# TARGET T0177 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0177.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 63 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.018 0.016 0.025 0.029 0.907 2 G 0.021 0.015 0.042 0.170 0.067 0.111 0.574 3 R 0.017 0.027 0.046 0.204 0.178 0.089 0.440 4 A 0.011 0.016 0.030 0.376 0.124 0.072 0.371 5 F 0.001 0.001 0.044 0.828 0.019 0.041 0.066 6 E 0.001 0.001 0.028 0.878 0.025 0.032 0.036 7 Y 0.001 0.001 0.014 0.907 0.010 0.028 0.038 8 R 0.001 0.004 0.004 0.942 0.009 0.016 0.024 9 R 0.001 0.001 0.002 0.942 0.011 0.031 0.014 10 A 0.001 0.001 0.002 0.932 0.009 0.042 0.014 11 A 0.001 0.001 0.002 0.936 0.011 0.028 0.022 12 K 0.001 0.001 0.003 0.926 0.010 0.040 0.020 13 E 0.001 0.001 0.004 0.892 0.014 0.068 0.022 14 K 0.001 0.001 0.005 0.911 0.020 0.046 0.018 15 R 0.001 0.001 0.004 0.930 0.013 0.034 0.018 16 W 0.001 0.001 0.004 0.916 0.017 0.033 0.029 17 D 0.001 0.001 0.004 0.932 0.010 0.036 0.016 18 K 0.001 0.001 0.004 0.868 0.010 0.106 0.012 19 M 0.001 0.001 0.003 0.811 0.009 0.165 0.011 20 S 0.001 0.001 0.003 0.831 0.029 0.089 0.046 21 K 0.002 0.002 0.005 0.859 0.030 0.048 0.055 22 V 0.002 0.001 0.006 0.893 0.023 0.026 0.049 23 F 0.001 0.001 0.003 0.966 0.009 0.009 0.013 24 P 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.002 25 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 35 K 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.021 0.001 36 D 0.001 0.001 0.004 0.666 0.022 0.302 0.005 37 G 0.001 0.001 0.005 0.082 0.083 0.782 0.046 38 G 0.002 0.018 0.007 0.016 0.286 0.113 0.557 39 S 0.004 0.047 0.042 0.023 0.216 0.064 0.604 40 E 0.001 0.008 0.094 0.044 0.268 0.099 0.486 41 P 0.001 0.002 0.404 0.133 0.078 0.294 0.090 42 D 0.001 0.001 0.379 0.119 0.049 0.381 0.071 43 T 0.001 0.004 0.270 0.239 0.121 0.260 0.104 44 N 0.001 0.008 0.047 0.256 0.153 0.131 0.404 45 A 0.001 0.002 0.053 0.694 0.030 0.169 0.051 46 K 0.001 0.003 0.029 0.814 0.017 0.096 0.039 47 L 0.001 0.001 0.006 0.964 0.008 0.010 0.012 48 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.003 0.006 49 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.003 50 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.013 0.002 54 A 0.001 0.001 0.002 0.968 0.007 0.013 0.010 55 K 0.001 0.001 0.017 0.932 0.006 0.032 0.011 56 A 0.001 0.001 0.079 0.756 0.013 0.141 0.010 57 Q 0.001 0.001 0.039 0.190 0.009 0.760 0.002 58 N 0.001 0.001 0.015 0.025 0.022 0.925 0.012 59 M 0.001 0.010 0.003 0.004 0.219 0.022 0.740 60 P 0.003 0.006 0.004 0.003 0.051 0.012 0.921 61 K 0.005 0.005 0.237 0.243 0.127 0.215 0.169 62 D 0.010 0.004 0.214 0.414 0.109 0.127 0.121 63 N 0.009 0.005 0.100 0.662 0.069 0.036 0.120 64 I 0.006 0.003 0.008 0.937 0.011 0.010 0.025 65 D 0.003 0.001 0.004 0.971 0.003 0.011 0.007 66 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.014 0.003 67 A 0.001 0.001 0.003 0.975 0.004 0.012 0.005 68 I 0.001 0.001 