# TARGET T0177 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0177.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 63 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.005 0.004 0.016 0.166 0.803 2 G 0.016 0.030 0.017 0.066 0.210 0.661 3 R 0.019 0.011 0.028 0.146 0.254 0.542 4 A 0.010 0.005 0.066 0.685 0.123 0.111 5 F 0.011 0.006 0.070 0.687 0.152 0.074 6 E 0.010 0.005 0.036 0.677 0.155 0.117 7 Y 0.010 0.004 0.021 0.756 0.113 0.096 8 R 0.007 0.003 0.011 0.822 0.097 0.060 9 R 0.005 0.002 0.014 0.865 0.064 0.050 10 A 0.004 0.002 0.014 0.848 0.059 0.073 11 A 0.003 0.002 0.010 0.917 0.031 0.038 12 K 0.001 0.001 0.008 0.912 0.030 0.047 13 E 0.001 0.001 0.003 0.946 0.016 0.033 14 K 0.001 0.001 0.006 0.940 0.028 0.024 15 R 0.001 0.001 0.005 0.893 0.051 0.050 16 W 0.001 0.001 0.005 0.889 0.054 0.052 17 D 0.001 0.001 0.003 0.930 0.032 0.034 18 K 0.001 0.001 0.004 0.923 0.033 0.039 19 M 0.001 0.001 0.003 0.885 0.030 0.081 20 S 0.001 0.001 0.005 0.720 0.053 0.221 21 K 0.001 0.001 0.007 0.883 0.039 0.072 22 V 0.001 0.001 0.005 0.968 0.011 0.015 23 F 0.001 0.001 0.005 0.971 0.013 0.011 24 P 0.001 0.001 0.002 0.983 0.007 0.007 25 K 0.001 0.001 0.002 0.979 0.010 0.009 26 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 27 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.009 28 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 29 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 35 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 36 D 0.001 0.001 0.003 0.869 0.032 0.096 37 G 0.003 0.002 0.004 0.035 0.128 0.829 38 G 0.013 0.008 0.005 0.013 0.256 0.704 39 S 0.038 0.101 0.012 0.012 0.336 0.499 40 E 0.013 0.033 0.016 0.013 0.763 0.162 41 P 0.004 0.001 0.235 0.049 0.657 0.054 42 D 0.002 0.002 0.107 0.028 0.788 0.073 43 T 0.006 0.019 0.102 0.102 0.656 0.115 44 N 0.005 0.009 0.008 0.125 0.161 0.691 45 A 0.002 0.006 0.007 0.900 0.030 0.055 46 K 0.004 0.005 0.005 0.938 0.021 0.027 47 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 48 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 53 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.004 54 A 0.001 0.001 0.003 0.970 0.015 0.012 55 K 0.001 0.001 0.033 0.844 0.073 0.048 56 A 0.002 0.001 0.087 0.740 0.117 0.054 57 Q 0.005 0.001 0.046 0.542 0.223 0.183 58 N 0.004 0.002 0.008 0.024 0.185 0.778 59 M 0.009 0.008 0.002 0.006 0.186 0.789 60 P 0.006 0.003 0.003 0.018 0.196 0.773 61 K 0.001 0.001 0.036 0.861 0.071 0.030 62 D 0.003 0.001 0.022 0.923 0.038 0.013 63 N 0.002 0.001 0.014 0.962 0.014 0.006 64 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 65 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 66 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 67 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 68 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 69 K 0.001 0.001 0.004 0.970 0.016 0.009 70 R 0.003 0.001 0.007 0.894 0.049 0.047 71 A 0.013 0.010 0.014 0.525 0.244 0.194 72 S 0.013 0.012 0.019 0.234 0.446 0.276 73 S 0.012 0.006 0.023 0.064 0.609 0.286 74 K 0.011 0.005 0.021 0.021 0.612 0.331 75 E 0.024 0.006 0.032 0.015 0.500 0.423 76 G 0.107 0.014 0.031 0.012 0.443 0.394 77 N 0.282 0.013 0.025 0.006 0.256 0.417 78 L 0.722 0.008 0.018 0.005 0.092 0.156 79 S 0.923 0.003 0.004 0.001 0.023 0.047 80 E 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 81 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 82 T 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 