# TARGET T0173 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0173.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.005 0.006 0.012 0.172 0.791 2 S 0.027 0.020 0.014 0.024 0.219 0.695 3 E 0.058 0.044 0.038 0.018 0.458 0.384 4 T 0.105 0.027 0.061 0.014 0.545 0.247 5 P 0.138 0.003 0.027 0.005 0.475 0.352 6 R 0.787 0.005 0.004 0.002 0.085 0.116 7 L 0.969 0.008 0.001 0.001 0.005 0.018 8 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 9 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 10 V 0.935 0.002 0.001 0.001 0.006 0.056 11 H 0.713 0.007 0.001 0.002 0.053 0.225 12 A 0.238 0.016 0.002 0.002 0.153 0.588 13 H 0.062 0.024 0.003 0.002 0.274 0.635 14 P 0.038 0.036 0.019 0.021 0.454 0.432 15 D 0.016 0.010 0.017 0.050 0.539 0.369 16 D 0.011 0.029 0.022 0.069 0.711 0.157 17 E 0.012 0.012 0.037 0.397 0.461 0.081 18 S 0.005 0.003 0.043 0.631 0.300 0.018 19 L 0.005 0.004 0.036 0.695 0.240 0.020 20 S 0.004 0.007 0.014 0.803 0.113 0.059 21 N 0.001 0.003 0.005 0.911 0.034 0.046 22 G 0.001 0.001 0.002 0.975 0.011 0.011 23 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 24 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 30 S 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.003 31 R 0.001 0.001 0.004 0.890 0.037 0.067 32 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 0.919 33 A 0.019 0.001 0.001 0.001 0.077 0.902 34 Q 0.531 0.008 0.001 0.001 0.056 0.403 35 V 0.969 0.002 0.001 0.001 0.005 0.024 36 H 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 37 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 38 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 39 T 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 40 C 0.800 0.005 0.001 0.001 0.041 0.152 41 T 0.484 0.031 0.002 0.003 0.189 0.291 42 L 0.186 0.012 0.006 0.006 0.295 0.495 43 G 0.069 0.016 0.020 0.010 0.519 0.366 44 E 0.090 0.023 0.043 0.026 0.577 0.241 45 E 0.080 0.023 0.058 0.037 0.555 0.247 46 G 0.054 0.013 0.033 0.027 0.615 0.259 47 E 0.056 0.024 0.032 0.032 0.526 0.331 48 V 0.075 0.078 0.024 0.052 0.355 0.417 49 I 0.047 0.031 0.024 0.086 0.320 0.492 50 G 0.035 0.010 0.025 0.092 0.291 0.548 51 D 0.043 0.012 0.134 0.385 0.234 0.192 52 R 0.038 0.013 0.211 0.481 0.176 0.081 53 W 0.031 0.007 0.194 0.508 0.194 0.065 54 A 0.036 0.010 0.129 0.482 0.232 0.111 55 Q 0.020 0.010 0.061 0.383 0.290 0.236 56 L 0.014 0.010 0.040 0.194 0.388 0.353 57 T 0.012 0.015 0.032 0.109 0.495 0.337 58 A 0.011 0.017 0.031 0.089 0.554 0.298 59 D 0.008 0.019 0.027 0.138 0.524 0.285 60 H 0.008 0.011 0.016 0.082 0.461 0.422 61 A 0.005 0.005 0.129 0.452 0.304 0.105 62 D 0.006 0.005 0.135 0.483 0.265 0.106 63 Q 0.005 0.003 0.117 0.584 0.194 0.097 64 L 0.005 0.007 0.045 0.727 0.094 0.121 65 G 0.004 0.002 0.018 0.784 0.076 0.116 66 G 0.002 0.001 0.015 0.894 0.041 0.047 67 Y 0.002 0.002 0.012 0.874 0.045 0.066 68 R 0.002 0.001 0.009 0.888 0.034 0.066 69 I 0.001 0.001 0.003 0.969 0.010 0.017 70 G 0.001 0.001 0.002 0.970 0.011 0.016 71 E 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.011 72 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 73 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 74 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 