# TARGET T0182 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0182.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 300 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.003 0.004 0.006 0.091 0.865 2 I 0.149 0.029 0.015 0.026 0.104 0.678 3 R 0.248 0.029 0.019 0.028 0.123 0.553 4 I 0.171 0.030 0.019 0.029 0.134 0.618 5 K 0.040 0.028 0.002 0.008 0.116 0.805 6 T 0.003 0.002 0.001 0.010 0.046 0.938 7 P 0.001 0.001 0.008 0.961 0.012 0.019 8 S 0.001 0.001 0.008 0.974 0.014 0.004 9 E 0.001 0.001 0.008 0.980 0.009 0.002 10 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 14 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 16 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.011 17 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.007 18 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 19 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 20 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.005 0.008 21 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 22 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 23 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 24 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.005 25 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.006 26 E 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.005 27 V 0.001 0.001 0.007 0.973 0.013 0.006 28 R 0.002 0.001 0.073 0.869 0.041 0.015 29 K 0.003 0.001 0.070 0.840 0.059 0.027 30 V 0.004 0.001 0.051 0.714 0.112 0.118 31 I 0.018 0.040 0.013 0.249 0.155 0.525 32 V 0.023 0.068 0.012 0.024 0.790 0.084 33 P 0.018 0.001 0.013 0.032 0.868 0.067 34 G 0.012 0.001 0.006 0.005 0.909 0.067 35 K 0.125 0.137 0.002 0.007 0.597 0.131 36 T 0.138 0.086 0.001 0.023 0.060 0.692 37 A 0.002 0.001 0.007 0.973 0.010 0.007 38 W 0.001 0.001 0.007 0.984 0.007 0.001 39 D 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.001 40 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 41 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 42 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.003 43 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 44 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 45 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 46 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.007 0.005 47 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.005 48 F 0.001 0.001 0.003 0.974 0.014 0.008 49 K 0.001 0.001 0.009 0.963 0.016 0.011 50 K 0.001 0.001 0.008 0.946 0.024 0.020 51 L 0.001 0.001 0.008 0.902 0.030 0.058 52 R 0.003 0.002 0.009 0.184 0.127 0.675 53 V 0.013 0.008 0.024 0.118 0.220 0.617 54 K 0.040 0.021 0.042 0.135 0.285 0.478 55 P 0.045 0.021 0.076 0.135 0.390 0.333 56 A 0.044 0.008 0.105 0.118 0.410 0.315 57 F 0.034 0.006 0.158 0.142 0.428 0.232 58 K 0.030 0.009 0.202 0.134 0.433 0.191 59 G 0.042 0.014 0.140 0.092 0.435 0.278 60 Y 0.058 0.024 0.122 0.073 0.365 0.358 61 G 0.068 0.027 0.077 0.048 0.324 0.455 62 G 0.074 0.026 0.051 0.038 0.298 0.515 63 Y 0.115 0.038 0.036 0.031 0.331 0.449 64 K 0.152 0.013 0.037 0.028 0.370 0.401 65 Y 0.297 0.007 0.058 0.050 0.315 0.272 66 A 0.667 0.020 0.029 0.036 0.138 0.111 67 T 0.795 0.020 0.010 0.027 0.067 0.081 68 C 0.748 0.014 0.007 0.024 0.073 0.134 69 V 0.510 0.022 0.007 0.023 0.128 0.309 70 S 0.225 0.031 0.013 0.030 0.440 0.260 71 V 0.067 0.011 0.044 0.062 0.645 0.171 72 N 0.044 0.008 0.060 0.041 0.719 0.128 73 E 0.100 0.018 0.091 0.055 0.608 0.128 74 E 0.284 0.036 0.069 0.075 0.280 0.256 75 V 0.438 0.056 0.057 0.055 0.224 0.170 76 V 0.427 0.020 0.045 0.037 0.222 0.250 77 H 0.391 0.029 0.026 0.024 0.205 0.325 78 G 0.282 0.046 0.015 0.012 0.218 0.427 79 L 0.158 0.038 0.012 0.012 0.355 0.424 80 P 0.054 0.022 0.030 0.013 0.602 0.279 81 L 0.024 0.015 