# TARGET T0173 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0173.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.010 0.017 0.007 0.005 0.007 0.033 0.922 3 E 0.012 0.017 0.020 0.007 0.437 0.085 0.422 4 T 0.044 0.009 0.048 0.009 0.160 0.166 0.563 5 P 0.111 0.008 0.013 0.003 0.233 0.028 0.604 6 R 0.615 0.010 0.005 0.002 0.180 0.004 0.184 7 L 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 8 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 9 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 10 V 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 11 H 0.839 0.002 0.001 0.001 0.028 0.002 0.128 12 A 0.470 0.010 0.002 0.002 0.096 0.007 0.413 13 H 0.111 0.017 0.004 0.002 0.127 0.012 0.727 14 P 0.016 0.004 0.086 0.054 0.304 0.455 0.082 15 D 0.009 0.009 0.086 0.101 0.242 0.438 0.114 16 D 0.005 0.003 0.242 0.570 0.044 0.086 0.049 17 E 0.004 0.003 0.164 0.671 0.021 0.104 0.033 18 S 0.006 0.001 0.166 0.585 0.024 0.195 0.022 19 L 0.007 0.004 0.116 0.481 0.036 0.312 0.044 20 S 0.006 0.016 0.029 0.383 0.111 0.341 0.113 21 N 0.008 0.006 0.010 0.599 0.095 0.110 0.172 22 G 0.001 0.001 0.006 0.919 0.028 0.020 0.026 23 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.005 0.006 0.006 24 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.003 0.003 25 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 28 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 30 S 0.001 0.001 0.002 0.904 0.002 0.090 0.002 31 R 0.001 0.001 0.002 0.181 0.011 0.803 0.002 32 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.952 0.026 33 A 0.027 0.002 0.001 0.001 0.092 0.002 0.877 34 Q 0.473 0.005 0.001 0.001 0.105 0.001 0.416 35 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 36 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 39 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 40 C 0.797 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.182 41 T 0.352 0.007 0.002 0.002 0.144 0.014 0.478 42 L 0.144 0.017 0.026 0.016 0.368 0.135 0.293 43 G 0.070 0.028 0.062 0.027 0.309 0.208 0.296 44 E 0.108 0.025 0.061 0.046 0.274 0.182 0.303 45 E 0.078 0.018 0.062 0.067 0.233 0.225 0.316 46 G 0.065 0.023 0.050 0.060 0.268 0.207 0.326 47 E 0.067 0.036 0.053 0.099 0.285 0.102 0.358 48 V 0.099 0.040 0.058 0.166 0.174 0.165 0.299 49 I 0.073 0.027 0.051 0.150 0.158 0.181 0.359 50 G 0.050 0.015 0.044 0.112 0.169 0.137 0.473 51 D 0.022 0.007 0.178 0.436 0.094 0.154 0.110 52 R 0.025 0.011 0.219 0.435 0.084 0.132 0.094 53 W 0.038 0.022 0.188 0.423 0.078 0.137 0.114 54 A 0.063 0.017 0.085 0.344 0.101 0.180 0.209 55 Q 0.055 0.020 0.070 0.260 0.134 0.224 0.238 56 L 0.034 0.028 0.057 0.125 0.218 0.107 0.432 57 T 0.026 0.020 0.080 0.077 0.155 0.223 0.418 58 A 0.025 0.014 0.094 0.069 0.155 0.337 0.306 59 D 0.015 0.028 0.073 0.062 0.290 0.155 0.376 60 H 0.009 0.023 0.031 0.068 0.247 0.053 0.569 61 A 0.001 0.002 0.235 0.494 0.057 0.150 0.061 62 