76 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 77 R 0.001 0.001 0.010 0.974 0.012 0.004 78 A 0.001 0.001 0.011 0.953 0.022 0.014 79 L 0.001 0.001 0.007 0.817 0.041 0.134 80 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.960 81 V 0.012 0.006 0.002 0.007 0.134 0.838 82 S 0.028 0.004 0.008 0.011 0.206 0.743 83 A 0.157 0.014 0.114 0.099 0.353 0.263 84 P 0.317 0.014 0.169 0.107 0.217 0.175 85 I 0.284 0.010 0.178 0.152 0.207 0.169 86 Y 0.411 0.052 0.084 0.116 0.166 0.171 87 L 0.272 0.052 0.042 0.094 0.225 0.316 88 G 0.121 0.026 0.021 0.031 0.420 0.381 89 G 0.040 0.012 0.134 0.064 0.606 0.143 90 A 0.029 0.013 0.211 0.061 0.589 0.098 91 G 0.037 0.012 0.229 0.076 0.526 0.120 92 R 0.064 0.036 0.090 0.063 0.390 0.356 93 W 0.059 0.030 0.048 0.040 0.268 0.554 94 R 0.050 0.028 0.067 0.043 0.329 0.483 95 D 0.054 0.034 0.080 0.031 0.431 0.370 96 S 0.077 0.019 0.069 0.041 0.467 0.327 97 G 0.180 0.034 0.067 0.056 0.336 0.327 98 M 0.367 0.054 0.042 0.046 0.227 0.263 99 A 0.346 0.030 0.056 0.063 0.255 0.250 100 G 0.308 0.030 0.056 0.061 0.251 0.294 101 T 0.209 0.029 0.047 0.056 0.297 0.362 102 D 0.145 0.020 0.048 0.047 0.378 0.361 103 Q 0.126 0.029 0.046 0.053 0.406 0.339 104 R 0.074 0.027 0.064 0.054 0.574 0.208 105 S 0.030 0.007 0.081 0.047 0.701 0.134 106 Q 0.017 0.009 0.081 0.038 0.705 0.149 107 R 0.037 0.015 0.052 0.029 0.679 0.189 108 R 0.096 0.025 0.047 0.035 0.433 0.364 109 F 0.218 0.057 0.072 0.037 0.323 0.293 110 V 0.293 0.027 0.082 0.043 0.317 0.239 111 D 0.232 0.022 0.049 0.037 0.290 0.369 112 A 0.175 0.040 0.015 0.033 0.237 0.499 113 D 0.051 0.016 0.005 0.034 0.145 0.748 114 P 0.001 0.001 0.025 0.920 0.033 0.021 115 R 0.001 0.001 0.013 0.961 0.020 0.006 116 Q 0.001 0.001 0.011 0.977 0.009 0.002 117 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 118 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 126 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 127 E 0.002 0.001 0.008 0.941 0.025 0.023 128 L 0.004 0.016 0.014 0.566 0.109 0.290 129 R 0.005 0.005 0.007 0.013 0.607 0.364 130 P 0.009 0.001 0.012 0.003 0.754 0.223 131 H 0.170 0.008 0.011 0.001 0.698 0.111 132 V 0.952 0.007 0.001 0.001 0.028 0.011 133 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 134 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 135 T 0.958 0.002 0.001 0.001 0.005 0.035 136 Y 0.723 0.014 0.001 0.001 0.022 0.240 137 D 0.245 0.033 0.002 0.001 0.570 0.150 138 P 0.026 0.008 0.006 0.001 0.791 0.167 139 N 0.005 0.005 0.006 0.001 0.903 0.080 140 G 0.006 0.011 0.006 0.001 0.900 0.075 141 G 0.026 0.045 0.016 0.006 0.473 0.434 142 Y 0.029 0.152 0.043 0.019 0.477 0.281 143 G 0.029 0.028 0.054 0.057 0.519 0.312 144 H 0.015 0.076 0.011 0.052 0.394 0.452 145 P 0.006 0.014 0.015 0.556 0.258 0.151 146 D 0.003 0.009 0.011 0.725 0.156 0.096 147 H 0.001 0.001 0.002 0.960 0.023 0.012 148 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 149 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 150 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 151 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 153 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 154 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 