# TARGET T0180 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0180.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 V 0.118 0.061 0.013 0.042 0.004 0.049 0.712 3 G 0.134 0.019 0.019 0.027 0.227 0.104 0.469 4 R 0.150 0.036 0.025 0.033 0.239 0.067 0.450 5 R 0.092 0.029 0.020 0.030 0.197 0.051 0.582 6 P 0.065 0.017 0.032 0.030 0.166 0.258 0.431 7 G 0.042 0.026 0.045 0.024 0.219 0.298 0.346 8 G 0.039 0.015 0.041 0.027 0.360 0.200 0.317 9 G 0.060 0.030 0.060 0.041 0.225 0.182 0.403 10 L 0.094 0.067 0.101 0.054 0.192 0.156 0.337 11 K 0.091 0.047 0.096 0.044 0.189 0.191 0.341 12 D 0.095 0.028 0.059 0.045 0.170 0.245 0.359 13 T 0.115 0.025 0.022 0.029 0.311 0.106 0.391 14 K 0.172 0.016 0.011 0.016 0.278 0.032 0.476 15 P 0.367 0.013 0.010 0.011 0.079 0.023 0.497 16 V 0.778 0.011 0.010 0.013 0.031 0.010 0.148 17 V 0.889 0.009 0.006 0.011 0.012 0.004 0.070 18 V 0.892 0.005 0.006 0.013 0.009 0.004 0.070 19 R 0.850 0.007 0.005 0.011 0.020 0.006 0.102 20 L 0.597 0.014 0.005 0.015 0.057 0.010 0.301 21 Y 0.231 0.009 0.003 0.014 0.091 0.010 0.642 22 P 0.034 0.003 0.097 0.344 0.146 0.195 0.182 23 D 0.017 0.007 0.135 0.470 0.095 0.194 0.082 24 E 0.015 0.005 0.132 0.613 0.056 0.087 0.093 25 I 0.023 0.006 0.060 0.738 0.028 0.056 0.089 26 E 0.043 0.005 0.061 0.688 0.038 0.092 0.072 27 A 0.046 0.007 0.082 0.604 0.054 0.137 0.070 28 L 0.037 0.007 0.077 0.603 0.059 0.112 0.105 29 K 0.046 0.008 0.114 0.520 0.058 0.149 0.104 30 S 0.047 0.004 0.083 0.379 0.091 0.227 0.168 31 R 0.047 0.020 0.068 0.263 0.140 0.193 0.269 32 V 0.056 0.041 0.021 0.139 0.229 0.040 0.474 33 P 0.033 0.017 0.026 0.079 0.085 0.076 0.684 34 A 0.018 0.008 0.079 0.181 0.121 0.323 0.270 35 N 0.018 0.006 0.085 0.168 0.148 0.334 0.241 36 T 0.021 0.009 0.077 0.307 0.230 0.123 0.233 37 S 0.041 0.022 0.045 0.417 0.099 0.091 0.285 38 M 0.024 0.007 0.049 0.686 0.039 0.060 0.134 39 S 0.025 0.003 0.026 0.827 0.020 0.033 0.066 40 A 0.025 0.002 0.018 0.882 0.016 0.026 0.030 41 Y 0.025 0.002 0.012 0.907 0.010 0.025 0.019 42 I 0.031 0.002 0.007 0.921 0.007 0.016 0.016 43 R 0.039 0.001 0.008 0.919 0.008 0.014 0.012 44 R 0.066 0.001 0.011 0.886 0.008 0.017 0.012 45 I 0.060 0.003 0.016 0.880 0.008 0.021 0.013 46 I 0.090 0.005 0.016 0.820 0.013 0.036 0.019 47 L 0.058 0.002 0.037 0.765 0.020 0.083 0.035 48 N 0.051 0.002 0.047 0.642 0.045 0.159 0.054 49 H 0.070 0.009 0.071 0.475 0.079 0.145 0.151 50 L 0.072 0.028 0.089 0.335 0.135 0.126 0.214 51 E 0.078 0.020 0.099 0.227 0.153 0.184 0.238 52 D 0.045 0.018 0.075 0.145 0.223 0.250 0.245 53 D 0.027 0.017 0.041 0.072 0.277 0.346 0.221 54 G 0.021 0.018 0.027 0.025 0.275 0.330 0.304 55 G 0.027 0.033 0.028 0.014 0.321 0.176 0.402 56 G 0.038 0.042 0.038 0.015 0.297 0.185 0.385 57 G 0.037 0.039 0.052 0.017 0.262 0.226 0.367 58 G 0.039 0.052 0.060 0.021 0.255 0.230 0.343 59 G 0.047 0.066 0.072 0.026 