# TARGET T0171 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0171.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 704 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 N 0.225 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.756 3 N 0.799 0.007 0.001 0.001 0.035 0.002 0.156 4 I 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 5 W 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 6 W 0.950 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.043 7 Q 0.915 0.003 0.001 0.004 0.007 0.002 0.067 8 T 0.770 0.008 0.005 0.021 0.037 0.011 0.148 9 K 0.191 0.011 0.016 0.037 0.236 0.110 0.399 10 G 0.037 0.015 0.013 0.008 0.306 0.222 0.400 11 Q 0.027 0.021 0.010 0.004 0.388 0.190 0.360 12 G 0.019 0.019 0.006 0.001 0.544 0.126 0.285 13 N 0.038 0.008 0.001 0.001 0.508 0.013 0.432 14 V 0.073 0.002 0.001 0.001 0.280 0.005 0.640 15 H 0.782 0.004 0.001 0.001 0.095 0.002 0.116 16 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 17 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 18 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 19 L 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 20 H 0.540 0.003 0.001 0.001 0.060 0.004 0.390 21 G 0.156 0.020 0.017 0.003 0.204 0.043 0.557 22 W 0.046 0.034 0.085 0.015 0.277 0.201 0.343 23 G 0.018 0.012 0.132 0.030 0.234 0.349 0.224 24 L 0.009 0.012 0.154 0.061 0.245 0.369 0.149 25 N 0.008 0.013 0.100 0.096 0.250 0.283 0.250 26 A 0.005 0.007 0.153 0.472 0.084 0.189 0.090 27 E 0.006 0.005 0.133 0.524 0.065 0.212 0.056 28 V 0.008 0.010 0.134 0.562 0.047 0.166 0.074 29 W 0.003 0.003 0.085 0.825 0.012 0.042 0.030 30 R 0.001 0.001 0.038 0.921 0.006 0.021 0.011 31 C 0.002 0.001 0.039 0.906 0.005 0.040 0.007 32 I 0.001 0.001 0.039 0.909 0.006 0.036 0.007 33 D 0.003 0.001 0.051 0.898 0.005 0.028 0.014 34 E 0.003 0.001 0.109 0.829 0.003 0.049 0.007 35 E 0.002 0.001 0.124 0.760 0.007 0.101 0.006 36 L 0.005 0.007 0.153 0.692 0.024 0.091 0.030 37 S 0.007 0.005 0.284 0.466 0.030 0.138 0.070 38 S 0.002 0.001 0.164 0.170 0.040 0.611 0.013 39 H 0.005 0.001 0.045 0.026 0.027 0.867 0.030 40 F 0.127 0.005 0.001 0.003 0.219 0.014 0.631 41 T 0.558 0.002 0.001 0.001 0.242 0.004 0.193 42 L 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 43 H 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 44 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 45 V 0.938 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 46 D 0.509 0.009 0.002 0.001 0.038 0.004 0.437 47 L 0.117 0.008 0.059 0.008 0.168 0.075 0.565 48 P 0.058 0.020 0.126 0.015 0.314 0.266 0.201 49 G 0.054 0.019 0.163 0.019 0.264 0.251 0.229 50 F 0.045 0.054 0.077 0.022 0.325 0.092 0.385 51 G 0.058 0.045 0.051 0.023 0.328 0.182 0.314 52 R 0.045 0.031 0.057 0.022 0.225 0.205 0.415 53 S 0.033 0.041 0.050 0.028 0.313 0.179 0.355 54 R 0.031 0.032 0.035 0.027 0.320 0.148 0.407 55 G 0.033 0.022 0.031 0.029 0.254 0.108 0.523 56 F 0.043 0.029 0.023 0.026 0.126 0.050 0.703 57 G 0.073 0.024 0.028 0.028 0.115 0.065 0.668 58 A 0.101 0.040 0.023 0.030 0.106 0.091 0.610 59 L 0.072 0.057 0.008 0.019 0.235 0.037 0.571 60 S 0.049 0.066 0.002 0.030 0.141 0.008 0.703 61 L 0.001 0.001 0.016 0.959 0.008 