# TARGET T0176 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0176.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.102 0.051 0.026 0.137 0.021 0.043 0.164 0.151 0.168 0.048 2 D 0.045 0.155 0.110 0.050 0.115 0.033 0.054 0.220 0.122 0.068 0.027 3 G 0.064 0.179 0.081 0.015 0.112 0.010 0.032 0.232 0.112 0.128 0.035 4 V 0.104 0.117 0.050 0.009 0.125 0.006 0.013 0.231 0.126 0.169 0.050 5 M 0.018 0.139 0.091 0.036 0.051 0.036 0.063 0.405 0.120 0.032 0.008 6 S 0.047 0.106 0.066 0.015 0.090 0.009 0.020 0.432 0.137 0.056 0.021 7 A 0.050 0.036 0.013 0.006 0.076 0.016 0.036 0.538 0.158 0.056 0.016 8 V 0.101 0.077 0.016 0.003 0.185 0.007 0.021 0.374 0.122 0.064 0.031 9 T 0.075 0.125 0.011 0.004 0.178 0.011 0.030 0.373 0.108 0.062 0.024 10 V 0.181 0.143 0.029 0.010 0.189 0.012 0.023 0.160 0.064 0.114 0.076 11 N 0.096 0.123 0.190 0.066 0.093 0.051 0.037 0.185 0.095 0.033 0.031 12 D 0.005 0.029 0.070 0.207 0.008 0.113 0.123 0.269 0.141 0.030 0.005 13 D 0.007 0.223 0.173 0.173 0.024 0.037 0.032 0.056 0.074 0.183 0.019 14 G 0.066 0.147 0.061 0.026 0.167 0.012 0.018 0.020 0.044 0.292 0.147 15 L 0.134 0.196 0.013 0.001 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 16 V 0.325 0.027 0.001 0.001 0.624 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 17 L 0.267 0.038 0.001 0.001 0.678 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 18 R 0.395 0.020 0.001 0.001 0.554 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 19 L 0.210 0.074 0.004 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 20 Y 0.374 0.051 0.004 0.001 0.446 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.117 21 I 0.105 0.355 0.129 0.012 0.355 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.028 22 Q 0.012 0.241 0.593 0.096 0.041 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 23 P 0.004 0.008 0.005 0.014 0.009 0.111 0.316 0.384 0.142 0.006 0.002 24 K 0.013 0.008 0.017 0.018 0.010 0.009 0.011 0.077 0.150 0.622 0.063 25 A 0.068 0.276 0.096 0.020 0.169 0.011 0.018 0.096 0.069 0.139 0.038 26 S 0.044 0.090 0.077 0.041 0.085 0.050 0.064 0.258 0.142 0.116 0.033 27 R 0.103 0.095 0.022 0.019 0.147 0.013 0.045 0.227 0.166 0.121 0.041 28 D 0.054 0.168 0.121 0.084 0.122 0.051 0.051 0.128 0.074 0.104 0.042 29 S 0.162 0.165 0.090 0.018 0.178 0.008 0.019 0.084 0.059 0.120 0.097 30 I 0.305 0.146 0.048 0.011 0.289 0.009 0.015 0.046 0.024 0.036 0.072 31 V 0.052 0.182 0.045 0.047 0.163 0.136 0.170 0.111 0.042 0.032 0.021 32 G 0.177 0.153 0.077 0.024 0.184 0.012 0.011 0.041 0.040 0.174 0.107 33 L 0.156 0.135 0.112 0.060 0.143 0.034 0.045 0.107 0.051 0.074 0.082 34 H 0.042 0.102 0.121 0.185 0.073 0.114 0.072 0.105 0.070 0.083 0.033 35 G 0.026 0.130 0.103 0.197 0.054 0.064 0.071 0.133 0.125 0.081 0.017 36 D 0.031 0.074 0.059 0.043 0.054 0.040 0.068 0.155 0.145 0.290 0.043 37 E 0.180 0.205 0.038 0.008 0.400 0.007 0.016 0.031 0.032 0.046 0.038 38 V 0.241 0.109 0.009 0.002 0.604 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.023 39 K 0.318 0.052 0.005 0.002 0.569 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.042 40 V 0.239 0.106 0.010 0.002 0.621 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 41 A 0.238 0.163 0.028 0.002 0.542 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 42 I 0.252 0.180 0.038 0.011 0.442 0.008 0.004 0.011 0.003 0.005 0.046 43 T 0.165 0.119 0.062 0.037 0.222 0.015 0.023 0.038 0.027 0.163 0.130 44 A 0.009 0.257 0.602 0.049 0.050 0.006 0.009 0.009 0.003 0.004 0.002 45 P 0.020 0.489 0.361 0.011 0.083 0.003 0.004 0.011 0.004 0.005 0.008 46 P 0.068 0.412 0.205 0.009 0.166 0.006 0.015 0.067 0.026 0.008 0.018 47 V 0.022 0.075 0.071 0.035 0.041 0.114 0.156 0.348 0.093 0.035 0.010 48 D 0.039 0.117 0.035 0.031 0.076 0.039 0.093 0.383 0.090 0.072 0.027 49 G 0.014 0.021 0.032 0.091 0.011 0.063 0.018 0.243 0.082 0.331 0.095 50 