# TARGET T0175 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0175.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 561 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 D 0.049 0.031 0.010 0.059 0.005 0.044 0.802 3 I 0.047 0.015 0.030 0.108 0.249 0.120 0.431 4 P 0.061 0.010 0.056 0.163 0.179 0.160 0.371 5 R 0.074 0.014 0.072 0.203 0.156 0.142 0.339 6 I 0.079 0.015 0.068 0.205 0.180 0.109 0.343 7 F 0.083 0.018 0.084 0.238 0.129 0.122 0.327 8 T 0.074 0.018 0.085 0.330 0.105 0.141 0.248 9 I 0.056 0.019 0.093 0.327 0.112 0.145 0.248 10 S 0.042 0.015 0.095 0.329 0.100 0.192 0.226 11 E 0.028 0.015 0.080 0.330 0.137 0.178 0.231 12 S 0.021 0.011 0.079 0.283 0.151 0.156 0.299 13 E 0.016 0.009 0.092 0.248 0.116 0.272 0.247 14 H 0.015 0.011 0.104 0.210 0.148 0.275 0.237 15 R 0.017 0.011 0.089 0.215 0.201 0.171 0.295 16 I 0.018 0.014 0.072 0.245 0.127 0.186 0.337 17 H 0.012 0.011 0.070 0.293 0.151 0.128 0.335 18 N 0.009 0.008 0.050 0.352 0.155 0.088 0.339 19 P 0.005 0.004 0.070 0.628 0.057 0.124 0.112 20 F 0.003 0.003 0.059 0.659 0.043 0.104 0.130 21 T 0.003 0.002 0.023 0.790 0.030 0.038 0.115 22 E 0.002 0.001 0.009 0.924 0.013 0.022 0.030 23 E 0.002 0.001 0.005 0.952 0.008 0.015 0.017 24 K 0.001 0.001 0.003 0.970 0.003 0.013 0.009 25 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.006 0.004 26 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.003 27 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 28 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 29 G 0.001 0.001 0.004 0.980 0.003 0.011 0.002 30 R 0.001 0.001 0.007 0.931 0.003 0.056 0.002 31 V 0.001 0.001 0.015 0.853 0.008 0.115 0.008 32 L 0.004 0.003 0.021 0.470 0.111 0.277 0.115 33 R 0.008 0.006 0.017 0.059 0.044 0.547 0.319 34 M 0.003 0.008 0.005 0.005 0.048 0.014 0.917 35 K 0.008 0.005 0.016 0.002 0.034 0.016 0.920 36 P 0.002 0.002 0.044 0.002 0.145 0.780 0.026 37 G 0.006 0.001 0.037 0.001 0.068 0.854 0.034 38 T 0.182 0.016 0.007 0.001 0.067 0.009 0.717 39 R 0.799 0.031 0.001 0.001 0.023 0.003 0.142 40 I 0.939 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.044 41 L 0.946 0.002 0.002 0.003 0.005 0.004 0.038 42 D 0.945 0.003 0.002 0.002 0.008 0.003 0.037 43 L 0.750 0.007 0.008 0.007 0.034 0.014 0.179 44 G 0.409 0.011 0.020 0.023 0.134 0.034 0.369 45 S 0.172 0.013 0.048 0.052 0.162 0.108 0.443 46 G 0.034 0.029 0.075 0.080 0.191 0.254 0.336 47 S 0.021 0.016 0.037 0.216 0.264 0.238 0.208 48 G 0.009 0.005 0.010 0.468 0.196 0.054 0.259 49 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.006 0.007 0.006 50 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.003 51 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 52 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 53 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 54 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 55 A 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.013 0.002 56 R 0.001 0.001 0.007 0.930 0.003 0.057 0.003 57 D 0.001 0.001 0.012 0.798 0.014 0.164 0.011 58 H 0.001 0.005 0.021 0.387 0.111 0.393 0.081 59 G 0.005 0.002 0.005 0.011 0.053 0.565 0.359 60 I 