# TARGET T0180 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0180.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.121 0.072 0.043 0.195 0.031 0.041 0.108 0.078 0.111 0.061 2 V 0.090 0.167 0.079 0.054 0.178 0.036 0.067 0.106 0.075 0.104 0.043 3 G 0.083 0.157 0.158 0.074 0.174 0.025 0.023 0.064 0.049 0.138 0.055 4 R 0.099 0.269 0.083 0.022 0.236 0.019 0.033 0.080 0.053 0.066 0.039 5 R 0.082 0.250 0.345 0.047 0.149 0.014 0.015 0.031 0.016 0.021 0.030 6 P 0.040 0.108 0.090 0.065 0.078 0.091 0.139 0.201 0.106 0.057 0.025 7 G 0.036 0.110 0.170 0.166 0.059 0.048 0.037 0.063 0.052 0.212 0.047 8 G 0.032 0.149 0.204 0.165 0.063 0.048 0.027 0.047 0.035 0.164 0.066 9 G 0.050 0.169 0.145 0.070 0.110 0.036 0.025 0.089 0.078 0.170 0.057 10 L 0.136 0.134 0.051 0.011 0.216 0.011 0.028 0.149 0.135 0.086 0.042 11 K 0.067 0.159 0.086 0.032 0.135 0.037 0.069 0.177 0.109 0.092 0.037 12 D 0.111 0.103 0.043 0.023 0.206 0.018 0.044 0.146 0.097 0.155 0.054 13 T 0.107 0.144 0.109 0.044 0.152 0.022 0.043 0.095 0.079 0.160 0.045 14 K 0.030 0.353 0.288 0.051 0.124 0.014 0.030 0.051 0.022 0.026 0.010 15 P 0.231 0.238 0.035 0.003 0.360 0.003 0.009 0.033 0.013 0.020 0.054 16 V 0.086 0.353 0.049 0.007 0.410 0.013 0.018 0.025 0.011 0.014 0.014 17 V 0.397 0.058 0.010 0.002 0.431 0.003 0.005 0.019 0.007 0.008 0.059 18 V 0.188 0.154 0.033 0.032 0.364 0.046 0.028 0.048 0.026 0.025 0.056 19 R 0.165 0.215 0.044 0.004 0.433 0.002 0.007 0.035 0.023 0.026 0.046 20 L 0.190 0.165 0.071 0.016 0.271 0.021 0.032 0.056 0.035 0.076 0.066 21 Y 0.086 0.391 0.174 0.025 0.264 0.005 0.005 0.013 0.006 0.010 0.021 22 P 0.030 0.098 0.038 0.028 0.062 0.033 0.044 0.377 0.230 0.043 0.017 23 D 0.028 0.046 0.035 0.017 0.043 0.020 0.060 0.476 0.167 0.086 0.022 24 E 0.032 0.060 0.020 0.006 0.050 0.008 0.023 0.503 0.175 0.103 0.021 25 I 0.059 0.053 0.014 0.005 0.067 0.006 0.013 0.530 0.153 0.069 0.031 26 E 0.023 0.061 0.024 0.013 0.045 0.009 0.023 0.600 0.152 0.036 0.012 27 A 0.032 0.048 0.022 0.008 0.057 0.012 0.045 0.569 0.125 0.067 0.014 28 L 0.049 0.089 0.036 0.017 0.092 0.015 0.040 0.413 0.148 0.078 0.023 29 K 0.057 0.062 0.023 0.021 0.076 0.021 0.044 0.332 0.191 0.131 0.042 30 S 0.041 0.130 0.046 0.018 0.121 0.015 0.046 0.319 0.163 0.081 0.021 31 R 0.076 0.085 0.049 0.017 0.112 0.015 0.055 0.199 0.129 0.219 0.043 32 V 0.051 0.381 0.215 0.023 0.170 0.009 0.017 0.067 0.026 0.023 0.018 33 P 0.082 0.271 0.157 0.029 0.169 0.015 0.019 0.110 0.057 0.050 0.039 34 A 0.033 0.137 0.072 0.027 0.098 0.051 0.097 0.295 0.132 0.046 0.014 35 N 0.090 0.064 0.035 0.015 0.103 0.018 0.029 0.183 0.120 0.265 0.078 36 T 0.056 0.155 0.056 0.022 0.122 0.024 0.034 0.250 0.121 0.122 0.037 37 S 0.063 0.135 0.060 0.010 0.118 0.007 0.016 0.338 0.116 0.097 0.040 38 M 0.026 0.049 0.022 0.008 0.045 0.006 0.010 0.557 0.199 0.065 0.014 39 S 0.015 0.021 0.009 0.005 