# TARGET T0171 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0171.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 704 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.002 0.002 0.002 0.263 0.671 2 N 0.541 0.011 0.002 0.002 0.095 0.350 3 N 0.900 0.007 0.001 0.001 0.018 0.075 4 I 0.963 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 5 W 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 6 W 0.964 0.002 0.001 0.001 0.007 0.026 7 Q 0.933 0.002 0.001 0.002 0.018 0.044 8 T 0.848 0.005 0.001 0.002 0.052 0.091 9 K 0.443 0.016 0.006 0.003 0.185 0.348 10 G 0.107 0.015 0.006 0.001 0.383 0.487 11 Q 0.037 0.009 0.010 0.001 0.578 0.364 12 G 0.025 0.009 0.008 0.001 0.433 0.523 13 N 0.102 0.051 0.008 0.001 0.395 0.443 14 V 0.205 0.005 0.003 0.001 0.183 0.604 15 H 0.801 0.004 0.001 0.001 0.036 0.157 16 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 17 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 18 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 19 L 0.956 0.002 0.001 0.001 0.005 0.037 20 H 0.513 0.005 0.003 0.002 0.067 0.411 21 G 0.078 0.006 0.008 0.003 0.304 0.602 22 W 0.018 0.010 0.021 0.004 0.456 0.491 23 G 0.011 0.016 0.061 0.017 0.650 0.245 24 L 0.007 0.007 0.116 0.049 0.638 0.183 25 N 0.009 0.007 0.086 0.090 0.540 0.268 26 A 0.007 0.004 0.107 0.369 0.384 0.129 27 E 0.009 0.006 0.104 0.538 0.240 0.103 28 V 0.024 0.014 0.104 0.620 0.167 0.070 29 W 0.016 0.003 0.065 0.828 0.059 0.029 30 R 0.013 0.001 0.041 0.890 0.033 0.022 31 C 0.008 0.002 0.035 0.911 0.026 0.018 32 I 0.006 0.002 0.024 0.938 0.015 0.016 33 D 0.005 0.001 0.056 0.906 0.017 0.015 34 E 0.004 0.001 0.113 0.847 0.024 0.011 35 E 0.005 0.001 0.190 0.736 0.046 0.021 36 L 0.020 0.005 0.096 0.727 0.095 0.056 37 S 0.030 0.007 0.113 0.501 0.317 0.032 38 S 0.012 0.002 0.062 0.221 0.613 0.090 39 H 0.021 0.001 0.015 0.009 0.765 0.191 40 F 0.327 0.007 0.003 0.001 0.457 0.205 41 T 0.792 0.004 0.001 0.001 0.047 0.156 42 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 43 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 45 V 0.931 0.003 0.001 0.001 0.011 0.056 46 D 0.502 0.009 0.002 0.001 0.165 0.322 47 L 0.081 0.014 0.015 0.004 0.681 0.204 48 P 0.032 0.012 0.050 0.006 0.764 0.137 49 G 0.031 0.017 0.058 0.008 0.812 0.074 50 F 0.065 0.047 0.056 0.012 0.642 0.178 51 G 0.104 0.059 0.047 0.022 0.447 0.322 52 R 0.069 0.028 0.071 0.026 0.452 0.354 53 S 0.038 0.035 0.070 0.034 0.481 0.342 54 R 0.034 0.034 0.074 0.040 0.445 0.373 55 G 0.032 0.019 0.070 0.049 0.475 0.355 56 F 0.028 0.017 0.073 0.041 0.488 0.353 57 G 0.026 0.010 0.051 0.048 0.430 0.435 58 A 0.049 0.016 0.039 0.055 0.355 0.487 59 L 0.064 0.047 0.022 0.062 0.288 0.516 60 S 0.053 0.043 0.008 0.066 0.134 0.695 61 L 0.002 0.001 0.022 0.951 0.016 0.010 62 