# TARGET T0179 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0179.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.120 0.028 0.003 0.019 0.006 0.011 0.813 3 E 0.170 0.026 0.018 0.043 0.167 0.081 0.496 4 L 0.340 0.010 0.037 0.045 0.096 0.109 0.362 5 W 0.659 0.012 0.019 0.031 0.047 0.024 0.207 6 Y 0.743 0.009 0.018 0.035 0.028 0.017 0.152 7 T 0.810 0.008 0.016 0.024 0.026 0.012 0.104 8 E 0.738 0.004 0.020 0.030 0.036 0.019 0.152 9 K 0.548 0.021 0.032 0.054 0.061 0.048 0.236 10 Q 0.374 0.030 0.022 0.051 0.130 0.056 0.338 11 T 0.145 0.011 0.026 0.014 0.162 0.039 0.602 12 K 0.008 0.001 0.041 0.007 0.068 0.847 0.028 13 N 0.007 0.001 0.040 0.003 0.054 0.882 0.014 14 F 0.241 0.018 0.044 0.014 0.164 0.086 0.433 15 G 0.683 0.018 0.004 0.007 0.021 0.015 0.252 16 I 0.893 0.003 0.004 0.008 0.020 0.006 0.066 17 T 0.959 0.003 0.001 0.005 0.004 0.002 0.025 18 M 0.934 0.003 0.001 0.011 0.005 0.002 0.042 19 K 0.928 0.003 0.001 0.012 0.008 0.003 0.045 20 V 0.714 0.006 0.004 0.096 0.014 0.013 0.154 21 N 0.488 0.004 0.015 0.225 0.074 0.033 0.162 22 K 0.430 0.007 0.031 0.339 0.057 0.037 0.099 23 T 0.282 0.015 0.041 0.528 0.032 0.037 0.065 24 L 0.278 0.018 0.030 0.511 0.043 0.048 0.072 25 H 0.149 0.007 0.038 0.513 0.065 0.113 0.115 26 T 0.072 0.008 0.033 0.334 0.090 0.345 0.118 27 E 0.040 0.016 0.026 0.126 0.206 0.348 0.239 28 Q 0.015 0.024 0.023 0.031 0.252 0.287 0.368 29 T 0.006 0.004 0.005 0.004 0.314 0.020 0.647 30 E 0.021 0.009 0.048 0.012 0.266 0.346 0.299 31 F 0.189 0.035 0.064 0.006 0.120 0.303 0.283 32 Q 0.437 0.020 0.013 0.002 0.105 0.015 0.409 33 H 0.836 0.003 0.002 0.001 0.038 0.004 0.115 34 L 0.970 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 35 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 36 M 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 37 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 38 E 0.912 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.068 39 T 0.485 0.008 0.008 0.003 0.113 0.027 0.356 40 E 0.090 0.007 0.056 0.006 0.326 0.371 0.144 41 E 0.056 0.006 0.067 0.005 0.266 0.459 0.142 42 F 0.175 0.011 0.048 0.007 0.244 0.274 0.241 43 G 0.188 0.016 0.051 0.008 0.226 0.310 0.201 44 N 0.531 0.009 0.033 0.004 0.113 0.061 0.248 45 M 0.882 0.008 0.006 0.001 0.020 0.007 0.075 46 L 0.966 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 47 F 0.965 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 48 L 0.945 0.005 0.001 0.001 0.006 0.007 0.035 49 D 0.376 0.003 0.007 0.002 0.100 0.459 0.052 50 G 0.162 0.001 0.010 0.002 0.212 0.562 0.052 51 M 0.822 0.007 0.004 0.003 0.043 0.020 0.101 52 V 0.940 0.021 0.001 0.002 0.005 0.004 0.027 53 M 0.939 0.009 0.002 0.003 0.009 0.004 0.034 54 T 0.810 0.012 0.005 0.008 0.033 0.021 0.111 55 S 0.469 0.007 