D 0.001 0.001 0.241 0.430 0.049 0.240 0.037 63 Q 0.001 0.004 0.183 0.508 0.061 0.188 0.055 64 L 0.002 0.006 0.036 0.627 0.072 0.079 0.177 65 G 0.001 0.002 0.020 0.825 0.023 0.079 0.050 66 G 0.002 0.002 0.015 0.867 0.024 0.057 0.033 67 Y 0.001 0.002 0.010 0.904 0.018 0.030 0.034 68 R 0.001 0.001 0.001 0.961 0.009 0.009 0.018 69 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 70 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 71 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 73 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.002 76 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 77 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.013 0.001 78 A 0.001 0.001 0.005 0.921 0.002 0.071 0.001 79 L 0.001 0.001 0.004 0.381 0.021 0.586 0.007 80 G 0.001 0.004 0.003 0.016 0.061 0.823 0.091 81 V 0.013 0.022 0.003 0.004 0.149 0.017 0.792 82 S 0.085 0.017 0.013 0.006 0.114 0.028 0.736 83 A 0.167 0.011 0.150 0.049 0.204 0.100 0.319 84 P 0.371 0.020 0.103 0.075 0.099 0.058 0.275 85 I 0.593 0.024 0.061 0.066 0.073 0.035 0.148 86 Y 0.660 0.043 0.021 0.049 0.042 0.022 0.163 87 L 0.404 0.044 0.017 0.041 0.086 0.047 0.360 88 G 0.202 0.014 0.017 0.029 0.143 0.078 0.516 89 G 0.087 0.019 0.098 0.143 0.179 0.243 0.231 90 A 0.055 0.020 0.149 0.127 0.175 0.341 0.134 91 G 0.065 0.010 0.103 0.095 0.191 0.292 0.244 92 R 0.064 0.044 0.060 0.102 0.158 0.152 0.421 93 W 0.086 0.040 0.030 0.070 0.174 0.070 0.529 94 R 0.090 0.028 0.051 0.071 0.145 0.178 0.436 95 D 0.092 0.040 0.062 0.086 0.196 0.191 0.332 96 S 0.122 0.020 0.072 0.090 0.168 0.273 0.256 97 G 0.213 0.024 0.049 0.054 0.162 0.191 0.307 98 M 0.270 0.044 0.028 0.043 0.170 0.048 0.397 99 A 0.298 0.079 0.023 0.030 0.099 0.042 0.429 100 G 0.226 0.049 0.028 0.038 0.110 0.084 0.465 101 T 0.147 0.050 0.035 0.036 0.182 0.126 0.424 102 D 0.099 0.027 0.038 0.027 0.219 0.154 0.438 103 Q 0.056 0.038 0.063 0.037 0.218 0.282 0.305 104 R 0.032 0.024 0.064 0.028 0.226 0.211 0.415 105 S 0.028 0.010 0.061 0.022 0.252 0.405 0.221 106 Q 0.029 0.023 0.070 0.031 0.228 0.382 0.238 107 R 0.034 0.024 0.050 0.029 0.420 0.127 0.316 108 R 0.071 0.028 0.086 0.075 0.166 0.175 0.400 109 F 0.139 0.054 0.118 0.080 0.153 0.172 0.285 110 V 0.174 0.024 0.103 0.096 0.139 0.103 0.359 111 D 0.198 0.049 0.041 0.079 0.127 0.104 0.403 112 A 0.149 0.075 0.010 0.059 0.228 0.037 0.442 113 D 0.033 0.015 0.002 0.038 0.102 0.013 0.796 114 P 0.001 0.001 0.012 0.967 0.006 0.009 0.005 115 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.003 0.006 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.001 117 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 118 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 119 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 122 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 125 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.002 126 R 0.001 0.001 0.007 