# TARGET T0172 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0172.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 258 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.005 0.019 0.026 0.328 0.509 2 R 0.312 0.022 0.020 0.042 0.193 0.412 3 K 0.443 0.027 0.015 0.044 0.143 0.328 4 Y 0.370 0.018 0.016 0.058 0.180 0.359 5 S 0.242 0.017 0.014 0.093 0.203 0.431 6 Q 0.147 0.013 0.032 0.196 0.265 0.348 7 R 0.068 0.009 0.029 0.224 0.233 0.437 8 H 0.075 0.022 0.034 0.271 0.206 0.392 9 I 0.074 0.012 0.021 0.378 0.120 0.395 10 P 0.019 0.002 0.023 0.864 0.030 0.062 11 V 0.014 0.001 0.025 0.924 0.018 0.017 12 M 0.014 0.002 0.023 0.941 0.010 0.010 13 V 0.004 0.001 0.011 0.974 0.006 0.004 14 R 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 15 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 16 V 0.002 0.001 0.003 0.985 0.007 0.003 17 I 0.003 0.001 0.006 0.969 0.014 0.007 18 E 0.004 0.001 0.013 0.944 0.024 0.015 19 F 0.005 0.001 0.019 0.894 0.041 0.040 20 L 0.026 0.011 0.013 0.454 0.113 0.383 21 K 0.033 0.007 0.009 0.027 0.181 0.745 22 P 0.055 0.023 0.012 0.020 0.248 0.642 23 E 0.031 0.030 0.008 0.008 0.848 0.075 24 D 0.023 0.004 0.009 0.005 0.914 0.044 25 E 0.030 0.001 0.003 0.001 0.922 0.042 26 K 0.389 0.008 0.002 0.001 0.528 0.074 27 I 0.929 0.010 0.001 0.001 0.012 0.049 28 I 0.975 0.007 0.001 0.001 0.003 0.014 29 L 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 30 D 0.936 0.004 0.001 0.001 0.011 0.048 31 C 0.643 0.005 0.004 0.003 0.081 0.264 32 T 0.363 0.014 0.010 0.008 0.255 0.350 33 V 0.104 0.020 0.017 0.017 0.426 0.416 34 G 0.023 0.026 0.021 0.050 0.512 0.369 35 E 0.010 0.009 0.022 0.387 0.377 0.195 36 G 0.004 0.003 0.010 0.639 0.201 0.143 37 G 0.001 0.001 0.003 0.979 0.011 0.007 38 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 39 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 44 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.004 45 H 0.001 0.004 0.006 0.874 0.050 0.066 46 C 0.002 0.009 0.009 0.084 0.765 0.130 47 P 0.002 0.001 0.008 0.004 0.890 0.095 48 G 0.007 0.001 0.016 0.001 0.926 0.049 49 C 0.212 0.004 0.006 0.001 0.697 0.080 50 R 0.848 0.006 0.001 0.001 0.045 0.099 51 I 0.985 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 52 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 53 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 54 I 0.947 0.002 0.001 0.001 0.009 0.041 55 D 0.626 0.009 0.003 0.001 0.122 0.239 56 V 0.030 0.010 0.016 0.008 0.350 0.587 57 D 0.006 0.006 0.005 0.012 0.277 0.694 58 S 0.001 0.001 0.080 0.855 0.057 0.008 59 E 0.001 0.001 0.024 0.942 0.029 0.005 60 V 0.001 0.001 0.017 0.967 0.013 0.002 61 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 62 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 63 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.003 65 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.003 66 E 0.001 0.001 0.001 0.983 0.009 0.006 67 K 0.001 0.001 0.002 0.974 0.009 0.013 68 L 0.002 0.002 0.017 0.937 0.026 0.016 69 K 0.002 0.001 0.035 0.888 0.052 0.021 70 E 0.003 0.002 0.057 0.800 0.090 0.049 71 F 0.008 0.006 0.031 0.508 0.225 0.223 72 S 0.008 0.001 0.009 0.055 0.353 0.573 73 D 0.035 0.003 0.007 0.026 0.362 0.568 74 R 0.292 0.010 0.007 0.015 0.208 0.467 75 V 0.872 