# TARGET T0175 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0175.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 561 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.004 0.011 0.064 0.156 0.747 2 D 0.042 0.021 0.031 0.142 0.191 0.573 3 I 0.056 0.022 0.058 0.214 0.234 0.416 4 P 0.067 0.016 0.087 0.289 0.256 0.285 5 R 0.072 0.014 0.076 0.304 0.278 0.256 6 I 0.067 0.016 0.078 0.305 0.292 0.242 7 F 0.058 0.015 0.076 0.325 0.291 0.236 8 T 0.060 0.014 0.071 0.323 0.289 0.243 9 I 0.056 0.014 0.080 0.312 0.300 0.237 10 S 0.042 0.013 0.080 0.353 0.283 0.228 11 E 0.026 0.011 0.073 0.365 0.283 0.243 12 S 0.020 0.010 0.076 0.313 0.374 0.207 13 E 0.013 0.007 0.080 0.328 0.381 0.192 14 H 0.014 0.008 0.065 0.293 0.400 0.219 15 R 0.023 0.011 0.060 0.308 0.369 0.229 16 I 0.026 0.015 0.038 0.282 0.293 0.346 17 H 0.022 0.012 0.051 0.349 0.256 0.311 18 N 0.020 0.007 0.053 0.433 0.220 0.267 19 P 0.014 0.005 0.063 0.591 0.160 0.167 20 F 0.011 0.005 0.048 0.565 0.164 0.206 21 T 0.009 0.003 0.027 0.691 0.104 0.167 22 E 0.004 0.001 0.018 0.877 0.045 0.056 23 E 0.003 0.001 0.011 0.895 0.037 0.054 24 K 0.002 0.002 0.009 0.936 0.016 0.034 25 Y 0.001 0.001 0.003 0.983 0.004 0.009 26 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.005 27 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 28 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.004 29 G 0.001 0.001 0.004 0.981 0.010 0.004 30 R 0.001 0.001 0.008 0.961 0.018 0.013 31 V 0.002 0.001 0.012 0.900 0.040 0.046 32 L 0.007 0.007 0.012 0.628 0.084 0.263 33 R 0.009 0.005 0.007 0.037 0.153 0.788 34 M 0.015 0.015 0.008 0.030 0.227 0.706 35 K 0.016 0.021 0.006 0.009 0.846 0.103 36 P 0.018 0.004 0.011 0.008 0.912 0.047 37 G 0.042 0.001 0.007 0.003 0.899 0.048 38 T 0.473 0.015 0.005 0.003 0.444 0.060 39 R 0.872 0.025 0.001 0.002 0.024 0.076 40 I 0.912 0.017 0.003 0.004 0.018 0.047 41 L 0.885 0.006 0.007 0.006 0.030 0.065 42 D 0.815 0.014 0.010 0.006 0.045 0.110 43 L 0.312 0.007 0.015 0.011 0.235 0.419 44 G 0.139 0.021 0.018 0.015 0.388 0.419 45 S 0.030 0.021 0.018 0.030 0.551 0.350 46 G 0.007 0.016 0.036 0.108 0.525 0.309 47 S 0.004 0.009 0.036 0.475 0.302 0.175 48 G 0.001 0.002 0.018 0.654 0.149 0.176 49 E 0.001 0.001 0.006 0.976 0.010 0.007 50 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 56 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 57 D 0.001 0.001 0.004 0.970 0.016 0.010 58 H 0.002 0.004 0.008 0.600 0.121 0.266 59 G 0.002 0.001 0.001 0.003 0.147 0.847 60 I 0.053 0.001 0.002 0.001 0.230 0.712 61 T 0.695 0.006 0.002 0.001 0.086 0.210 62 G 0.957 0.006 0.001 0.001 0.008 0.029 63 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 64 G 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 65 I 0.844 0.005 0.001 0.001 0.027 0.123 66 D 0.300 0.008 0.002 0.002 0.152 0.537 67 M 0.020 0.012 0.007 0.007 0.259 0.695 68 S 0.005 0.006 0.002 0.008 0.115 0.864 69 S 0.001 0.001 0.033 0.929 0.028 0.010 70 L 0.001 0.001 0.012 0.967 0.016 0.005 71 F 0.001 0.001 0.009 0.979 0.009 0.002 72 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 77 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 78 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.004 79 A 0.001 0.001 0.003 0.983 0.010 0.004 80 E 0.001 0.001 0.010 0.965 0.017 0.007 81 E 0.001 0.001 0.011 0.958 0.017 0.014 82 L 0.001 0.001 0.010 0.916 0.023 0.050 83 G 0.003 0.002 0.005 0.044 0.113 0.833 84 V 0.012 0.008 0.017 0.023 0.310 0.630 85 S 0.038 0.015 0.051 0.044 0.578 0.273 86 E 0.051 0.014 0.127 0.077 