# TARGET T0172 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0172.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 258 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 2 R 0.135 0.024 0.011 0.038 0.012 0.040 0.739 3 K 0.262 0.030 0.018 0.048 0.144 0.076 0.422 4 Y 0.303 0.017 0.020 0.069 0.114 0.056 0.422 5 S 0.227 0.015 0.017 0.095 0.107 0.046 0.493 6 Q 0.099 0.009 0.040 0.298 0.117 0.090 0.347 7 R 0.083 0.011 0.048 0.353 0.111 0.138 0.255 8 H 0.036 0.009 0.033 0.601 0.068 0.071 0.182 9 I 0.011 0.003 0.010 0.847 0.023 0.014 0.093 10 P 0.003 0.001 0.005 0.955 0.008 0.011 0.018 11 V 0.001 0.001 0.004 0.967 0.004 0.014 0.007 12 M 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.012 0.004 13 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 14 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 17 I 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.011 0.001 18 E 0.001 0.001 0.007 0.935 0.002 0.055 0.001 19 F 0.001 0.001 0.014 0.830 0.005 0.145 0.005 20 L 0.008 0.007 0.021 0.512 0.128 0.187 0.137 21 K 0.022 0.010 0.028 0.081 0.123 0.268 0.469 22 P 0.022 0.024 0.020 0.028 0.135 0.061 0.709 23 E 0.019 0.009 0.027 0.007 0.091 0.052 0.794 24 D 0.007 0.003 0.060 0.005 0.255 0.601 0.069 25 E 0.012 0.002 0.041 0.001 0.137 0.746 0.061 26 K 0.172 0.008 0.011 0.001 0.148 0.030 0.629 27 I 0.796 0.018 0.001 0.001 0.040 0.004 0.140 28 I 0.951 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 29 L 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 30 D 0.947 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.040 31 C 0.752 0.004 0.006 0.003 0.038 0.017 0.180 32 T 0.453 0.017 0.017 0.009 0.113 0.045 0.347 33 V 0.194 0.022 0.039 0.018 0.208 0.104 0.414 34 G 0.049 0.022 0.054 0.025 0.213 0.192 0.445 35 E 0.030 0.018 0.036 0.078 0.338 0.269 0.230 36 G 0.018 0.007 0.016 0.253 0.285 0.131 0.291 37 G 0.002 0.001 0.016 0.910 0.022 0.028 0.021 38 H 0.001 0.001 0.010 0.953 0.005 0.020 0.009 39 S 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.009 0.003 40 R 0.002 0.001 0.004 0.984 0.002 0.004 0.003 41 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.008 0.002 42 I 0.001 0.001 0.012 0.971 0.002 0.011 0.003 43 L 0.001 0.001 0.030 0.945 0.002 0.019 0.003 44 E 0.001 0.001 0.021 0.828 0.003 0.144 0.002 45 H 0.001 0.001 0.031 0.663 0.019 0.260 0.025 46 C 0.004 0.004 0.021 0.046 0.280 0.044 0.601 47 P 0.003 0.003 0.050 0.009 0.110 0.777 0.047 48 G 0.006 0.001 0.021 0.001 0.035 0.910 0.026 49 C 0.263 0.004 0.002 0.001 0.178 0.010 0.542 50 R 0.863 0.005 0.001 0.001 0.020 0.001 0.110 51 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 52 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 G 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 54 I 0.916 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.070 55 D 0.488 0.013 0.004 0.001 0.084 0.010 0.400 56 V 0.039 0.004 0.003 0.001 0.291 0.012 0.649 57 D 0.007 0.002 0.001 0.003 0.147 0.004 0.836 58 S 0.001 0.001 0.065 0.857 0.025 0.046 