# TARGET T0179 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0179.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.009 0.007 0.041 0.149 0.764 2 S 0.071 0.026 0.031 0.066 0.253 0.555 3 E 0.107 0.014 0.094 0.102 0.321 0.362 4 L 0.217 0.012 0.126 0.114 0.285 0.244 5 W 0.473 0.026 0.052 0.083 0.185 0.181 6 Y 0.596 0.018 0.036 0.082 0.116 0.151 7 T 0.558 0.026 0.041 0.073 0.136 0.165 8 E 0.512 0.009 0.049 0.064 0.208 0.159 9 K 0.350 0.012 0.051 0.064 0.314 0.208 10 Q 0.289 0.040 0.017 0.030 0.328 0.295 11 T 0.127 0.021 0.008 0.013 0.744 0.087 12 K 0.029 0.004 0.024 0.019 0.876 0.049 13 N 0.041 0.002 0.027 0.013 0.871 0.044 14 F 0.346 0.010 0.020 0.020 0.533 0.071 15 G 0.752 0.012 0.003 0.014 0.062 0.157 16 I 0.920 0.009 0.001 0.008 0.017 0.044 17 T 0.961 0.002 0.001 0.007 0.009 0.019 18 M 0.942 0.002 0.001 0.010 0.010 0.035 19 K 0.913 0.005 0.001 0.018 0.016 0.046 20 V 0.784 0.004 0.007 0.076 0.038 0.091 21 N 0.698 0.006 0.020 0.117 0.068 0.091 22 K 0.648 0.005 0.054 0.153 0.079 0.061 23 T 0.737 0.007 0.038 0.111 0.063 0.044 24 L 0.685 0.005 0.029 0.162 0.065 0.053 25 H 0.603 0.007 0.036 0.161 0.097 0.096 26 T 0.485 0.010 0.035 0.163 0.153 0.154 27 E 0.379 0.018 0.023 0.100 0.226 0.254 28 Q 0.227 0.054 0.014 0.066 0.268 0.372 29 T 0.088 0.033 0.020 0.024 0.685 0.151 30 E 0.031 0.007 0.069 0.028 0.784 0.081 31 F 0.036 0.003 0.066 0.012 0.805 0.077 32 Q 0.230 0.010 0.034 0.009 0.615 0.102 33 H 0.644 0.020 0.006 0.004 0.128 0.198 34 L 0.904 0.004 0.002 0.002 0.026 0.062 35 E 0.965 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 36 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 37 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 38 E 0.916 0.007 0.001 0.001 0.024 0.051 39 T 0.604 0.011 0.008 0.003 0.286 0.088 40 E 0.085 0.004 0.072 0.014 0.739 0.087 41 E 0.075 0.008 0.071 0.013 0.778 0.056 42 F 0.115 0.015 0.084 0.017 0.729 0.040 43 G 0.160 0.002 0.016 0.013 0.496 0.312 44 N 0.784 0.011 0.008 0.004 0.110 0.084 45 M 0.963 0.006 0.002 0.001 0.015 0.014 46 L 0.980 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 47 F 0.975 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 48 L 0.908 0.003 0.002 0.002 0.064 0.021 49 D 0.284 0.002 0.009 0.006 0.657 0.042 50 G 0.077 0.001 0.030 0.021 0.821 0.050 51 M 0.606 0.020 0.015 0.019 0.271 0.068 52 V 0.814 0.028 0.005 0.011 0.082 0.061 53 M 0.801 0.006 0.002 0.009 0.046 0.136 54 T 0.834 0.032 0.003 0.007 0.045 0.079 55 S 0.528 0.018 0.008 0.019 0.159 0.267 56 E 0.248 0.012 0.021 0.036 0.471 0.212 57 K 0.066 0.009 0.034 0.071 0.616 0.204 58 D 0.039 0.010 0.036 0.088 0.619 0.208 59 E 0.070 0.026 0.047 0.290 0.394 0.173 60 F 0.089 0.020 0.041 0.490 0.188 0.172 61 V 0.104 0.012 0.040 0.585 0.135 0.123 62 Y 0.073 0.011 0.036 0.720 0.085 0.074 63 H 0.065 0.008 0.039 0.751 0.071 0.065 64 E 0.059 0.003 0.047 0.796 0.055 0.040 65 M 0.039 0.003 0.058 0.792 0.047 0.061 66 V 0.058 0.008 0.071 0.745 0.057 0.061 67 A 0.053 0.007 0.052 0.741 0.063 0.084 68 H 0.041 0.006 0.042 0.513 0.127 0.271 69 V 0.022 0.006 0.154 0.533 0.152 