# TARGET T0178 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0178.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.014 0.409 0.056 0.514 2 I 0.006 0.002 0.020 0.810 0.028 0.134 3 D 0.005 0.003 0.026 0.896 0.017 0.053 4 V 0.003 0.001 0.027 0.951 0.007 0.011 5 R 0.005 0.001 0.026 0.935 0.015 0.017 6 K 0.003 0.001 0.024 0.920 0.021 0.030 7 Y 0.008 0.002 0.024 0.921 0.025 0.020 8 I 0.008 0.002 0.019 0.915 0.037 0.019 9 D 0.010 0.002 0.033 0.868 0.053 0.033 10 N 0.007 0.001 0.049 0.771 0.093 0.079 11 A 0.008 0.003 0.059 0.585 0.162 0.183 12 A 0.028 0.028 0.028 0.318 0.213 0.385 13 L 0.025 0.087 0.016 0.100 0.237 0.534 14 K 0.010 0.017 0.017 0.023 0.815 0.118 15 P 0.003 0.001 0.049 0.018 0.874 0.055 16 H 0.004 0.002 0.027 0.007 0.886 0.073 17 L 0.014 0.052 0.005 0.004 0.746 0.180 18 S 0.007 0.009 0.001 0.006 0.045 0.933 19 E 0.001 0.001 0.010 0.958 0.018 0.012 20 K 0.001 0.001 0.009 0.980 0.009 0.002 21 E 0.001 0.001 0.009 0.985 0.005 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 26 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 28 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 29 S 0.002 0.001 0.003 0.980 0.010 0.005 30 E 0.001 0.001 0.011 0.957 0.022 0.009 31 E 0.003 0.001 0.013 0.902 0.052 0.030 32 L 0.006 0.001 0.019 0.749 0.101 0.125 33 G 0.022 0.002 0.003 0.030 0.182 0.761 34 I 0.130 0.008 0.004 0.009 0.195 0.655 35 Y 0.468 0.005 0.005 0.009 0.144 0.369 36 A 0.915 0.004 0.002 0.005 0.026 0.048 37 V 0.962 0.001 0.001 0.002 0.012 0.021 38 C 0.948 0.004 0.001 0.004 0.017 0.026 39 V 0.802 0.010 0.003 0.006 0.064 0.115 40 N 0.238 0.012 0.005 0.013 0.232 0.499 41 P 0.018 0.002 0.163 0.249 0.421 0.147 42 Y 0.010 0.004 0.241 0.359 0.318 0.068 43 H 0.008 0.010 0.188 0.554 0.179 0.061 44 V 0.002 0.001 0.051 0.871 0.058 0.018 45 K 0.001 0.001 0.026 0.941 0.027 0.006 46 L 0.001 0.001 0.019 0.953 0.022 0.004 47 A 0.001 0.001 0.006 0.976 0.014 0.003 48 S 0.001 0.001 0.009 0.973 0.012 0.003 49 S 0.003 0.002 0.021 0.929 0.038 0.007 50 I 0.002 0.001 0.028 0.874 0.064 0.031 51 A 0.006 0.003 0.130 0.597 0.206 0.058 52 K 0.004 0.003 0.149 0.417 0.323 0.104 53 K 0.010 0.001 0.051 0.066 0.461 0.412 54 V 0.102 0.002 0.009 0.003 0.380 0.504 55 K 0.512 0.006 0.003 0.001 0.119 0.360 56 V 0.969 0.003 0.001 0.001 0.007 0.022 57 C 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 58 C 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 59 V 0.926 0.004 0.001 0.001 0.011 0.059 60 I 0.513 0.005 0.001 0.001 0.091 0.389 61 G 0.183 0.009 0.002 0.001 0.146 0.660 62 F 0.114 0.093 0.004 0.001 0.219 0.569 63 P 0.069 0.034 0.019 0.004 0.741 0.132 64 L 0.011 0.005 0.071 0.006 0.848 0.060 65 G 0.008 0.007 0.051 0.009 0.870 0.055 66 L 0.024 0.027 0.036 0.024 0.756 0.133 67 N 0.046 0.023 0.010 0.058 0.304 0.558 68 K 0.063 0.023 0.033 0.286 0.277 0.318 69 T 0.055 0.009 0.027 0.654 0.127 0.128 70 S 0.044 0.002 0.013 0.888 0.028 0.024 71 V 0.036 0.001 0.006 0.935 0.010 0.011 72 K 0.030 0.001 0.005 0.953 0.005 0.006 73 V 0.022 0.001 0.005 0.968 0.002 0.003 74 K 0.015 0.001 0.004 0.976 0.002 0.003 75 E 0.009 0.001 0.006 0.976 0.003 