83 Y 0.947 0.002 0.001 0.001 0.012 0.038 84 E 0.949 0.002 0.001 0.001 0.011 0.038 85 G 0.898 0.003 0.001 0.001 0.030 0.067 86 K 0.842 0.023 0.001 0.001 0.037 0.097 87 A 0.532 0.033 0.003 0.002 0.360 0.070 88 N 0.091 0.004 0.008 0.001 0.848 0.048 89 F 0.033 0.001 0.006 0.001 0.939 0.020 90 G 0.170 0.004 0.006 0.001 0.771 0.048 91 V 0.908 0.004 0.001 0.001 0.029 0.058 92 L 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 93 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 95 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 96 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 97 C 0.957 0.003 0.003 0.003 0.015 0.019 98 M 0.859 0.013 0.008 0.024 0.055 0.041 99 T 0.470 0.017 0.009 0.050 0.283 0.171 100 D 0.074 0.017 0.010 0.091 0.530 0.278 101 N 0.033 0.025 0.018 0.176 0.646 0.102 102 P 0.025 0.007 0.023 0.437 0.361 0.146 103 T 0.010 0.004 0.009 0.802 0.098 0.077 104 R 0.013 0.008 0.006 0.845 0.066 0.062 105 T 0.022 0.009 0.003 0.858 0.018 0.090 106 I 0.002 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 107 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 109 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 112 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 113 F 0.002 0.001 0.002 0.988 0.006 0.002 114 N 0.004 0.001 0.003 0.958 0.025 0.010 115 K 0.004 0.001 0.005 0.849 0.076 0.066 116 T 0.013 0.014 0.025 0.514 0.209 0.225 117 Q 0.013 0.003 0.020 0.082 0.337 0.546 118 G 0.044 0.012 0.055 0.070 0.286 0.533 119 A 0.222 0.081 0.040 0.032 0.262 0.362 120 S 0.298 0.032 0.024 0.019 0.231 0.396 121 I 0.257 0.053 0.018 0.017 0.224 0.431 122 V 0.108 0.098 0.016 0.019 0.535 0.225 123 P 0.035 0.016 0.008 0.014 0.847 0.080 124 N 0.015 0.004 0.004 0.009 0.907 0.061 125 G 0.020 0.008 0.002 0.005 0.872 0.093 126 S 0.117 0.125 0.002 0.027 0.401 0.328 127 L 0.281 0.109 0.006 0.170 0.194 0.239 128 E 0.300 0.012 0.016 0.293 0.199 0.180 129 F 0.401 0.018 0.025 0.311 0.172 0.073 130 M 0.449 0.016 0.025 0.239 0.201 0.071 131 F 0.407 0.007 0.019 0.184 0.272 0.110 132 N 0.417 0.005 0.012 0.133 0.259 0.174 133 R 0.478 0.024 0.010 0.072 0.245 0.170 134 K 0.433 0.016 0.009 0.044 0.255 0.243 135 S 0.288 0.003 0.005 0.014 0.263 0.428 136 V 0.730 0.011 0.002 0.009 0.082 0.166 137 F 0.919 0.006 0.001 0.004 0.017 0.053 138 E 0.918 0.003 0.001 0.004 0.014 0.061 139 C 0.898 0.004 0.001 0.003 0.014 0.080 140 L 0.567 0.010 0.003 0.005 0.048 0.367 141 K 0.135 0.014 0.003 0.006 0.089 0.752 142 N 0.005 0.002 0.001 0.003 0.069 0.920 143 E 0.003 0.005 0.077 0.280 0.281 0.355 144 V 0.003 0.002 0.077 0.318 0.331 0.270 145 E 0.004 0.002 0.181 0.471 0.269 0.072 146 N 0.012 0.004 0.078 0.274 0.368 0.264 147 L 0.026 0.004 0.119 0.262 0.381 0.208 148 K 0.084 0.075 0.077 0.158 0.319 0.286 149 L 0.076 0.074 0.013 0.034 0.191 0.612 150 S 0.033 0.029 0.005 0.048 0.126 0.759 151 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.008 0.007 152 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.002 153 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 156 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 159 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 160 D 0.001 0.001 0.003 0.967 0.018 0.011 161 Y 0.001 0.001 0.007 0.834 0.050 0.108 162 G 0.001 0.001 0.001 0.016 0.079 0.903 163 L 0.024 0.003 0.024 0.022 0.237 0.689 164 E 0.282 0.016 0.096 0.038 0.274 0.294 165 E 0.594 0.022 0.110 0.036 0.142 0.097 166 L 0.744 0.012 0.069 