0.018 0.002 0.001 0.001 0.082 0.004 0.892 61 T 0.407 0.006 0.001 0.001 0.233 0.003 0.350 62 G 0.924 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.067 63 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 64 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 65 I 0.915 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.076 66 D 0.485 0.006 0.002 0.001 0.073 0.006 0.427 67 M 0.029 0.005 0.003 0.003 0.210 0.014 0.737 68 S 0.003 0.002 0.001 0.003 0.132 0.003 0.856 69 S 0.001 0.001 0.034 0.916 0.016 0.029 0.006 70 L 0.001 0.001 0.012 0.969 0.006 0.011 0.003 71 F 0.001 0.001 0.006 0.985 0.002 0.006 0.002 72 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 77 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 79 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.004 80 E 0.001 0.001 0.007 0.971 0.002 0.017 0.003 81 E 0.001 0.001 0.011 0.886 0.004 0.095 0.003 82 L 0.001 0.001 0.008 0.335 0.021 0.627 0.008 83 G 0.001 0.002 0.005 0.049 0.052 0.820 0.072 84 V 0.008 0.014 0.013 0.013 0.048 0.036 0.868 85 S 0.049 0.014 0.110 0.020 0.167 0.128 0.512 86 E 0.034 0.006 0.132 0.020 0.291 0.419 0.098 87 R 0.155 0.012 0.052 0.010 0.208 0.244 0.320 88 V 0.716 0.008 0.001 0.002 0.014 0.004 0.254 89 H 0.935 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.045 90 F 0.964 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 91 I 0.951 0.003 0.002 0.005 0.003 0.002 0.033 92 H 0.859 0.008 0.003 0.011 0.022 0.007 0.090 93 N 0.437 0.006 0.015 0.026 0.133 0.050 0.333 94 D 0.160 0.014 0.033 0.036 0.217 0.083 0.457 95 A 0.048 0.013 0.311 0.111 0.107 0.147 0.264 96 A 0.029 0.008 0.356 0.073 0.089 0.327 0.117 97 G 0.017 0.017 0.366 0.069 0.154 0.211 0.166 98 Y 0.011 0.028 0.069 0.041 0.421 0.049 0.381 99 V 0.009 0.009 0.043 0.035 0.136 0.120 0.649 100 A 0.008 0.024 0.120 0.049 0.093 0.217 0.490 101 N 0.007 0.006 0.217 0.036 0.119 0.196 0.419 102 E 0.016 0.013 0.193 0.052 0.257 0.268 0.201 103 K 0.055 0.026 0.088 0.043 0.198 0.236 0.354 104 C 0.063 0.004 0.001 0.005 0.071 0.005 0.851 105 D 0.275 0.001 0.001 0.006 0.568 0.003 0.146 106 V 0.968 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 107 A 0.988 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 108 A 0.981 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 109 C 0.867 0.002 0.002 0.012 0.012 0.010 0.095 110 V 0.346 0.004 0.038 0.051 0.200 0.069 0.291 111 G 0.127 0.007 0.155 0.142 0.245 0.108 0.217 112 A 0.080 0.036 0.319 0.208 0.086 0.102 0.168 113 T 0.111 0.025 0.334 0.254 0.069 0.117 0.091 114 W 0.120 0.013 0.243 0.219 0.106 0.204 0.094 115 I 0.073 0.015 0.145 0.205 0.143 0.257 0.161 116 A 0.034 0.012 0.044 0.089 0.320 0.124 0.377 117 G 0.016 0.010 0.038 0.050 0.382 0.176 0.328 118 G 0.009 0.014 0.020 0.076 0.312 0.090 0.479 119 F 0.001 0.001 0.035 0.819 0.036 0.031 0.076 120 A 0.001 0.001 0.011 0.969 0.004 0.013 0.004 121 G 0.001 0.001 0.007 0.981 0.002 0.009 0.002 122 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 123 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 124 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 125 