0.008 0.008 62 A 0.001 0.001 0.013 0.967 0.005 0.010 0.004 63 D 0.001 0.001 0.013 0.973 0.002 0.009 0.002 64 M 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.009 0.002 65 A 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.016 0.003 66 E 0.001 0.001 0.004 0.947 0.004 0.039 0.004 67 A 0.001 0.001 0.007 0.939 0.007 0.029 0.017 68 V 0.002 0.004 0.017 0.917 0.013 0.025 0.022 69 L 0.002 0.002 0.038 0.853 0.011 0.077 0.017 70 Q 0.002 0.002 0.065 0.637 0.027 0.235 0.032 71 Q 0.001 0.001 0.036 0.226 0.054 0.641 0.040 72 A 0.006 0.010 0.023 0.037 0.037 0.720 0.167 73 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.973 74 D 0.079 0.004 0.002 0.001 0.086 0.012 0.817 75 K 0.468 0.005 0.003 0.001 0.296 0.013 0.214 76 A 0.923 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.069 77 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 78 W 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 L 0.939 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.048 80 G 0.588 0.003 0.005 0.019 0.126 0.027 0.231 81 W 0.084 0.009 0.018 0.069 0.251 0.042 0.527 82 S 0.016 0.009 0.016 0.157 0.195 0.111 0.496 83 L 0.001 0.002 0.014 0.790 0.045 0.120 0.029 84 G 0.001 0.001 0.007 0.938 0.014 0.033 0.009 85 G 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.006 0.003 86 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 92 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.001 93 L 0.001 0.001 0.008 0.916 0.003 0.071 0.002 94 T 0.001 0.001 0.006 0.820 0.008 0.160 0.005 95 H 0.003 0.003 0.007 0.245 0.212 0.052 0.479 96 P 0.001 0.001 0.211 0.496 0.023 0.246 0.023 97 E 0.002 0.001 0.341 0.204 0.024 0.420 0.008 98 R 0.019 0.009 0.400 0.164 0.052 0.303 0.054 99 V 0.388 0.020 0.047 0.080 0.041 0.113 0.312 100 Q 0.687 0.005 0.017 0.023 0.092 0.046 0.129 101 A 0.906 0.002 0.007 0.011 0.033 0.010 0.031 102 L 0.957 0.002 0.004 0.013 0.003 0.004 0.017 103 V 0.981 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.007 104 T 0.919 0.001 0.002 0.013 0.007 0.005 0.052 105 V 0.793 0.006 0.005 0.016 0.033 0.012 0.135 106 A 0.481 0.007 0.013 0.021 0.098 0.029 0.351 107 S 0.185 0.016 0.032 0.024 0.184 0.061 0.499 108 S 0.109 0.028 0.041 0.028 0.204 0.094 0.496 109 P 0.061 0.015 0.067 0.040 0.208 0.156 0.453 110 C 0.037 0.016 0.075 0.070 0.199 0.162 0.441 111 F 0.027 0.017 0.084 0.105 0.196 0.190 0.381 112 S 0.026 0.012 0.081 0.143 0.178 0.212 0.347 113 A 0.025 0.014 0.083 0.174 0.184 0.187 0.333 114 R 0.026 0.013 0.073 0.222 0.170 0.151 0.345 115 D 0.025 0.010 0.075 0.284 0.139 0.149 0.317 116 E 0.021 0.008 0.082 0.328 0.109 0.155 0.296 117 W 0.018 0.008 0.079 0.382 0.099 0.132 0.282 118 P 0.018 0.006 0.066 0.441 0.082 0.131 0.257 119 G 0.020 0.007 0.058 0.496 0.063 0.137 0.219 120 I 0.018 0.009 0.043 0.513 0.068 0.078 0.271 121 K 0.015 0.006 0.033 0.611 0.050 0.050 0.236 122 P 0.011 0.003 0.036 0.778 0.026 0.051 0.095 123 D 0.010 0.003 0.040 0.788 0.029 0.055 0.075 124 V 0.009 0.003 0.036 0.797 0.027 0.059 0.068 125 L 0.013 0.003 0.030 0.790 0.033 0.066 0.065 126 A 0.015 0.003 0.032 0.758 0.039 0.076 0.077 127 G 0.013 0.004 0.036 0.713 0.050 0.092 0.093 128 F 0.013 0.005 0.049 0.655 0.049 0.102 0.126 129 