0.134 70 P 0.016 0.004 0.306 0.414 0.172 0.088 71 L 0.013 0.004 0.390 0.346 0.199 0.047 72 F 0.026 0.018 0.241 0.352 0.267 0.096 73 T 0.033 0.028 0.071 0.189 0.364 0.314 74 H 0.019 0.011 0.031 0.059 0.638 0.242 75 P 0.007 0.007 0.032 0.029 0.673 0.253 76 N 0.016 0.028 0.027 0.010 0.710 0.209 77 P 0.052 0.009 0.030 0.006 0.647 0.256 78 E 0.171 0.003 0.014 0.005 0.252 0.556 79 H 0.922 0.013 0.002 0.001 0.023 0.040 80 V 0.984 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 81 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 82 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 83 V 0.934 0.003 0.001 0.002 0.011 0.050 84 G 0.451 0.005 0.003 0.006 0.120 0.416 85 G 0.063 0.007 0.011 0.010 0.365 0.545 86 G 0.009 0.009 0.052 0.043 0.488 0.399 87 D 0.005 0.005 0.073 0.197 0.439 0.280 88 G 0.005 0.003 0.039 0.595 0.209 0.149 89 G 0.002 0.001 0.007 0.961 0.014 0.015 90 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 91 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 92 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 93 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 94 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 95 L 0.003 0.001 0.004 0.984 0.006 0.003 96 K 0.014 0.002 0.009 0.897 0.047 0.030 97 H 0.026 0.005 0.020 0.431 0.271 0.247 98 P 0.010 0.002 0.012 0.016 0.451 0.509 99 S 0.029 0.005 0.024 0.008 0.571 0.362 100 V 0.124 0.016 0.041 0.008 0.621 0.189 101 K 0.272 0.005 0.041 0.010 0.423 0.248 102 K 0.837 0.004 0.008 0.002 0.080 0.068 103 A 0.925 0.004 0.001 0.001 0.026 0.043 104 T 0.953 0.002 0.001 0.001 0.013 0.030 105 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 106 V 0.930 0.003 0.001 0.001 0.016 0.048 107 D 0.711 0.017 0.004 0.004 0.058 0.207 108 I 0.185 0.020 0.005 0.006 0.134 0.650 109 D 0.011 0.007 0.001 0.004 0.118 0.860 110 G 0.001 0.001 0.017 0.921 0.048 0.013 111 K 0.001 0.001 0.011 0.962 0.026 0.001 112 V 0.001 0.001 0.007 0.981 0.010 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 114 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 116 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 117 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 118 K 0.001 0.001 0.004 0.977 0.010 0.009 119 F 0.001 0.001 0.005 0.854 0.038 0.100 120 L 0.005 0.008 0.041 0.395 0.194 0.356 121 P 0.007 0.006 0.151 0.282 0.349 0.205 122 S 0.008 0.005 0.271 0.269 0.322 0.125 123 I 0.015 0.009 0.226 0.188 0.399 0.163 124 A 0.024 0.010 0.184 0.151 0.418 0.214 125 G 0.023 0.013 0.177 0.121 0.472 0.194 126 K 0.021 0.014 0.158 0.089 0.561 0.156 127 L 0.034 0.016 0.110 0.063 0.600 0.178 128 D 0.060 0.025 0.047 0.037 0.531 0.300 129 D 0.074 0.014 0.033 0.020 0.601 0.258 130 P 0.120 0.008 0.054 0.030 0.479 0.308 131 R 0.459 0.017 0.054 0.023 0.249 0.199 132 V 0.804 0.009 0.016 0.014 0.074 0.083 133 D 0.909 0.003 0.004 0.010 0.022 0.052 134 V 0.948 0.005 0.003 0.009 0.012 0.024 135 Q 0.934 0.006 0.002 0.009 0.013 0.037 136 V 0.743 0.005 0.009 0.067 0.077 0.099 137 D 0.091 0.002 0.049 0.357 0.300 0.201 138 D 0.032 0.009 0.070 0.473 0.289 0.127 