# TARGET T0178 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0178.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.976 2 I 0.016 0.017 0.009 0.696 0.002 0.023 0.237 3 D 0.012 0.006 0.009 0.677 0.076 0.055 0.165 4 V 0.002 0.001 0.013 0.922 0.008 0.035 0.019 5 R 0.002 0.001 0.027 0.925 0.006 0.027 0.012 6 K 0.005 0.001 0.037 0.910 0.013 0.021 0.013 7 Y 0.015 0.002 0.033 0.915 0.008 0.011 0.017 8 I 0.025 0.006 0.026 0.882 0.014 0.019 0.028 9 D 0.010 0.002 0.042 0.859 0.010 0.051 0.027 10 N 0.006 0.002 0.094 0.702 0.012 0.159 0.026 11 A 0.006 0.002 0.070 0.356 0.029 0.507 0.030 12 A 0.014 0.012 0.056 0.189 0.118 0.479 0.132 13 L 0.013 0.043 0.030 0.050 0.227 0.039 0.598 14 K 0.013 0.021 0.049 0.010 0.126 0.041 0.740 15 P 0.003 0.003 0.155 0.011 0.082 0.662 0.083 16 H 0.002 0.004 0.096 0.004 0.080 0.726 0.087 17 L 0.004 0.031 0.019 0.004 0.324 0.041 0.577 18 S 0.004 0.019 0.001 0.011 0.225 0.006 0.734 19 E 0.001 0.001 0.014 0.949 0.009 0.020 0.008 20 K 0.001 0.001 0.009 0.973 0.003 0.012 0.003 21 E 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.008 0.002 22 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 25 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 26 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 27 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.001 28 K 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.020 0.001 29 S 0.001 0.001 0.005 0.969 0.004 0.017 0.004 30 E 0.002 0.003 0.019 0.927 0.004 0.035 0.010 31 E 0.006 0.001 0.028 0.792 0.021 0.131 0.022 32 L 0.002 0.001 0.022 0.228 0.054 0.677 0.015 33 G 0.006 0.001 0.005 0.008 0.077 0.816 0.086 34 I 0.118 0.002 0.001 0.001 0.112 0.011 0.755 35 Y 0.753 0.002 0.001 0.001 0.126 0.002 0.115 36 A 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 37 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 38 C 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.016 39 V 0.797 0.005 0.001 0.001 0.035 0.002 0.160 40 N 0.162 0.003 0.001 0.001 0.074 0.004 0.755 41 P 0.013 0.002 0.251 0.088 0.128 0.348 0.171 42 Y 0.008 0.023 0.234 0.122 0.146 0.376 0.091 43 H 0.014 0.010 0.142 0.450 0.126 0.117 0.142 44 V 0.006 0.002 0.012 0.826 0.032 0.012 0.110 45 K 0.002 0.001 0.007 0.967 0.006 0.008 0.009 46 L 0.001 0.001 0.008 0.978 0.002 0.009 0.003 47 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.010 0.001 48 S 0.001 0.001 0.013 0.968 0.002 0.014 0.002 49 S 0.001 0.001 0.017 0.913 0.003 0.062 0.003 50 I 0.001 0.001 0.034 0.740 0.006 0.212 0.007 51 A 0.008 0.007 0.039 0.435 0.121 0.212 0.177 52 K 0.019 0.002 0.049 0.169 0.134 0.449 0.178 53 K 0.075 0.004 0.031 0.068 0.151 0.453 0.218 54 V 0.296 0.005 0.004 0.026 0.095 0.017 0.557 55 K 0.657 0.008 0.001 0.009 0.083 0.004 0.238 56 V 0.880 0.013 0.002 0.006 0.008 0.003 0.088 57 C 0.857 0.006 0.004 0.005 0.014 0.005 0.109 58 C 0.737 0.006 0.012 0.014 0.042 0.014 0.175 59 V 0.599 0.009 0.019 0.023 0.071 0.059 0.220 60 I 0.301 0.015 0.023 0.021 0.183 0.173 0.285 61 G 0.191 0.024 0.015 0.010 0.304 0.139 0.316 62 F 0.114 0.056 0.008 0.007 0.136 0.028 0.650 63 P 0.094 0.055 0.021 0.007 0.170 0.165 0.488 64 L 0.028 0.012 0.025 0.007 0.240 0.535 0.152 65 G 0.024 0.008 0.031 0.009 0.314 0.367 0.247 66 L 0.021 0.012 0.073 0.067 0.324 0.253 0.249 67 N 0.033 0.043 0.062 0.144 0.238 0.144 0.336 68 K 0.019 0.008 0.052 0.553 0.077 0.069 0.221 69 T 0.016 0.003 0.010 0.842 0.021 0.035 0.073 70 S 0.010 0.001 0.003 0.934 0.013 0.009 0.029 71 V 0.007 0.002 0.003 0.954 0.006 0.005 0.023 72 K 0.002 0.001 0.001 0.980 0.003 0.004 0.009 73 V 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.003 