0.028 0.079 0.068 167 E 0.752 0.009 0.040 0.032 0.097 0.069 168 E 0.592 0.014 0.047 0.056 0.189 0.102 169 V 0.250 0.019 0.044 0.043 0.472 0.172 170 E 0.053 0.003 0.052 0.021 0.762 0.109 171 D 0.082 0.004 0.043 0.015 0.734 0.123 172 K 0.538 0.012 0.008 0.005 0.270 0.167 173 I 0.915 0.005 0.001 0.002 0.028 0.050 174 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 175 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 176 R 0.950 0.003 0.001 0.001 0.011 0.034 177 G 0.638 0.011 0.001 0.001 0.068 0.280 178 D 0.106 0.005 0.003 0.003 0.174 0.709 179 Y 0.010 0.002 0.227 0.098 0.467 0.195 180 N 0.002 0.002 0.418 0.198 0.319 0.061 181 S 0.002 0.003 0.368 0.363 0.206 0.058 182 F 0.001 0.001 0.030 0.909 0.035 0.025 183 K 0.001 0.001 0.004 0.960 0.018 0.016 184 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.005 185 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 186 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 187 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 188 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 189 F 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 190 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 191 S 0.001 0.001 0.005 0.962 0.019 0.013 192 L 0.002 0.001 0.005 0.838 0.045 0.110 193 K 0.003 0.001 0.001 0.006 0.054 0.935 194 L 0.056 0.005 0.001 0.002 0.071 0.865 195 P 0.376 0.009 0.001 0.002 0.061 0.551 196 I 0.798 0.011 0.003 0.002 0.039 0.146 197 L 0.873 0.004 0.006 0.002 0.031 0.085 198 K 0.846 0.004 0.012 0.002 0.054 0.083 199 A 0.793 0.002 0.015 0.004 0.093 0.093 200 S 0.868 0.003 0.007 0.002 0.054 0.067 201 L 0.924 0.005 0.003 0.003 0.028 0.037 202 Q 0.911 0.003 0.003 0.005 0.035 0.043 203 R 0.892 0.009 0.003 0.003 0.037 0.056 204 I 0.627 0.008 0.005 0.006 0.196 0.160 205 A 0.299 0.008 0.009 0.009 0.444 0.230 206 T 0.132 0.012 0.009 0.010 0.494 0.342 207 T 0.372 0.018 0.009 0.006 0.298 0.296 208 P 0.519 0.018 0.008 0.006 0.097 0.352 209 I 0.666 0.026 0.003 0.006 0.041 0.258 210 E 0.637 0.021 0.004 0.005 0.039 0.295 211 L 0.249 0.023 0.003 0.005 0.083 0.637 212 N 0.061 0.006 0.003 0.018 0.161 0.752 213 D 0.001 0.001 0.055 0.833 0.077 0.034 214 E 0.001 0.001 0.056 0.855 0.078 0.011 215 Q 0.001 0.001 0.029 0.928 0.035 0.007 216 M 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 217 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 218 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 219 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 221 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 222 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 223 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 224 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 225 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.004 226 I 0.001 0.001 0.009 0.963 0.019 0.008 227 E 0.001 0.001 0.018 0.918 0.042 0.021 228 D 0.001 0.001 0.010 0.739 0.108 0.143 229 D 0.002 0.001 0.011 0.503 0.210 0.273 230 D 0.011 0.005 0.017 0.280 0.273 0.414 231 D 0.089 0.032 0.041 0.289 0.273 0.276 232 V 0.215 0.005 0.060 0.351 0.209 0.160 233 V 0.262 0.002 0.058 0.257 0.228 0.193 234 A 0.662 0.010 0.017 0.149 0.058 0.104 235 L 0.734 0.011 0.007 0.118 0.042 0.088 236 Y 0.664 0.004 0.007 0.169 0.041 0.115 237 T 0.626 0.006 0.012 0.094 0.054 0.208 238 N 0.361 0.019 0.010 0.063 0.100 0.447 239 I 0.134 0.012 0.005 0.033 0.080 0.736 240 E 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.975