0.007 59 E 0.001 0.001 0.023 0.945 0.009 0.019 0.004 60 V 0.001 0.001 0.009 0.978 0.002 0.007 0.003 61 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 62 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 63 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.968 0.003 0.025 0.003 67 K 0.001 0.001 0.003 0.940 0.005 0.043 0.009 68 L 0.002 0.003 0.011 0.888 0.017 0.046 0.034 69 K 0.002 0.001 0.055 0.798 0.018 0.095 0.030 70 E 0.002 0.001 0.047 0.628 0.041 0.254 0.028 71 F 0.004 0.004 0.044 0.263 0.074 0.511 0.101 72 S 0.011 0.003 0.037 0.046 0.174 0.475 0.254 73 D 0.042 0.008 0.050 0.028 0.339 0.257 0.276 74 R 0.221 0.011 0.020 0.009 0.193 0.087 0.458 75 V 0.650 0.007 0.002 0.003 0.020 0.005 0.314 76 S 0.928 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.051 77 L 0.951 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.035 78 F 0.920 0.003 0.003 0.006 0.006 0.004 0.058 79 K 0.787 0.007 0.005 0.014 0.035 0.012 0.139 80 V 0.317 0.013 0.015 0.025 0.173 0.045 0.412 81 S 0.090 0.010 0.015 0.025 0.236 0.059 0.564 82 Y 0.021 0.007 0.195 0.366 0.106 0.139 0.166 83 R 0.012 0.004 0.230 0.359 0.079 0.246 0.071 84 E 0.010 0.005 0.257 0.374 0.072 0.195 0.088 85 A 0.008 0.012 0.103 0.481 0.120 0.088 0.188 86 D 0.010 0.008 0.097 0.540 0.064 0.125 0.156 87 F 0.007 0.005 0.108 0.551 0.045 0.154 0.131 88 L 0.005 0.006 0.074 0.610 0.056 0.106 0.143 89 L 0.004 0.005 0.107 0.617 0.053 0.096 0.118 90 K 0.003 0.002 0.126 0.538 0.060 0.185 0.087 91 T 0.001 0.004 0.136 0.526 0.044 0.235 0.052 92 L 0.001 0.003 0.089 0.314 0.134 0.365 0.094 93 G 0.002 0.006 0.067 0.126 0.066 0.610 0.124 94 I 0.008 0.010 0.091 0.054 0.140 0.252 0.446 95 E 0.029 0.030 0.055 0.049 0.283 0.095 0.458 96 K 0.078 0.033 0.023 0.010 0.091 0.092 0.672 97 V 0.121 0.005 0.001 0.001 0.039 0.003 0.831 98 D 0.420 0.001 0.001 0.001 0.460 0.002 0.117 99 G 0.988 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 100 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 101 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 102 M 0.940 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 103 D 0.340 0.005 0.002 0.001 0.115 0.007 0.529 104 L 0.071 0.006 0.034 0.006 0.259 0.118 0.505 105 G 0.027 0.028 0.085 0.007 0.311 0.172 0.371 106 V 0.045 0.036 0.095 0.011 0.370 0.115 0.328 107 S 0.050 0.042 0.047 0.024 0.269 0.069 0.499 108 T 0.043 0.030 0.129 0.086 0.176 0.201 0.334 109 Y 0.054 0.014 0.080 0.059 0.211 0.274 0.308 110 Q 0.075 0.052 0.082 0.073 0.234 0.145 0.340 111 L 0.101 0.077 0.039 0.078 0.176 0.050 0.477 112 K 0.056 0.019 0.032 0.064 0.094 0.080 0.656 113 G 0.029 0.011 0.183 0.256 0.134 0.224 0.162 114 E 0.021 0.007 0.269 0.231 0.107 0.277 0.088 115 N 0.034 0.007 0.287 0.205 0.107 0.216 0.145 116 R 0.033 0.012 0.151 0.156 0.142 0.360 0.146 117 G 0.058 0.014 0.050 0.067 0.152 0.444 0.216 118 F 0.138 0.044 0.028 0.033 0.136 0.047 0.575 119 T 0.244 0.126 0.034 0.031 0.075 0.029 0.462 120 F 0.140 0.048 0.126 0.076 0.083 0.134 0.392 121 E 