Q 0.013 0.006 0.067 0.615 0.056 0.128 0.116 130 Q 0.013 0.004 0.068 0.544 0.069 0.186 0.118 131 Q 0.010 0.005 0.066 0.436 0.091 0.201 0.191 132 L 0.010 0.009 0.053 0.394 0.125 0.109 0.299 133 S 0.010 0.007 0.050 0.399 0.111 0.117 0.308 134 D 0.007 0.005 0.052 0.465 0.096 0.167 0.208 135 D 0.005 0.006 0.045 0.489 0.088 0.115 0.251 136 F 0.004 0.003 0.039 0.695 0.054 0.068 0.136 137 Q 0.005 0.002 0.033 0.799 0.026 0.061 0.074 138 R 0.005 0.003 0.032 0.812 0.028 0.057 0.063 139 T 0.008 0.004 0.022 0.836 0.026 0.044 0.061 140 V 0.011 0.004 0.018 0.846 0.022 0.049 0.050 141 E 0.013 0.002 0.023 0.819 0.023 0.073 0.047 142 R 0.013 0.003 0.027 0.785 0.028 0.082 0.063 143 F 0.016 0.004 0.038 0.737 0.038 0.082 0.084 144 L 0.018 0.004 0.053 0.695 0.042 0.101 0.087 145 A 0.014 0.005 0.060 0.622 0.060 0.142 0.096 146 L 0.015 0.005 0.060 0.509 0.086 0.181 0.143 147 Q 0.018 0.008 0.070 0.414 0.099 0.188 0.202 148 T 0.020 0.010 0.081 0.342 0.140 0.178 0.228 149 M 0.018 0.009 0.097 0.283 0.139 0.198 0.256 150 G 0.013 0.008 0.117 0.238 0.145 0.231 0.248 151 T 0.014 0.007 0.109 0.231 0.163 0.244 0.233 152 E 0.016 0.011 0.089 0.195 0.171 0.222 0.296 153 T 0.010 0.015 0.035 0.178 0.171 0.076 0.515 154 A 0.005 0.005 0.009 0.187 0.073 0.025 0.696 155 R 0.001 0.001 0.021 0.907 0.012 0.034 0.025 156 Q 0.001 0.001 0.014 0.936 0.009 0.025 0.014 157 D 0.001 0.001 0.009 0.957 0.006 0.015 0.012 158 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.005 0.009 0.008 159 R 0.002 0.001 0.002 0.972 0.004 0.013 0.007 160 A 0.001 0.001 0.003 0.969 0.004 0.014 0.008 161 L 0.002 0.001 0.003 0.963 0.007 0.014 0.011 162 K 0.002 0.001 0.006 0.937 0.008 0.035 0.011 163 K 0.002 0.001 0.010 0.870 0.011 0.092 0.014 164 T 0.002 0.002 0.017 0.777 0.024 0.138 0.041 165 V 0.005 0.004 0.039 0.603 0.056 0.200 0.093 166 L 0.009 0.007 0.072 0.434 0.102 0.198 0.179 167 A 0.008 0.009 0.081 0.341 0.165 0.150 0.247 168 L 0.005 0.005 0.080 0.332 0.154 0.199 0.225 169 P 0.005 0.004 0.085 0.302 0.119 0.261 0.224 170 M 0.006 0.006 0.098 0.327 0.124 0.236 0.203 171 P 0.010 0.008 0.072 0.367 0.126 0.200 0.217 172 E 0.012 0.007 0.045 0.510 0.099 0.095 0.231 173 V 0.009 0.003 0.036 0.770 0.042 0.050 0.090 174 D 0.013 0.003 0.035 0.842 0.021 0.042 0.044 175 V 0.015 0.004 0.033 0.859 0.016 0.037 0.037 176 L 0.019 0.004 0.020 0.882 0.012 0.031 0.033 177 N 0.022 0.002 0.016 0.884 0.014 0.032 0.029 178 G 0.020 0.002 0.019 0.864 0.018 0.046 0.030 179 G 0.015 0.003 0.021 0.839 0.026 0.048 0.049 180 L 0.013 0.004 0.032 0.809 0.028 0.061 0.053 181 E 0.012 0.002 0.044 0.752 0.036 0.101 0.053 182 I 0.011 0.003 0.053 0.680 0.048 0.128 0.076 183 L 0.015 0.007 0.055 0.572 0.075 0.148 0.128 184 K 0.015 0.007 0.065 0.469 0.080 0.177 0.188 185 T 0.012 0.007 0.066 0.414 0.108 0.159 0.235 186 V 0.008 0.005 0.063 0.464 0.125 0.146 0.188 187 D 0.008 0.008 0.087 0.416 0.076 0.177 0.228 188 L 0.005 0.007 0.101 0.509 0.066 0.117 0.196 189 R 0.005 0.004 0.113 0.602 0.052 0.085 0.138 190 Q 0.005 0.002 0.145 0.596 0.046 0.134 0.072 191 P 0.004 0.005 0.147 0.611 0.033 0.116 0.085 192 L 0.005 0.012 0.228 0.437 0.055 0.117 0.146 193 Q 0.007 0.006 0.210 0.295 0.040 0.387 0.055 194 