0.008 0.017 0.134 0.061 0.304 56 E 0.162 0.007 0.046 0.078 0.237 0.210 0.260 57 K 0.040 0.006 0.074 0.203 0.240 0.262 0.175 58 D 0.042 0.006 0.069 0.246 0.168 0.231 0.238 59 E 0.034 0.008 0.052 0.533 0.094 0.131 0.148 60 F 0.043 0.011 0.026 0.689 0.064 0.047 0.119 61 V 0.046 0.005 0.016 0.803 0.032 0.029 0.070 62 Y 0.042 0.002 0.009 0.879 0.015 0.021 0.031 63 H 0.041 0.001 0.009 0.910 0.009 0.015 0.015 64 E 0.035 0.001 0.013 0.919 0.008 0.013 0.011 65 M 0.022 0.001 0.013 0.941 0.004 0.011 0.007 66 V 0.022 0.001 0.021 0.909 0.007 0.028 0.011 67 A 0.022 0.003 0.029 0.823 0.014 0.088 0.021 68 H 0.019 0.004 0.040 0.733 0.037 0.102 0.066 69 V 0.008 0.002 0.113 0.665 0.044 0.086 0.082 70 P 0.010 0.002 0.202 0.526 0.038 0.144 0.077 71 L 0.013 0.007 0.330 0.416 0.032 0.154 0.049 72 F 0.038 0.012 0.215 0.354 0.104 0.187 0.089 73 T 0.047 0.018 0.099 0.259 0.170 0.211 0.195 74 H 0.033 0.016 0.028 0.051 0.327 0.110 0.434 75 P 0.025 0.009 0.018 0.012 0.291 0.164 0.480 76 N 0.051 0.037 0.014 0.006 0.370 0.105 0.417 77 P 0.071 0.010 0.015 0.003 0.214 0.051 0.636 78 E 0.142 0.003 0.007 0.001 0.304 0.017 0.525 79 H 0.794 0.006 0.004 0.001 0.104 0.003 0.088 80 V 0.980 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 81 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 82 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 V 0.920 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.067 84 G 0.511 0.006 0.003 0.002 0.091 0.010 0.377 85 G 0.163 0.019 0.013 0.019 0.187 0.041 0.558 86 G 0.037 0.017 0.054 0.057 0.200 0.233 0.402 87 D 0.010 0.003 0.048 0.218 0.123 0.542 0.057 88 G 0.009 0.003 0.025 0.570 0.112 0.199 0.081 89 G 0.006 0.002 0.009 0.896 0.026 0.020 0.042 90 V 0.007 0.002 0.004 0.958 0.005 0.012 0.013 91 I 0.008 0.001 0.004 0.969 0.005 0.009 0.005 92 R 0.007 0.001 0.005 0.976 0.003 0.005 0.004 93 E 0.005 0.001 0.007 0.975 0.002 0.008 0.003 94 I 0.004 0.001 0.011 0.957 0.003 0.021 0.003 95 L 0.006 0.001 0.008 0.918 0.006 0.055 0.006 96 K 0.012 0.002 0.010 0.685 0.030 0.231 0.031 97 H 0.033 0.006 0.010 0.193 0.243 0.187 0.327 98 P 0.024 0.007 0.016 0.050 0.383 0.178 0.342 99 S 0.038 0.011 0.055 0.019 0.229 0.269 0.379 100 V 0.203 0.012 0.126 0.022 0.129 0.214 0.294 101 K 0.434 0.010 0.057 0.018 0.164 0.089 0.228 102 K 0.708 0.007 0.028 0.010 0.068 0.026 0.152 103 A 0.867 0.006 0.003 0.004 0.014 0.006 0.099 104 T 0.903 0.003 0.003 0.004 0.020 0.003 0.062 105 L 0.933 0.006 0.005 0.004 0.009 0.004 0.040 106 V 0.919 0.003 0.003 0.004 0.009 0.005 0.056 107 D 0.751 0.011 0.007 0.006 0.038 0.012 0.176 108 I 0.226 0.027 0.002 0.008 0.174 0.009 0.554 109 D 0.020 0.002 0.001 0.005 0.076 0.004 0.892 110 G 0.001 0.001 0.034 0.888 0.016 0.057 0.004 111 K 0.001 0.001 0.018 0.954 0.005 0.020 0.002 