0.066 0.025 0.133 0.065 0.109 0.161 0.442 122 R 0.045 0.011 0.078 0.064 0.168 0.358 0.275 123 E 0.018 0.013 0.033 0.032 0.332 0.259 0.314 124 E 0.009 0.017 0.009 0.013 0.395 0.025 0.532 125 P 0.034 0.034 0.043 0.034 0.141 0.158 0.555 126 L 0.085 0.045 0.149 0.038 0.109 0.235 0.339 127 D 0.098 0.049 0.169 0.042 0.131 0.098 0.414 128 M 0.124 0.032 0.180 0.080 0.172 0.127 0.284 129 R 0.154 0.026 0.096 0.083 0.179 0.147 0.315 130 M 0.067 0.069 0.036 0.045 0.170 0.042 0.572 131 D 0.035 0.033 0.020 0.022 0.083 0.042 0.764 132 L 0.012 0.008 0.088 0.053 0.082 0.575 0.182 133 E 0.008 0.006 0.112 0.027 0.129 0.601 0.116 134 S 0.017 0.009 0.127 0.030 0.309 0.294 0.216 135 E 0.025 0.020 0.024 0.020 0.220 0.204 0.486 136 V 0.028 0.071 0.004 0.013 0.382 0.024 0.478 137 T 0.030 0.082 0.001 0.013 0.090 0.007 0.777 138 A 0.001 0.001 0.050 0.916 0.006 0.019 0.007 139 Q 0.001 0.001 0.106 0.857 0.006 0.024 0.006 140 K 0.001 0.001 0.209 0.755 0.004 0.022 0.009 141 V 0.002 0.004 0.058 0.888 0.004 0.030 0.014 142 L 0.004 0.009 0.052 0.628 0.041 0.208 0.059 143 N 0.005 0.003 0.034 0.289 0.044 0.569 0.056 144 E 0.006 0.005 0.023 0.184 0.164 0.370 0.248 145 L 0.015 0.041 0.013 0.041 0.386 0.046 0.458 146 P 0.013 0.028 0.004 0.019 0.124 0.015 0.796 147 E 0.001 0.001 0.080 0.868 0.014 0.025 0.012 148 E 0.001 0.001 0.092 0.858 0.009 0.031 0.009 149 E 0.001 0.001 0.124 0.823 0.005 0.039 0.008 150 L 0.002 0.001 0.022 0.933 0.008 0.024 0.009 151 A 0.003 0.001 0.021 0.925 0.008 0.029 0.014 152 R 0.005 0.001 0.023 0.904 0.007 0.046 0.014 153 I 0.002 0.001 0.020 0.902 0.010 0.044 0.020 154 I 0.008 0.010 0.024 0.860 0.026 0.044 0.027 155 F 0.007 0.003 0.047 0.754 0.029 0.120 0.040 156 E 0.003 0.003 0.027 0.715 0.047 0.167 0.040 157 Y 0.001 0.001 0.019 0.559 0.095 0.242 0.082 158 G 0.001 0.004 0.022 0.241 0.096 0.528 0.106 159 E 0.003 0.008 0.043 0.220 0.174 0.172 0.381 160 E 0.004 0.005 0.065 0.406 0.156 0.078 0.285 161 K 0.003 0.002 0.049 0.675 0.084 0.083 0.104 162 R 0.004 0.005 0.044 0.682 0.053 0.103 0.110 163 F 0.005 0.007 0.038 0.753 0.034 0.081 0.083 164 A 0.003 0.001 0.031 0.825 0.020 0.066 0.055 165 R 0.003 0.001 0.018 0.893 0.014 0.050 0.022 166 R 0.002 0.001 0.014 0.910 0.011 0.028 0.034 167 I 0.002 0.002 0.008 0.935 0.010 0.021 0.022 168 A 0.005 0.001 0.006 0.932 0.009 0.027 0.021 169 R 0.006 0.001 0.005 0.949 0.007 0.023 0.010 170 K 0.006 0.001 0.007 0.949 0.007 0.019 0.012 171 I 0.005 0.001 0.008 0.954 0.008 0.014 0.010 172 V 0.009 0.001 0.013 0.926 0.010 0.032 0.010 173 E 0.010 0.001 0.018 0.772 0.014 0.171 0.014 174 N 0.008 0.003 0.012 0.606 0.064 0.257 0.049 175 R 0.008 0.006 0.008 0.104 0.274 0.058 0.542 176 P 0.009 0.009 0.022 0.075 0.185 0.166 0.534 177 L 0.011 0.011 0.080 0.217 0.156 0.315 0.210 178 N 0.011 0.006 0.096 0.214 0.210 0.269 0.194 179 T 0.014 0.013 0.070 0.433 0.124 0.118 0.229 180 T 0.007 0.004 0.025 0.856 0.026 0.021 0.061 181 L 0.002 0.001 0.010 0.948 0.007 0.018 0.013 182 D 0.001 0.001 0.006 0.965 0.003 0.017 