# TARGET T0181 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0181.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.140 0.084 0.039 0.174 0.027 0.037 0.101 0.091 0.138 0.056 2 S 0.117 0.187 0.075 0.033 0.220 0.028 0.043 0.106 0.073 0.075 0.043 3 T 0.168 0.139 0.057 0.022 0.259 0.015 0.025 0.064 0.044 0.136 0.071 4 V 0.280 0.127 0.026 0.014 0.340 0.012 0.016 0.041 0.026 0.051 0.068 5 T 0.149 0.242 0.053 0.025 0.396 0.023 0.017 0.032 0.014 0.024 0.025 6 K 0.275 0.109 0.021 0.010 0.445 0.012 0.013 0.029 0.015 0.020 0.052 7 Y 0.330 0.106 0.017 0.005 0.448 0.006 0.005 0.014 0.007 0.011 0.052 8 F 0.224 0.141 0.025 0.007 0.467 0.008 0.015 0.028 0.012 0.022 0.051 9 Y 0.231 0.175 0.056 0.017 0.319 0.012 0.013 0.024 0.020 0.053 0.081 10 K 0.086 0.292 0.165 0.093 0.187 0.032 0.032 0.040 0.025 0.022 0.026 11 G 0.065 0.167 0.121 0.067 0.114 0.045 0.037 0.126 0.155 0.073 0.029 12 E 0.024 0.054 0.046 0.042 0.043 0.071 0.146 0.243 0.267 0.051 0.012 13 N 0.149 0.056 0.021 0.009 0.144 0.009 0.017 0.034 0.089 0.345 0.127 14 T 0.219 0.187 0.029 0.009 0.346 0.005 0.005 0.010 0.017 0.079 0.094 15 D 0.165 0.100 0.031 0.030 0.345 0.051 0.100 0.066 0.025 0.049 0.038 16 L 0.209 0.114 0.007 0.002 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 17 I 0.198 0.045 0.002 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 18 V 0.338 0.038 0.003 0.001 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 19 F 0.248 0.113 0.016 0.005 0.488 0.004 0.006 0.007 0.002 0.009 0.103 20 A 0.222 0.159 0.053 0.020 0.302 0.020 0.017 0.026 0.022 0.066 0.092 21 A 0.085 0.190 0.114 0.067 0.175 0.045 0.055 0.088 0.066 0.069 0.045 22 S 0.075 0.192 0.106 0.091 0.116 0.041 0.046 0.049 0.055 0.171 0.059 23 E 0.074 0.207 0.136 0.052 0.172 0.020 0.020 0.088 0.112 0.079 0.042 24 E 0.033 0.113 0.054 0.018 0.067 0.025 0.053 0.347 0.204 0.061 0.024 25 L 0.073 0.067 0.026 0.007 0.094 0.011 0.042 0.292 0.158 0.191 0.040 26 V 0.052 0.082 0.022 0.009 0.071 0.013 0.020 0.411 0.192 0.097 0.030 27 D 0.032 0.051 0.021 0.013 0.054 0.014 0.036 0.514 0.202 0.043 0.019 28 E 0.032 0.037 0.023 0.010 0.052 0.012 0.037 0.497 0.218 0.065 0.016 29 Y 0.034 0.034 0.015 0.014 0.059 0.019 0.062 0.399 0.201 0.140 0.024 30 L 0.047 0.103 0.040 0.015 0.111 0.009 0.044 0.361 0.157 0.093 0.021 31 K 0.022 0.112 0.053 0.025 0.067 0.046 0.107 0.231 0.126 0.187 0.023 32 N 0.135 0.159 0.041 0.005 0.401 0.003 0.009 0.082 0.074 0.048 0.043 33 P 0.021 0.055 0.024 0.008 0.048 0.011 0.036 0.344 0.354 0.079 0.020 34 S 0.040 0.054 0.021 0.007 0.078 0.014 0.106 0.323 0.138 0.195 0.025 35 I 0.069 0.099 0.026 0.010 0.100 0.013 0.033 0.247 0.182 0.182 0.039 36 G 0.012 0.093 0.111 0.092 0.038 0.077 0.064 0.335 0.114 0.048 0.017 37 K 0.052 