112 V 0.001 0.001 0.011 0.980 0.002 0.006 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 114 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 116 S 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.013 0.002 117 K 0.001 0.001 0.008 0.965 0.002 0.023 0.002 118 K 0.001 0.001 0.007 0.918 0.005 0.066 0.004 119 F 0.001 0.001 0.011 0.864 0.014 0.093 0.017 120 L 0.002 0.009 0.022 0.551 0.108 0.111 0.197 121 P 0.005 0.005 0.099 0.386 0.075 0.205 0.224 122 S 0.006 0.004 0.146 0.337 0.112 0.248 0.145 123 I 0.010 0.007 0.146 0.220 0.148 0.264 0.205 124 A 0.012 0.007 0.148 0.126 0.151 0.329 0.226 125 G 0.022 0.019 0.160 0.108 0.179 0.156 0.356 126 K 0.022 0.016 0.194 0.085 0.150 0.196 0.337 127 L 0.027 0.013 0.132 0.097 0.146 0.350 0.236 128 D 0.030 0.022 0.101 0.083 0.221 0.298 0.245 129 D 0.038 0.011 0.030 0.036 0.388 0.055 0.443 130 P 0.067 0.012 0.044 0.066 0.175 0.351 0.285 131 R 0.321 0.019 0.040 0.043 0.104 0.225 0.248 132 V 0.715 0.018 0.009 0.020 0.026 0.010 0.202 133 D 0.888 0.006 0.003 0.018 0.014 0.003 0.069 134 V 0.932 0.009 0.003 0.014 0.005 0.002 0.035 135 Q 0.920 0.007 0.004 0.017 0.005 0.006 0.042 136 V 0.809 0.009 0.007 0.038 0.020 0.021 0.095 137 D 0.428 0.008 0.023 0.116 0.173 0.089 0.163 138 D 0.186 0.012 0.018 0.153 0.245 0.112 0.275 139 G 0.035 0.005 0.044 0.748 0.052 0.054 0.063 140 F 0.011 0.002 0.043 0.881 0.015 0.029 0.018 141 M 0.009 0.001 0.054 0.884 0.009 0.033 0.009 142 H 0.009 0.002 0.048 0.881 0.008 0.042 0.010 143 I 0.021 0.007 0.042 0.841 0.015 0.050 0.024 144 A 0.015 0.002 0.049 0.814 0.015 0.082 0.023 145 K 0.009 0.001 0.031 0.700 0.055 0.164 0.039 146 S 0.012 0.011 0.067 0.407 0.103 0.185 0.216 147 E 0.008 0.005 0.128 0.099 0.120 0.478 0.163 148 N 0.008 0.004 0.121 0.048 0.158 0.613 0.048 149 Q 0.086 0.015 0.079 0.018 0.179 0.275 0.348 150 Y 0.190 0.002 0.001 0.001 0.071 0.004 0.733 151 D 0.720 0.001 0.001 0.001 0.212 0.001 0.066 152 V 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 153 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 154 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 155 V 0.891 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.097 156 D 0.327 0.007 0.002 0.001 0.080 0.009 0.574 157 S 0.109 0.007 0.017 0.004 0.267 0.218 0.379 158 T 0.028 0.044 0.044 0.011 0.351 0.250 0.273 159 E 0.019 0.011 0.037 0.008 0.438 0.094 0.393 160 P 0.016 0.011 0.063 0.021 0.317 0.252 0.321 161 V 0.022 0.048 0.062 0.039 0.321 0.176 0.332 162 G 0.014 0.020 0.038 0.046 0.333 0.085 0.465 163 P 0.015 0.026 0.038 0.077 0.179 0.098 0.567 164 A 0.009 0.013 0.183 0.265 0.110 0.154 0.266 165 V 0.004 0.003 0.373 0.308 0.055 0.180 0.077 166 N 0.007 0.003 0.338 0.336 0.056 0.151 0.109 167 L 0.013 0.023 0.194 0.365 0.076 0.177 0.153 168 F 