0.011 0.002 0.007 0.026 0.084 76 S 0.949 0.001 0.001 0.003 0.009 0.037 77 L 0.963 0.003 0.001 0.002 0.005 0.025 78 F 0.918 0.002 0.002 0.002 0.015 0.061 79 K 0.736 0.006 0.005 0.004 0.066 0.183 80 V 0.215 0.011 0.009 0.006 0.220 0.539 81 S 0.116 0.017 0.020 0.012 0.475 0.361 82 Y 0.017 0.004 0.416 0.078 0.417 0.068 83 R 0.014 0.005 0.424 0.128 0.350 0.079 84 E 0.020 0.009 0.412 0.195 0.281 0.082 85 A 0.021 0.006 0.061 0.211 0.311 0.389 86 D 0.024 0.013 0.066 0.238 0.303 0.356 87 F 0.027 0.011 0.100 0.348 0.290 0.225 88 L 0.026 0.007 0.111 0.319 0.315 0.223 89 L 0.022 0.005 0.098 0.342 0.328 0.205 90 K 0.024 0.004 0.080 0.349 0.341 0.203 91 T 0.015 0.006 0.106 0.333 0.415 0.125 92 L 0.015 0.007 0.122 0.270 0.428 0.158 93 G 0.019 0.008 0.094 0.141 0.423 0.316 94 I 0.045 0.023 0.154 0.099 0.400 0.278 95 E 0.040 0.006 0.064 0.038 0.342 0.510 96 K 0.100 0.011 0.087 0.022 0.362 0.420 97 V 0.343 0.016 0.015 0.005 0.254 0.366 98 D 0.478 0.002 0.008 0.002 0.145 0.364 99 G 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 100 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 102 M 0.933 0.003 0.001 0.001 0.011 0.052 103 D 0.490 0.013 0.003 0.001 0.148 0.344 104 L 0.119 0.007 0.020 0.005 0.440 0.408 105 G 0.049 0.010 0.036 0.005 0.515 0.384 106 V 0.075 0.052 0.071 0.015 0.465 0.323 107 S 0.054 0.023 0.084 0.021 0.374 0.444 108 T 0.107 0.029 0.153 0.077 0.335 0.299 109 Y 0.098 0.043 0.144 0.133 0.358 0.225 110 Q 0.088 0.033 0.083 0.098 0.586 0.113 111 L 0.064 0.012 0.056 0.127 0.660 0.080 112 K 0.041 0.016 0.039 0.078 0.719 0.107 113 G 0.024 0.007 0.100 0.054 0.751 0.064 114 E 0.025 0.015 0.239 0.131 0.479 0.109 115 N 0.047 0.025 0.295 0.140 0.375 0.118 116 R 0.064 0.024 0.170 0.118 0.395 0.228 117 G 0.086 0.020 0.046 0.039 0.309 0.501 118 F 0.194 0.045 0.048 0.034 0.263 0.416 119 T 0.253 0.066 0.060 0.040 0.274 0.307 120 F 0.203 0.049 0.085 0.052 0.354 0.256 121 E 0.160 0.023 0.088 0.052 0.495 0.181 122 R 0.102 0.009 0.055 0.063 0.551 0.218 123 E 0.072 0.012 0.025 0.038 0.575 0.278 124 E 0.090 0.028 0.015 0.020 0.445 0.403 125 P 0.133 0.036 0.039 0.020 0.360 0.411 126 L 0.175 0.029 0.102 0.029 0.388 0.276 127 D 0.178 0.031 0.164 0.028 0.323 0.276 128 M 0.290 0.067 0.109 0.035 0.233 0.266 129 R 0.281 0.042 0.038 0.030 0.231 0.377 130 M 0.234 0.171 0.019 0.031 0.196 0.350 131 D 0.054 0.034 0.009 0.022 0.725 0.157 132 L 0.008 0.005 0.067 0.052 0.801 0.067 133 E 0.007 0.008 0.051 0.029 0.878 0.027 134 S 0.013 0.010 0.064 0.029 0.845 0.039 135 E 0.018 0.030 0.013 0.048 0.385 0.506 136 V 0.020 0.137 0.012 0.088 0.278 0.466 137 T 0.009 0.011 0.002 0.035 0.092 0.851 138 A 0.001 0.001 0.011 0.930 0.023 0.035 139 Q 0.001 0.001 0.020 0.951 0.024 0.004 140 K 0.001 0.001 0.022 0.954 0.021 0.002 141 V 0.001 0.001 0.024 0.945 0.025 0.003 142 L 0.001 0.001 0.032 0.925 0.035 0.006 143 N 0.001 0.001 0.032 0.836 0.084 0.047 144 E 0.003 0.001 0.014 0.428 0.143 0.412 145 L 0.009 0.056 0.003 0.083 0.149 0.700 146 P 0.004 0.008 0.001 0.053 0.064 0.870 147 E 0.001 0.001 0.023 0.946 0.015 0.016 148 E 0.001 0.001 0.029 0.939 0.024 0.006 149 E 0.001 0.001 0.028 0.953 0.014 0.004 150 L 0.002 0.001 0.006 0.974 0.007 0.011 151 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.005 152 R 0.001 0.001 