PFRMAT SS
TARGET T0174
METHOD Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net
METHOD This is a 4-layer network, with 
METHOD	window	units
METHOD	    5	   15
METHOD	    7	   15
METHOD	    9	   15
METHOD	   13	   11 (1 ABCDEFGHIST )
METHOD The input amino acid frequencies were determined from
METHOD alignment T0174.t2k-thin90.a2m.gz
METHOD with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1)
METHOD Counts were regularized to probabilities using
METHOD /projects/compbio/lib/recode3.20comp
METHOD Total sequence weight for alignment was 1
METHOD
MODEL 1
M E 0.281
Q E 0.317
V E 0.269
E E 0.268
A H 0.207
N H 0.174
S H 0.262
E H 0.288
R H 0.249
R E 0.271
V E 0.353
K E 0.352
I A 0.356
L B 0.228
G E 0.183
I E 0.243
D E 0.249
R H 0.192
S H 0.200
E H 0.262
N S 0.450
S B 0.392
P E 0.284
V E 0.265
L E 0.294
T E 0.291
Y E 0.294
M E 0.279
E E 0.211
T B 0.237
E H 0.241
D S 0.265
D E 0.314
P H 0.364
N S 0.280
F E 0.193
R H 0.247
N H 0.182
S H 0.315
K H 0.333
L H 0.272
A H 0.300
A H 0.177
A B 0.298
P H 0.223
H E 0.198
T E 0.273
V E 0.323
H E 0.319
M E 0.248
M H 0.189
D H 0.187
S H 0.194
G S 0.253
F E 0.231
L E 0.285
A E 0.283
I H 0.228
N E 0.237
R H 0.385
Q H 0.330
C E 0.249
L H 0.277
V H 0.231
K H 0.189
G S 0.279
K H 0.204
A E 0.261
I E 0.232
L E 0.218
A E 0.217
R B 0.189
E B 0.326
P B 0.225
K H 0.188
S H 0.162
S H 0.229
N H 0.205
E H 0.310
H H 0.322
M H 0.311
I H 0.298
D H 0.402
D S 0.356
L B 0.271
P H 0.224
K H 0.352
H H 0.265
A H 0.331
H H 0.288
D H 0.279
Q H 0.375
H H 0.378
T H 0.480
L H 0.590
S H 0.707
I H 0.789
L H 0.740
R H 0.772
D H 0.802
F H 0.739
I H 0.719
D H 0.714
Q H 0.591
L H 0.319
K H 0.406
L H 0.360
H B 0.198
N A 0.232
V E 0.297
Y E 0.273
E E 0.357
I E 0.364
N E 0.366
F E 0.252
Y S 0.159
D B 0.236
P H 0.217
L H 0.212
D H 0.175
S H 0.291
S B 0.252
G S 0.459
K H 0.200
L E 0.282
A H 0.280
V H 0.347
I H 0.515
P H 0.731
M H 0.767
L H 0.813
I H 0.804
A H 0.789
L H 0.735
W H 0.672
K H 0.665
C H 0.595
M H 0.566
L H 0.425
A H 0.309
S H 0.249
E H 0.300
T H 0.251
D H 0.348
I H 0.441
C H 0.388
D H 0.488
Q H 0.703
E H 0.785
V H 0.800
L H 0.780
K H 0.817
S H 0.836
I H 0.785
M H 0.698
N H 0.671
S H 0.662
V H 0.701
I H 0.547
A H 0.503
K H 0.342
F E 0.280
E E 0.245
L E 0.349
Q E 0.268
I B 0.370
P B 0.224
C E 0.249
K H 0.312
N S 0.217
A B 0.242
V E 0.321
I E 0.221
D E 0.259
A H 0.204
T H 0.222
L H 0.162
S B 0.193
G S 0.205
S B 0.193