156 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 157 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.003 158 V 0.001 0.001 0.005 0.976 0.011 0.007 159 A 0.001 0.001 0.012 0.954 0.022 0.012 160 A 0.001 0.001 0.014 0.915 0.038 0.032 161 A 0.001 0.001 0.014 0.804 0.073 0.107 162 G 0.005 0.004 0.030 0.249 0.229 0.483 163 V 0.016 0.007 0.102 0.198 0.413 0.263 164 G 0.028 0.005 0.182 0.225 0.377 0.183 165 S 0.049 0.007 0.171 0.241 0.363 0.168 166 G 0.102 0.015 0.088 0.164 0.332 0.300 167 T 0.111 0.021 0.065 0.127 0.334 0.342 168 A 0.076 0.017 0.120 0.157 0.362 0.268 169 D 0.047 0.014 0.161 0.152 0.412 0.214 170 H 0.042 0.014 0.185 0.129 0.456 0.174 171 P 0.049 0.009 0.089 0.087 0.480 0.286 172 G 0.056 0.013 0.077 0.062 0.459 0.333 173 D 0.074 0.018 0.046 0.039 0.443 0.380 174 P 0.107 0.025 0.048 0.040 0.412 0.368 175 W 0.128 0.015 0.055 0.066 0.417 0.319 176 T 0.155 0.016 0.038 0.091 0.283 0.418 177 V 0.300 0.018 0.030 0.125 0.213 0.313 178 P 0.368 0.006 0.019 0.137 0.134 0.336 179 K 0.660 0.012 0.020 0.116 0.061 0.131 180 F 0.733 0.007 0.021 0.133 0.036 0.071 181 Y 0.758 0.004 0.020 0.137 0.031 0.050 182 W 0.795 0.005 0.016 0.106 0.032 0.047 183 T 0.742 0.004 0.015 0.112 0.054 0.073 184 V 0.611 0.009 0.020 0.130 0.113 0.118 185 L 0.314 0.014 0.022 0.121 0.245 0.284 186 G 0.148 0.012 0.018 0.112 0.318 0.392 187 L 0.029 0.004 0.057 0.288 0.335 0.286 188 S 0.016 0.006 0.103 0.484 0.249 0.142 189 A 0.008 0.003 0.137 0.627 0.171 0.055 190 L 0.008 0.004 0.096 0.665 0.151 0.076 191 I 0.008 0.003 0.089 0.648 0.165 0.087 192 S 0.006 0.002 0.064 0.657 0.150 0.120 193 G 0.010 0.006 0.052 0.643 0.147 0.142 194 A 0.012 0.010 0.076 0.667 0.137 0.098 195 R 0.020 0.006 0.109 0.658 0.129 0.079 196 A 0.026 0.003 0.127 0.651 0.119 0.075 197 L 0.031 0.007 0.087 0.685 0.102 0.088 198 V 0.037 0.010 0.062 0.607 0.121 0.163 199 P 0.033 0.010 0.067 0.534 0.189 0.167 200 D 0.022 0.005 0.100 0.385 0.305 0.184 201 D 0.027 0.007 0.066 0.223 0.423 0.254 202 L 0.040 0.021 0.051 0.132 0.416 0.340 203 R 0.045 0.019 0.025 0.083 0.432 0.394 204 P 0.051 0.029 0.045 0.096 0.426 0.354 205 E 0.048 0.022 0.044 0.093 0.480 0.313 206 W 0.061 0.022 0.049 0.118 0.434 0.316 207 V 0.059 0.031 0.047 0.152 0.344 0.367 208 L 0.079 0.020 0.081 0.140 0.393 0.287 209 P 0.081 0.020 0.112 0.189 0.356 0.242 210 R 0.078 0.018 0.127 0.232 0.320 0.225 211 A 0.074 0.019 0.117 0.227 0.321 0.242 212 D 0.071 0.012 0.063 0.143 0.350 0.361 213 E 0.092 0.026 0.065 0.147 0.338 0.333 214 I 0.083 0.046 0.055 0.158 0.328 0.330 215 A 0.060 0.019 0.050 0.115 0.459 0.297 216 F 0.043 0.012 0.092 0.148 0.476 0.228 217 G 0.038 0.014 0.108 0.141 0.477 0.222 218 Y 0.051 0.020 0.108 0.128 0.478 0.215 219 S 0.054 0.021 0.093 0.131 0.419 0.282 220 D 0.054 0.016 0.102 0.113 0.426 0.289 221 D 0.058 0.016 0.096 0.106 0.452 0.272 222 G 0.084 0.025 0.056 0.077 0.362 0.395 223 I 0.148 0.017 0.039 0.045 0.302 0.449 224 D 0.247 0.011 0.041 0.051 0.239 0.411 225 A 0.488 0.010 0.029 0.042 0.144 0.287 226 V 0.847 0.006 0.007 0.027 0.034 0.079 227 V 0.925 0.004 0.003 0.020 0.014 0.035 228 E 0.891 0.009 0.002 0.022 0.016 0.060 229 A 0.510 0.011 0.006 0.093 0.098 0.282 