0.176 0.078 0.007 0.084 0.003 0.012 0.347 0.105 0.105 0.031 38 L 0.022 0.013 0.006 0.002 0.027 0.002 0.006 0.606 0.235 0.068 0.013 39 S 0.003 0.019 0.006 0.003 0.010 0.005 0.016 0.777 0.150 0.008 0.002 40 E 0.005 0.012 0.004 0.001 0.013 0.001 0.020 0.786 0.119 0.035 0.003 41 V 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.016 0.812 0.121 0.026 0.003 42 V 0.010 0.007 0.002 0.003 0.017 0.003 0.018 0.678 0.226 0.028 0.008 43 E 0.004 0.009 0.005 0.004 0.010 0.006 0.047 0.690 0.208 0.015 0.002 44 L 0.017 0.010 0.003 0.003 0.023 0.008 0.121 0.553 0.154 0.101 0.008 45 F 0.106 0.154 0.018 0.004 0.355 0.005 0.016 0.116 0.091 0.091 0.044 46 E 0.176 0.057 0.018 0.010 0.186 0.020 0.058 0.229 0.112 0.077 0.058 47 V 0.134 0.138 0.025 0.006 0.324 0.010 0.035 0.158 0.064 0.070 0.034 48 F 0.171 0.146 0.026 0.024 0.317 0.021 0.029 0.042 0.035 0.121 0.069 49 T 0.058 0.382 0.258 0.023 0.229 0.003 0.003 0.009 0.004 0.014 0.017 50 P 0.042 0.217 0.131 0.040 0.089 0.047 0.067 0.216 0.096 0.034 0.022 51 Q 0.028 0.051 0.083 0.094 0.037 0.115 0.179 0.211 0.115 0.064 0.023 52 D 0.029 0.269 0.158 0.116 0.080 0.056 0.051 0.070 0.048 0.095 0.028 53 G 0.052 0.062 0.083 0.095 0.062 0.057 0.036 0.089 0.078 0.281 0.104 54 R 0.051 0.282 0.231 0.084 0.129 0.035 0.030 0.049 0.032 0.052 0.025 55 G 0.071 0.099 0.130 0.172 0.100 0.060 0.039 0.087 0.048 0.098 0.096 56 A 0.099 0.096 0.094 0.056 0.125 0.066 0.070 0.170 0.087 0.100 0.037 57 E 0.107 0.201 0.075 0.058 0.128 0.051 0.084 0.126 0.057 0.060 0.052 58 G 0.045 0.056 0.093 0.151 0.062 0.048 0.021 0.105 0.061 0.250 0.107 59 E 0.149 0.199 0.048 0.008 0.232 0.008 0.021 0.191 0.074 0.039 0.032 60 L 0.184 0.114 0.036 0.015 0.210 0.015 0.016 0.232 0.069 0.048 0.060 61 G 0.067 0.162 0.086 0.031 0.162 0.020 0.036 0.290 0.074 0.047 0.024 62 A 0.084 0.122 0.043 0.013 0.092 0.009 0.017 0.360 0.108 0.112 0.040 63 A 0.041 0.130 0.050 0.022 0.073 0.027 0.043 0.461 0.078 0.049 0.024 64 S 0.043 0.231 0.080 0.012 0.095 0.007 0.013 0.402 0.068 0.034 0.016 65 K 0.018 0.013 0.008 0.006 0.019 0.008 0.011 0.685 0.179 0.044 0.010 66 A 0.018 0.052 0.019 0.007 0.039 0.006 0.013 0.694 0.115 0.024 0.012 67 Q 0.021 0.027 0.010 0.004 0.039 0.006 0.025 0.694 0.113 0.051 0.010 68 V 0.029 0.033 0.015 0.006 0.059 0.012 0.029 0.670 0.098 0.040 0.010 69 E 0.028 0.049 0.010 0.015 0.055 0.024 0.066 0.534 0.140 0.062 0.017 70 N 0.058 0.075 0.055 0.022 0.088 0.021 0.047 0.358 0.134 0.108 0.033 71 E 0.042 0.034 0.030 0.024 0.051 0.033 0.120 0.449 0.120 0.075 0.022 72 F 0.037 0.247 0.141 0.084 0.106 0.042 0.065 0.130 0.050 0.074 0.024 73 G 0.036 0.082 0.110 0.212 0.051 0.066 0.025 0.073 0.047 0.222 0.077 74 K 0.043 0.162 0.083 0.040 0.100 0.038 0.068 0.232 0.117 0.094 