0.006 0.971 0.003 0.013 0.004 69 K 0.002 0.001 0.012 0.910 0.005 0.064 0.006 70 R 0.002 0.001 0.016 0.777 0.014 0.175 0.014 71 A 0.012 0.013 0.027 0.588 0.096 0.160 0.105 72 S 0.028 0.019 0.041 0.260 0.126 0.262 0.264 73 S 0.018 0.005 0.026 0.104 0.258 0.323 0.266 74 K 0.023 0.007 0.016 0.048 0.365 0.234 0.306 75 E 0.036 0.005 0.017 0.011 0.330 0.237 0.365 76 G 0.197 0.024 0.020 0.014 0.305 0.067 0.374 77 N 0.406 0.034 0.012 0.004 0.080 0.024 0.438 78 L 0.664 0.007 0.012 0.004 0.041 0.012 0.261 79 S 0.829 0.009 0.009 0.004 0.055 0.006 0.088 80 E 0.911 0.010 0.006 0.002 0.008 0.002 0.061 81 I 0.957 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.033 82 T 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 83 Y 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 84 E 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 85 G 0.920 0.004 0.001 0.002 0.011 0.004 0.058 86 K 0.806 0.031 0.003 0.004 0.030 0.011 0.114 87 A 0.438 0.014 0.010 0.004 0.065 0.047 0.421 88 N 0.043 0.005 0.022 0.003 0.128 0.731 0.068 89 F 0.017 0.004 0.008 0.003 0.189 0.734 0.046 90 G 0.156 0.021 0.025 0.033 0.307 0.180 0.279 91 V 0.316 0.024 0.027 0.130 0.064 0.055 0.384 92 L 0.740 0.005 0.005 0.040 0.047 0.007 0.156 93 I 0.884 0.001 0.004 0.053 0.034 0.003 0.021 94 I 0.964 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.005 95 M 0.932 0.001 0.002 0.049 0.001 0.002 0.013 96 E 0.860 0.001 0.005 0.091 0.010 0.007 0.026 97 C 0.692 0.005 0.020 0.124 0.031 0.038 0.091 98 M 0.304 0.007 0.022 0.125 0.209 0.131 0.202 99 T 0.078 0.021 0.010 0.103 0.287 0.136 0.366 100 D 0.014 0.016 0.005 0.025 0.351 0.081 0.508 101 N 0.013 0.009 0.027 0.082 0.226 0.151 0.492 102 P 0.012 0.003 0.054 0.270 0.233 0.274 0.154 103 T 0.009 0.002 0.052 0.540 0.101 0.210 0.085 104 R 0.029 0.009 0.040 0.701 0.067 0.043 0.110 105 T 0.030 0.011 0.029 0.824 0.015 0.031 0.060 106 I 0.007 0.001 0.014 0.943 0.009 0.016 0.011 107 A 0.007 0.001 0.014 0.953 0.004 0.017 0.005 108 N 0.005 0.001 0.011 0.938 0.004 0.033 0.007 109 L 0.005 0.001 0.006 0.966 0.003 0.014 0.004 110 K 0.003 0.001 0.014 0.970 0.002 0.007 0.003 111 S 0.003 0.001 0.014 0.964 0.003 0.014 0.002 112 Y 0.004 0.001 0.015 0.946 0.003 0.029 0.003 113 F 0.015 0.009 0.010 0.899 0.017 0.038 0.011 114 N 0.027 0.003 0.021 0.697 0.048 0.115 0.088 115 K 0.021 0.003 0.020 0.565 0.082 0.250 0.058 116 T 0.030 0.005 0.018 0.290 0.179 0.356 0.122 117 Q 0.028 0.008 0.015 0.077 0.177 0.468 0.226 118 G 0.066 0.017 0.047 0.102 0.213 0.155 0.399 119 A 0.233 0.025 0.126 0.125 0.130 0.100 0.260 120 S 0.287 0.018 0.156 0.120 0.080 0.119 0.220 121 I 0.219 0.042 0.091 0.150 0.106 0.145 0.248 122 V 0.183 0.031 0.035 0.066 0.164 0.110 0.413 123 P 0.111 0.016 0.039 0.034 0.206 0.222 0.372 124 N 0.029 0.007 0.030 0.019 0.204 0.646 0.065 125 G 0.061 0.008 0.031 0.020 0.255 0.501 0.123 126 S 0.368 0.031 0.026 0.045 0.083 0.056 0.390 127 L 0.641 