0.006 76 A 0.011 0.001 0.003 0.967 0.005 0.014 77 V 0.007 0.001 0.003 0.973 0.006 0.010 78 E 0.004 0.001 0.013 0.955 0.019 0.009 79 A 0.002 0.001 0.046 0.892 0.048 0.012 80 V 0.001 0.001 0.126 0.735 0.114 0.022 81 R 0.002 0.001 0.105 0.606 0.252 0.035 82 D 0.001 0.001 0.063 0.313 0.445 0.178 83 G 0.007 0.002 0.027 0.022 0.544 0.398 84 A 0.038 0.001 0.035 0.006 0.583 0.337 85 Q 0.429 0.008 0.045 0.007 0.303 0.208 86 E 0.896 0.004 0.007 0.002 0.059 0.031 87 L 0.930 0.001 0.003 0.002 0.027 0.037 88 D 0.970 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 89 I 0.973 0.002 0.001 0.002 0.008 0.015 90 V 0.933 0.004 0.001 0.010 0.015 0.037 91 W 0.649 0.026 0.002 0.033 0.073 0.218 92 N 0.173 0.013 0.005 0.118 0.160 0.531 93 L 0.008 0.001 0.201 0.673 0.081 0.037 94 S 0.014 0.002 0.305 0.579 0.083 0.017 95 A 0.006 0.001 0.447 0.470 0.068 0.008 96 F 0.015 0.007 0.164 0.710 0.074 0.031 97 K 0.016 0.004 0.065 0.808 0.075 0.032 98 S 0.010 0.001 0.023 0.578 0.192 0.196 99 E 0.003 0.002 0.006 0.126 0.246 0.617 100 K 0.004 0.010 0.017 0.336 0.198 0.436 101 Y 0.001 0.001 0.025 0.939 0.026 0.009 102 D 0.001 0.001 0.028 0.945 0.021 0.006 103 F 0.001 0.001 0.038 0.933 0.022 0.005 104 V 0.002 0.001 0.007 0.971 0.009 0.011 105 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 106 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 107 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.003 108 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 110 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 112 F 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 113 R 0.001 0.001 0.011 0.965 0.019 0.005 114 E 0.001 0.001 0.012 0.935 0.031 0.021 115 T 0.004 0.011 0.027 0.465 0.346 0.147 116 P 0.003 0.005 0.028 0.120 0.606 0.238 117 S 0.009 0.001 0.019 0.028 0.620 0.323 118 A 0.240 0.004 0.010 0.012 0.423 0.311 119 V 0.839 0.012 0.001 0.004 0.034 0.110 120 H 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 121 K 0.981 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 122 V 0.974 0.002 0.001 0.003 0.003 0.017 123 I 0.928 0.001 0.002 0.006 0.010 0.052 124 V 0.848 0.002 0.004 0.013 0.033 0.100 125 E 0.597 0.008 0.023 0.033 0.123 0.217 126 T 0.409 0.022 0.169 0.078 0.215 0.106 127 P 0.120 0.002 0.356 0.063 0.357 0.102 128 Y 0.079 0.012 0.253 0.070 0.433 0.152 129 L 0.040 0.028 0.059 0.089 0.459 0.325 130 N 0.010 0.004 0.002 0.044 0.148 0.792 131 E 0.001 0.001 0.004 0.967 0.017 0.011 132 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.009 0.002 133 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 134 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 135 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 136 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 137 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 138 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 141 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 143 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 144 A 0.001 0.001 0.010 0.934 0.020 0.035 145 G 0.003 0.001 0.004 0.034 0.092 0.867 146 A 0.024 0.001 0.008 0.021 0.173 0.773 