# TARGET T0183 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0183.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 I 0.029 0.021 0.001 0.015 0.001 0.003 0.930 3 E 0.001 0.001 0.013 0.827 0.051 0.020 0.086 4 Y 0.001 0.001 0.008 0.916 0.021 0.027 0.027 5 R 0.001 0.001 0.012 0.948 0.005 0.021 0.013 6 I 0.001 0.001 0.004 0.966 0.006 0.015 0.008 7 E 0.003 0.001 0.003 0.963 0.009 0.013 0.008 8 E 0.006 0.001 0.004 0.967 0.007 0.008 0.008 9 A 0.003 0.001 0.005 0.963 0.004 0.018 0.006 10 V 0.005 0.003 0.010 0.931 0.006 0.033 0.012 11 A 0.009 0.001 0.016 0.852 0.011 0.096 0.015 12 K 0.006 0.001 0.017 0.702 0.021 0.227 0.026 13 Y 0.015 0.006 0.020 0.647 0.073 0.116 0.123 14 R 0.032 0.005 0.042 0.662 0.068 0.102 0.090 15 E 0.065 0.005 0.067 0.555 0.077 0.144 0.087 16 F 0.145 0.014 0.062 0.373 0.088 0.135 0.182 17 Y 0.280 0.017 0.035 0.240 0.110 0.095 0.223 18 E 0.418 0.031 0.021 0.129 0.078 0.060 0.262 19 F 0.189 0.045 0.012 0.081 0.104 0.038 0.531 20 K 0.078 0.010 0.012 0.073 0.152 0.050 0.624 21 P 0.010 0.005 0.079 0.498 0.144 0.137 0.126 22 V 0.005 0.004 0.093 0.623 0.090 0.095 0.089 23 R 0.005 0.002 0.138 0.550 0.069 0.120 0.116 24 E 0.004 0.002 0.051 0.692 0.059 0.057 0.134 25 S 0.003 0.004 0.020 0.744 0.043 0.091 0.095 26 A 0.003 0.002 0.012 0.752 0.047 0.101 0.083 27 G 0.002 0.002 0.008 0.818 0.025 0.077 0.069 28 I 0.001 0.001 0.003 0.914 0.030 0.020 0.031 29 E 0.002 0.001 0.002 0.957 0.011 0.011 0.017 30 D 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.013 0.007 31 V 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.014 0.006 32 K 0.001 0.001 0.003 0.971 0.003 0.020 0.003 33 S 0.001 0.001 0.003 0.954 0.004 0.036 0.002 34 A 0.002 0.001 0.004 0.962 0.007 0.016 0.009 35 I 0.004 0.002 0.008 0.942 0.013 0.011 0.019 36 E 0.005 0.001 0.025 0.894 0.009 0.046 0.019 37 H 0.004 0.001 0.066 0.718 0.011 0.179 0.021 38 T 0.004 0.001 0.042 0.386 0.030 0.510 0.027 39 N 0.011 0.009 0.037 0.203 0.144 0.453 0.144 40 L 0.013 0.050 0.024 0.041 0.224 0.032 0.615 41 K 0.013 0.028 0.041 0.009 0.123 0.037 0.750 42 P 0.003 0.004 0.144 0.010 0.096 0.645 0.098 43 F 0.002 0.005 0.088 0.004 0.093 0.701 0.106 44 A 0.003 0.031 0.018 0.004 0.359 0.044 0.541 45 T 0.003 0.020 0.001 0.012 0.269 0.006 0.689 46 P 0.001 0.001 0.014 0.948 0.009 0.020 0.008 47 D 0.001 0.001 0.010 0.970 0.003 0.014 0.003 48 D 0.001 0.001 0.010 0.977 0.001 0.008 0.002 49 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 50 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 51 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 53 C 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 54 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.010 0.001 55 E 0.001 0.001 0.004 0.973 0.001 0.020 0.001 56 A 0.001 0.001 0.005 0.964 0.004 0.020 0.004 57 R 0.003 0.003 0.020 0.913 0.005 0.043 0.013 58 E 0.007 0.001 0.027 0.757 0.024 0.159 0.026 59 N 0.004 0.002 0.021 0.238 0.073 0.636 0.026 60 R 0.011 0.002 0.006 0.012 0.117 0.713 0.138 61 F 0.143 0.002 0.001 0.001 0.148 0.017 0.687 62 H 0.781 0.003 0.001 0.001 0.108 