 0.003 201 G 0.001 0.001 0.003 0.029 0.039 0.856 0.072 202 Y 0.002 0.012 0.001 0.002 0.220 0.006 0.758 203 D 0.005 0.021 0.001 0.002 0.037 0.001 0.934 204 L 0.001 0.001 0.028 0.943 0.010 0.012 0.006 205 A 0.001 0.001 0.014 0.970 0.003 0.010 0.002 206 P 0.001 0.001 0.021 0.968 0.002 0.007 0.002 207 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 208 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.012 0.003 209 E 0.001 0.001 0.005 0.950 0.003 0.038 0.003 210 A 0.001 0.001 0.008 0.928 0.006 0.045 0.011 211 L 0.002 0.005 0.043 0.872 0.011 0.038 0.030 212 E 0.002 0.001 0.082 0.727 0.011 0.167 0.011 213 E 0.001 0.001 0.071 0.560 0.015 0.337 0.015 214 F 0.004 0.017 0.035 0.280 0.312 0.075 0.277 215 R 0.015 0.018 0.029 0.120 0.175 0.184 0.458 216 G 0.024 0.017 0.045 0.092 0.161 0.196 0.466 217 V 0.019 0.012 0.058 0.075 0.212 0.110 0.513 218 H 0.033 0.007 0.045 0.080 0.207 0.239 0.389 219 R 0.005 0.004 0.013 0.031 0.005 0.067 0.874 220 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999