0.935 0.003 0.052 0.002 127 E 0.002 0.001 0.010 0.710 0.012 0.254 0.012 128 L 0.013 0.015 0.010 0.394 0.216 0.161 0.192 129 R 0.022 0.017 0.004 0.008 0.146 0.036 0.767 130 P 0.027 0.002 0.004 0.002 0.144 0.081 0.741 131 H 0.090 0.001 0.003 0.001 0.780 0.043 0.083 132 V 0.962 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 133 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 134 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 135 T 0.826 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.161 136 Y 0.276 0.014 0.002 0.001 0.168 0.011 0.528 137 D 0.040 0.016 0.005 0.001 0.131 0.018 0.789 138 P 0.005 0.008 0.054 0.003 0.223 0.573 0.134 139 N 0.002 0.007 0.055 0.003 0.238 0.607 0.089 140 G 0.005 0.014 0.070 0.007 0.432 0.203 0.269 141 G 0.005 0.027 0.093 0.019 0.198 0.340 0.318 142 Y 0.006 0.023 0.075 0.021 0.229 0.386 0.261 143 G 0.008 0.025 0.057 0.054 0.258 0.338 0.259 144 H 0.010 0.024 0.010 0.102 0.454 0.066 0.334 145 P 0.009 0.025 0.026 0.407 0.095 0.120 0.318 146 D 0.006 0.015 0.019 0.527 0.077 0.143 0.212 147 H 0.001 0.001 0.010 0.951 0.012 0.014 0.012 148 V 0.001 0.001 0.004 0.984 0.003 0.005 0.004 149 H 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 150 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 151 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 152 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 153 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 154 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 155 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 158 V 0.001 0.001 0.002 0.975 0.004 0.013 0.005 159 A 0.001 0.001 0.009 0.907 0.006 0.070 0.007 160 A 0.001 0.001 0.011 0.705 0.013 0.250 0.019 161 A 0.001 0.002 0.015 0.462 0.062 0.356 0.101 162 G 0.003 0.006 0.042 0.280 0.114 0.315 0.239 163 V 0.007 0.012 0.109 0.220 0.136 0.110 0.405 164 G 0.012 0.010 0.142 0.277 0.131 0.189 0.239 165 S 0.018 0.007 0.119 0.278 0.106 0.295 0.176 166 G 0.031 0.017 0.088 0.270 0.150 0.194 0.251 167 T 0.050 0.019 0.064 0.242 0.143 0.096 0.386 168 A 0.049 0.012 0.097 0.238 0.130 0.168 0.305 169 D 0.036 0.014 0.138 0.255 0.116 0.228 0.213 170 H 0.034 0.015 0.142 0.200 0.122 0.228 0.259 171 P 0.039 0.013 0.098 0.135 0.116 0.370 0.229 172 G 0.045 0.014 0.082 0.093 0.220 0.257 0.289 173 D 0.070 0.021 0.043 0.073 0.309 0.085 0.399 174 P 0.094 0.029 0.048 0.075 0.133 0.136 0.484 175 W 0.114 0.022 0.062 0.079 0.135 0.187 0.401 176 T 0.145 0.018 0.050 0.067 0.203 0.135 0.381 177 V 0.248 0.017 0.029 0.093 0.182 0.055 0.376 178 P 0.416 0.015 0.015 0.074 0.067 0.032 0.382 179 K 0.673 0.016 0.016 0.064 0.045 0.016 0.169 180 F 0.830 0.016 0.014 0.048 0.014 0.009 0.069 181 Y 0.812 0.007 0.019 0.063 0.017 0.011 0.072 182 W 0.786 0.009 0.024 0.072 0.021 0.015 0.074 183 T 0.679 0.015 0.028 0.074 0.036 0.025 0.142 184 V 0.438 0.014 0.046 0.098 0.098 0.074 0.232 185 L 0.191 0.011 0.048 0.110 0.175 