R E 0.223
E H 0.247
E E 0.335
V E 0.417
H E 0.475
I E 0.469
I E 0.438
A B 0.221
E H 0.244
D B 0.231
G S 0.281
S B 0.238
L E 0.228
E H 0.197
N E 0.152
S H 0.228
N B 0.185
G S 0.212
T E 0.254
T E 0.244
E H 0.252
H H 0.207
F H 0.240
N H 0.175
K H 0.260
K H 0.243
H B 0.188
D E 0.246
L E 0.412
V E 0.512
F E 0.451
V E 0.391
K E 0.295
T B 0.201
D E 0.278
L E 0.245
H B 0.357
P I 0.358
E H 0.317
D S 0.278
F S 0.185
T B 0.309
P H 0.290
Q H 0.323
M H 0.207
F B 0.362
P H 0.332
S H 0.460
Q H 0.584
A H 0.644
K H 0.729
A H 0.754
K H 0.779
L H 0.764
L H 0.671
R H 0.645
D H 0.573
A H 0.588
F H 0.354
N H 0.222
N H 0.205
E H 0.382
E H 0.330
D H 0.249
E H 0.344
D H 0.351
T H 0.277
F E 0.198
P H 0.323
D H 0.280
I H 0.244
L E 0.245
V B 0.325
P H 0.333
A H 0.513
Y H 0.357
M H 0.323
T H 0.286
A H 0.348
H H 0.243
S H 0.237
K H 0.287
N S 0.194
R E 0.198
V E 0.301
R B 0.255
Q H 0.221
E H 0.271
D E 0.191
Y E 0.224
T E 0.215
C E 0.276
L E 0.248
E E 0.380
V E 0.372
E E 0.320
F H 0.198
D H 0.318
S H 0.420
Q H 0.542
V H 0.487
A H 0.569
L H 0.750
E H 0.786
K H 0.798
L H 0.705
M H 0.606
N H 0.510
E H 0.487
H H 0.388
E H 0.444
Q H 0.371
V H 0.240
E H 0.252
G S 0.286
F E 0.306
E E 0.429
V E 0.301
Q E 0.159
Q H 0.175
G S 0.257
G B 0.241
I E 0.406
L A 0.375
V E 0.339
A E 0.347
L B 0.235
K B 0.248
K H 0.203
D S 0.174
S H 0.255
F H 0.284
F B 0.208
D H 0.308
D H 0.614
E H 0.751
L H 0.750
I H 0.775
E H 0.826
K H 0.762
I H 0.731
A H 0.753
I H 0.690
A H 0.608
I H 0.458
A H 0.325
T H 0.287
E H 0.295
S H 0.236
R H 0.271
Q H 0.272
S H 0.201
V E 0.203
S H 0.309
S E 0.212
V E 0.255
S E 0.244
F H 0.265
D H 0.374
L H 0.328
L H 0.246
K E 0.200
L B 0.212
G C 0.316
P H 0.245
G S 0.428
A E 0.288
S E 0.300
L E 0.312
V E 0.342
T E 0.298
L H 0.222
A H 0.275
N S 0.174
S H 0.203
R H 0.184
R H 0.180
F B 0.231
E B 0.272
P H 0.274
E S 0.196
C E 0.354
R E 0.409
V E 0.523
V E 0.464
L E 0.532
Q A 0.398
I E 0.436
E E 0.477
V E 0.303
K B 0.421
P B 0.325
V B 0.323
S C 0.450
P G 0.244
G S 0.452
E B 0.225
T E 0.206
S B 0.181
S H 0.185
E H 0.196
G S 0.230
I E 0.201
S B 0.250
D H 0.271
E H 0.388
H H 0.307
H H 0.262
Y H 0.308
E H 0.401
E H 0.324
Y H 0.210
D B 0.246
E H 0.475
D H 0.429
D H 0.381
I H 0.446
M H 0.386
E H 0.386
E H 0.354
E H 0.346
E H 0.222
A B 0.282
P H 0.287
S H 0.250
A H 0.282
R H 0.208
Q H 0.217
D H 0.198
D H 0.198
T H 0.228
Y B 0.199
D E 0.185
E H 0.330
D H 0.238
E H 0.250
E H 0.259
END