0.013 0.025 0.043 0.326 0.138 0.147 0.307 169 T 0.010 0.004 0.007 0.494 0.103 0.042 0.339 170 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.008 0.007 0.009 171 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 172 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 173 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 174 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 175 G 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 176 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.008 0.002 177 A 0.002 0.001 0.027 0.952 0.001 0.016 0.002 178 K 0.006 0.001 0.040 0.792 0.004 0.154 0.004 179 A 0.013 0.007 0.066 0.299 0.019 0.567 0.029 180 L 0.103 0.028 0.003 0.024 0.281 0.050 0.511 181 K 0.130 0.002 0.003 0.001 0.277 0.011 0.576 182 E 0.363 0.035 0.013 0.004 0.133 0.331 0.121 183 D 0.469 0.001 0.006 0.001 0.076 0.384 0.063 184 G 0.910 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.076 185 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 186 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 187 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 188 A 0.877 0.005 0.001 0.001 0.012 0.003 0.101 189 Q 0.762 0.015 0.004 0.003 0.034 0.021 0.162 190 T 0.296 0.013 0.018 0.012 0.164 0.204 0.292 191 D 0.053 0.008 0.026 0.015 0.421 0.286 0.190 192 N 0.034 0.019 0.044 0.021 0.328 0.132 0.422 193 P 0.025 0.016 0.141 0.084 0.182 0.330 0.222 194 W 0.024 0.017 0.143 0.120 0.167 0.369 0.159 195 F 0.017 0.019 0.099 0.172 0.231 0.169 0.293 196 T 0.011 0.006 0.029 0.392 0.121 0.062 0.378 197 P 0.001 0.001 0.023 0.899 0.016 0.033 0.028 198 E 0.001 0.001 0.011 0.951 0.007 0.021 0.009 199 L 0.001 0.001 0.006 0.972 0.003 0.012 0.007 200 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 201 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 202 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 203 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 204 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 205 R 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.021 0.001 206 D 0.001 0.001 0.003 0.943 0.002 0.048 0.004 207 V 0.001 0.001 0.014 0.936 0.005 0.034 0.009 208 K 0.001 0.001 0.103 0.816 0.006 0.070 0.004 209 E 0.001 0.001 0.084 0.714 0.012 0.183 0.006 210 I 0.003 0.003 0.066 0.656 0.040 0.192 0.041 211 F 0.022 0.008 0.014 0.110 0.241 0.115 0.490 212 P 0.068 0.002 0.017 0.034 0.394 0.165 0.319 213 I 0.541 0.019 0.030 0.051 0.096 0.126 0.138 214 T 0.823 0.011 0.008 0.018 0.014 0.013 0.113 215 K 0.878 0.004 0.006 0.012 0.019 0.009 0.074 216 L 0.815 0.007 0.010 0.010 0.031 0.016 0.111 217 Y 0.625 0.006 0.018 0.011 0.064 0.027 0.250 218 T 0.603 0.010 0.020 0.014 0.093 0.035 0.225 219 A 0.665 0.014 0.013 0.010 0.062 0.028 0.208 220 N 0.699 0.022 