0.597 0.133 87 R 0.164 0.006 0.032 0.020 0.423 0.355 88 V 0.626 0.011 0.011 0.010 0.133 0.209 89 H 0.865 0.004 0.002 0.005 0.031 0.092 90 F 0.927 0.010 0.002 0.005 0.013 0.043 91 I 0.871 0.006 0.003 0.005 0.030 0.084 92 H 0.802 0.007 0.006 0.008 0.059 0.118 93 N 0.366 0.008 0.011 0.012 0.213 0.390 94 D 0.232 0.021 0.021 0.014 0.380 0.333 95 A 0.048 0.008 0.476 0.051 0.334 0.084 96 A 0.043 0.010 0.518 0.062 0.273 0.093 97 G 0.060 0.010 0.517 0.080 0.240 0.093 98 Y 0.058 0.010 0.110 0.077 0.392 0.354 99 V 0.047 0.020 0.087 0.053 0.384 0.409 100 A 0.046 0.027 0.094 0.061 0.429 0.343 101 N 0.032 0.009 0.156 0.058 0.481 0.264 102 E 0.026 0.010 0.107 0.052 0.492 0.313 103 K 0.069 0.007 0.062 0.018 0.509 0.335 104 C 0.214 0.022 0.014 0.007 0.464 0.280 105 D 0.286 0.003 0.007 0.002 0.250 0.452 106 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 107 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 108 A 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 109 C 0.915 0.002 0.001 0.004 0.007 0.070 110 V 0.193 0.003 0.029 0.024 0.092 0.659 111 G 0.049 0.006 0.424 0.236 0.174 0.111 112 A 0.013 0.003 0.609 0.203 0.146 0.027 113 T 0.010 0.005 0.556 0.325 0.092 0.012 114 W 0.010 0.004 0.485 0.372 0.104 0.026 115 I 0.011 0.003 0.175 0.297 0.253 0.261 116 A 0.002 0.005 0.025 0.075 0.335 0.559 117 G 0.002 0.006 0.107 0.123 0.431 0.331 118 G 0.004 0.015 0.064 0.085 0.456 0.376 119 F 0.001 0.001 0.111 0.794 0.081 0.013 120 A 0.001 0.001 0.023 0.921 0.044 0.012 121 G 0.001 0.001 0.020 0.951 0.021 0.007 122 A 0.001 0.001 0.009 0.980 0.006 0.002 123 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 124 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 125 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 127 A 0.001 0.001 0.023 0.971 0.005 0.001 128 Q 0.001 0.001 0.035 0.932 0.023 0.009 129 S 0.009 0.001 0.052 0.768 0.086 0.083 130 L 0.071 0.125 0.014 0.276 0.139 0.375 131 K 0.084 0.083 0.007 0.033 0.744 0.049 132 P 0.026 0.002 0.010 0.013 0.908 0.042 133 G 0.034 0.001 0.003 0.001 0.922 0.039 134 G 0.688 0.007 0.001 0.001 0.275 0.029 135 I 0.953 0.004 0.001 0.001 0.006 0.037 136 M 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 137 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 138 I 0.968 0.002 0.001 0.001 0.007 0.023 139 G 0.774 0.002 0.002 0.004 0.059 0.159 140 E 0.579 0.008 0.005 0.008 0.140 0.258 141 P 0.363 0.023 0.011 0.016 0.220 0.367 142 Y 0.217 0.029 0.020 0.024 0.369 0.340 143 W 0.123 0.013 0.070 0.062 0.464 0.269 144 R 0.058 0.011 0.097 0.091 0.500 0.243 145 Q 0.043 0.011 0.114 0.139 0.470 0.223 146 L 0.031 0.012 0.072 0.169 0.396 0.320 147 P 0.026 0.011 0.057 0.218 0.327 0.362 148 A 0.023 0.009 0.080 0.312 0.306 0.269 149 T 0.025 0.009 0.074 0.376 0.281 0.235 150 E 0.035 0.007 0.075 0.408 0.250 0.225 151 E 0.058 0.009 0.070 0.446 0.222 0.195 152 I 0.091 0.010 0.076 0.452 0.202 0.170 153 A 0.123 0.013 0.085 0.497 0.153 0.128 154 Q 0.143 0.010 0.098 0.491 0.135 0.122 155 A 0.155 0.008 0.089 0.491 0.133 0.124 156 C 0.143 0.007 0.066 0.494 0.133 0.156 157 G 0.143 0.012 0.039 0.401 0.158 0.246 158 V 0.180 0.019 0.034 0.245 0.195 0.327 159 S 0.128 0.017 0.032 0.146 0.271 0.406 160 S 0.084 0.019 0.041 0.093 0.328 0.434 161 T 0.049 0.016 0.089 0.069 0.516 0.260 162 S 0.039 0.009 0.117 0.050 0.560 0.224 163 D 0.046 0.009 0.095 0.046 0.543 0.260 164 F 0.070 0.027 0.039 0.037 0.424 0.404 165 L 0.045 0.043 0.010 0.034 0.233 0.635 166 T 0.019 0.012 0.004 0.034 0.119 0.813 167 L 0.001 0.001 0.031 0.903 