0.027 0.006 0.016 0.727 0.147 0.021 0.006 40 A 0.009 0.014 0.007 0.004 0.018 0.003 0.015 0.800 0.111 0.015 0.004 41 Y 0.008 0.013 0.005 0.001 0.016 0.002 0.014 0.819 0.091 0.028 0.004 42 I 0.019 0.008 0.002 0.001 0.020 0.002 0.007 0.798 0.112 0.024 0.007 43 R 0.003 0.011 0.006 0.005 0.008 0.009 0.033 0.836 0.078 0.010 0.001 44 R 0.021 0.014 0.005 0.002 0.035 0.003 0.018 0.792 0.082 0.019 0.010 45 I 0.024 0.021 0.006 0.005 0.043 0.013 0.036 0.764 0.070 0.012 0.005 46 I 0.043 0.024 0.006 0.003 0.065 0.006 0.025 0.676 0.098 0.037 0.018 47 L 0.026 0.039 0.012 0.011 0.047 0.024 0.061 0.586 0.128 0.052 0.014 48 N 0.034 0.111 0.055 0.034 0.079 0.027 0.058 0.364 0.132 0.087 0.020 49 H 0.091 0.094 0.043 0.014 0.135 0.012 0.035 0.275 0.117 0.129 0.055 50 L 0.085 0.143 0.030 0.012 0.170 0.012 0.032 0.267 0.136 0.077 0.036 51 E 0.051 0.139 0.057 0.040 0.097 0.036 0.073 0.254 0.129 0.096 0.029 52 D 0.076 0.175 0.099 0.041 0.116 0.033 0.063 0.147 0.093 0.112 0.046 53 D 0.045 0.206 0.181 0.087 0.093 0.035 0.045 0.087 0.069 0.111 0.042 54 G 0.040 0.142 0.167 0.176 0.064 0.056 0.042 0.057 0.044 0.151 0.060 55 G 0.040 0.159 0.179 0.164 0.083 0.060 0.043 0.053 0.041 0.126 0.052 56 G 0.058 0.147 0.165 0.122 0.101 0.063 0.050 0.059 0.046 0.125 0.063 57 G 0.070 0.123 0.146 0.108 0.110 0.058 0.047 0.065 0.061 0.138 0.073 58 G 0.064 0.106 0.151 0.138 0.100 0.060 0.054 0.070 0.061 0.133 0.063 59 G 0.058 0.109 0.142 0.124 0.102 0.056 0.050 0.088 0.067 0.150 0.053 60 G 0.054 0.113 0.143 0.115 0.098 0.063 0.054 0.099 0.071 0.146 0.044 61 G 0.056 0.103 0.153 0.137 0.083 0.054 0.061 0.095 0.062 0.147 0.048 62 G 0.049 0.098 0.121 0.126 0.081 0.061 0.058 0.127 0.070 0.153 0.055 63 G 0.053 0.095 0.104 0.122 0.084 0.078 0.064 0.126 0.074 0.152 0.048 64 G 0.067 0.117 0.103 0.092 0.090 0.045 0.053 0.102 0.078 0.182 0.071 65 G 0.070 0.128 0.118 0.062 0.123 0.025 0.027 0.122 0.085 0.167 0.074 66 M 0.146 0.122 0.049 0.023 0.175 0.019 0.031 0.155 0.103 0.121 0.056 67 V 0.077 0.163 0.067 0.039 0.147 0.032 0.091 0.156 0.082 0.106 0.038 68 G 0.065 0.179 0.155 0.064 0.148 0.021 0.024 0.085 0.056 0.153 0.049 69 R 0.096 0.266 0.075 0.020 0.204 0.019 0.039 0.105 0.060 0.076 0.040 70 R 0.075 0.276 0.342 0.041 0.137 0.013 0.016 0.034 0.015 0.020 0.030 71 P 0.037 0.108 0.082 0.058 0.072 0.092 0.152 0.220 0.103 0.050 0.023 72 G 0.037 0.109 0.163 0.164 0.055 0.050 0.040 0.068 0.053 0.216 0.045 73 G 0.032 0.146 0.198 0.165 0.061 0.049 0.029 0.047 0.034 0.170 0.070 74 G 0.048 0.165 0.146 0.077 0.106 0.038 0.024 0.088 0.076 0.174 0.057 75 L 0.133 0.134 0.053 0.012 0.214 0.012 0.028 0.151 0.136 0.086 0.042 76 K 0.068 0.158 0.085 0.031 0.136 0.037 0.069 0.179 0.110 0.092 0.036 77 D 0.111 0.103 0.042 0.022 0.207 0.018 0.044 0.146 0.098 0.154 0.054 78 T 0.107 0.145 0.108 0.044 0.152 0.022 0.043 0.095 0.079 0.160 0.045 79 K 0.030 0.354 0.288 