# TARGET T0180 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0180.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.007 0.007 0.019 0.139 0.751 2 V 0.165 0.042 0.010 0.028 0.149 0.607 3 G 0.183 0.020 0.012 0.028 0.171 0.586 4 R 0.181 0.041 0.021 0.029 0.186 0.543 5 R 0.104 0.040 0.020 0.023 0.387 0.425 6 P 0.054 0.017 0.025 0.017 0.481 0.406 7 G 0.024 0.016 0.022 0.015 0.582 0.341 8 G 0.031 0.022 0.021 0.015 0.597 0.314 9 G 0.058 0.041 0.024 0.025 0.386 0.466 10 L 0.085 0.044 0.077 0.044 0.429 0.321 11 K 0.104 0.017 0.109 0.052 0.462 0.256 12 D 0.118 0.018 0.083 0.049 0.423 0.309 13 T 0.162 0.027 0.033 0.048 0.326 0.405 14 K 0.230 0.014 0.013 0.024 0.244 0.474 15 P 0.359 0.006 0.016 0.042 0.172 0.405 16 V 0.796 0.008 0.009 0.031 0.057 0.100 17 V 0.910 0.009 0.005 0.016 0.021 0.039 18 V 0.907 0.002 0.005 0.015 0.023 0.048 19 R 0.898 0.005 0.005 0.013 0.026 0.053 20 L 0.710 0.020 0.005 0.015 0.056 0.195 21 Y 0.306 0.009 0.007 0.037 0.210 0.430 22 P 0.041 0.003 0.114 0.214 0.442 0.186 23 D 0.015 0.005 0.186 0.335 0.358 0.101 24 E 0.015 0.005 0.212 0.528 0.198 0.042 25 I 0.032 0.004 0.106 0.597 0.174 0.088 26 E 0.053 0.006 0.087 0.625 0.139 0.089 27 A 0.062 0.006 0.086 0.644 0.124 0.078 28 L 0.068 0.005 0.078 0.606 0.131 0.112 29 K 0.068 0.005 0.125 0.533 0.159 0.110 30 S 0.073 0.004 0.087 0.508 0.170 0.158 31 R 0.091 0.011 0.047 0.347 0.212 0.292 32 V 0.069 0.015 0.021 0.204 0.249 0.442 33 P 0.051 0.009 0.027 0.183 0.344 0.386 34 A 0.028 0.008 0.045 0.265 0.348 0.306 35 N 0.027 0.006 0.050 0.292 0.342 0.283 36 T 0.041 0.009 0.046 0.362 0.287 0.255 37 S 0.047 0.013 0.031 0.418 0.168 0.323 38 M 0.027 0.008 0.028 0.761 0.075 0.101 39 S 0.023 0.002 0.019 0.851 0.046 0.057 40 A 0.021 0.001 0.014 0.921 0.021 0.021 41 Y 0.029 0.003 0.014 0.925 0.015 0.015 42 I 0.035 0.002 0.014 0.928 0.011 0.010 43 R 0.031 0.001 0.013 0.932 0.011 0.012 44 R 0.027 0.001 0.012 0.931 0.012 0.017 45 I 0.036 0.003 0.010 0.917 0.013 0.021 46 I 0.040 0.002 0.008 0.893 0.019 0.038 47 L 0.024 0.002 0.022 0.886 0.031 0.035 48 N 0.021 0.002 0.037 0.767 0.085 0.087 49 H 0.028 0.002 0.056 0.612 0.158 0.143 50 L 0.046 0.019 0.063 0.440 0.207 0.224 51 E 0.031 0.015 0.039 0.288 0.195 0.431 52 D 0.012 0.005 0.019 0.161 0.118 0.685 53 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.974