0.035 0.030 168 P 0.001 0.001 0.019 0.941 0.028 0.011 169 G 0.001 0.001 0.013 0.969 0.013 0.005 170 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 171 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 172 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 174 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 175 D 0.001 0.001 0.009 0.978 0.010 0.003 176 D 0.001 0.001 0.012 0.922 0.040 0.025 177 L 0.003 0.001 0.010 0.743 0.076 0.168 178 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.063 0.925 179 Y 0.093 0.005 0.001 0.002 0.079 0.821 180 D 0.535 0.006 0.001 0.002 0.067 0.389 181 V 0.838 0.008 0.003 0.002 0.036 0.112 182 V 0.860 0.002 0.003 0.002 0.027 0.105 183 E 0.824 0.004 0.004 0.004 0.041 0.124 184 M 0.776 0.012 0.006 0.008 0.062 0.135 185 V 0.639 0.008 0.008 0.011 0.100 0.235 186 L 0.503 0.017 0.018 0.021 0.171 0.270 187 A 0.292 0.033 0.040 0.045 0.256 0.334 188 D 0.165 0.021 0.049 0.065 0.303 0.397 189 Q 0.069 0.010 0.145 0.152 0.396 0.228 190 E 0.040 0.011 0.133 0.192 0.394 0.229 191 G 0.024 0.010 0.112 0.222 0.381 0.251 192 W 0.012 0.006 0.189 0.362 0.296 0.135 193 D 0.006 0.004 0.203 0.398 0.273 0.115 194 R 0.004 0.003 0.190 0.449 0.247 0.107 195 Y 0.005 0.006 0.098 0.478 0.243 0.170 196 E 0.007 0.006 0.051 0.496 0.199 0.241 197 A 0.008 0.004 0.057 0.621 0.160 0.150 198 A 0.008 0.004 0.083 0.688 0.128 0.090 199 K 0.010 0.004 0.078 0.730 0.107 0.071 200 W 0.011 0.002 0.070 0.778 0.083 0.056 201 L 0.011 0.003 0.047 0.765 0.086 0.089 202 T 0.008 0.003 0.025 0.814 0.050 0.101 203 M 0.004 0.001 0.010 0.912 0.026 0.046 204 R 0.003 0.001 0.011 0.931 0.026 0.029 205 R 0.002 0.001 0.015 0.937 0.027 0.018 206 W 0.003 0.001 0.015 0.926 0.034 0.021 207 L 0.002 0.001 0.024 0.910 0.043 0.021 208 E 0.001 0.001 0.023 0.867 0.071 0.037 209 A 0.002 0.001 0.020 0.708 0.124 0.145 210 N 0.002 0.004 0.030 0.490 0.220 0.253 211 P 0.003 0.003 0.050 0.498 0.283 0.163 212 D 0.003 0.002 0.042 0.578 0.218 0.157 213 D 0.007 0.003 0.034 0.580 0.181 0.196 214 D 0.013 0.003 0.019 0.743 0.101 0.120 215 F 0.015 0.003 0.017 0.821 0.057 0.087 216 A 0.015 0.002 0.013 0.897 0.032 0.041 217 A 0.015 0.001 0.012 0.914 0.025 0.033 218 E 0.014 0.001 0.009 0.913 0.023 0.039 219 V 0.010 0.001 0.005 0.917 0.022 0.046 220 R 0.007 0.001 0.005 0.901 0.029 0.056 221 A 0.005 0.001 0.008 0.869 0.042 0.075 222 E 0.003 0.001 0.015 0.885 0.045 0.051 223 L 0.003 0.001 0.037 0.780 0.095 0.082 224 N 0.003 0.001 0.050 0.685 0.150 0.111 225 I 0.003 0.002 0.036 0.488 0.204 0.267 226 A 0.003 0.003 0.013 0.283 0.223 0.475 227 P 0.004 0.002 0.017 0.331 0.217 0.428 228 K 0.006 0.001 0.026 0.684 0.137 0.145 229 R 0.014 0.003 0.037 0.778 0.092 0.076 230 Y 0.032 0.006 0.033 0.834 0.047 0.047 231 V 0.015 0.001 0.014 0.939 0.015 0.017 232 T 0.012 0.001 0.012 0.954 0.011 0.010 233 Y 0.009 0.001 0.009 0.961 0.009 0.011 234 A 0.005 0.001 0.007 0.971 0.006 0.011 235 R 0.003 0.001 0.009 0.974 0.005 0.008 236 E 0.002 0.001 0.013 0.972 0.006 0.006 237 C 0.002 0.001 0.008 0.964 0.009 0.016 238 F 0.002 0.001 0.013 0.936 0.018 0.030 239 G 0.001 0.001 0.012 0.954 0.018 0.015 240 W 0.002 0.001 0.019 0.935 0.024 0.019 241 G 0.004 0.002 0.024 0.934 0.022 0.014 242 V 0.006 0.001 0.031 0.929 0.022 0.011 243 F 0.006 0.001 0.046 0.903 0.030 0.014 244 A 0.009 0.001 0.046 0.889 0.036 0.018 245 L 0.037 0.005 0.068 0.770 0.064 0.057 246 I 0.074 0.018 0.037 0.594 0.083 0.194 247 A 0.056 0.015 0.025 0.387 0.063 0.454 248 R 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.975