N 0.005 0.009 0.152 0.172 0.048 0.519 0.095 195 V 0.008 0.057 0.028 0.055 0.197 0.105 0.549 196 S 0.006 0.036 0.005 0.007 0.273 0.120 0.554 197 M 0.011 0.004 0.001 0.002 0.612 0.015 0.355 198 P 0.071 0.001 0.001 0.001 0.208 0.009 0.708 199 F 0.915 0.005 0.001 0.001 0.020 0.002 0.058 200 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 201 R 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 202 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 203 Y 0.778 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.202 204 G 0.251 0.005 0.015 0.004 0.176 0.046 0.504 205 Y 0.053 0.009 0.074 0.008 0.307 0.357 0.192 206 L 0.026 0.015 0.141 0.015 0.303 0.355 0.144 207 D 0.035 0.014 0.073 0.013 0.283 0.098 0.484 208 G 0.037 0.010 0.120 0.028 0.242 0.363 0.200 209 L 0.092 0.033 0.094 0.031 0.263 0.241 0.247 210 V 0.071 0.065 0.021 0.020 0.326 0.029 0.469 211 P 0.036 0.011 0.003 0.020 0.066 0.009 0.855 212 R 0.002 0.002 0.088 0.747 0.024 0.066 0.071 213 K 0.001 0.002 0.060 0.843 0.016 0.060 0.018 214 V 0.001 0.001 0.055 0.876 0.009 0.037 0.022 215 V 0.001 0.001 0.011 0.957 0.007 0.011 0.012 216 P 0.003 0.001 0.009 0.963 0.006 0.010 0.009 217 M 0.001 0.001 0.013 0.965 0.004 0.012 0.005 218 L 0.001 0.001 0.013 0.968 0.003 0.010 0.004 219 D 0.001 0.001 0.036 0.930 0.002 0.026 0.005 220 K 0.001 0.001 0.026 0.782 0.003 0.185 0.003 221 L 0.001 0.001 0.036 0.610 0.023 0.302 0.027 222 W 0.003 0.004 0.021 0.040 0.295 0.044 0.592 223 P 0.003 0.002 0.050 0.009 0.126 0.755 0.055 224 H 0.008 0.001 0.041 0.002 0.062 0.858 0.028 225 S 0.277 0.007 0.006 0.001 0.125 0.013 0.572 226 E 0.785 0.003 0.001 0.001 0.021 0.002 0.188 227 S 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 228 Y 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 229 I 0.944 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 230 F 0.689 0.009 0.001 0.001 0.014 0.003 0.282 231 A 0.070 0.004 0.017 0.002 0.144 0.656 0.106 232 K 0.009 0.002 0.017 0.001 0.111 0.822 0.039 233 A 0.053 0.023 0.032 0.004 0.230 0.179 0.480 234 A 0.081 0.024 0.026 0.008 0.230 0.251 0.380 235 H 0.122 0.033 0.051 0.015 0.290 0.179 0.309 236 A 0.129 0.048 0.059 0.050 0.185 0.071 0.457 237 P 0.153 0.031 0.104 0.100 0.129 0.132 0.351 238 F 0.063 0.011 0.230 0.208 0.086 0.219 0.182 239 I 0.031 0.013 0.165 0.327 0.120 0.166 0.177 240 S 0.016 0.027 0.074 0.355 0.201 0.156 0.171 241 H 0.009 0.009 0.011 0.263 0.312 0.052 0.344 242 P 0.001 0.001 0.022 0.893 0.013 0.040 0.032 243 A 0.001 0.001 0.013 0.954 0.007 0.020 0.005 244 E 0.001 0.001 0.012 0.968 0.003 0.012 0.004 245 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.003 246 C 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 247 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 248 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 250 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 251 A 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.017 0.001 252 L 0.001 0.001 0.006 0.951 0.003 0.037 0.003 253 K 0.001 0.001 0.046 0.854 0.007 0.076 0.015 254 Q 0.001 0.001 0.083 0.487 0.010 0.409 0.010 255 R 0.002 0.003 0.114 0.256 0.007 0.510 0.107 256 V 0.001 0.002 0.002 0.009 0.023 0.003 0.961