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 126 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.008 0.002 127 A 0.001 0.001 0.045 0.929 0.001 0.022 0.002 128 Q 0.002 0.001 0.049 0.798 0.003 0.145 0.002 129 S 0.011 0.007 0.082 0.300 0.016 0.556 0.029 130 L 0.078 0.013 0.001 0.010 0.243 0.025 0.628 131 K 0.168 0.001 0.001 0.001 0.435 0.007 0.387 132 P 0.599 0.078 0.009 0.002 0.047 0.197 0.068 133 G 0.649 0.001 0.006 0.001 0.024 0.277 0.042 134 G 0.936 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.056 135 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 136 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 137 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 138 I 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 139 G 0.910 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.070 140 E 0.640 0.009 0.008 0.006 0.068 0.019 0.250 141 P 0.301 0.011 0.023 0.015 0.179 0.093 0.377 142 Y 0.148 0.030 0.039 0.027 0.208 0.113 0.435 143 W 0.086 0.021 0.078 0.068 0.228 0.174 0.345 144 R 0.058 0.016 0.087 0.093 0.212 0.224 0.311 145 Q 0.041 0.015 0.087 0.131 0.219 0.209 0.299 146 L 0.043 0.012 0.060 0.165 0.195 0.150 0.375 147 P 0.042 0.012 0.054 0.217 0.141 0.122 0.413 148 A 0.038 0.010 0.058 0.287 0.106 0.138 0.363 149 T 0.032 0.008 0.057 0.318 0.091 0.122 0.372 150 E 0.043 0.011 0.059 0.414 0.068 0.111 0.294 151 E 0.063 0.009 0.057 0.456 0.078 0.102 0.235 152 I 0.090 0.011 0.058 0.488 0.069 0.088 0.195 153 A 0.119 0.011 0.061 0.503 0.072 0.071 0.163 154 Q 0.143 0.010 0.069 0.514 0.061 0.067 0.136 155 A 0.140 0.010 0.074 0.506 0.055 0.084 0.132 156 C 0.123 0.011 0.079 0.453 0.068 0.139 0.128 157 G 0.121 0.015 0.063 0.348 0.095 0.170 0.187 158 V 0.111 0.023 0.058 0.231 0.155 0.134 0.289 159 S 0.082 0.023 0.053 0.154 0.196 0.123 0.369 160 S 0.047 0.018 0.074 0.111 0.178 0.164 0.408 161 T 0.032 0.018 0.142 0.082 0.155 0.223 0.348 162 S 0.033 0.011 0.160 0.053 0.173 0.317 0.253 163 D 0.041 0.017 0.134 0.046 0.191 0.230 0.341 164 F 0.039 0.029 0.040 0.037 0.266 0.097 0.492 165 L 0.022 0.042 0.012 0.023 0.263 0.054 0.585 166 T 0.010 0.027 0.002 0.038 0.158 0.012 0.753 167 L 0.001 0.001 0.014 0.939 0.010 0.015 0.021 168 P 0.001 0.001 0.008 0.973 0.003 0.012 0.003 169 G 0.001 0.001 0.008 0.980 0.001 0.008 0.002 170 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 171 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 172 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 174 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.001 175 D 0.001 0.001 0.007 0.971 0.002 0.018 0.002 176 D 0.001 0.001 0.013 0.879 0.008 0.096 0.003 177 L 0.001 0.001 0.012 0.283 0.022 0.675 0.006 178 G 0.002 0.001 0.003 0.008 0.037 0.910 0.039 179 Y 0.085 0.006 0.002 0.003 0.057 0.013 0.834 180 D 0.621 0.014 0.005 0.003 0.050 0.004 0.302 181 V 0.829 0.008 0.005 0.003 0.012 0.002 0.140 182 V 0.884 0.003 0.005 0.004 0.012 0.003 0.089 183 E 0.894 0.004 0.003 0.003 0.013 0.002 0.080 184 M 0.810 0.006 0.006 0.006 0.024 0.009 0.139 185 V 0.696 0.008 0.010 0.013 0.062 0.018 0.193 186 L 0.519 0.016 0.013 0.018 0.094 0.028 0.312 187 A 0.273 0.024 0.028 