# TARGET T0183 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0183.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.020 0.004 0.036 0.129 0.766 2 I 0.051 0.018 0.004 0.104 0.109 0.713 3 E 0.007 0.001 0.039 0.795 0.066 0.093 4 Y 0.002 0.001 0.036 0.909 0.025 0.027 5 R 0.001 0.001 0.032 0.951 0.011 0.005 6 I 0.001 0.001 0.011 0.971 0.009 0.007 7 E 0.001 0.001 0.009 0.970 0.014 0.006 8 E 0.001 0.001 0.010 0.953 0.023 0.013 9 A 0.001 0.001 0.010 0.946 0.024 0.018 10 V 0.002 0.001 0.016 0.936 0.031 0.015 11 A 0.004 0.001 0.018 0.885 0.058 0.033 12 K 0.009 0.002 0.019 0.741 0.101 0.127 13 Y 0.023 0.003 0.040 0.589 0.190 0.155 14 R 0.022 0.004 0.044 0.422 0.258 0.249 15 E 0.037 0.004 0.050 0.390 0.230 0.289 16 F 0.081 0.009 0.051 0.350 0.225 0.285 17 Y 0.120 0.008 0.057 0.287 0.212 0.316 18 E 0.156 0.010 0.046 0.284 0.168 0.336 19 F 0.148 0.024 0.018 0.138 0.182 0.489 20 K 0.059 0.012 0.010 0.122 0.231 0.567 21 P 0.023 0.002 0.023 0.341 0.241 0.370 22 V 0.008 0.002 0.051 0.583 0.221 0.134 23 R 0.008 0.003 0.082 0.495 0.277 0.134 24 E 0.009 0.003 0.060 0.522 0.249 0.158 25 S 0.005 0.002 0.027 0.701 0.146 0.120 26 A 0.005 0.002 0.028 0.605 0.180 0.180 27 G 0.003 0.002 0.028 0.744 0.094 0.129 28 I 0.003 0.002 0.018 0.885 0.043 0.050 29 E 0.002 0.001 0.014 0.916 0.033 0.033 30 D 0.002 0.001 0.019 0.942 0.018 0.019 31 V 0.002 0.001 0.016 0.963 0.010 0.010 32 K 0.002 0.001 0.019 0.954 0.012 0.012 33 S 0.001 0.001 0.014 0.941 0.016 0.028 34 A 0.002 0.001 0.018 0.938 0.018 0.023 35 I 0.005 0.002 0.021 0.907 0.038 0.026 36 E 0.008 0.003 0.036 0.873 0.047 0.033 37 H 0.008 0.001 0.057 0.759 0.092 0.082 38 T 0.010 0.002 0.070 0.579 0.156 0.182 39 N 0.039 0.031 0.028 0.294 0.203 0.406 40 L 0.031 0.093 0.014 0.088 0.230 0.544 41 K 0.010 0.016 0.017 0.024 0.812 0.121 42 P 0.003 0.001 0.049 0.018 0.872 0.057 43 F 0.004 0.002 0.026 0.007 0.884 0.076 44 A 0.012 0.049 0.005 0.004 0.743 0.187 45 T 0.006 0.008 0.001 0.006 0.045 0.935 46 P 0.001 0.001 0.010 0.956 0.019 0.013 47 D 0.001 0.001 0.009 0.979 0.010 0.002 48 D 0.001 0.001 0.009 0.985 0.005 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 50 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 51 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 53 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 56 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.004 57 R 0.001 0.001 0.008 0.961 0.021 0.009 58 E 0.003 0.001 0.010 0.922 0.041 0.023 59 N 0.005 0.001 0.016 0.810 0.077 0.091 60 R 0.029 0.003 0.004 0.047 0.192 0.725 61 F 0.130 0.009 0.005 0.013 0.202 0.642 62 H 0.452 0.005 0.007 0.012 0.164 0.361 63 G 0.885 0.004 0.003 0.006 0.038 0.063 64 V 0.952 0.002 0.001 0.003 0.016 0.026 65 C 0.940 0.004 0.001 0.004 0.021 0.029 66 V 0.811 0.011 0.003 0.005 0.066 0.105 67 N 0.276 0.011 0.006 0.012 0.245 0.450 68 P 0.021 0.002 0.160 0.204 0.455 0.158 69 C 0.011 0.005 0.230 0.329 0.341 0.083 70 Y 0.009 0.013 0.155 0.542 0.188 0.093 71 V 0.001 0.001 0.015 0.953 0.022 0.009 72 K 0.001 0.001 0.005 0.982 0.010 0.003 73 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.010 0.002 74 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.001 75 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 76 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 77 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.002 78 L 0.001 0.001 0.009 0.979 0.009 0.002 79 E 0.001 0.001 0.018 0.959 0.018 0.005 80 G 0.002 0.001 0.020 0.819 0.089 0.070 81 T 0.010 0.002 0.020 0.170 0.271 0.527 82 D 0.023 0.001 0.001 0.002 0.120 0.853 83 V 0.402 0.005 0.001 0.001 0.086 0.506 84 