0.047 0.017 0.742 0.156 82 K 0.033 0.003 0.050 0.016 0.733 0.165 83 E 0.115 0.022 0.035 0.019 0.508 0.302 84 K 0.353 0.045 0.013 0.015 0.199 0.374 85 V 0.599 0.041 0.012 0.010 0.115 0.223 86 F 0.538 0.057 0.009 0.011 0.140 0.244 87 K 0.281 0.043 0.012 0.014 0.565 0.086 88 E 0.120 0.009 0.014 0.010 0.777 0.069 89 G 0.056 0.001 0.005 0.002 0.881 0.055 90 D 0.388 0.008 0.003 0.001 0.512 0.086 91 I 0.872 0.010 0.001 0.001 0.025 0.091 92 V 0.974 0.007 0.001 0.001 0.004 0.014 93 S 0.981 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 94 V 0.954 0.003 0.001 0.001 0.013 0.028 95 D 0.733 0.005 0.004 0.005 0.109 0.145 96 V 0.409 0.004 0.017 0.033 0.308 0.229 97 G 0.330 0.008 0.029 0.027 0.412 0.194 98 A 0.511 0.031 0.027 0.028 0.256 0.147 99 V 0.499 0.027 0.040 0.045 0.250 0.138 100 Y 0.365 0.019 0.053 0.075 0.320 0.167 101 Q 0.116 0.007 0.056 0.060 0.557 0.204 102 G 0.159 0.007 0.038 0.032 0.537 0.227 103 L 0.412 0.057 0.029 0.022 0.281 0.198 104 Y 0.520 0.054 0.021 0.027 0.187 0.191 105 G 0.479 0.010 0.026 0.026 0.258 0.200 106 D 0.412 0.011 0.025 0.028 0.301 0.224 107 A 0.533 0.021 0.045 0.044 0.234 0.123 108 A 0.640 0.019 0.030 0.033 0.157 0.120 109 V 0.775 0.005 0.015 0.019 0.085 0.100 110 T 0.791 0.009 0.011 0.019 0.066 0.104 111 Y 0.808 0.024 0.006 0.017 0.058 0.087 112 I 0.726 0.017 0.008 0.017 0.118 0.114 113 V 0.345 0.008 0.013 0.018 0.301 0.316 114 G 0.140 0.023 0.009 0.010 0.364 0.454 115 E 0.036 0.015 0.003 0.006 0.222 0.718 116 T 0.008 0.009 0.002 0.011 0.139 0.831 117 D 0.001 0.002 0.001 0.012 0.033 0.952 118 E 0.001 0.001 0.005 0.970 0.010 0.014 119 R 0.001 0.001 0.005 0.986 0.007 0.002 120 G 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 121 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 122 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.004 123 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 124 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 125 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 126 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 127 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 128 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 129 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 130 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 131 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 132 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 133 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.003 134 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.012 0.004 135 I 0.001 0.001 0.022 0.934 0.030 0.011 136 K 0.002 0.001 0.030 0.906 0.039 0.023 137 M 0.003 0.001 0.026 0.796 0.078 0.096 138 I 0.008 0.021 0.006 0.171 0.132 0.662 139 K 0.010 0.031 0.009 0.015 0.781 0.155 140 P 0.013 0.002 0.013 0.017 0.865 0.090 141 G 0.009 0.002 0.009 0.006 0.903 0.072 142 I 0.083 0.084 0.006 0.010 0.712 0.105 143 R 0.123 0.059 0.003 0.029 0.146 0.640 144 L 0.016 0.010 0.082 0.670 0.130 0.091 145 G 0.004 0.001 0.101 0.746 0.108 0.040 146 D 0.005 0.004 0.061 0.846 0.052 0.033 147 V 0.002 0.001 0.008 0.957 0.014 0.017 148 S 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.015 149 H 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 150 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 151 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 154 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 156 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 157 S 0.001 0.001 0.011 0.970 0.010 0.009 158 V 0.001 0.001 0.008 0.928 0.015 0.048 159 G 0.003 0.001 0.002 0.026 0.051 0.918 160 F 0.015 0.006 0.002 0.009 0.082 0.885 161 N 0.094 0.007 0.006 0.009 0.148 0.737 162 V 0.264 0.053 0.029 0.020 0.257 0.376 163 I 0.295 0.055 0.044 0.021 