A 0.001 0.001 0.014 0.972 0.011 0.002 63 D 0.001 0.001 0.011 0.977 0.009 0.002 64 M 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 65 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.009 0.005 66 E 0.001 0.001 0.005 0.962 0.021 0.010 67 A 0.001 0.001 0.007 0.947 0.026 0.018 68 V 0.001 0.001 0.016 0.935 0.033 0.014 69 L 0.001 0.001 0.050 0.871 0.055 0.021 70 Q 0.002 0.001 0.068 0.711 0.161 0.057 71 Q 0.005 0.002 0.088 0.390 0.331 0.183 72 A 0.005 0.001 0.025 0.028 0.405 0.535 73 P 0.014 0.005 0.035 0.008 0.479 0.459 74 D 0.069 0.005 0.023 0.003 0.436 0.464 75 K 0.485 0.002 0.013 0.002 0.175 0.322 76 A 0.963 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 77 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 78 W 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 79 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 80 G 0.889 0.003 0.002 0.005 0.018 0.083 81 W 0.555 0.011 0.014 0.020 0.096 0.304 82 S 0.135 0.028 0.016 0.054 0.134 0.634 83 L 0.011 0.005 0.022 0.728 0.094 0.141 84 G 0.001 0.001 0.006 0.972 0.012 0.009 85 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.004 0.001 93 L 0.001 0.001 0.019 0.966 0.013 0.002 94 T 0.001 0.001 0.026 0.864 0.075 0.034 95 H 0.001 0.002 0.023 0.166 0.335 0.474 96 P 0.001 0.002 0.385 0.109 0.416 0.087 97 E 0.004 0.003 0.463 0.057 0.416 0.057 98 R 0.032 0.004 0.621 0.052 0.246 0.045 99 V 0.322 0.014 0.161 0.048 0.305 0.150 100 Q 0.502 0.004 0.055 0.028 0.191 0.220 101 A 0.906 0.003 0.007 0.009 0.033 0.042 102 L 0.974 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 103 V 0.983 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 104 T 0.978 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 105 V 0.890 0.005 0.002 0.008 0.020 0.074 106 A 0.460 0.006 0.012 0.032 0.148 0.342 107 S 0.210 0.011 0.020 0.028 0.272 0.459 108 S 0.118 0.034 0.024 0.036 0.324 0.464 109 P 0.077 0.022 0.045 0.059 0.361 0.437 110 C 0.050 0.014 0.066 0.093 0.394 0.382 111 F 0.033 0.013 0.100 0.144 0.413 0.296 112 S 0.024 0.010 0.094 0.178 0.408 0.285 113 A 0.023 0.015 0.089 0.183 0.399 0.291 114 R 0.021 0.014 0.094 0.234 0.359 0.278 115 D 0.015 0.011 0.094 0.311 0.303 0.266 116 E 0.011 0.008 0.108 0.379 0.278 0.216 117 W 0.008 0.006 0.111 0.452 0.247 0.176 118 P 0.009 0.005 0.081 0.498 0.230 0.178 119 G 0.010 0.006 0.065 0.537 0.202 0.180 120 I 0.013 0.007 0.045 0.493 0.193 0.248 121 K 0.014 0.005 0.042 0.614 0.143 0.182 122 P 0.013 0.004 0.050 0.732 0.106 0.095 123 D 0.012 0.003 0.047 0.758 0.094 0.085 124 V 0.011 0.002 0.036 0.798 0.076 0.077 125 L 0.013 0.002 0.027 0.800 0.074 0.084 126 A 0.010 0.002 0.023 0.814 0.073 0.076 127 G 0.009 0.002 0.023 0.806 0.069 0.090 128 F 0.011 0.003 0.033 0.728 0.102 0.124 129 Q 0.010 0.003 0.047 0.736 0.109 0.095 130 Q 