Q 0.010 0.057 0.050 0.020 0.023 0.018 0.027 0.603 0.111 0.064 0.017 51 A 0.014 0.087 0.037 0.003 0.020 0.001 0.003 0.697 0.092 0.030 0.015 52 N 0.002 0.006 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.868 0.099 0.010 0.002 53 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.904 0.080 0.002 0.001 54 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.046 0.004 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.045 0.003 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.002 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.035 0.001 0.001 58 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.970 0.023 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.089 0.002 0.001 60 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.896 0.090 0.003 0.001 61 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 0.785 0.114 0.006 0.001 62 Q 0.001 0.007 0.002 0.003 0.002 0.017 0.337 0.472 0.129 0.030 0.001 63 F 0.011 0.787 0.054 0.001 0.123 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.005 64 R 0.181 0.004 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.002 0.016 0.440 0.332 65 V 0.042 0.510 0.213 0.004 0.211 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 66 A 0.034 0.519 0.204 0.036 0.158 0.007 0.006 0.005 0.005 0.009 0.017 67 K 0.033 0.024 0.014 0.015 0.067 0.033 0.050 0.210 0.521 0.023 0.010 68 S 0.007 0.019 0.015 0.024 0.020 0.036 0.094 0.445 0.287 0.049 0.004 69 Q 0.145 0.030 0.003 0.002 0.218 0.004 0.031 0.056 0.053 0.395 0.064 70 V 0.225 0.084 0.003 0.001 0.659 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.020 71 V 0.135 0.101 0.012 0.001 0.720 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.021 72 I 0.393 0.105 0.014 0.001 0.401 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.069 73 E 0.267 0.059 0.030 0.055 0.198 0.104 0.091 0.052 0.022 0.042 0.079 74 K 0.019 0.209 0.152 0.358 0.051 0.059 0.052 0.027 0.019 0.041 0.013 75 G 0.018 0.081 0.140 0.302 0.030 0.046 0.022 0.056 0.049 0.182 0.074 76 E 0.077 0.138 0.046 0.018 0.181 0.033 0.066 0.198 0.149 0.069 0.024 77 L 0.160 0.096 0.047 0.036 0.170 0.036 0.082 0.103 0.083 0.110 0.076 78 G 0.136 0.211 0.086 0.032 0.308 0.013 0.020 0.043 0.027 0.075 0.049 79 R 0.215 0.086 0.018 0.014 0.217 0.022 0.050 0.111 0.107 0.091 0.069 80 H 0.230 0.127 0.041 0.024 0.275 0.029 0.040 0.055 0.042 0.067 0.070 81 K 0.169 0.221 0.035 0.020 0.411 0.019 0.022 0.034 0.015 0.023 0.031 82 Q 0.296 0.087 0.013 0.003 0.554 0.001 0.002 0.005 0.003 0.007 0.028 83 I 0.178 0.143 0.009 0.001 0.641 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.017 84 K 0.200 0.098 0.012 0.001 0.603 0.002 0.002 0.006 0.003 0.017 0.057 85 I 0.273 0.180 0.068 0.011 0.362 0.002 0.002 0.017 0.008 0.020 0.058 86 I 0.014 0.023 0.016 0.040 0.028 0.130 0.268 0.286 0.115 0.070 0.010 87 N 0.065 0.241 0.212 0.072 0.133 0.009 0.006 0.019 0.021 0.154 0.067 88 P 0.052 0.245 0.075 0.015 0.203 0.009 0.016 0.106 0.140 0.109 0.031 89 Q 0.070 0.222 0.089 0.004 0.189 0.009 0.037 0.198 0.122 0.040 0.021 90 Q 0.068 0.134 0.040 0.007 0.152 0.015 0.066 0.252 0.112 0.112 0.042 91 I 0.043 0.419 0.214 0.017 0.094 0.006 0.007 0.105 0.023 0.051 0.021 92 P 0.015 0.036 0.013 0.002 0.029 0.002 0.002 0.680 0.195 0.019 0.007 93 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.879 0.100 0.003 0.001 94 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.913 0.067 0.006 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.089 0.006 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.804 0.172 0.011 0.001 97 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 0.811 0.140 0.007 0.001 98 L 0.004 0.007 0.002 0.002 0.007 0.006 0.121 0.640 0.127 0.080 0.003 99 I 0.057 0.197 0.048 0.008 0.174 0.012 0.044 0.175 0.096 0.154 0.035 100 N 0.128 0.087 0.041 0.029 0.118 0.021 0.038 0.160 0.102 0.192 0.086