0.006 183 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.003 0.011 0.004 184 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 185 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 186 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 187 V 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.001 188 R 0.001 0.001 0.006 0.959 0.002 0.030 0.001 189 E 0.001 0.001 0.007 0.882 0.004 0.102 0.003 190 A 0.002 0.002 0.010 0.803 0.037 0.110 0.036 191 L 0.009 0.016 0.015 0.421 0.160 0.128 0.251 192 P 0.010 0.007 0.034 0.248 0.144 0.133 0.424 193 S 0.008 0.007 0.095 0.423 0.108 0.159 0.201 194 Y 0.008 0.003 0.148 0.432 0.077 0.174 0.157 195 E 0.011 0.006 0.201 0.419 0.067 0.158 0.136 196 I 0.018 0.010 0.197 0.358 0.110 0.152 0.155 197 R 0.022 0.013 0.166 0.326 0.101 0.192 0.180 198 R 0.020 0.011 0.109 0.283 0.136 0.219 0.223 199 R 0.022 0.009 0.069 0.153 0.180 0.373 0.195 200 K 0.019 0.008 0.023 0.050 0.257 0.235 0.408 201 R 0.017 0.032 0.008 0.026 0.407 0.038 0.472 202 H 0.021 0.034 0.004 0.027 0.126 0.013 0.775 203 F 0.004 0.003 0.090 0.663 0.031 0.128 0.081 204 A 0.005 0.002 0.067 0.714 0.028 0.123 0.062 205 T 0.006 0.002 0.053 0.808 0.034 0.054 0.042 206 K 0.015 0.003 0.014 0.876 0.024 0.020 0.048 207 T 0.022 0.004 0.011 0.892 0.012 0.024 0.036 208 F 0.042 0.002 0.009 0.902 0.008 0.020 0.017 209 Q 0.062 0.001 0.008 0.896 0.009 0.013 0.012 210 A 0.062 0.001 0.006 0.901 0.008 0.013 0.009 211 I 0.069 0.002 0.005 0.895 0.006 0.012 0.011 212 R 0.064 0.001 0.006 0.895 0.007 0.017 0.012 213 I 0.091 0.002 0.014 0.818 0.015 0.041 0.020 214 Y 0.082 0.004 0.034 0.710 0.035 0.094 0.041 215 V 0.039 0.007 0.036 0.624 0.079 0.135 0.080 216 N 0.024 0.005 0.052 0.432 0.144 0.162 0.181 217 R 0.010 0.005 0.091 0.254 0.152 0.327 0.160 218 E 0.007 0.005 0.077 0.299 0.148 0.227 0.237 219 L 0.003 0.003 0.088 0.451 0.104 0.130 0.220 220 E 0.004 0.003 0.067 0.619 0.081 0.135 0.090 221 N 0.003 0.003 0.050 0.711 0.048 0.082 0.104 222 L 0.001 0.001 0.011 0.908 0.026 0.017 0.037 223 K 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.011 0.009 224 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.013 0.005 225 F 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.013 0.003 226 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 227 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.013 0.002 228 K 0.001 0.001 0.003 0.968 0.002 0.024 0.002 229 A 0.001 0.001 0.011 0.957 0.005 0.016 0.008 230 E 0.003 0.001 0.084 0.869 0.004 0.036 0.005 231 D 0.008 0.001 0.113 0.690 0.005 0.180 0.005 232 L 0.019 0.010 0.131 0.285 0.022 0.495 0.038 233 L 0.117 0.015 0.002 0.019 0.225 0.030 0.591 234 N 0.187 0.001 0.002 0.001 0.405 0.009 0.395 235 P 0.482 0.079 0.015 0.004 0.056 0.304 0.060 236 G 0.453 0.001 0.007 0.001 0.021 0.472 0.045 237 G 0.876 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.107 238 R 0.950 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.036 239 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 240 