0.005 74 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 75 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 76 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 77 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 80 V 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.013 0.004 81 R 0.001 0.001 0.013 0.897 0.006 0.078 0.005 82 D 0.001 0.001 0.013 0.501 0.016 0.458 0.011 83 G 0.001 0.002 0.014 0.189 0.057 0.642 0.095 84 A 0.007 0.005 0.027 0.067 0.196 0.153 0.546 85 Q 0.041 0.007 0.059 0.041 0.443 0.124 0.285 86 E 0.232 0.043 0.082 0.052 0.156 0.083 0.351 87 L 0.357 0.016 0.017 0.057 0.057 0.015 0.480 88 D 0.611 0.004 0.014 0.059 0.097 0.020 0.196 89 I 0.777 0.014 0.012 0.055 0.018 0.019 0.105 90 V 0.579 0.013 0.010 0.090 0.035 0.022 0.251 91 W 0.378 0.035 0.008 0.137 0.126 0.024 0.293 92 N 0.150 0.017 0.005 0.125 0.105 0.028 0.570 93 L 0.011 0.003 0.058 0.688 0.035 0.134 0.072 94 S 0.008 0.002 0.072 0.739 0.049 0.106 0.024 95 A 0.010 0.002 0.121 0.757 0.025 0.061 0.024 96 F 0.010 0.007 0.059 0.822 0.024 0.054 0.026 97 K 0.017 0.008 0.025 0.683 0.032 0.189 0.046 98 S 0.009 0.002 0.010 0.315 0.097 0.483 0.083 99 E 0.006 0.004 0.004 0.073 0.302 0.393 0.219 100 K 0.008 0.014 0.008 0.109 0.216 0.084 0.561 101 Y 0.001 0.001 0.017 0.936 0.016 0.015 0.014 102 D 0.001 0.001 0.012 0.968 0.004 0.012 0.004 103 F 0.001 0.001 0.009 0.979 0.002 0.008 0.002 104 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 105 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 108 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 110 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 112 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 113 R 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.021 0.001 114 E 0.001 0.001 0.007 0.899 0.006 0.084 0.003 115 T 0.012 0.002 0.028 0.449 0.118 0.247 0.144 116 P 0.004 0.001 0.042 0.047 0.061 0.809 0.035 117 S 0.009 0.001 0.036 0.011 0.067 0.846 0.030 118 A 0.242 0.005 0.007 0.008 0.145 0.023 0.570 119 V 0.770 0.009 0.001 0.002 0.035 0.002 0.182 120 H 0.945 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.047 121 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 122 V 0.965 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.027 123 I 0.947 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.039 124 V 0.861 0.004 0.010 0.009 0.033 0.006 0.078 125 E 0.638 0.004 0.044 0.016 0.066 0.011 0.221 126 T 0.388 0.008 0.089 0.014 0.102 0.031 0.367 127 P 0.325 0.014 0.138 0.014 0.120 0.115 0.274 128 Y 0.329 0.079 0.039 0.008 0.121 0.075 0.348 129 L 0.059 0.017 0.004 0.004 0.201 0.015 0.700 130 N 0.012 0.004 0.001 0.006 0.069 0.003 0.907 131 E 0.001 0.001 0.005 0.968 0.010 0.010 0.006 132 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.003 0.006 0.002 133 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.006 0.002 134 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 135 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 136 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 137 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 138 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 139 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 140 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 141 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 143 E 0.001 0.001 0.002 0.957 0.001 0.039 0.001 144 A 0.001 0.001 0.003 0.592 0.006 0.396 0.002 145 G 0.001 0.002 0.003 0.067 0.025 0.833 0.068 146 A 0.002 0.001 0.001 0.013 0.027 0.005 0.952 147 D 0.015 0.001 0.001 0.025 0.902 0.006 0.049 