# This file is the result of combining several RDB files, specifically # T0174.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # T0174.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # T0174.t2k.str.rdb (weight 1.53983) # T0174.t2k.alpha.rdb (weight 0.659012) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from T0174.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET T0174 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0174.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from T0174.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET T0174 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0174.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from T0174.t2k.str.rdb # ============================================ # TARGET T0174 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0174.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from T0174.t2k.alpha.rdb # ============================================ # TARGET T0174 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0174.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.0743 0.0359 0.8898 2 Q 0.2278 0.0757 0.6965 3 V 0.2787 0.1255 0.5957 4 E 0.2419 0.1324 0.6257 5 A 0.1760 0.1823 0.6417 6 N 0.1313 0.1677 0.7010 7 S 0.1296 0.2143 0.6561 8 E 0.1660 0.2925 0.5415 9 R 0.2639 0.2450 0.4911 10 R 0.4474 0.1746 0.3780 11 V 0.5838 0.1158 0.3004 12 K 0.6628 0.1043 0.2329 13 I 0.7186 0.0941 0.1873 14 L 0.6164 0.0890 0.2947 15 G 0.5652 0.0523 0.3826 16 I 0.4716 0.0504 0.4780 17 D 0.3538 0.0561 0.5900 18 R 0.1608 0.1842 0.6549 19 S 0.0908 0.1968 0.7124 20 E 0.0636 0.1862 0.7502 21 N 0.0684 0.1124 0.8192 22 S 0.1491 0.0604 0.7905 23 P 0.2582 0.0952 0.6466 24 V 0.5402 0.1213 0.3385 25 L 0.6329 0.1111 0.2561 26 T 0.6359 0.1220 0.2421 27 Y 0.6243 0.1266 0.2491 28 M 0.5345 0.1286 0.3369 29 E 0.4252 0.1235 0.4513 30 T 0.2495 0.1381 0.6123 31 E 0.1243 0.1682 0.7075 32 D 0.0742 0.1477 0.7780 33 D 0.0846 0.0821 0.8333 34 P 0.0316 0.2768 0.6916 35 N 0.0453 0.2556 0.6991 36 F 0.0924 0.2775 0.6301 37 R 0.0914 0.2959 0.6127 38 N 0.0923 0.3291 0.5785 39 S 0.0911 0.3871 0.5218 40 K 0.1193 0.4367 0.4440 41 L 0.1498 0.4468 0.4034 42 A 0.1597 0.3687 0.4716 43 A 0.1604 0.3016 0.5380 44 A 0.1590 0.1609 0.6801 45 P 0.1603 0.2008 0.6389 46 H 0.2426 0.2067 0.5506 47 T 0.4368 0.1795 0.3837 48 V 0.5505 0.1682 0.2813 49 H 0.5698 0.1686 0.2616 50 M 0.5032 0.1880 0.3088 51 M 0.3619 0.2157 0.4224 52 D 0.2276 0.2354 0.5370 53 S 0.1211 0.2804 0.5985 