0.047 0.021 0.069 0.028 0.033 0.161 128 E 0.643 0.021 0.065 0.069 0.058 0.038 0.105 129 F 0.646 0.014 0.090 0.037 0.046 0.050 0.117 130 M 0.554 0.009 0.078 0.023 0.066 0.133 0.137 131 F 0.588 0.028 0.060 0.018 0.075 0.100 0.132 132 N 0.498 0.014 0.040 0.008 0.157 0.075 0.207 133 R 0.507 0.018 0.031 0.005 0.162 0.126 0.149 134 K 0.601 0.018 0.013 0.002 0.107 0.095 0.164 135 S 0.637 0.009 0.005 0.001 0.063 0.066 0.220 136 V 0.901 0.002 0.001 0.001 0.026 0.013 0.056 137 F 0.955 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 138 E 0.937 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.054 139 C 0.810 0.011 0.001 0.001 0.010 0.002 0.166 140 L 0.598 0.028 0.001 0.001 0.049 0.012 0.312 141 K 0.159 0.016 0.004 0.010 0.062 0.036 0.715 142 N 0.004 0.002 0.003 0.008 0.018 0.009 0.956 143 E 0.012 0.008 0.118 0.263 0.049 0.223 0.326 144 V 0.008 0.005 0.161 0.216 0.195 0.268 0.146 145 E 0.010 0.007 0.199 0.213 0.121 0.258 0.191 146 N 0.018 0.004 0.169 0.115 0.207 0.291 0.195 147 L 0.040 0.004 0.200 0.103 0.171 0.328 0.153 148 K 0.069 0.019 0.119 0.075 0.175 0.205 0.337 149 L 0.056 0.051 0.020 0.031 0.339 0.051 0.453 150 S 0.031 0.038 0.002 0.021 0.166 0.012 0.730 151 L 0.001 0.001 0.027 0.915 0.010 0.018 0.028 152 E 0.001 0.001 0.011 0.946 0.008 0.018 0.017 153 D 0.001 0.001 0.007 0.976 0.003 0.008 0.006 154 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.004 0.007 155 E 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.007 0.005 156 F 0.002 0.001 0.001 0.980 0.003 0.011 0.004 157 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.010 0.004 158 L 0.002 0.001 0.002 0.974 0.006 0.010 0.006 159 I 0.002 0.001 0.009 0.947 0.007 0.026 0.009 160 D 0.001 0.001 0.013 0.824 0.008 0.146 0.006 161 Y 0.002 0.001 0.010 0.266 0.062 0.613 0.045 162 G 0.006 0.004 0.008 0.030 0.080 0.699 0.173 163 L 0.059 0.013 0.041 0.025 0.164 0.070 0.629 164 E 0.292 0.028 0.122 0.034 0.094 0.024 0.406 165 E 0.437 0.022 0.097 0.035 0.055 0.023 0.332 166 L 0.642 0.024 0.045 0.039 0.044 0.017 0.191 167 E 0.674 0.013 0.026 0.028 0.043 0.026 0.190 168 E 0.478 0.014 0.045 0.037 0.076 0.090 0.261 169 V 0.239 0.011 0.062 0.029 0.127 0.321 0.211 170 E 0.093 0.004 0.045 0.010 0.290 0.465 0.093 171 D 0.149 0.003 0.016 0.002 0.421 0.267 0.143 172 K 0.649 0.008 0.002 0.001 0.035 0.016 0.289 173 I 0.942 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 174 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 175 I 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 176 R 0.924 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.064 177 G 0.673 0.016 0.001 0.001 0.062 0.004 0.243 178 D 0.227 0.009 0.001 0.001 0.099 0.005 0.656 179 Y 0.017 0.004 0.219 0.226 0.148 0.202 0.184 180 N 0.004 0.007 0.250 0.336 0.141 0.205 0.058 181 S 0.004 0.003 0.220 0.473 0.077 0.128 0.095 182 F 0.001 0.001 0.036 0.912 0.015 0.017 0.019 183 K 0.001 0.001 0.010 0.961 0.004 0.018 