K 0.859 0.003 0.001 0.001 0.024 0.114 85 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 86 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 87 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 88 V 0.881 0.008 0.001 0.001 0.028 0.081 89 V 0.383 0.006 0.002 0.001 0.159 0.450 90 G 0.167 0.012 0.002 0.001 0.175 0.643 91 F 0.106 0.105 0.004 0.001 0.242 0.541 92 P 0.068 0.032 0.018 0.004 0.757 0.120 93 L 0.012 0.005 0.064 0.007 0.853 0.058 94 G 0.009 0.007 0.048 0.011 0.870 0.056 95 A 0.028 0.026 0.036 0.029 0.753 0.128 96 N 0.051 0.025 0.011 0.068 0.312 0.533 97 E 0.058 0.023 0.032 0.300 0.269 0.319 98 T 0.048 0.008 0.026 0.681 0.117 0.120 99 R 0.038 0.002 0.013 0.896 0.027 0.024 100 T 0.030 0.002 0.006 0.943 0.009 0.011 101 K 0.025 0.001 0.005 0.958 0.004 0.006 102 A 0.016 0.001 0.004 0.974 0.002 0.002 103 H 0.011 0.001 0.004 0.981 0.002 0.002 104 E 0.006 0.001 0.005 0.980 0.003 0.006 105 A 0.008 0.001 0.002 0.974 0.004 0.012 106 I 0.005 0.001 0.003 0.977 0.006 0.009 107 F 0.003 0.001 0.010 0.960 0.017 0.009 108 A 0.002 0.001 0.039 0.904 0.044 0.012 109 V 0.001 0.001 0.109 0.756 0.109 0.024 110 E 0.002 0.001 0.093 0.628 0.241 0.036 111 S 0.001 0.001 0.059 0.350 0.416 0.173 112 G 0.007 0.002 0.025 0.025 0.525 0.415 113 A 0.042 0.001 0.034 0.008 0.558 0.357 114 D 0.451 0.009 0.043 0.009 0.282 0.207 115 E 0.895 0.004 0.008 0.003 0.058 0.032 116 I 0.927 0.001 0.003 0.003 0.028 0.037 117 D 0.966 0.002 0.001 0.003 0.012 0.016 118 M 0.964 0.002 0.001 0.004 0.011 0.019 119 V 0.906 0.005 0.001 0.018 0.023 0.047 120 I 0.565 0.034 0.003 0.049 0.095 0.254 121 N 0.130 0.013 0.005 0.148 0.174 0.530 122 V 0.005 0.001 0.177 0.723 0.068 0.027 123 G 0.010 0.002 0.251 0.653 0.072 0.013 124 M 0.003 0.001 0.366 0.565 0.058 0.006 125 L 0.007 0.004 0.126 0.791 0.052 0.021 126 K 0.007 0.002 0.047 0.877 0.048 0.019 127 A 0.006 0.001 0.017 0.705 0.125 0.146 128 K 0.003 0.002 0.004 0.122 0.209 0.661 129 E 0.004 0.009 0.014 0.337 0.182 0.454 130 W 0.001 0.001 0.024 0.939 0.026 0.010 131 E 0.001 0.001 0.030 0.943 0.021 0.005 132 Y 0.001 0.001 0.040 0.931 0.023 0.005 133 V 0.002 0.001 0.007 0.969 0.010 0.012 134 Y 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 135 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 136 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.003 137 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 139 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 140 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.002 141 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 142 E 0.001 0.001 0.011 0.965 0.019 0.004 143 S 0.001 0.001 0.012 0.930 0.037 0.021 144 V 0.004 0.010 0.026 0.536 0.295 0.128 145 K 0.004 0.006 0.025 0.192 0.526 0.247 146 G 0.012 0.001 0.015 0.045 0.541 0.386 147 K 0.260 0.004 0.009 0.020 0.341 0.365 148 V 0.860 0.013 0.001 0.007 0.025 0.093 149 V 0.978 0.002 0.001 0.003 0.003 0.014 150 K 0.978 0.001 0.001 0.006 0.003 0.013 151 V 0.972 0.002 0.001 0.006 0.003 0.016 152 I 0.935 0.001 0.002 0.010 0.009 0.043 153 I 0.859 0.002 0.005 0.020 0.034 0.080 154 E 0.660 0.006 0.018 0.039 0.111 0.166 155 T 0.471 0.019 0.090 0.072 0.213 0.135 156 C 0.236 0.004 0.164 0.060 0.372 0.164 157 Y 0.137 0.020 0.102 0.049 0.476 0.216 158 L 0.077 0.028 0.043 0.069 0.453 0.329 159 D 0.033 0.007 0.004 0.053 0.277 0.626 160 T 0.002 0.001 0.006 0.916 0.054 0.022 161 E 0.001 0.001 0.003 0.976 0.017 0.003 162 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.009 0.004 163 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 164 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 