54 G 0.1557 0.2195 0.6248 55 F 0.3585 0.2262 0.4154 56 L 0.4849 0.2191 0.2960 57 A 0.4971 0.2203 0.2827 58 I 0.4292 0.2579 0.3129 59 N 0.3133 0.2869 0.3998 60 R 0.1847 0.4759 0.3394 61 Q 0.2417 0.4233 0.3350 62 C 0.3510 0.3424 0.3066 63 L 0.4261 0.2748 0.2992 64 V 0.3947 0.2616 0.3436 65 K 0.2279 0.2650 0.5071 66 G 0.1501 0.2372 0.6127 67 K 0.2518 0.2741 0.4741 68 A 0.4615 0.2256 0.3129 69 I 0.5146 0.2224 0.2630 70 L 0.5127 0.2047 0.2826 71 A 0.3920 0.1812 0.4268 72 R 0.2602 0.1355 0.6043 73 E 0.1700 0.0615 0.7685 74 P 0.1241 0.0936 0.7824 75 K 0.0973 0.1532 0.7495 76 S 0.0830 0.1696 0.7474 77 S 0.0621 0.2195 0.7184 78 N 0.0637 0.2502 0.6861 79 E 0.0758 0.3946 0.5296 80 H 0.1072 0.4305 0.4624 81 M 0.1237 0.4758 0.4005 82 I 0.0907 0.5413 0.3680 83 D 0.0611 0.5230 0.4159 84 D 0.0535 0.4537 0.4928 85 L 0.0765 0.2724 0.6511 86 P 0.0640 0.3236 0.6125 87 K 0.0475 0.4297 0.5229 88 H 0.0519 0.4233 0.5248 89 A 0.0518 0.4177 0.5305 90 H 0.0513 0.4118 0.5368 91 D 0.0527 0.4269 0.5204 92 Q 0.0358 0.5893 0.3749 93 H 0.0529 0.6034 0.3437 94 T 0.0589 0.7302 0.2109 95 L 0.0464 0.8286 0.1249 96 S 0.0414 0.8540 0.1046 97 I 0.0293 0.8779 0.0928 98 L 0.0220 0.8828 0.0953 99 R 0.0148 0.8950 0.0902 100 D 0.0153 0.8680 0.1167 101 F 0.0158 0.8501 0.1341 102 I 0.0201 0.8302 0.1497 103 D 0.0208 0.7473 0.2319 104 Q 0.0276 0.6740 0.2984 105 L 0.0958 0.4980 0.4062 106 K 0.1385 0.3872 0.4742 107 L 0.1857 0.3390 0.4753 108 H 0.1806 0.2780 0.5414 109 N 0.2394 0.1971 0.5635 110 V 0.4569 0.1332 0.4099 111 Y 0.5947 0.1122 0.2931 112 E 0.6696 0.0882 0.2422 113 I 0.6099 0.0853 0.3048 114 N 0.5373 0.0765 0.3862 115 F 0.4501 0.1071 0.4428 116 Y 0.3366 0.0914 0.5720 117 D 0.2388 0.0694 0.6918 118 P 0.1470 0.1738 0.6792 119 L 0.1410 0.1900 0.6690 120 D 0.0857 0.1878 0.7265 121 S 0.0503 0.2599 0.6898 122 S 0.0543 0.2236 0.7221 123 G 0.0694 0.1812 0.7494 124 K 0.1522 0.2750 0.5728 125 L 0.3164 0.3266 0.3571 126 A 0.3124 0.3841 0.3034 127 V 0.2530 0.5321 0.2149 128 I 0.1443 0.6790 0.1767 129 P 0.0713 0.8254 0.1033 130 M 0.0542 0.8663 0.0795 131 L 0.0508 0.8785 0.0707 132 I 0.0414 0.8903 0.0682 133 A 0.0384 0.8870 0.0746 134 L 0.0338 0.8830 0.0832 135 W 0.0274 0.8847 0.0879 136 K 0.0233 0.8705 0.1062 137 C 0.0314 0.8366 0.1320 138 M 0.0503 0.7682 0.1816 139 L 0.0706 0.6374 0.2920 140 A 0.0648 0.5219 0.4134 141 S 0.0617 0.3929 0.5454 142 E 0.0534 0.4176 0.5290 143 T 0.0676 0.4067 0.5257 144 D 0.0722 0.4170 0.5108 145 I 0.0643 0.4692 0.4665 146 C 