148 F 0.596 0.100 0.007 0.212 0.012 0.019 0.054 149 I 0.646 0.005 0.004 0.266 0.003 0.013 0.064 150 K 0.697 0.003 0.004 0.162 0.039 0.021 0.073 151 T 0.280 0.005 0.014 0.178 0.103 0.087 0.333 152 S 0.033 0.009 0.020 0.124 0.326 0.256 0.232 153 T 0.010 0.012 0.011 0.087 0.359 0.278 0.243 154 G 0.005 0.024 0.010 0.018 0.271 0.144 0.528 155 F 0.018 0.073 0.018 0.025 0.197 0.073 0.597 156 A 0.018 0.033 0.051 0.027 0.149 0.110 0.613 157 P 0.007 0.023 0.075 0.017 0.277 0.276 0.325 158 R 0.005 0.006 0.056 0.018 0.348 0.393 0.174 159 G 0.007 0.009 0.031 0.014 0.186 0.358 0.395 160 T 0.003 0.016 0.003 0.008 0.110 0.010 0.850 161 T 0.006 0.021 0.001 0.031 0.085 0.006 0.850 162 L 0.001 0.001 0.009 0.973 0.004 0.011 0.002 163 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.009 0.002 164 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.002 165 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 167 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 169 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 170 S 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.018 0.001 171 S 0.001 0.001 0.003 0.926 0.006 0.060 0.004 172 A 0.007 0.006 0.013 0.638 0.055 0.182 0.099 173 K 0.017 0.007 0.111 0.339 0.105 0.251 0.169 174 G 0.013 0.003 0.126 0.212 0.161 0.424 0.060 175 R 0.027 0.004 0.121 0.130 0.121 0.432 0.165 176 I 0.095 0.012 0.031 0.093 0.187 0.172 0.410 177 K 0.170 0.007 0.011 0.021 0.225 0.108 0.459 178 V 0.477 0.056 0.009 0.022 0.054 0.016 0.365 179 K 0.658 0.039 0.006 0.016 0.023 0.007 0.250 180 A 0.473 0.019 0.012 0.027 0.044 0.050 0.375 181 S 0.201 0.017 0.014 0.024 0.231 0.178 0.335 182 G 0.046 0.004 0.014 0.010 0.544 0.143 0.239 183 G 0.073 0.006 0.037 0.020 0.396 0.137 0.332 184 I 0.206 0.065 0.038 0.033 0.147 0.049 0.462 185 R 0.081 0.058 0.032 0.024 0.203 0.032 0.570 186 D 0.069 0.020 0.003 0.049 0.237 0.017 0.606 187 L 0.001 0.001 0.013 0.951 0.012 0.012 0.011 188 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.005 0.006 0.003 189 T 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.008 0.002 190 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 191 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 192 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 193 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 194 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 195 E 0.001 0.001 0.002 0.966 0.002 0.028 0.002 196 A 0.001 0.001 0.002 0.880 0.003 0.109 0.005 197 G 0.001 0.002 0.007 0.771 0.017 0.166 0.037 198 A 0.005 0.002 0.038 0.669 0.078 0.120 0.088 199 D 0.011 0.003 0.052 0.708 0.085 0.097 0.044 200 R 0.016 0.023 0.040 0.662 0.060 0.126 0.073 201 I 0.051 0.008 0.017 0.416 0.108 0.264 0.136 202 G 0.056 0.007 0.015 0.109 0.208 0.311 0.294 203 T 0.045 0.014 0.032 0.203 0.209 0.124 0.374 204 S 0.020 0.013 0.043 0.268 0.157 0.105 0.394 205 S 0.017 0.007 0.033 0.505 0.161 0.144 0.134 206 G 0.026 0.004 0.018 0.740 0.043 0.071 0.098 207 I 0.014 0.002 0.011 0.917 0.014 0.012 0.030 208 S 0.022 0.002 0.019 0.925 0.007 0.009 0.017 209 I 0.013 0.002 0.031 0.919 0.006 0.019 0.010 210 A 0.014 0.003 0.031 0.885 0.009 0.039 0.019 211 E 0.010 0.003 0.032 0.761 0.014 0.157 0.023 212 E 0.008 0.003 0.027 0.489 0.062 0.352 0.059 213 F 0.013 0.005 0.057 0.264 0.133 0.202 0.327 214 L 0.020 0.021 0.058 0.186 0.258 0.129 0.329 215 K 0.022 0.006 0.070 0.144 0.243 0.148 0.366 216 R 0.020 0.004 0.117 0.137 0.176 0.218 0.327 217 H 0.055 0.014 0.090 0.129 0.128 0.223 0.361 218 L 0.026 0.017 0.027 0.041 0.005 0.084 0.802 219 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999