171 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 172 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.003 173 A 0.001 0.001 0.014 0.920 0.024 0.040 174 G 0.005 0.001 0.004 0.030 0.094 0.867 175 A 0.032 0.001 0.008 0.018 0.173 0.768 176 H 0.296 0.028 0.025 0.029 0.231 0.391 177 F 0.704 0.039 0.022 0.033 0.108 0.093 178 V 0.743 0.013 0.017 0.037 0.099 0.090 179 K 0.591 0.015 0.028 0.039 0.172 0.156 180 T 0.232 0.010 0.103 0.067 0.413 0.175 181 S 0.119 0.015 0.120 0.073 0.475 0.198 182 T 0.071 0.030 0.093 0.075 0.469 0.263 183 G 0.051 0.038 0.047 0.033 0.542 0.290 184 F 0.061 0.019 0.030 0.032 0.469 0.388 185 G 0.059 0.044 0.060 0.038 0.479 0.320 186 T 0.037 0.023 0.052 0.029 0.631 0.229 187 G 0.041 0.014 0.043 0.033 0.572 0.298 188 G 0.024 0.007 0.009 0.008 0.352 0.600 189 A 0.016 0.051 0.001 0.006 0.207 0.719 190 T 0.004 0.006 0.001 0.014 0.031 0.944 191 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.006 192 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 193 D 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 194 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 198 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 199 W 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 200 I 0.001 0.001 0.004 0.979 0.010 0.007 201 V 0.004 0.007 0.014 0.895 0.044 0.037 202 G 0.011 0.008 0.059 0.487 0.351 0.085 203 D 0.009 0.001 0.192 0.373 0.343 0.081 204 E 0.041 0.003 0.130 0.246 0.463 0.117 205 M 0.120 0.010 0.065 0.145 0.354 0.306 206 G 0.233 0.005 0.004 0.009 0.142 0.606 207 V 0.723 0.011 0.003 0.004 0.040 0.218 208 K 0.853 0.012 0.004 0.003 0.034 0.094 209 A 0.717 0.027 0.007 0.005 0.055 0.189 210 S 0.342 0.011 0.032 0.009 0.303 0.304 211 G 0.167 0.017 0.050 0.007 0.534 0.225 212 G 0.107 0.010 0.040 0.008 0.628 0.207 213 I 0.062 0.021 0.033 0.009 0.609 0.265 214 R 0.034 0.057 0.013 0.013 0.398 0.486 215 T 0.013 0.013 0.003 0.035 0.138 0.798 216 F 0.001 0.001 0.008 0.964 0.016 0.012 217 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.003 218 D 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 219 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 220 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 221 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 222 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 223 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 224 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 225 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 226 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 227 A 0.001 0.001 0.005 0.971 0.015 0.008 228 D 0.001 0.001 0.007 0.958 0.019 0.015 229 R 0.003 0.001 0.007 0.921 0.035 0.033 230 I 0.009 0.006 0.006 0.777 0.058 0.144 231 G 0.009 0.006 0.014 0.550 0.108 0.314 232 T 0.005 0.005 0.020 0.652 0.083 0.235 233 S 0.002 0.003 0.012 0.854 0.034 0.095 234 S 0.001 0.001 0.006 0.965 0.011 0.017 235 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.004 236 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 237 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 238 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 239 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 240 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 241 G 0.001 0.001 0.001 0.966 0.014 0.017 242 G 0.006 0.003 0.006 0.859 0.042 0.085 243 E 0.026 0.015 0.017 0.708 0.077 0.157 244 E 0.054 0.010 0.058 0.555 0.128 0.194 245 R 0.049 0.012 0.063 0.361 0.208 0.307 246 Y 0.065 0.021 0.036 0.176 0.226 0.477 247 G 0.029 0.006 0.014 0.074 0.226 0.651 248 G 0.007 0.009 0.006 0.022 0.158 0.799