147 D 0.283 0.030 0.028 0.031 0.244 0.384 148 F 0.701 0.037 0.025 0.034 0.112 0.090 149 I 0.753 0.012 0.018 0.035 0.098 0.085 150 K 0.600 0.015 0.029 0.039 0.163 0.153 151 T 0.248 0.011 0.114 0.070 0.377 0.181 152 S 0.131 0.013 0.131 0.078 0.426 0.222 153 T 0.085 0.034 0.103 0.086 0.420 0.271 154 G 0.064 0.053 0.048 0.038 0.527 0.270 155 F 0.071 0.021 0.027 0.032 0.462 0.388 156 A 0.051 0.040 0.054 0.033 0.518 0.303 157 P 0.027 0.026 0.042 0.020 0.717 0.168 158 R 0.025 0.009 0.037 0.023 0.684 0.221 159 G 0.016 0.005 0.010 0.006 0.499 0.463 160 T 0.013 0.060 0.001 0.005 0.290 0.632 161 T 0.004 0.007 0.001 0.013 0.035 0.941 162 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 163 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 164 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 170 S 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 171 S 0.001 0.001 0.006 0.971 0.014 0.009 172 A 0.005 0.009 0.020 0.845 0.067 0.054 173 K 0.013 0.009 0.064 0.363 0.446 0.106 174 G 0.012 0.001 0.201 0.280 0.408 0.098 175 R 0.056 0.003 0.128 0.167 0.518 0.127 176 I 0.173 0.011 0.062 0.110 0.355 0.290 177 K 0.319 0.005 0.004 0.009 0.131 0.532 178 V 0.794 0.010 0.002 0.003 0.031 0.159 179 K 0.883 0.010 0.003 0.002 0.028 0.074 180 A 0.754 0.023 0.005 0.004 0.046 0.167 181 S 0.368 0.010 0.028 0.008 0.280 0.306 182 G 0.168 0.016 0.047 0.007 0.523 0.238 183 G 0.101 0.010 0.040 0.008 0.629 0.213 184 I 0.056 0.022 0.033 0.008 0.610 0.272 185 R 0.029 0.055 0.012 0.011 0.394 0.499 186 D 0.011 0.011 0.003 0.029 0.131 0.815 187 L 0.001 0.001 0.008 0.962 0.017 0.013 188 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.003 189 T 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 191 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 192 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 193 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 195 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 196 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 197 G 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.005 198 A 0.001 0.001 0.006 0.960 0.020 0.012 199 D 0.002 0.001 0.008 0.945 0.025 0.021 200 R 0.005 0.001 0.007 0.911 0.039 0.036 201 I 0.015 0.006 0.006 0.778 0.060 0.135 202 G 0.014 0.007 0.012 0.578 0.104 0.284 203 T 0.007 0.005 0.017 0.659 0.081 0.230 204 S 0.002 0.003 0.012 0.852 0.035 0.098 205 S 0.001 0.001 0.006 0.962 0.011 0.019 206 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 207 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 208 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 209 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 210 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 211 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.002 212 E 0.001 0.001 0.006 0.930 0.037 0.026 213 F 0.004 0.003 0.011 0.634 0.135 0.212 214 L 0.011 0.020 0.017 0.233 0.258 0.461 215 K 0.032 0.015 0.023 0.096 0.349 0.485 216 R 0.045 0.008 0.065 0.081 0.301 0.502 217 H 0.133 0.028 0.055 0.063 0.192 0.529 218 L 0.156 0.042 0.024 0.042 0.106 0.630 219 I 0.002 0.002 0.001 0.003 0.017 0.974