0.023 75 G 0.069 0.089 0.059 0.026 0.087 0.019 0.029 0.196 0.133 0.223 0.071 76 K 0.026 0.185 0.096 0.025 0.080 0.030 0.048 0.334 0.113 0.044 0.020 77 K 0.077 0.175 0.072 0.006 0.112 0.003 0.008 0.300 0.097 0.101 0.049 78 I 0.010 0.008 0.004 0.001 0.014 0.001 0.003 0.648 0.275 0.029 0.005 79 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.858 0.119 0.003 0.001 80 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.912 0.057 0.009 0.001 81 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.918 0.056 0.009 0.001 82 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.849 0.127 0.012 0.002 83 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.012 0.897 0.075 0.003 0.001 84 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.024 0.878 0.067 0.013 0.001 85 I 0.007 0.005 0.001 0.001 0.017 0.003 0.029 0.832 0.090 0.015 0.002 86 L 0.015 0.014 0.006 0.005 0.017 0.007 0.039 0.652 0.166 0.069 0.010 87 R 0.008 0.049 0.031 0.028 0.023 0.071 0.208 0.450 0.085 0.044 0.004 88 N 0.026 0.341 0.164 0.078 0.078 0.016 0.029 0.059 0.045 0.134 0.031 89 G 0.045 0.056 0.053 0.050 0.036 0.019 0.030 0.046 0.055 0.425 0.184 90 K 0.023 0.333 0.279 0.066 0.090 0.033 0.037 0.067 0.037 0.025 0.012 91 P 0.087 0.244 0.066 0.025 0.197 0.042 0.068 0.098 0.073 0.061 0.040 92 N 0.105 0.092 0.068 0.039 0.153 0.029 0.037 0.067 0.096 0.221 0.093 93 S 0.119 0.166 0.070 0.021 0.216 0.018 0.029 0.097 0.087 0.119 0.057 94 T 0.129 0.156 0.066 0.019 0.228 0.016 0.027 0.104 0.080 0.117 0.058 95 T 0.152 0.135 0.047 0.021 0.230 0.018 0.026 0.119 0.097 0.103 0.052 96 S 0.087 0.142 0.078 0.050 0.160 0.026 0.034 0.194 0.103 0.087 0.039 97 S 0.113 0.176 0.065 0.014 0.225 0.008 0.021 0.168 0.082 0.082 0.046 98 L 0.137 0.190 0.045 0.012 0.267 0.013 0.019 0.141 0.070 0.065 0.042 99 K 0.139 0.210 0.077 0.020 0.267 0.014 0.026 0.098 0.045 0.050 0.053 100 T 0.128 0.201 0.135 0.040 0.178 0.025 0.036 0.114 0.051 0.047 0.044 101 K 0.036 0.120 0.141 0.124 0.068 0.081 0.107 0.184 0.071 0.049 0.019 102 G 0.034 0.107 0.154 0.241 0.051 0.068 0.041 0.069 0.047 0.146 0.043 103 G 0.039 0.125 0.138 0.192 0.075 0.062 0.040 0.085 0.051 0.141 0.051 104 N 0.100 0.124 0.106 0.057 0.146 0.041 0.039 0.117 0.066 0.141 0.062 105 A 0.076 0.158 0.082 0.048 0.122 0.037 0.058 0.169 0.105 0.095 0.051 106 G 0.067 0.069 0.085 0.093 0.095 0.038 0.025 0.127 0.095 0.215 0.092 107 T 0.145 0.137 0.050 0.019 0.208 0.017 0.030 0.180 0.119 0.056 0.040 108 K 0.112 0.139 0.069 0.020 0.205 0.015 0.034 0.189 0.101 0.070 0.047 109 A 0.097 0.131 0.058 0.026 0.177 0.023 0.051 0.200 0.105 0.095 0.037 110 Y 0.071 0.155 0.064 0.031 0.143 0.035 0.063 0.180 0.094 0.125 0.039 111 N 0.108 0.140 0.074 0.030 0.178 0.021 0.036 0.132 0.070 0.133 0.078