0.005 0.971 0.015 0.007 153 I 0.001 0.001 0.005 0.964 0.019 0.010 154 I 0.001 0.001 0.006 0.945 0.026 0.020 155 F 0.001 0.001 0.023 0.915 0.038 0.023 156 E 0.001 0.001 0.023 0.864 0.062 0.050 157 Y 0.001 0.001 0.011 0.878 0.045 0.064 158 G 0.001 0.003 0.012 0.355 0.158 0.472 159 E 0.001 0.002 0.027 0.636 0.138 0.197 160 E 0.002 0.002 0.024 0.742 0.107 0.124 161 K 0.001 0.001 0.018 0.789 0.099 0.091 162 R 0.001 0.001 0.014 0.887 0.053 0.044 163 F 0.002 0.002 0.012 0.924 0.031 0.029 164 A 0.001 0.001 0.005 0.960 0.015 0.017 165 R 0.001 0.001 0.002 0.980 0.007 0.010 166 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.006 167 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 168 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 169 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 170 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 171 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 172 V 0.001 0.001 0.017 0.956 0.017 0.010 173 E 0.001 0.001 0.025 0.925 0.033 0.017 174 N 0.001 0.001 0.021 0.815 0.067 0.096 175 R 0.001 0.004 0.025 0.123 0.393 0.455 176 P 0.003 0.003 0.043 0.089 0.473 0.389 177 L 0.007 0.005 0.053 0.143 0.492 0.300 178 N 0.014 0.018 0.040 0.236 0.426 0.265 179 T 0.014 0.013 0.032 0.355 0.172 0.413 180 T 0.005 0.001 0.033 0.856 0.037 0.068 181 L 0.003 0.001 0.016 0.946 0.020 0.015 182 D 0.003 0.001 0.015 0.943 0.016 0.022 183 L 0.008 0.001 0.004 0.956 0.008 0.022 184 V 0.003 0.001 0.002 0.985 0.004 0.006 185 K 0.003 0.001 0.003 0.980 0.008 0.007 186 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 187 V 0.001 0.001 0.007 0.979 0.010 0.003 188 R 0.001 0.001 0.040 0.929 0.025 0.005 189 E 0.001 0.001 0.030 0.910 0.042 0.018 190 A 0.001 0.001 0.018 0.828 0.073 0.080 191 L 0.004 0.016 0.021 0.328 0.179 0.451 192 P 0.023 0.015 0.025 0.104 0.242 0.592 193 S 0.016 0.003 0.141 0.193 0.259 0.388 194 Y 0.016 0.006 0.355 0.264 0.224 0.136 195 E 0.013 0.003 0.369 0.292 0.235 0.087 196 I 0.017 0.006 0.247 0.338 0.293 0.100 197 R 0.012 0.007 0.156 0.449 0.257 0.120 198 R 0.012 0.006 0.155 0.303 0.360 0.163 199 R 0.013 0.008 0.081 0.226 0.422 0.250 200 K 0.013 0.021 0.033 0.089 0.407 0.437 201 R 0.020 0.017 0.010 0.070 0.343 0.540 202 H 0.017 0.017 0.005 0.061 0.336 0.564 203 F 0.014 0.009 0.031 0.501 0.306 0.139 204 A 0.014 0.004 0.046 0.637 0.221 0.077 205 T 0.015 0.003 0.049 0.775 0.118 0.041 206 K 0.017 0.005 0.033 0.836 0.063 0.046 207 T 0.011 0.002 0.013 0.923 0.024 0.027 208 F 0.009 0.001 0.006 0.967 0.010 0.009 209 Q 0.006 0.001 0.004 0.978 0.005 0.006 210 A 0.006 0.001 0.004 0.976 0.006 0.007 211 I 0.004 0.001 0.004 0.980 0.005 0.008 212 R 0.008 0.001 0.008 0.960 0.010 0.013 213 I 0.007 0.001 0.011 0.949 0.016 0.016 214 Y 0.007 0.001 0.014 0.932 0.022 0.023 215 V 0.011 0.002 0.020 0.859 0.055 0.053 216 N 0.010 0.001 0.029 0.762 0.109 0.089 217 R 0.005 0.002 0.038 0.512 0.219 0.224 218 E 0.003 0.002 0.046 0.516 0.216 0.216 219 L 0.002 0.002 0.036 0.633 0.178 0.148 220 E 0.001 0.002 0.046 0.660 0.142 0.149 221 N 0.001 0.002 0.056 0.783 0.076 0.082 222 L 0.001 0.001 0.020 0.926 0.021 0.031 223 K 0.001 0.001 0.008 0.943 0.020 0.028 224 E 0.001 0.001 0.007 0.968 0.009 0.015 225 F 0.001 0.001 0.006 0.982 0.005 0.007 226 