0.003 0.104 63 G 0.974 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 64 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 65 C 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.020 66 V 0.774 0.007 0.001 0.001 0.042 0.002 0.174 67 N 0.170 0.004 0.002 0.001 0.081 0.004 0.738 68 P 0.013 0.002 0.269 0.095 0.122 0.338 0.161 69 C 0.008 0.021 0.245 0.129 0.141 0.373 0.083 70 Y 0.014 0.010 0.143 0.459 0.121 0.118 0.135 71 V 0.006 0.002 0.011 0.846 0.026 0.011 0.099 72 K 0.001 0.001 0.005 0.975 0.005 0.007 0.007 73 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.006 0.002 74 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 75 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 76 E 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.018 0.002 77 E 0.001 0.001 0.005 0.943 0.002 0.046 0.003 78 L 0.004 0.003 0.011 0.853 0.022 0.087 0.020 79 E 0.005 0.002 0.026 0.568 0.031 0.337 0.032 80 G 0.008 0.002 0.024 0.270 0.073 0.567 0.056 81 T 0.021 0.003 0.015 0.099 0.256 0.350 0.254 82 D 0.056 0.003 0.005 0.005 0.229 0.309 0.394 83 V 0.373 0.006 0.001 0.003 0.069 0.008 0.541 84 K 0.776 0.012 0.001 0.001 0.036 0.002 0.172 85 V 0.918 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.065 86 V 0.938 0.004 0.002 0.001 0.007 0.002 0.045 87 T 0.881 0.006 0.005 0.003 0.014 0.004 0.087 88 V 0.775 0.005 0.009 0.007 0.036 0.029 0.139 89 V 0.476 0.010 0.016 0.012 0.144 0.128 0.214 90 G 0.267 0.022 0.013 0.008 0.283 0.120 0.287 91 F 0.170 0.059 0.007 0.006 0.122 0.027 0.609 92 P 0.137 0.061 0.018 0.006 0.152 0.147 0.479 93 L 0.039 0.014 0.023 0.006 0.243 0.516 0.159 94 G 0.029 0.007 0.027 0.008 0.326 0.365 0.237 95 A 0.022 0.011 0.068 0.064 0.337 0.242 0.256 96 N 0.032 0.042 0.059 0.142 0.244 0.134 0.348 97 E 0.022 0.008 0.052 0.541 0.081 0.073 0.223 98 T 0.018 0.003 0.011 0.835 0.021 0.036 0.076 99 R 0.011 0.001 0.004 0.930 0.013 0.009 0.031 100 T 0.008 0.003 0.003 0.950 0.007 0.005 0.025 101 K 0.003 0.001 0.001 0.979 0.003 0.004 0.009 102 A 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.003 0.005 103 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 104 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 105 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 106 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 109 V 0.001 0.001 0.004 0.977 0.002 0.013 0.003 110 E 0.001 0.001 0.013 0.898 0.005 0.077 0.005 111 S 0.001 0.001 0.013 0.496 0.015 0.464 0.011 112 G 0.001 0.002 0.013 0.183 0.056 0.654 0.092 113 A 0.007 0.005 0.023 0.059 0.197 0.134 0.576 114 D 0.044 0.007 0.050 0.036 0.458 0.110 0.295 115 E 0.262 0.044 0.074 0.048 0.146 0.076 0.351 116 I 0.384 0.016 0.016 0.054 0.052 0.014 0.464 117 D 0.636 0.004 0.013 0.054 0.091 0.018 0.185 118 M 0.784 0.013 0.011 0.052 0.018 0.018 0.104 119 V 0.572 0.013 0.010 0.086 0.036 0.022 0.261 120 I 0.366 0.036 0.008 0.134 0.134 0.023 0.299 121 N 0.140 0.015 0.005 0.122 0.105 0.028 0.585 122 V 0.008 0.003 0.059 0.712 0.031 0.128 0.059 123 G 0.006 0.001 0.068 0.760 0.046 0.097 0.022 124 M 0.008 0.002 0.116 0.775 