0.009 0.003 0.044 0.699 0.122 0.124 131 Q 0.008 0.003 0.041 0.581 0.159 0.208 132 L 0.009 0.005 0.038 0.507 0.180 0.261 133 S 0.008 0.004 0.035 0.490 0.192 0.271 134 D 0.006 0.003 0.033 0.523 0.176 0.260 135 D 0.006 0.004 0.029 0.499 0.163 0.299 136 F 0.005 0.002 0.032 0.739 0.114 0.108 137 Q 0.005 0.002 0.030 0.806 0.091 0.066 138 R 0.006 0.002 0.032 0.795 0.097 0.067 139 T 0.007 0.002 0.025 0.828 0.075 0.063 140 V 0.010 0.003 0.026 0.826 0.074 0.062 141 E 0.009 0.002 0.029 0.827 0.072 0.061 142 R 0.011 0.002 0.031 0.782 0.081 0.094 143 F 0.014 0.003 0.041 0.710 0.114 0.118 144 L 0.014 0.003 0.043 0.694 0.127 0.119 145 A 0.014 0.003 0.046 0.652 0.140 0.144 146 L 0.020 0.005 0.058 0.484 0.210 0.223 147 Q 0.030 0.007 0.067 0.403 0.260 0.233 148 T 0.041 0.013 0.066 0.314 0.287 0.279 149 M 0.032 0.014 0.078 0.201 0.361 0.315 150 G 0.025 0.010 0.126 0.182 0.398 0.258 151 T 0.021 0.008 0.127 0.184 0.431 0.230 152 E 0.020 0.012 0.085 0.156 0.397 0.330 153 T 0.012 0.012 0.022 0.114 0.315 0.525 154 A 0.006 0.004 0.009 0.160 0.178 0.642 155 R 0.002 0.001 0.016 0.832 0.079 0.070 156 Q 0.003 0.001 0.016 0.864 0.073 0.043 157 D 0.004 0.001 0.018 0.901 0.049 0.028 158 A 0.005 0.001 0.011 0.930 0.026 0.028 159 R 0.004 0.001 0.012 0.928 0.032 0.024 160 A 0.003 0.001 0.013 0.933 0.026 0.024 161 L 0.005 0.001 0.013 0.879 0.047 0.055 162 K 0.004 0.001 0.022 0.893 0.047 0.033 163 K 0.006 0.001 0.021 0.854 0.063 0.055 164 T 0.005 0.001 0.027 0.777 0.094 0.095 165 V 0.017 0.007 0.039 0.636 0.147 0.155 166 L 0.014 0.007 0.048 0.499 0.215 0.218 167 A 0.008 0.004 0.050 0.380 0.248 0.309 168 L 0.004 0.003 0.051 0.274 0.304 0.364 169 P 0.004 0.004 0.056 0.268 0.334 0.334 170 M 0.004 0.003 0.079 0.453 0.309 0.152 171 P 0.005 0.004 0.071 0.520 0.253 0.146 172 E 0.009 0.005 0.053 0.581 0.199 0.153 173 V 0.006 0.002 0.030 0.825 0.078 0.059 174 D 0.007 0.002 0.025 0.881 0.052 0.033 175 V 0.008 0.003 0.025 0.909 0.033 0.022 176 L 0.014 0.002 0.020 0.910 0.027 0.027 177 N 0.016 0.001 0.018 0.911 0.027 0.026 178 G 0.016 0.002 0.015 0.909 0.027 0.031 179 G 0.014 0.001 0.012 0.898 0.028 0.047 180 L 0.016 0.002 0.023 0.862 0.043 0.054 181 E 0.015 0.002 0.043 0.827 0.062 0.051 182 I 0.010 0.002 0.049 0.806 0.074 0.060 183 L 0.012 0.004 0.046 0.706 0.120 0.112 184 K 0.013 0.004 0.047 0.612 0.147 0.177 185 T 0.011 0.004 0.031 0.464 0.188 0.302 186 V 0.007 0.002 0.044 0.448 0.197 0.301 187 D 0.010 0.006 0.062 0.464 0.210 0.248 188 L 0.008 0.004 0.086 0.593 0.186 0.123 189 R 0.006 0.003 0.156 0.591 0.179 0.066 190 Q 0.006 0.003 0.184 0.523 0.209 0.075 191 P 0.006 0.003 0.181 0.476 0.222 0.113 192 L 0.007 0.005 0.279 0.388 0.211 0.109 193 Q 0.015 0.006 0.250 0.240 0.296 0.194 194 N 0.042 0.007 0.173 0.135 0.337 0.305 195 V 0.093 0.010 0.032 