0.030 0.135 0.054 0.458 188 D 0.182 0.024 0.031 0.029 0.164 0.068 0.502 189 Q 0.078 0.017 0.119 0.125 0.209 0.176 0.276 190 E 0.043 0.014 0.105 0.140 0.212 0.193 0.293 191 G 0.020 0.012 0.117 0.183 0.181 0.171 0.316 192 W 0.010 0.008 0.175 0.297 0.121 0.141 0.248 193 D 0.007 0.005 0.187 0.365 0.093 0.238 0.105 194 R 0.005 0.004 0.148 0.356 0.082 0.288 0.117 195 Y 0.006 0.010 0.085 0.414 0.112 0.143 0.229 196 E 0.008 0.008 0.060 0.494 0.083 0.128 0.218 197 A 0.010 0.004 0.072 0.610 0.073 0.109 0.122 198 A 0.009 0.006 0.085 0.646 0.053 0.094 0.107 199 K 0.008 0.004 0.050 0.758 0.039 0.058 0.084 200 W 0.006 0.003 0.031 0.838 0.020 0.056 0.047 201 L 0.004 0.002 0.016 0.843 0.028 0.067 0.041 202 T 0.002 0.002 0.006 0.878 0.021 0.046 0.044 203 M 0.001 0.001 0.003 0.944 0.015 0.012 0.024 204 R 0.001 0.001 0.002 0.970 0.007 0.009 0.010 205 R 0.001 0.001 0.003 0.971 0.005 0.012 0.008 206 W 0.001 0.001 0.004 0.969 0.005 0.015 0.007 207 L 0.001 0.001 0.005 0.950 0.007 0.030 0.007 208 E 0.001 0.001 0.008 0.818 0.010 0.149 0.012 209 A 0.001 0.001 0.012 0.647 0.032 0.250 0.058 210 N 0.002 0.005 0.026 0.468 0.088 0.151 0.260 211 P 0.002 0.003 0.084 0.516 0.077 0.186 0.133 212 D 0.002 0.002 0.073 0.599 0.077 0.147 0.099 213 D 0.002 0.003 0.044 0.652 0.068 0.106 0.125 214 D 0.004 0.003 0.019 0.791 0.039 0.070 0.073 215 F 0.007 0.002 0.015 0.845 0.021 0.047 0.063 216 A 0.006 0.001 0.007 0.903 0.027 0.024 0.032 217 A 0.008 0.002 0.005 0.927 0.012 0.018 0.029 218 E 0.004 0.001 0.006 0.933 0.010 0.026 0.021 219 V 0.005 0.001 0.005 0.931 0.009 0.031 0.018 220 R 0.004 0.001 0.007 0.916 0.014 0.038 0.020 221 A 0.003 0.001 0.013 0.899 0.012 0.054 0.018 222 E 0.003 0.002 0.024 0.850 0.020 0.061 0.040 223 L 0.003 0.002 0.046 0.800 0.024 0.093 0.031 224 N 0.004 0.001 0.049 0.710 0.029 0.172 0.035 225 I 0.003 0.003 0.039 0.714 0.052 0.117 0.072 226 A 0.003 0.004 0.022 0.641 0.106 0.059 0.164 227 P 0.001 0.001 0.024 0.758 0.041 0.100 0.075 228 K 0.001 0.001 0.027 0.847 0.017 0.091 0.016 229 R 0.002 0.001 0.020 0.863 0.014 0.082 0.018 230 Y 0.003 0.002 0.009 0.930 0.008 0.030 0.019 231 V 0.004 0.001 0.003 0.962 0.010 0.009 0.012 232 T 0.004 0.001 0.004 0.969 0.004 0.011 0.007 233 Y 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.009 0.004 234 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.002 235 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 236 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 237 C 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.002 238 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 239 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 240 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 241 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 242 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 243 F 0.001 0.001 0.002 0.970 0.003 0.020 0.003 244 A 0.001 0.001 0.005 0.932 0.007 0.049 0.007 245 L 0.003 0.002 0.015 0.854 0.021 0.074 0.032 246 I 0.010 0.002 0.047 0.539 0.040 0.296 0.066 247 A 0.005 0.005 0.041 0.247 0.003 0.551 0.147 248 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997