0.231 0.243 0.315 60 G 0.046 0.050 0.079 0.030 0.225 0.270 0.299 61 G 0.043 0.048 0.073 0.034 0.234 0.268 0.300 62 G 0.039 0.039 0.068 0.046 0.232 0.289 0.287 63 G 0.046 0.038 0.063 0.051 0.221 0.316 0.264 64 G 0.063 0.034 0.076 0.051 0.216 0.278 0.283 65 G 0.106 0.030 0.083 0.049 0.213 0.203 0.316 66 M 0.163 0.056 0.107 0.081 0.141 0.163 0.288 67 V 0.201 0.077 0.080 0.084 0.132 0.173 0.254 68 G 0.181 0.030 0.051 0.056 0.158 0.208 0.315 69 R 0.164 0.091 0.029 0.032 0.200 0.086 0.399 70 R 0.093 0.055 0.024 0.022 0.142 0.052 0.612 71 P 0.046 0.020 0.041 0.022 0.156 0.441 0.275 72 G 0.028 0.021 0.050 0.016 0.185 0.498 0.202 73 G 0.039 0.018 0.052 0.017 0.306 0.221 0.346 74 G 0.077 0.033 0.057 0.027 0.213 0.175 0.418 75 L 0.115 0.063 0.101 0.035 0.199 0.153 0.335 76 K 0.112 0.042 0.090 0.032 0.197 0.181 0.346 77 D 0.120 0.026 0.055 0.033 0.183 0.230 0.353 78 T 0.132 0.024 0.021 0.024 0.314 0.102 0.382 79 K 0.174 0.016 0.011 0.015 0.277 0.032 0.475 80 P 0.368 0.013 0.010 0.011 0.079 0.023 0.496 81 V 0.778 0.011 0.010 0.013 0.031 0.010 0.148 82 V 0.889 0.009 0.006 0.011 0.012 0.004 0.070 83 V 0.892 0.005 0.006 0.013 0.009 0.004 0.070 84 R 0.850 0.007 0.005 0.011 0.020 0.006 0.102 85 L 0.597 0.014 0.005 0.015 0.057 0.010 0.301 86 Y 0.231 0.009 0.003 0.014 0.091 0.010 0.642 87 P 0.034 0.003 0.097 0.344 0.146 0.195 0.182 88 D 0.017 0.007 0.135 0.470 0.095 0.194 0.082 89 E 0.015 0.005 0.132 0.613 0.056 0.087 0.093 90 I 0.023 0.006 0.060 0.738 0.028 0.056 0.089 91 E 0.043 0.005 0.061 0.688 0.038 0.092 0.072 92 A 0.046 0.007 0.082 0.604 0.054 0.137 0.070 93 L 0.037 0.007 0.077 0.603 0.059 0.112 0.105 94 K 0.046 0.008 0.114 0.520 0.058 0.149 0.104 95 S 0.047 0.004 0.083 0.379 0.091 0.227 0.168 96 R 0.047 0.020 0.068 0.263 0.140 0.193 0.269 97 V 0.056 0.041 0.021 0.139 0.229 0.040 0.474 98 P 0.033 0.017 0.026 0.079 0.085 0.076 0.684 99 A 0.018 0.008 0.079 0.181 0.121 0.323 0.270 100 N 0.018 0.006 0.085 0.168 0.148 0.334 0.241 101 T 0.021 0.009 0.077 0.307 0.230 0.123 0.233 102 S 0.041 0.022 0.045 0.417 0.099 0.091 0.285 103 M 0.024 0.007 0.049 0.686 0.039 0.060 0.134 104 S 0.024 0.003 0.026 0.829 0.020 0.033 0.065 105 A 0.024 0.002 0.018 0.885 0.016 0.026 0.030 106 Y 0.025 0.002 0.012 0.906 0.011 0.025 0.018 107 I 0.033 0.002 0.009 0.915 0.008 0.018 0.016 108 R 0.040 0.001 0.011 0.912 0.009 0.016 0.012 109 R 0.055 0.001 0.014 0.893 0.009 0.017 0.012 110 I 0.044 0.003 0.021 0.890 0.007 0.021 0.014 111 I 0.060 0.005 0.019 0.842 0.013 0.038 0.023 112 L 0.036 0.002 0.041 0.768 0.023 0.085 0.044 113 N 0.033 0.002 0.049 0.639 0.057 0.159 0.062 114 H 0.038 0.006 0.069 0.519 0.080 0.130 0.158 115 L 0.042 0.014 0.075 0.355 0.138 0.128 0.249 116 E 0.058 0.010 0.057 0.259 0.139 0.211 0.266 117 D 0.032 0.010 0.026 0.164 0.028 0.162 0.577 118 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.988