0.022 0.056 0.022 125 L 0.008 0.006 0.054 0.836 0.021 0.051 0.024 126 K 0.014 0.008 0.023 0.700 0.028 0.186 0.041 127 A 0.008 0.002 0.010 0.337 0.093 0.467 0.084 128 K 0.005 0.003 0.004 0.079 0.289 0.404 0.215 129 E 0.009 0.015 0.008 0.116 0.220 0.083 0.549 130 W 0.001 0.001 0.017 0.934 0.017 0.015 0.015 131 E 0.001 0.001 0.011 0.967 0.004 0.012 0.004 132 Y 0.001 0.001 0.009 0.978 0.002 0.008 0.002 133 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 135 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 136 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 137 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 139 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 140 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 141 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 142 E 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.019 0.001 143 S 0.001 0.001 0.007 0.911 0.005 0.074 0.002 144 V 0.011 0.002 0.025 0.526 0.097 0.234 0.104 145 K 0.004 0.001 0.037 0.064 0.061 0.798 0.035 146 G 0.010 0.001 0.032 0.018 0.070 0.838 0.032 147 K 0.232 0.005 0.006 0.013 0.149 0.025 0.569 148 V 0.757 0.010 0.001 0.003 0.035 0.002 0.192 149 V 0.935 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.056 150 K 0.976 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 151 V 0.964 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.026 152 I 0.950 0.001 0.003 0.005 0.005 0.003 0.034 153 I 0.880 0.003 0.013 0.012 0.026 0.005 0.060 154 E 0.725 0.004 0.046 0.019 0.045 0.010 0.152 155 T 0.538 0.009 0.075 0.018 0.073 0.029 0.259 156 C 0.451 0.022 0.096 0.017 0.106 0.088 0.220 157 Y 0.394 0.076 0.025 0.010 0.125 0.059 0.311 158 L 0.068 0.017 0.005 0.008 0.222 0.027 0.653 159 D 0.014 0.004 0.001 0.011 0.126 0.009 0.834 160 T 0.001 0.001 0.008 0.935 0.024 0.022 0.011 161 E 0.001 0.001 0.004 0.979 0.005 0.008 0.003 162 E 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.008 0.003 163 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 164 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.002 167 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 168 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 169 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 170 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 171 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 172 L 0.001 0.001 0.002 0.957 0.001 0.040 0.001 173 A 0.001 0.001 0.003 0.594 0.006 0.394 0.003 174 G 0.001 0.002 0.003 0.073 0.028 0.817 0.076 175 A 0.002 0.001 0.001 0.014 0.031 0.005 0.947 176 H 0.013 0.001 0.001 0.025 0.907 0.006 0.047 177 F 0.565 0.105 0.007 0.235 0.013 0.019 0.057 178 V 0.599 0.005 0.004 0.310 0.003 0.013 0.065 179 K 0.649 0.003 0.005 0.205 0.041 0.023 0.075 180 T 0.253 0.005 0.014 0.211 0.102 0.091 0.325 181 S 0.030 0.008 0.018 0.137 0.330 0.260 0.217 182 T 0.009 0.010 0.010 0.092 0.357 0.288 0.234 183 G 0.004 0.020 0.008 0.018 0.267 0.150 0.533 184 F 0.016 0.056 0.020 0.027 0.205 0.077 0.599 185 G 0.021 0.031 0.064 0.033 0.161 0.120 0.571 186 T 0.010 0.024 0.103 0.024 