0.0752 0.4108 0.5139 147 D 0.0430 0.5029 0.4541 148 Q 0.0145 0.8190 0.1664 149 E 0.0155 0.8578 0.1267 150 V 0.0137 0.8850 0.1013 151 L 0.0110 0.8956 0.0934 152 K 0.0091 0.9002 0.0907 153 S 0.0096 0.8878 0.1026 154 I 0.0112 0.8763 0.1125 155 M 0.0161 0.8577 0.1262 156 N 0.0185 0.8204 0.1611 157 S 0.0299 0.7990 0.1711 158 V 0.0537 0.8025 0.1437 159 I 0.0998 0.7504 0.1498 160 A 0.1404 0.6754 0.1841 161 K 0.1774 0.5847 0.2380 162 F 0.2810 0.4366 0.2825 163 E 0.3502 0.3423 0.3075 164 L 0.3820 0.2567 0.3613 165 Q 0.4218 0.1549 0.4233 166 I 0.3781 0.0911 0.5308 167 P 0.2852 0.0783 0.6366 168 C 0.2569 0.1260 0.6171 169 K 0.1839 0.2250 0.5912 170 N 0.1944 0.2533 0.5523 171 A 0.3174 0.2474 0.4352 172 V 0.4919 0.2076 0.3005 173 I 0.4985 0.2288 0.2726 174 D 0.4689 0.2244 0.3067 175 A 0.3871 0.2658 0.3471 176 T 0.3832 0.2269 0.3899 177 L 0.3238 0.2015 0.4748 178 S 0.1929 0.1422 0.6650 179 G 0.1230 0.1104 0.7665 180 S 0.1687 0.1009 0.7304 181 R 0.2606 0.1701 0.5693 182 E 0.3607 0.1742 0.4651 183 E 0.5601 0.1173 0.3226 184 V 0.7106 0.0607 0.2287 185 H 0.8020 0.0412 0.1568 186 I 0.8394 0.0367 0.1240 187 I 0.8272 0.0355 0.1374 188 A 0.6605 0.0591 0.2805 189 E 0.3569 0.1085 0.5346 190 D 0.1516 0.0887 0.7597 191 G 0.1513 0.0856 0.7631 192 S 0.2786 0.0956 0.6259 193 L 0.3706 0.1331 0.4963 194 E 0.2856 0.1638 0.5506 195 N 0.1738 0.1447 0.6815 196 S 0.0994 0.1515 0.7491 197 N 0.0942 0.1092 0.7966 198 G 0.1280 0.0974 0.7746 199 T 0.2263 0.1175 0.6562 200 T 0.3094 0.1976 0.4930 201 E 0.2705 0.2845 0.4450 202 H 0.2762 0.2693 0.4545 203 F 0.2565 0.2510 0.4925 204 N 0.2516 0.1984 0.5500 205 K 0.1955 0.2403 0.5642 206 K 0.1970 0.2146 0.5885 207 H 0.2360 0.1322 0.6318 208 D 0.3256 0.0908 0.5836 209 L 0.6757 0.0420 0.2823 210 V 0.8078 0.0302 0.1621 211 F 0.8381 0.0263 0.1356 212 V 0.7390 0.0403 0.2207 213 K 0.5291 0.0629 0.4081 214 T 0.3064 0.0992 0.5944 215 D 0.2505 0.0743 0.6752 216 L 0.1970 0.0579 0.7451 217 H 0.1152 0.0390 0.8458 218 P 0.0380 0.4388 0.5233 219 E 0.0247 0.4706 0.5047 220 D 0.0491 0.4474 0.5035 221 F 0.0944 0.2149 0.6908 222 T 0.0894 0.1476 0.7629 223 P 0.0506 0.4406 0.5087 224 Q 0.0540 0.4292 0.5168 225 M 0.0899 0.3376 0.5725 226 F 0.1017 0.1839 0.7144 227 P 0.0464 0.4055 0.5481 228 S 0.0310 0.5630 0.4060 229 Q 0.0204 0.7108 0.2689 230 A 0.0266 0.7243 0.2492 231 K 0.0233 0.7637 0.2130 232 A 0.0259 0.8062 0.1679 233 K 0.0285 0.8105 0.1610 234 L 0.0337 0.8102 0.1561 235 L 0.0346 0.8071 0.1584 236 R 0.0284 0.7976 