0.166 0.299 186 G 0.077 0.016 0.033 0.087 0.173 0.154 0.460 187 L 0.039 0.013 0.041 0.161 0.223 0.105 0.419 188 S 0.028 0.010 0.070 0.309 0.177 0.113 0.293 189 A 0.014 0.007 0.097 0.501 0.108 0.100 0.173 190 L 0.008 0.005 0.096 0.620 0.053 0.094 0.124 191 I 0.012 0.004 0.079 0.626 0.049 0.123 0.107 192 S 0.014 0.005 0.058 0.613 0.048 0.160 0.102 193 G 0.018 0.007 0.039 0.590 0.087 0.103 0.156 194 A 0.026 0.007 0.054 0.574 0.060 0.095 0.184 195 R 0.034 0.007 0.078 0.591 0.052 0.117 0.122 196 A 0.044 0.009 0.089 0.595 0.050 0.089 0.124 197 L 0.048 0.011 0.077 0.579 0.058 0.110 0.117 198 V 0.055 0.014 0.061 0.493 0.083 0.145 0.149 199 P 0.037 0.014 0.069 0.375 0.118 0.142 0.245 200 D 0.029 0.008 0.076 0.345 0.119 0.226 0.198 201 D 0.024 0.007 0.061 0.221 0.150 0.348 0.188 202 L 0.025 0.013 0.035 0.131 0.241 0.204 0.349 203 R 0.040 0.025 0.023 0.099 0.196 0.077 0.540 204 P 0.037 0.029 0.037 0.141 0.185 0.087 0.484 205 E 0.036 0.018 0.072 0.203 0.128 0.128 0.415 206 W 0.039 0.014 0.102 0.235 0.105 0.187 0.317 207 V 0.050 0.022 0.110 0.223 0.102 0.143 0.350 208 L 0.049 0.019 0.140 0.244 0.126 0.122 0.300 209 P 0.052 0.012 0.140 0.268 0.139 0.154 0.235 210 R 0.053 0.025 0.150 0.264 0.102 0.173 0.233 211 A 0.044 0.029 0.117 0.214 0.119 0.179 0.298 212 D 0.042 0.016 0.092 0.143 0.125 0.224 0.358 213 E 0.045 0.014 0.103 0.133 0.187 0.226 0.292 214 I 0.040 0.026 0.088 0.119 0.232 0.156 0.339 215 A 0.034 0.028 0.061 0.096 0.181 0.096 0.504 216 F 0.034 0.015 0.123 0.150 0.144 0.283 0.250 217 G 0.040 0.013 0.127 0.113 0.144 0.342 0.220 218 Y 0.049 0.028 0.137 0.095 0.204 0.174 0.313 219 S 0.064 0.032 0.110 0.103 0.179 0.183 0.329 220 D 0.072 0.017 0.102 0.075 0.159 0.257 0.318 221 D 0.096 0.016 0.073 0.062 0.196 0.243 0.313 222 G 0.181 0.020 0.029 0.055 0.226 0.123 0.366 223 I 0.310 0.027 0.022 0.034 0.141 0.036 0.430 224 D 0.380 0.018 0.026 0.035 0.076 0.030 0.435 225 A 0.632 0.012 0.024 0.031 0.061 0.022 0.217 226 V 0.825 0.011 0.018 0.034 0.027 0.009 0.077 227 V 0.852 0.009 0.006 0.033 0.012 0.006 0.081 228 E 0.811 0.011 0.005 0.039 0.023 0.008 0.103 229 A 0.427 0.021 0.007 0.058 0.062 0.025 0.400 230 D 0.056 0.005 0.029 0.324 0.103 0.079 0.404 231 E 0.004 0.001 0.055 0.696 0.086 0.104 0.053 232 Q 0.001 0.001 0.040 0.843 0.033 0.059 0.022 233 A 0.001 0.001 0.012 0.950 0.007 0.018 0.011 234 R 0.001 0.001 0.001 0.974 0.006 0.012 0.007 235 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 236 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.004 237 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 238 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 239 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 240 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 241 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.001 242 A 0.001 0.001 0.004 0.964 0.003 0.027 0.002 243 A 0.001 0.001 0.009 0.870 0.007 0.105 0.008 244 H 0.005 