0.255 0.255 0.329 187 G 0.009 0.007 0.079 0.025 0.301 0.371 0.208 188 G 0.012 0.010 0.041 0.020 0.191 0.342 0.384 189 A 0.005 0.019 0.005 0.012 0.131 0.014 0.814 190 T 0.008 0.018 0.002 0.043 0.098 0.007 0.824 191 A 0.001 0.001 0.009 0.974 0.004 0.010 0.003 192 E 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.008 0.002 193 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 194 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 198 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 199 W 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.016 0.001 200 I 0.001 0.001 0.003 0.931 0.006 0.056 0.004 201 V 0.007 0.005 0.012 0.699 0.044 0.159 0.074 202 G 0.017 0.007 0.105 0.407 0.096 0.226 0.143 203 D 0.012 0.003 0.117 0.246 0.150 0.415 0.057 204 E 0.023 0.004 0.116 0.154 0.112 0.442 0.149 205 M 0.077 0.012 0.032 0.109 0.189 0.200 0.382 206 G 0.130 0.006 0.011 0.022 0.236 0.130 0.464 207 V 0.423 0.055 0.010 0.025 0.061 0.020 0.408 208 K 0.632 0.044 0.006 0.017 0.026 0.007 0.268 209 A 0.449 0.020 0.012 0.027 0.045 0.051 0.395 210 S 0.190 0.017 0.013 0.024 0.237 0.174 0.345 211 G 0.045 0.004 0.013 0.010 0.540 0.141 0.246 212 G 0.070 0.006 0.038 0.024 0.390 0.142 0.328 213 I 0.199 0.061 0.042 0.045 0.152 0.055 0.447 214 R 0.085 0.057 0.037 0.035 0.202 0.035 0.548 215 T 0.072 0.020 0.004 0.071 0.227 0.019 0.587 216 F 0.001 0.001 0.011 0.955 0.011 0.011 0.010 217 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.004 0.005 0.003 218 D 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.002 219 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 220 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 221 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 222 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 223 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 224 M 0.001 0.001 0.002 0.970 0.002 0.025 0.001 225 Y 0.001 0.001 0.002 0.894 0.003 0.097 0.004 226 G 0.001 0.001 0.006 0.796 0.015 0.151 0.030 227 A 0.004 0.003 0.036 0.680 0.072 0.124 0.082 228 D 0.009 0.003 0.052 0.698 0.084 0.107 0.048 229 R 0.015 0.024 0.040 0.613 0.072 0.151 0.085 230 I 0.040 0.007 0.017 0.337 0.140 0.297 0.162 231 G 0.045 0.007 0.013 0.073 0.236 0.308 0.318 232 T 0.042 0.017 0.029 0.146 0.226 0.111 0.429 233 S 0.023 0.014 0.041 0.191 0.160 0.093 0.477 234 S 0.019 0.007 0.040 0.443 0.174 0.170 0.147 235 G 0.034 0.005 0.021 0.701 0.050 0.086 0.104 236 V 0.019 0.003 0.010 0.898 0.015 0.015 0.040 237 K 0.029 0.002 0.015 0.916 0.008 0.010 0.019 238 I 0.018 0.003 0.020 0.924 0.006 0.018 0.010 239 V 0.018 0.002 0.015 0.904 0.010 0.031 0.019 240 Q 0.010 0.002 0.015 0.869 0.008 0.080 0.016 241 G 0.009 0.002 0.012 0.771 0.034 0.137 0.035 242 G 0.020 0.004 0.032 0.703 0.043 0.073 0.125 243 E 0.030 0.012 0.050 0.669 0.059 0.066 0.113 244 E 0.029 0.005 0.053 0.698 0.051 0.099 0.066 245 R 0.023 0.005 0.036 0.623 0.095 0.139 0.080 246 Y 0.028 0.011 0.015 0.372 0.153 0.250 0.170 247 G 0.011 0.005 0.004 0.050 0.010 0.149 0.771 248 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997