0.055 0.311 0.499 196 S 0.099 0.012 0.007 0.010 0.144 0.728 197 M 0.199 0.010 0.001 0.005 0.102 0.682 198 P 0.287 0.001 0.001 0.004 0.051 0.655 199 F 0.946 0.003 0.001 0.002 0.005 0.043 200 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 201 R 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 202 L 0.958 0.002 0.001 0.002 0.007 0.030 203 Y 0.709 0.007 0.004 0.005 0.054 0.221 204 G 0.217 0.008 0.015 0.007 0.298 0.455 205 Y 0.078 0.015 0.019 0.006 0.555 0.327 206 L 0.051 0.038 0.028 0.010 0.548 0.325 207 D 0.031 0.037 0.036 0.010 0.762 0.124 208 G 0.029 0.005 0.091 0.034 0.715 0.126 209 L 0.046 0.014 0.110 0.051 0.624 0.155 210 V 0.055 0.062 0.033 0.037 0.594 0.218 211 P 0.035 0.018 0.013 0.070 0.302 0.562 212 R 0.003 0.001 0.109 0.677 0.142 0.068 213 K 0.002 0.001 0.112 0.774 0.086 0.026 214 V 0.001 0.001 0.084 0.854 0.044 0.016 215 V 0.004 0.001 0.025 0.901 0.035 0.034 216 P 0.004 0.001 0.012 0.935 0.027 0.021 217 M 0.004 0.001 0.026 0.932 0.024 0.012 218 L 0.003 0.001 0.031 0.935 0.023 0.007 219 D 0.001 0.001 0.074 0.895 0.024 0.006 220 K 0.002 0.001 0.049 0.885 0.045 0.018 221 L 0.002 0.003 0.032 0.719 0.107 0.137 222 W 0.003 0.011 0.018 0.041 0.808 0.119 223 P 0.003 0.004 0.011 0.004 0.888 0.091 224 H 0.007 0.001 0.013 0.001 0.922 0.055 225 S 0.217 0.006 0.005 0.001 0.695 0.076 226 E 0.790 0.010 0.002 0.001 0.063 0.134 227 S 0.978 0.004 0.001 0.001 0.004 0.014 228 Y 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 229 I 0.910 0.013 0.001 0.001 0.014 0.062 230 F 0.599 0.009 0.009 0.002 0.197 0.184 231 A 0.083 0.005 0.018 0.003 0.701 0.190 232 K 0.010 0.004 0.037 0.011 0.812 0.125 233 A 0.017 0.040 0.077 0.021 0.753 0.092 234 A 0.029 0.013 0.081 0.056 0.530 0.290 235 H 0.031 0.021 0.075 0.072 0.394 0.407 236 A 0.023 0.017 0.106 0.100 0.404 0.350 237 P 0.015 0.009 0.292 0.173 0.295 0.216 238 F 0.022 0.007 0.389 0.154 0.308 0.121 239 I 0.022 0.012 0.262 0.258 0.343 0.103 240 S 0.013 0.007 0.097 0.337 0.352 0.195 241 H 0.010 0.009 0.020 0.192 0.191 0.578 242 P 0.001 0.001 0.007 0.965 0.012 0.015 243 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.011 0.009 244 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 245 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 246 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 247 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 248 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 249 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 250 V 0.001 0.001 0.003 0.976 0.009 0.012 251 A 0.001 0.001 0.005 0.940 0.022 0.033 252 L 0.001 0.001 0.008 0.973 0.012 0.008 253 K 0.001 0.001 0.018 0.947 0.023 0.011 254 Q 0.001 0.001 0.044 0.828 0.076 0.051 255 R 0.001 0.001 0.028 0.514 0.156 0.301 256 V 0.001 0.001 0.003 0.030 0.074 0.892