230 D 0.031 0.002 0.053 0.490 0.182 0.243 231 E 0.009 0.002 0.091 0.499 0.229 0.170 232 Q 0.004 0.002 0.145 0.628 0.151 0.069 233 A 0.005 0.003 0.039 0.834 0.053 0.066 234 R 0.003 0.002 0.013 0.949 0.018 0.015 235 A 0.001 0.001 0.006 0.972 0.011 0.010 236 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.010 237 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 238 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 239 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 240 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 241 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 243 A 0.001 0.001 0.003 0.971 0.009 0.017 244 H 0.004 0.004 0.009 0.871 0.050 0.062 245 A 0.012 0.004 0.022 0.722 0.149 0.090 246 T 0.018 0.006 0.035 0.514 0.285 0.143 247 Q 0.038 0.010 0.047 0.302 0.445 0.158 248 V 0.083 0.015 0.041 0.211 0.440 0.209 249 V 0.082 0.023 0.026 0.153 0.477 0.239 250 V 0.058 0.019 0.018 0.158 0.372 0.376 251 G 0.060 0.017 0.014 0.117 0.387 0.406 252 P 0.036 0.005 0.071 0.277 0.410 0.200 253 T 0.071 0.013 0.113 0.289 0.347 0.165 254 G 0.125 0.009 0.147 0.295 0.295 0.130 255 R 0.227 0.011 0.084 0.296 0.181 0.202 256 A 0.379 0.019 0.065 0.253 0.118 0.167 257 A 0.492 0.010 0.041 0.196 0.107 0.154 258 A 0.548 0.009 0.028 0.163 0.096 0.157 259 L 0.444 0.017 0.018 0.128 0.148 0.245 260 S 0.220 0.009 0.020 0.209 0.259 0.283 261 N 0.053 0.004 0.068 0.418 0.338 0.120 262 N 0.048 0.004 0.093 0.410 0.343 0.102 263 L 0.085 0.007 0.101 0.444 0.269 0.095 264 A 0.159 0.018 0.053 0.386 0.172 0.213 265 L 0.237 0.014 0.051 0.369 0.140 0.189 266 P 0.254 0.008 0.048 0.328 0.145 0.216 267 I 0.238 0.012 0.039 0.298 0.152 0.260 268 L 0.253 0.011 0.033 0.192 0.190 0.322 269 A 0.257 0.006 0.034 0.200 0.178 0.325 270 D 0.349 0.016 0.048 0.171 0.183 0.233 271 E 0.397 0.009 0.047 0.169 0.164 0.214 272 H 0.456 0.006 0.034 0.147 0.126 0.231 273 Y 0.602 0.015 0.022 0.129 0.077 0.155 274 V 0.654 0.013 0.016 0.126 0.067 0.124 275 L 0.597 0.011 0.019 0.125 0.107 0.141 276 A 0.338 0.018 0.028 0.149 0.248 0.219 277 G 0.130 0.006 0.034 0.103 0.391 0.335 278 G 0.095 0.010 0.027 0.061 0.407 0.399 279 S 0.157 0.035 0.019 0.025 0.341 0.422 280 A 0.226 0.042 0.023 0.022 0.287 0.399 281 G 0.138 0.018 0.033 0.021 0.347 0.443 282 A 0.106 0.031 0.055 0.028 0.360 0.419 283 R 0.087 0.021 0.059 0.027 0.366 0.440 284 D 0.083 0.017 0.058 0.017 0.365 0.459 285 E 0.134 0.024 0.026 0.018 0.303 0.495 286 R 0.173 0.033 0.017 0.018 0.208 0.551 287 G 0.162 0.063 0.007 0.021 0.181 0.565 288 W 0.068 0.023 0.044 0.079 0.370 0.417 289 E 0.012 0.005 0.391 0.182 0.308 0.102 290 T 0.013 0.003 0.535 0.095 0.301 0.053 291 D 0.032 0.006 0.448 0.075 0.377 0.064 292 L 0.121 0.024 0.167 0.083 0.369 0.236 293 L 0.282 0.046 0.157 0.067 0.323 0.126 294 A 0.346 0.005 0.131 0.065 0.291 0.162 295 G 0.559 0.007 0.039 0.039 0.202 0.155 296 L 0.653 0.024 0.010 0.023 0.126 0.165 297 G 0.710 0.013 0.004 0.014 0.078 0.182 298 F 0.491 0.042 0.015 0.017 0.154 0.282 299 T 0.199 0.030 0.026 0.021 0.548 0.175 300 A 0.075 0.008 0.058 0.034 0.671 0.154 301 S 0.041 0.010 0.020 0.023 0.636 0.270 302 G 0.040 0.039 0.007 0.016 0.429 0.468 303 T 0.001 0.004 0.001 0.002 0.024 0.968