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 227 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 228 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 229 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 230 E 0.001 0.001 0.059 0.927 0.011 0.002 231 D 0.001 0.001 0.098 0.854 0.037 0.009 232 L 0.006 0.001 0.125 0.690 0.102 0.075 233 L 0.064 0.112 0.023 0.342 0.145 0.315 234 N 0.075 0.073 0.008 0.034 0.778 0.032 235 P 0.014 0.002 0.008 0.008 0.942 0.026 236 G 0.017 0.001 0.003 0.001 0.951 0.028 237 G 0.545 0.003 0.001 0.001 0.409 0.042 238 R 0.945 0.003 0.001 0.001 0.005 0.048 239 I 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 240 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 241 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 242 I 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.046 243 S 0.864 0.003 0.001 0.001 0.022 0.110 244 F 0.569 0.023 0.002 0.001 0.083 0.323 245 H 0.165 0.029 0.001 0.001 0.152 0.652 246 S 0.044 0.008 0.008 0.005 0.424 0.512 247 L 0.004 0.002 0.247 0.189 0.474 0.085 248 E 0.003 0.002 0.172 0.302 0.454 0.067 249 D 0.003 0.002 0.106 0.569 0.269 0.051 250 R 0.004 0.001 0.014 0.817 0.082 0.081 251 I 0.005 0.005 0.013 0.919 0.030 0.028 252 V 0.011 0.004 0.014 0.935 0.019 0.017 253 K 0.010 0.001 0.012 0.955 0.014 0.008 254 E 0.005 0.001 0.011 0.969 0.010 0.004 255 T 0.002 0.001 0.009 0.979 0.006 0.004 256 F 0.002 0.001 0.013 0.963 0.014 0.009 257 R 0.001 0.001 0.013 0.959 0.015 0.012 258 N 0.002 0.001 0.012 0.823 0.066 0.095 259 S 0.003 0.002 0.017 0.362 0.189 0.428 260 K 0.005 0.003 0.097 0.165 0.346 0.384 261 K 0.010 0.005 0.238 0.171 0.413 0.163 262 L 0.036 0.012 0.281 0.180 0.357 0.134 263 R 0.114 0.019 0.145 0.155 0.347 0.220 264 I 0.264 0.020 0.084 0.102 0.252 0.277 265 L 0.331 0.023 0.063 0.091 0.242 0.249 266 T 0.274 0.017 0.038 0.082 0.276 0.313 267 E 0.233 0.016 0.023 0.048 0.273 0.407 268 K 0.194 0.014 0.008 0.015 0.255 0.514 269 P 0.173 0.012 0.005 0.007 0.169 0.634 270 V 0.177 0.027 0.002 0.008 0.143 0.642 271 R 0.068 0.019 0.001 0.007 0.088 0.817 272 P 0.032 0.022 0.001 0.014 0.085 0.846 273 S 0.007 0.002 0.001 0.017 0.044 0.928 274 E 0.001 0.001 0.018 0.930 0.019 0.032 275 E 0.001 0.001 0.016 0.962 0.015 0.005 276 E 0.001 0.002 0.050 0.915 0.028 0.005 277 I 0.001 0.002 0.033 0.939 0.020 0.005 278 R 0.001 0.002 0.021 0.942 0.027 0.007 279 E 0.001 0.002 0.009 0.904 0.045 0.041 280 N 0.001 0.003 0.009 0.385 0.366 0.235 281 P 0.002 0.011 0.021 0.261 0.457 0.248 282 R 0.002 0.005 0.055 0.218 0.575 0.146 283 A 0.004 0.014 0.036 0.211 0.582 0.154 284 R 0.016 0.019 0.036 0.197 0.432 0.300 285 S 0.032 0.032 0.034 0.218 0.354 0.330 286 G 0.055 0.010 0.062 0.374 0.295 0.203 287 R 0.111 0.019 0.054 0.586 0.134 0.096 288 L 0.324 0.013 0.059 0.424 0.120 0.060 289 R 0.261 0.004 0.034 0.559 0.081 0.061 290 A 0.409 0.005 0.023 0.474 0.047 0.042 291 A 0.514 0.007 0.012 0.336 0.053 0.078 292 E 0.479 0.010 0.010 0.320 0.063 0.118 293 R 0.418 0.011 0.012 0.160 0.101 0.298 294 I 0.247 0.034 0.022 0.115 0.246 0.335 295 E 0.148 0.015 0.018 0.032 0.419 0.367 296 E 0.055 0.013 0.018 0.018 0.466 0.430 297 G 0.035 0.026 0.011 0.012 0.312 0.603 298 G 0.016 0.015 0.005 0.013 0.150 0.801 299 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.980