0.008 0.008 0.057 0.018 0.189 221 I 0.666 0.025 0.004 0.006 0.066 0.010 0.223 222 P 0.375 0.029 0.008 0.007 0.098 0.039 0.445 223 T 0.181 0.025 0.011 0.008 0.191 0.089 0.495 224 Y 0.103 0.017 0.029 0.015 0.287 0.160 0.389 225 P 0.056 0.015 0.050 0.023 0.253 0.310 0.294 226 S 0.048 0.011 0.061 0.024 0.268 0.383 0.205 227 G 0.126 0.015 0.053 0.033 0.313 0.193 0.267 228 L 0.422 0.029 0.040 0.056 0.102 0.057 0.293 229 W 0.706 0.018 0.022 0.052 0.046 0.022 0.135 230 T 0.853 0.006 0.016 0.045 0.019 0.013 0.048 231 F 0.902 0.004 0.012 0.032 0.009 0.009 0.030 232 T 0.906 0.003 0.010 0.031 0.009 0.009 0.034 233 I 0.867 0.007 0.010 0.031 0.016 0.012 0.058 234 G 0.697 0.015 0.013 0.035 0.046 0.027 0.168 235 S 0.371 0.014 0.022 0.025 0.112 0.066 0.390 236 K 0.126 0.018 0.040 0.030 0.283 0.214 0.289 237 K 0.059 0.018 0.037 0.028 0.306 0.220 0.333 238 Y 0.036 0.018 0.038 0.042 0.351 0.110 0.406 239 D 0.021 0.013 0.036 0.047 0.212 0.095 0.576 240 P 0.015 0.008 0.194 0.218 0.126 0.228 0.212 241 L 0.020 0.007 0.209 0.252 0.102 0.212 0.198 242 A 0.027 0.013 0.192 0.267 0.116 0.141 0.245 243 V 0.043 0.020 0.088 0.290 0.127 0.116 0.317 244 E 0.043 0.016 0.051 0.234 0.161 0.099 0.397 245 D 0.042 0.012 0.063 0.247 0.098 0.129 0.409 246 S 0.039 0.013 0.088 0.263 0.094 0.117 0.387 247 R 0.055 0.013 0.095 0.238 0.107 0.087 0.406 248 F 0.079 0.010 0.110 0.251 0.087 0.120 0.344 249 F 0.084 0.013 0.106 0.225 0.098 0.099 0.376 250 D 0.110 0.018 0.102 0.185 0.108 0.103 0.375 251 I 0.116 0.013 0.113 0.191 0.134 0.154 0.278 252 E 0.154 0.014 0.106 0.125 0.114 0.146 0.340 253 T 0.285 0.019 0.061 0.070 0.134 0.061 0.371 254 K 0.546 0.029 0.025 0.034 0.051 0.043 0.272 255 Y 0.411 0.039 0.019 0.023 0.078 0.059 0.371 256 Y 0.238 0.042 0.004 0.015 0.225 0.036 0.441 257 T 0.040 0.007 0.004 0.011 0.152 0.021 0.766 258 K 0.002 0.002 0.148 0.316 0.084 0.417 0.033 259 D 0.003 0.002 0.183 0.233 0.049 0.510 0.021 260 I 0.014 0.005 0.208 0.463 0.081 0.154 0.075 261 H 0.095 0.012 0.040 0.538 0.032 0.073 0.210 262 K 0.129 0.008 0.057 0.565 0.063 0.086 0.092 263 A 0.247 0.006 0.097 0.482 0.042 0.078 0.049 264 A 0.166 0.007 0.136 0.472 0.050 0.113 0.056 265 F 0.247 0.007 0.060 0.356 0.068 0.162 0.101 266 V 0.144 0.054 0.047 0.161 0.025 0.231 0.339 267 L 0.012 0.006 0.002 0.018 0.068 0.009 0.885 268 P 0.022 0.004 0.015 0.371 0.030 0.030 0.528 269 K 0.001 0.001 0.045 0.903 0.011 0.030 0.010 270 F 0.001 0.001 0.079 0.866 0.007 0.036 0.011 271 V 0.002 0.001 0.070 0.885 0.007 0.028 0.008 272 S 0.002 0.001 0.052 0.886 0.012 0.038 0.008 273 D 0.007 0.001 0.058 0.811 0.020 0.082 0.020 274 L 0.005 0.001 0.061 0.717 0.027 0.152 0.036 275 I 0.011 0.025 0.040 0.474 0.004 0.256 0.190 276 K 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.989