0.372 0.214 164 R 0.226 0.010 0.074 0.018 0.459 0.213 165 D 0.159 0.009 0.075 0.018 0.554 0.186 166 Y 0.259 0.042 0.048 0.011 0.493 0.146 167 V 0.240 0.066 0.030 0.018 0.371 0.275 168 G 0.177 0.016 0.043 0.013 0.442 0.309 169 H 0.159 0.015 0.027 0.012 0.416 0.370 170 G 0.234 0.031 0.025 0.021 0.342 0.348 171 V 0.330 0.037 0.021 0.016 0.247 0.348 172 G 0.445 0.022 0.020 0.014 0.219 0.279 173 R 0.471 0.017 0.048 0.020 0.189 0.255 174 E 0.520 0.033 0.041 0.024 0.175 0.207 175 L 0.485 0.024 0.061 0.025 0.205 0.200 176 H 0.235 0.019 0.045 0.026 0.375 0.300 177 E 0.120 0.038 0.059 0.034 0.416 0.332 178 D 0.066 0.018 0.030 0.033 0.459 0.393 179 P 0.074 0.014 0.032 0.033 0.413 0.434 180 Q 0.145 0.030 0.032 0.044 0.336 0.414 181 I 0.267 0.044 0.037 0.047 0.337 0.268 182 P 0.240 0.030 0.047 0.069 0.347 0.268 183 N 0.195 0.017 0.056 0.069 0.396 0.265 184 Y 0.179 0.032 0.052 0.059 0.399 0.278 185 G 0.098 0.034 0.037 0.037 0.429 0.364 186 T 0.056 0.016 0.042 0.024 0.599 0.263 187 P 0.036 0.023 0.062 0.020 0.629 0.230 188 G 0.043 0.026 0.040 0.007 0.748 0.136 189 T 0.087 0.008 0.025 0.005 0.722 0.152 190 G 0.104 0.020 0.018 0.003 0.453 0.402 191 V 0.303 0.048 0.007 0.002 0.260 0.380 192 V 0.422 0.024 0.006 0.003 0.126 0.419 193 L 0.484 0.081 0.005 0.004 0.091 0.335 194 R 0.304 0.074 0.009 0.003 0.572 0.038 195 K 0.101 0.004 0.015 0.002 0.848 0.030 196 G 0.065 0.001 0.004 0.001 0.905 0.026 197 M 0.597 0.017 0.001 0.001 0.347 0.039 198 T 0.893 0.011 0.001 0.001 0.013 0.083 199 L 0.959 0.010 0.001 0.001 0.005 0.027 200 A 0.950 0.003 0.001 0.001 0.008 0.039 201 I 0.888 0.006 0.001 0.001 0.017 0.088 202 E 0.746 0.003 0.003 0.001 0.061 0.187 203 P 0.710 0.004 0.005 0.001 0.078 0.202 204 M 0.807 0.008 0.006 0.002 0.068 0.109 205 V 0.844 0.013 0.007 0.003 0.059 0.074 206 S 0.795 0.024 0.007 0.006 0.065 0.102 207 E 0.545 0.023 0.020 0.019 0.261 0.132 208 G 0.169 0.008 0.033 0.050 0.492 0.248 209 D 0.105 0.010 0.035 0.034 0.622 0.194 210 W 0.137 0.010 0.029 0.041 0.559 0.223 211 R 0.287 0.016 0.024 0.042 0.269 0.362 212 V 0.579 0.033 0.027 0.039 0.136 0.186 213 V 0.554 0.017 0.043 0.047 0.182 0.159 214 V 0.547 0.027 0.032 0.036 0.183 0.175 215 K 0.286 0.019 0.034 0.019 0.453 0.189 216 E 0.103 0.008 0.055 0.010 0.730 0.093 217 D 0.050 0.004 0.054 0.007 0.795 0.090 218 G 0.152 0.008 0.032 0.004 0.682 0.123 219 W 0.445 0.011 0.011 0.004 0.310 0.219 220 T 0.674 0.017 0.007 0.003 0.117 0.181 221 A 0.863 0.015 0.006 0.003 0.057 0.055 222 V 0.842 0.008 0.005 0.003 0.059 0.082 223 T 0.756 0.008 0.009 0.005 0.121 0.100 224 V 0.464 0.015 0.025 0.014 0.350 0.132 225 D 0.206 0.007 0.025 0.009 0.626 0.127 226 G 0.115 0.009 0.034 0.006 0.710 0.125 227 S 0.399 0.014 0.011 0.001 0.353 0.222 228 R 0.787 0.012 0.003 0.001 0.075 0.123 229 C 0.900 0.005 0.001 0.001 0.019 0.075 230 A 0.967 0.002 0.001 0.001 0.007 0.024 231 H 0.975 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 232 F 0.961 0.003 0.001 0.001 0.012 0.024 233 E 0.880 0.002 0.002 0.001 0.066 0.050 234 H 0.766 0.001 0.003 0.001 0.146 0.084 235 T 0.920 0.003 0.002 0.001 0.051 0.025 236 I 0.976 0.004 0.001 0.001 0.009 0.011 237 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 238 I 0.981 0.004 0.001 0.001 0.006 0.008 239 T 0.805 0.006 0.001 0.001 0.167 0.020 240 E 0.134 0.003 0.006 0.003 0.820 0.034 241 N 0.025 0.001 0.004 0.001 0.940 0.029 242 G 0.109 0.005 0.006 0.003 0.813 0.064 243 A 0.690 0.026 0.002 0.004 0.081 0.197 244 E 0.880 0.027 0.002 0.003 0.025 0.063 245 I 0.864 0.008 0.004 0.003 0.039 0.083 246 L 0.755 0.010 0.008 0.003 0.078 0.146 247 T 0.419 0.012 0.011 0.006 0.228 0.324 248 K 0.253 0.026 0.013 0.006 0.235 0.468 249 E 0.053 0.012 0.005 0.005 0.182 0.743 250 G 0.002 0.003 0.002 0.002 0.071 0.920