0.005 184 L 0.001 0.001 0.008 0.969 0.003 0.014 0.004 185 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 186 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 187 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 188 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 189 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 190 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 191 S 0.001 0.001 0.003 0.953 0.003 0.040 0.001 192 L 0.001 0.001 0.003 0.281 0.004 0.711 0.001 193 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.984 0.005 194 L 0.042 0.003 0.001 0.002 0.036 0.004 0.913 195 P 0.548 0.028 0.001 0.001 0.016 0.002 0.405 196 I 0.756 0.006 0.002 0.001 0.014 0.003 0.219 197 L 0.861 0.006 0.004 0.001 0.041 0.006 0.080 198 K 0.898 0.003 0.009 0.001 0.022 0.005 0.063 199 A 0.921 0.001 0.006 0.001 0.018 0.010 0.043 200 S 0.913 0.004 0.004 0.003 0.014 0.006 0.055 201 L 0.916 0.004 0.003 0.002 0.012 0.005 0.058 202 Q 0.889 0.009 0.002 0.001 0.019 0.004 0.075 203 R 0.809 0.041 0.003 0.002 0.026 0.005 0.114 204 I 0.487 0.028 0.004 0.001 0.057 0.017 0.406 205 A 0.208 0.035 0.009 0.001 0.176 0.118 0.454 206 T 0.048 0.016 0.018 0.002 0.360 0.225 0.331 207 T 0.035 0.007 0.010 0.003 0.607 0.060 0.280 208 P 0.128 0.023 0.013 0.005 0.258 0.062 0.513 209 I 0.400 0.074 0.005 0.005 0.079 0.015 0.421 210 E 0.476 0.105 0.003 0.003 0.034 0.007 0.372 211 L 0.104 0.067 0.001 0.003 0.051 0.006 0.767 212 N 0.014 0.006 0.001 0.003 0.056 0.007 0.914 213 D 0.001 0.001 0.045 0.792 0.055 0.092 0.014 214 E 0.001 0.001 0.040 0.877 0.025 0.047 0.011 215 Q 0.001 0.001 0.023 0.932 0.010 0.022 0.012 216 M 0.001 0.001 0.003 0.975 0.006 0.009 0.007 217 E 0.001 0.001 0.002 0.971 0.004 0.016 0.006 218 L 0.001 0.001 0.002 0.966 0.002 0.024 0.005 219 T 0.001 0.001 0.001 0.982 0.006 0.007 0.004 220 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 221 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.002 222 L 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.013 0.003 223 L 0.001 0.001 0.005 0.976 0.004 0.012 0.003 224 D 0.001 0.001 0.023 0.915 0.005 0.051 0.004 225 R 0.001 0.001 0.058 0.768 0.009 0.149 0.015 226 I 0.002 0.006 0.086 0.588 0.050 0.213 0.055 227 E 0.004 0.004 0.117 0.304 0.068 0.395 0.108 228 D 0.005 0.006 0.125 0.160 0.105 0.329 0.270 229 D 0.004 0.005 0.153 0.079 0.157 0.290 0.311 230 D 0.008 0.004 0.112 0.052 0.140 0.582 0.102 231 D 0.044 0.015 0.073 0.037 0.250 0.217 0.364 232 V 0.219 0.037 0.034 0.089 0.128 0.054 0.439 233 V 0.428 0.014 0.033 0.157 0.114 0.041 0.214 234 A 0.541 0.027 0.052 0.161 0.026 0.038 0.153 235 L 0.467 0.009 0.044 0.162 0.038 0.087 0.193 236 Y 0.439 0.016 0.025 0.186 0.079 0.106 0.149 237 T 0.230 0.013 0.016 0.152 0.125 0.101 0.363 238 N 0.070 0.008 0.012 0.083 0.165 0.155 0.507 239 I 0.078 0.020 0.012 0.057 0.019 0.183 0.630 240 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996