0.1741 237 D 0.0284 0.7535 0.2181 238 A 0.0280 0.6878 0.2842 239 F 0.0496 0.4984 0.4520 240 N 0.0476 0.3008 0.6516 241 N 0.0498 0.2445 0.7058 242 E 0.0347 0.4022 0.5631 243 E 0.0417 0.4032 0.5551 244 D 0.0494 0.3674 0.5832 245 E 0.0331 0.4813 0.4856 246 D 0.0335 0.4349 0.5315 247 T 0.0483 0.3975 0.5542 248 F 0.0734 0.3130 0.6136 249 P 0.0449 0.4655 0.4896 250 D 0.0568 0.4821 0.4611 251 I 0.1421 0.4815 0.3764 252 L 0.2421 0.4118 0.3461 253 V 0.2304 0.4026 0.3670 254 P 0.1793 0.5422 0.2785 255 A 0.1360 0.6294 0.2345 256 Y 0.1854 0.5652 0.2493 257 M 0.2122 0.5011 0.2866 258 T 0.2075 0.4216 0.3709 259 A 0.1355 0.4472 0.4173 260 H 0.1202 0.3606 0.5192 261 S 0.1051 0.3308 0.5641 262 K 0.0818 0.3705 0.5477 263 N 0.1031 0.3007 0.5963 264 R 0.1907 0.2710 0.5384 265 V 0.2957 0.2041 0.5001 266 R 0.2842 0.1928 0.5230 267 Q 0.2416 0.2733 0.4851 268 E 0.1759 0.2670 0.5572 269 D 0.2178 0.2013 0.5809 270 Y 0.3597 0.1550 0.4853 271 T 0.4975 0.1405 0.3620 272 C 0.5932 0.1359 0.2709 273 L 0.5778 0.1595 0.2627 274 E 0.6113 0.1411 0.2475 275 V 0.5671 0.1438 0.2891 276 E 0.4923 0.1557 0.3521 277 F 0.2946 0.2650 0.4404 278 D 0.1583 0.3075 0.5342 279 S 0.1015 0.4561 0.4424 280 Q 0.0818 0.6320 0.2862 281 V 0.1096 0.6690 0.2215 282 A 0.0850 0.7140 0.2010 283 L 0.0439 0.8179 0.1382 284 E 0.0386 0.8266 0.1347 285 K 0.0323 0.8152 0.1525 286 L 0.0404 0.7557 0.2038 287 M 0.0480 0.6651 0.2870 288 N 0.0453 0.5254 0.4293 289 E 0.0394 0.5075 0.4531 290 H 0.0657 0.4479 0.4865 291 E 0.0965 0.4076 0.4958 292 Q 0.1556 0.3467 0.4977 293 V 0.2040 0.2494 0.5466 294 E 0.1671 0.2223 0.6107 295 G 0.2328 0.1537 0.6135 296 F 0.4683 0.0982 0.4335 297 E 0.6561 0.0651 0.2787 298 V 0.6379 0.0751 0.2870 299 Q 0.4825 0.0866 0.4309 300 Q 0.2819 0.1254 0.5927 301 G 0.2151 0.0830 0.7018 302 G 0.5005 0.0541 0.4454 303 I 0.7853 0.0318 0.1829 304 L 0.8441 0.0353 0.1205 305 V 0.8152 0.0537 0.1312 306 A 0.7861 0.0535 0.1604 307 L 0.6358 0.0852 0.2790 308 K 0.4369 0.1099 0.4532 309 K 0.1971 0.1904 0.6125 310 D 0.1030 0.2257 0.6713 311 S 0.1016 0.2743 0.6241 312 F 0.1080 0.2852 0.6069 313 F 0.0979 0.2656 0.6365 314 D 0.0579 0.3335 0.6086 315 D 0.0141 0.7770 0.2090 316 E 0.0154 0.8277 0.1569 317 L 0.0155 0.8668 0.1177 318 I 0.0184 0.8832 0.0984 319 E 0.0196 0.8896 0.0908 320 K 0.0243 0.8803 0.0954 321 I 0.0406 0.8670 0.0924 322 A 0.0516 0.8594 0.0889 323 I 0.0753 0.8341 0.0906 324 A 0.0978 0.7873 0.1148 325 I 0.1430 0.6922 0.1648 326 A 0.1865 0.5482 0.2653 327 T 0.1524 