0.051 0.125 0.014 0.030 0.051 0.022 0.026 0.010 80 P 0.230 0.238 0.035 0.003 0.361 0.003 0.009 0.033 0.013 0.020 0.054 81 V 0.086 0.353 0.049 0.007 0.410 0.013 0.018 0.025 0.011 0.014 0.014 82 V 0.397 0.058 0.010 0.002 0.431 0.003 0.005 0.019 0.007 0.008 0.059 83 V 0.188 0.154 0.033 0.032 0.364 0.046 0.028 0.048 0.026 0.025 0.056 84 R 0.165 0.215 0.044 0.004 0.433 0.002 0.007 0.035 0.023 0.026 0.046 85 L 0.190 0.165 0.071 0.016 0.271 0.021 0.032 0.056 0.035 0.076 0.066 86 Y 0.086 0.391 0.174 0.025 0.264 0.005 0.005 0.013 0.006 0.010 0.021 87 P 0.030 0.098 0.038 0.028 0.062 0.033 0.044 0.377 0.230 0.043 0.017 88 D 0.028 0.046 0.035 0.017 0.043 0.020 0.060 0.476 0.167 0.086 0.022 89 E 0.032 0.060 0.020 0.006 0.050 0.008 0.023 0.503 0.175 0.103 0.021 90 I 0.059 0.053 0.014 0.005 0.067 0.006 0.013 0.530 0.153 0.069 0.031 91 E 0.023 0.061 0.024 0.013 0.045 0.009 0.023 0.600 0.152 0.036 0.012 92 A 0.032 0.048 0.022 0.008 0.057 0.012 0.045 0.569 0.125 0.067 0.014 93 L 0.049 0.089 0.036 0.017 0.092 0.015 0.040 0.413 0.148 0.078 0.023 94 K 0.057 0.062 0.023 0.021 0.076 0.021 0.044 0.332 0.191 0.131 0.042 95 S 0.041 0.130 0.046 0.018 0.121 0.015 0.046 0.319 0.163 0.081 0.021 96 R 0.076 0.085 0.049 0.017 0.112 0.015 0.055 0.199 0.129 0.219 0.043 97 V 0.051 0.381 0.215 0.023 0.170 0.009 0.017 0.067 0.026 0.023 0.018 98 P 0.082 0.271 0.157 0.029 0.169 0.015 0.019 0.110 0.057 0.050 0.039 99 A 0.033 0.137 0.072 0.027 0.098 0.051 0.097 0.295 0.132 0.046 0.014 100 N 0.090 0.064 0.035 0.015 0.103 0.018 0.029 0.183 0.120 0.265 0.078 101 T 0.056 0.155 0.056 0.022 0.122 0.024 0.034 0.250 0.121 0.122 0.037 102 S 0.063 0.135 0.060 0.010 0.118 0.007 0.016 0.338 0.116 0.097 0.040 103 M 0.026 0.049 0.022 0.008 0.045 0.006 0.010 0.557 0.199 0.065 0.014 104 S 0.015 0.021 0.009 0.005 0.027 0.006 0.016 0.727 0.147 0.021 0.006 105 A 0.009 0.014 0.007 0.004 0.018 0.003 0.015 0.800 0.111 0.015 0.004 106 Y 0.007 0.013 0.005 0.001 0.015 0.002 0.014 0.821 0.090 0.028 0.004 107 I 0.018 0.008 0.002 0.001 0.018 0.002 0.007 0.807 0.109 0.022 0.007 108 R 0.002 0.010 0.005 0.005 0.007 0.009 0.031 0.847 0.074 0.009 0.001 109 R 0.017 0.011 0.005 0.002 0.028 0.002 0.016 0.816 0.079 0.016 0.008 110 I 0.019 0.017 0.005 0.005 0.034 0.011 0.031 0.790 0.071 0.011 0.005 111 I 0.034 0.020 0.005 0.002 0.053 0.005 0.021 0.714 0.099 0.032 0.015 112 L 0.020 0.034 0.011 0.009 0.036 0.022 0.057 0.623 0.131 0.046 0.012 113 N 0.031 0.097 0.050 0.031 0.066 0.026 0.062 0.389 0.142 0.086 0.020 114 H 0.078 0.076 0.041 0.017 0.099 0.015 0.045 0.296 0.134 0.143 0.056 115 L 0.064 0.137 0.037 0.015 0.132 0.017 0.044 0.283 0.162 0.076 0.031 116 E 0.041 0.097 0.053 0.043 0.076 0.046 0.088 0.287 0.139 0.105 0.027 117 D 0.058 0.140 0.071 0.030 0.108 0.036 0.069 0.175 0.111 0.157 0.046 118 D 0.078 0.139 0.080 0.028 0.149 0.019 0.031 0.137 0.113 0.164 0.062