139 G 0.009 0.002 0.095 0.795 0.081 0.018 140 F 0.014 0.001 0.092 0.805 0.064 0.023 141 M 0.023 0.003 0.124 0.779 0.053 0.017 142 H 0.024 0.001 0.083 0.808 0.054 0.030 143 I 0.045 0.003 0.055 0.783 0.075 0.040 144 A 0.042 0.005 0.072 0.681 0.134 0.065 145 K 0.035 0.006 0.058 0.339 0.323 0.240 146 S 0.019 0.007 0.046 0.095 0.482 0.350 147 E 0.013 0.007 0.122 0.035 0.622 0.202 148 N 0.017 0.007 0.120 0.027 0.593 0.237 149 Q 0.059 0.006 0.124 0.010 0.479 0.321 150 Y 0.367 0.018 0.020 0.003 0.296 0.297 151 D 0.632 0.002 0.004 0.001 0.120 0.242 152 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 153 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 154 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 155 V 0.927 0.004 0.001 0.001 0.011 0.058 156 D 0.383 0.009 0.008 0.002 0.196 0.402 157 S 0.074 0.011 0.023 0.004 0.537 0.349 158 T 0.017 0.015 0.034 0.005 0.597 0.332 159 E 0.012 0.045 0.033 0.007 0.756 0.148 160 P 0.008 0.009 0.055 0.021 0.761 0.145 161 V 0.008 0.010 0.094 0.047 0.660 0.180 162 G 0.008 0.010 0.054 0.079 0.647 0.203 163 P 0.007 0.010 0.044 0.159 0.390 0.390 164 A 0.007 0.011 0.117 0.316 0.336 0.212 165 V 0.004 0.004 0.276 0.406 0.236 0.074 166 N 0.005 0.003 0.295 0.401 0.229 0.067 167 L 0.008 0.005 0.179 0.483 0.233 0.093 168 F 0.010 0.019 0.074 0.502 0.188 0.207 169 T 0.009 0.004 0.017 0.507 0.123 0.340 170 K 0.001 0.001 0.006 0.943 0.018 0.032 171 G 0.001 0.001 0.004 0.970 0.012 0.013 172 F 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.009 173 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 174 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 175 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 176 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 177 A 0.001 0.001 0.029 0.965 0.005 0.001 178 K 0.001 0.001 0.051 0.928 0.016 0.005 179 A 0.005 0.001 0.074 0.809 0.059 0.052 180 L 0.090 0.144 0.020 0.365 0.121 0.261 181 K 0.100 0.078 0.007 0.068 0.713 0.032 182 E 0.024 0.002 0.005 0.015 0.920 0.035 183 D 0.029 0.001 0.002 0.001 0.940 0.028 184 G 0.717 0.004 0.001 0.001 0.256 0.023 185 I 0.971 0.004 0.001 0.001 0.004 0.021 186 F 0.992 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 187 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 188 A 0.958 0.004 0.001 0.001 0.010 0.028 189 Q 0.623 0.006 0.005 0.004 0.129 0.233 190 T 0.155 0.008 0.010 0.009 0.432 0.387 191 D 0.026 0.011 0.016 0.009 0.516 0.423 192 N 0.021 0.031 0.027 0.013 0.644 0.263 193 P 0.026 0.010 0.091 0.056 0.598 0.219 194 W 0.026 0.013 0.103 0.110 0.486 0.263 195 F 0.026 0.027 0.062 0.133 0.466 0.286 196 T 0.015 0.008 0.021 0.272 0.213 0.471 197 P 0.002 0.001 0.013 0.921 0.032 0.031 198 E 0.002 0.001 0.011 0.950 0.025 0.012 199 L 0.001 0.001 0.014 0.964 0.014 0.007 200 I 0.002 0.001 0.007 0.972 0.009 0.010 201 T 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.008 202 N 0.001 0.001 0.005 0.978 0.007 0.008 203 V 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.009 204 Q 0.001 0.001 0.007 0.969 0.011 0.012 205 R 0.001 0.001 0.010 0.942 0.024 0.024 