0.4643 0.3833 328 E 0.1215 0.4197 0.4589 329 S 0.1194 0.3546 0.5260 330 R 0.1240 0.3529 0.5231 331 Q 0.1432 0.3201 0.5366 332 S 0.2109 0.2638 0.5253 333 V 0.2470 0.2877 0.4653 334 S 0.2473 0.2896 0.4631 335 S 0.3284 0.2759 0.3958 336 V 0.3910 0.2548 0.3542 337 S 0.4588 0.2104 0.3309 338 F 0.4027 0.3256 0.2717 339 D 0.3488 0.3577 0.2936 340 L 0.3034 0.4502 0.2464 341 L 0.3451 0.3543 0.3006 342 K 0.3495 0.2780 0.3725 343 L 0.2446 0.2049 0.5506 344 G 0.1170 0.0723 0.8106 345 P 0.0519 0.1208 0.8272 346 G 0.0707 0.0965 0.8328 347 A 0.2154 0.1177 0.6669 348 S 0.3838 0.1405 0.4757 349 L 0.5688 0.1867 0.2445 350 V 0.6169 0.1683 0.2148 351 T 0.5954 0.1677 0.2369 352 L 0.4737 0.2257 0.3005 353 A 0.2715 0.2728 0.4557 354 N 0.1481 0.2266 0.6253 355 S 0.1339 0.2106 0.6554 356 R 0.1736 0.1844 0.6420 357 R 0.1920 0.1497 0.6583 358 F 0.1826 0.0893 0.7281 359 E 0.1380 0.0641 0.7978 360 P 0.1115 0.2095 0.6790 361 E 0.2005 0.1891 0.6104 362 C 0.4827 0.0769 0.4404 363 R 0.7019 0.0417 0.2564 364 V 0.8494 0.0189 0.1317 365 V 0.8726 0.0140 0.1134 366 L 0.8429 0.0147 0.1425 367 Q 0.8508 0.0104 0.1388 368 I 0.8271 0.0093 0.1636 369 E 0.7896 0.0077 0.2027 370 V 0.6876 0.0124 0.3000 371 K 0.5630 0.0131 0.4240 372 P 0.4656 0.0135 0.5208 373 V 0.3048 0.0216 0.6735 374 S 0.1538 0.0229 0.8234 375 P 0.0700 0.1010 0.8291 376 G 0.0547 0.0928 0.8525 377 E 0.1405 0.0919 0.7676 378 T 0.1877 0.0933 0.7191 379 S 0.1650 0.1180 0.7170 380 S 0.1184 0.1775 0.7041 381 E 0.0912 0.1938 0.7151 382 G 0.1133 0.1602 0.7265 383 I 0.1869 0.1550 0.6581 384 S 0.1642 0.1668 0.6690 385 D 0.1039 0.2734 0.6227 386 E 0.0730 0.4138 0.5132 387 H 0.0902 0.4086 0.5012 388 H 0.1095 0.3874 0.5032 389 Y 0.0994 0.4424 0.4582 390 E 0.0959 0.4815 0.4226 391 E 0.0934 0.4494 0.4573 392 Y 0.0859 0.3153 0.5988 393 D 0.0729 0.2169 0.7102 394 E 0.0255 0.5642 0.4102 395 D 0.0277 0.5472 0.4251 396 D 0.0381 0.5511 0.4107 397 I 0.0540 0.6018 0.3442 398 M 0.0556 0.5920 0.3524 399 E 0.0500 0.5802 0.3698 400 E 0.0460 0.5870 0.3670 401 E 0.0498 0.5202 0.4300 402 E 0.0520 0.4644 0.4836 403 A 0.0683 0.2739 0.6578 404 P 0.0502 0.3396 0.6102 405 S 0.0580 0.3815 0.5605 406 A 0.0632 0.4128 0.5240 407 R 0.0784 0.3686 0.5530 408 Q 0.0738 0.3548 0.5714 409 D 0.0668 0.2972 0.6360 410 D 0.0681 0.2828 0.6491 411 T 0.0797 0.2808 0.6395 412 Y 0.0959 0.2757 0.6284 413 D 0.0806 0.2548 0.6646 414 E 0.0522 0.3211 0.6267 415 D 0.0597 0.2709 0.6694 416 E 0.0575 0.1959 0.7465 417 E 0.0345 0.0555 0.9100