0.007 0.022 0.712 0.039 0.159 0.057 245 A 0.022 0.007 0.039 0.488 0.090 0.263 0.092 246 T 0.037 0.005 0.042 0.309 0.102 0.367 0.138 247 Q 0.099 0.016 0.026 0.184 0.179 0.121 0.376 248 V 0.346 0.035 0.022 0.120 0.083 0.059 0.335 249 V 0.363 0.021 0.023 0.088 0.099 0.067 0.339 250 V 0.229 0.029 0.022 0.053 0.180 0.120 0.368 251 G 0.119 0.010 0.025 0.038 0.217 0.088 0.503 252 P 0.084 0.006 0.077 0.063 0.203 0.309 0.258 253 T 0.225 0.016 0.082 0.061 0.134 0.254 0.228 254 G 0.499 0.018 0.052 0.051 0.102 0.071 0.206 255 R 0.654 0.015 0.029 0.056 0.045 0.034 0.166 256 A 0.675 0.016 0.027 0.055 0.038 0.026 0.162 257 A 0.656 0.013 0.025 0.053 0.044 0.026 0.182 258 A 0.518 0.016 0.032 0.066 0.068 0.050 0.249 259 L 0.323 0.026 0.025 0.070 0.139 0.047 0.371 260 S 0.137 0.012 0.029 0.066 0.118 0.048 0.590 261 N 0.038 0.005 0.153 0.209 0.102 0.365 0.129 262 N 0.038 0.005 0.195 0.196 0.119 0.347 0.099 263 L 0.090 0.012 0.176 0.274 0.128 0.116 0.205 264 A 0.185 0.028 0.066 0.345 0.054 0.086 0.235 265 L 0.235 0.014 0.056 0.279 0.086 0.102 0.227 266 P 0.272 0.013 0.052 0.225 0.090 0.131 0.216 267 I 0.264 0.031 0.032 0.130 0.127 0.058 0.358 268 L 0.276 0.019 0.031 0.091 0.104 0.053 0.426 269 A 0.222 0.011 0.055 0.121 0.115 0.141 0.334 270 D 0.219 0.012 0.080 0.117 0.165 0.162 0.246 271 E 0.352 0.013 0.058 0.132 0.144 0.066 0.234 272 H 0.426 0.014 0.035 0.134 0.070 0.044 0.276 273 Y 0.552 0.020 0.026 0.101 0.051 0.036 0.214 274 V 0.600 0.024 0.024 0.089 0.051 0.031 0.181 275 L 0.482 0.027 0.026 0.102 0.069 0.049 0.246 276 A 0.269 0.015 0.033 0.118 0.117 0.131 0.318 277 G 0.131 0.011 0.050 0.087 0.157 0.306 0.257 278 G 0.101 0.013 0.052 0.075 0.244 0.227 0.289 279 S 0.108 0.023 0.044 0.069 0.261 0.131 0.364 280 A 0.111 0.038 0.046 0.071 0.206 0.109 0.419 281 G 0.082 0.024 0.055 0.061 0.164 0.150 0.464 282 A 0.067 0.017 0.067 0.070 0.151 0.167 0.461 283 R 0.064 0.022 0.074 0.092 0.199 0.197 0.352 284 D 0.056 0.014 0.081 0.060 0.216 0.192 0.382 285 E 0.078 0.016 0.054 0.034 0.220 0.077 0.522 286 R 0.148 0.055 0.029 0.027 0.144 0.035 0.562 287 G 0.103 0.043 0.020 0.029 0.132 0.025 0.648 288 W 0.051 0.019 0.018 0.018 0.075 0.039 0.779 289 E 0.053 0.018 0.239 0.066 0.100 0.126 0.397 290 T 0.026 0.004 0.317 0.063 0.138 0.345 0.107 291 D 0.051 0.007 0.340 0.029 0.101 0.351 0.122 292 L 0.291 0.020 0.088 0.032 0.157 0.086 0.327 293 L 0.634 0.035 0.025 0.015 0.071 0.035 0.185 294 A 0.770 0.011 0.010 0.012 0.033 0.020 0.144 295 G 0.780 0.007 0.013 0.017 0.030 0.033 0.120 296 L 0.756 0.020 0.006 0.019 0.035 0.013 0.152 297 G 0.489 0.008 0.010 0.021 0.052 0.021 0.399 298 F 0.315 0.039 0.018 0.048 0.127 0.050 0.404 299 T 0.167 0.020 0.028 0.059 0.124 0.102 0.500 300 A 0.058 0.011 0.043 0.066 0.179 0.357 0.286 301 S 0.045 0.016 0.025 0.054 0.228 0.375 0.257 302 G 0.019 0.009 0.009 0.016 0.020 0.123 0.804 303 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998