206 D 0.001 0.001 0.019 0.933 0.029 0.019 207 V 0.001 0.001 0.040 0.902 0.040 0.015 208 K 0.001 0.001 0.194 0.693 0.089 0.021 209 E 0.002 0.001 0.191 0.609 0.149 0.048 210 I 0.004 0.002 0.103 0.528 0.211 0.152 211 F 0.015 0.007 0.064 0.111 0.490 0.312 212 P 0.062 0.004 0.069 0.058 0.469 0.339 213 I 0.464 0.008 0.064 0.049 0.265 0.151 214 T 0.797 0.009 0.015 0.017 0.090 0.072 215 K 0.865 0.005 0.006 0.007 0.037 0.080 216 L 0.878 0.003 0.007 0.007 0.032 0.072 217 Y 0.837 0.005 0.011 0.013 0.050 0.082 218 T 0.804 0.006 0.014 0.014 0.068 0.094 219 A 0.710 0.003 0.013 0.014 0.112 0.148 220 N 0.754 0.017 0.009 0.011 0.095 0.113 221 I 0.684 0.020 0.007 0.009 0.156 0.124 222 P 0.602 0.009 0.014 0.012 0.220 0.143 223 T 0.558 0.019 0.022 0.010 0.252 0.138 224 Y 0.451 0.030 0.020 0.008 0.393 0.099 225 P 0.181 0.015 0.025 0.009 0.683 0.086 226 S 0.053 0.002 0.028 0.008 0.830 0.079 227 G 0.143 0.004 0.028 0.013 0.723 0.089 228 L 0.671 0.014 0.007 0.006 0.193 0.109 229 W 0.930 0.005 0.001 0.002 0.022 0.040 230 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 231 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 232 T 0.979 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 233 I 0.956 0.002 0.001 0.003 0.013 0.025 234 G 0.811 0.009 0.004 0.007 0.061 0.108 235 S 0.513 0.017 0.017 0.013 0.290 0.150 236 K 0.209 0.012 0.030 0.018 0.449 0.282 237 K 0.106 0.026 0.021 0.018 0.516 0.314 238 Y 0.056 0.033 0.016 0.034 0.505 0.356 239 D 0.024 0.011 0.013 0.037 0.398 0.517 240 P 0.012 0.007 0.276 0.234 0.370 0.101 241 L 0.014 0.005 0.325 0.253 0.302 0.101 242 A 0.021 0.007 0.316 0.349 0.228 0.078 243 V 0.033 0.015 0.105 0.385 0.221 0.241 244 E 0.029 0.010 0.046 0.305 0.211 0.401 245 D 0.020 0.006 0.081 0.379 0.219 0.295 246 S 0.019 0.006 0.083 0.334 0.266 0.292 247 R 0.018 0.006 0.084 0.284 0.287 0.321 248 F 0.028 0.005 0.100 0.360 0.244 0.262 249 F 0.043 0.010 0.071 0.328 0.241 0.308 250 D 0.063 0.012 0.077 0.279 0.243 0.327 251 I 0.064 0.011 0.064 0.241 0.251 0.369 252 E 0.068 0.012 0.078 0.144 0.239 0.459 253 T 0.111 0.029 0.143 0.139 0.231 0.347 254 K 0.165 0.018 0.108 0.083 0.269 0.356 255 Y 0.175 0.037 0.068 0.060 0.286 0.374 256 Y 0.147 0.048 0.013 0.032 0.233 0.527 257 T 0.065 0.037 0.007 0.032 0.532 0.327 258 K 0.007 0.002 0.047 0.549 0.352 0.044 259 D 0.020 0.003 0.045 0.422 0.478 0.031 260 I 0.050 0.008 0.037 0.504 0.365 0.036 261 H 0.135 0.012 0.022 0.599 0.125 0.107 262 K 0.225 0.028 0.034 0.562 0.094 0.058 263 A 0.213 0.006 0.062 0.533 0.108 0.080 264 A 0.240 0.004 0.030 0.543 0.072 0.110 265 F 0.335 0.027 0.018 0.436 0.059 0.126 266 V 0.254 0.024 0.010 0.419 0.067 0.226 267 L 0.118 0.008 0.012 0.242 0.099 0.521 268 P 0.023 0.002 0.077 0.559 0.128 0.211 269 K 0.004 0.001 0.120 0.687 0.089 0.099 270 F 0.001 0.001 0.153 0.793 0.041 0.011 271 V 0.002 0.001 0.079 0.843 0.063 0.013 272 S 0.002 0.001 0.101 0.815 0.067 0.014 273 D 0.002 0.002 0.122 0.716 0.125 0.034 274 L 0.002 0.001 0.087 0.581 0.167 0.162 275 I 0.004 0.014 0.040 0.359 0.151 0.432 276 K 0.001 0.002 0.006 0.054 0.073 0.864