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 241 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 242 I 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 243 S 0.776 0.004 0.001 0.001 0.032 0.004 0.183 244 F 0.242 0.008 0.006 0.003 0.196 0.029 0.517 245 H 0.049 0.015 0.007 0.007 0.318 0.031 0.574 246 S 0.013 0.010 0.022 0.048 0.337 0.084 0.485 247 L 0.002 0.003 0.132 0.429 0.103 0.243 0.087 248 E 0.001 0.001 0.109 0.571 0.041 0.192 0.085 249 D 0.001 0.001 0.037 0.819 0.035 0.045 0.062 250 R 0.002 0.001 0.010 0.924 0.014 0.021 0.028 251 I 0.002 0.001 0.007 0.946 0.008 0.016 0.019 252 V 0.002 0.001 0.004 0.968 0.004 0.011 0.009 253 K 0.002 0.001 0.003 0.983 0.003 0.008 0.003 254 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.010 0.003 255 T 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.013 0.003 256 F 0.001 0.001 0.008 0.963 0.004 0.021 0.004 257 R 0.001 0.001 0.022 0.851 0.007 0.114 0.006 258 N 0.001 0.001 0.020 0.637 0.021 0.309 0.013 259 S 0.004 0.005 0.021 0.262 0.245 0.119 0.344 260 K 0.012 0.006 0.068 0.140 0.143 0.256 0.375 261 K 0.037 0.010 0.206 0.142 0.107 0.295 0.204 262 L 0.086 0.014 0.209 0.142 0.127 0.149 0.274 263 R 0.245 0.021 0.108 0.149 0.088 0.064 0.325 264 I 0.422 0.033 0.068 0.145 0.071 0.047 0.214 265 L 0.374 0.029 0.083 0.121 0.065 0.080 0.247 266 T 0.272 0.015 0.057 0.103 0.113 0.143 0.296 267 E 0.192 0.011 0.032 0.060 0.194 0.128 0.383 268 K 0.134 0.009 0.015 0.023 0.241 0.058 0.520 269 P 0.165 0.011 0.008 0.007 0.152 0.031 0.626 270 V 0.332 0.040 0.006 0.006 0.080 0.011 0.525 271 R 0.167 0.045 0.003 0.005 0.063 0.009 0.709 272 P 0.020 0.009 0.001 0.004 0.070 0.011 0.884 273 S 0.009 0.006 0.001 0.006 0.060 0.004 0.916 274 E 0.001 0.001 0.021 0.941 0.010 0.019 0.008 275 E 0.001 0.001 0.035 0.940 0.005 0.013 0.006 276 E 0.001 0.001 0.056 0.921 0.003 0.015 0.005 277 I 0.001 0.001 0.023 0.958 0.005 0.009 0.003 278 R 0.003 0.001 0.020 0.919 0.007 0.040 0.010 279 E 0.001 0.001 0.014 0.805 0.021 0.145 0.013 280 N 0.002 0.001 0.010 0.160 0.282 0.061 0.484 281 P 0.001 0.001 0.115 0.199 0.072 0.535 0.077 282 R 0.001 0.001 0.131 0.228 0.069 0.492 0.079 283 A 0.001 0.004 0.113 0.301 0.122 0.132 0.327 284 R 0.005 0.002 0.052 0.532 0.107 0.156 0.145 285 S 0.029 0.005 0.047 0.623 0.067 0.081 0.147 286 G 0.036 0.011 0.023 0.721 0.035 0.024 0.150 287 R 0.052 0.004 0.007 0.859 0.012 0.019 0.047 288 L 0.096 0.003 0.007 0.828 0.011 0.016 0.039 289 R 0.066 0.002 0.009 0.882 0.009 0.015 0.018 290 A 0.082 0.001 0.010 0.861 0.010 0.012 0.024 291 A 0.050 0.002 0.016 0.893 0.008 0.016 0.015 292 E 0.059 0.003 0.015 0.860 0.012 0.034 0.017 293 R 0.037 0.003 0.015 0.824 0.022 0.056 0.042 294 I 0.037 0.007 0.012 0.621 0.086 0.131 0.107 295 E 0.028 0.008 0.012 0.266 0.193 0.178 0.315 296 E 0.017 0.009 0.011 0.102 0.282 0.102 0.476 297 G 0.015 0.013 0.018 0.079 0.247 0.159 0.469 298 G 0.008 0.006 0.011 0.030 0.022 0.131 0.792 299 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994