# TARGET T0170 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0170.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.057 0.203 0.078 0.022 0.108 0.026 0.031 0.339 0.071 0.041 0.025 2 P 0.077 0.096 0.045 0.018 0.090 0.017 0.014 0.480 0.073 0.049 0.040 3 A 0.029 0.074 0.037 0.009 0.037 0.008 0.009 0.656 0.087 0.037 0.017 4 K 0.015 0.047 0.023 0.006 0.020 0.006 0.004 0.749 0.083 0.036 0.011 5 K 0.009 0.044 0.017 0.005 0.018 0.004 0.006 0.789 0.086 0.018 0.006 6 T 0.007 0.024 0.009 0.005 0.016 0.006 0.011 0.771 0.115 0.030 0.006 7 Y 0.009 0.026 0.010 0.012 0.022 0.021 0.029 0.676 0.121 0.064 0.009 8 T 0.036 0.053 0.019 0.007 0.059 0.009 0.030 0.542 0.093 0.122 0.029 9 W 0.030 0.052 0.021 0.009 0.042 0.019 0.025 0.422 0.093 0.247 0.041 10 N 0.023 0.245 0.055 0.010 0.098 0.012 0.022 0.462 0.044 0.018 0.011 11 T 0.017 0.088 0.035 0.005 0.032 0.005 0.010 0.700 0.064 0.034 0.011 12 K 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.901 0.064 0.011 0.003 13 E 0.003 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.914 0.055 0.005 0.004 14 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.897 0.063 0.022 0.001 15 A 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.003 0.885 0.061 0.027 0.002 16 K 0.002 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.863 0.086 0.021 0.002 17 Q 0.001 0.008 0.002 0.003 0.006 0.014 0.029 0.861 0.066 0.009 0.002 18 A 0.007 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 0.874 0.061 0.023 0.006 19 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.799 0.125 0.064 0.004 20 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.879 0.109 0.003 0.001 21 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.910 0.065 0.004 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.786 0.173 0.027 0.001 23 L 0.018 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.714 0.198 0.034 0.014 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.048 0.596 0.332 0.014 0.001 25 E 0.010 0.018 0.003 0.004 0.017 0.005 0.065 0.552 0.226 0.091 0.009 26 K 0.013 0.576 0.113 0.006 0.128 0.012 0.021 0.030 0.047 0.047 0.006 27 R 0.082 0.004 0.001 0.003 0.016 0.001 0.004 0.008 0.031 0.596 0.252 28 V 0.036 0.510 0.222 0.016 0.160 0.001 0.002 0.004 0.007 0.021 0.021 29 P 0.035 0.466 0.195 0.057 0.175 0.007 0.003 0.011 0.014 0.019 0.018 30 S 0.010 0.017 0.014 0.008 0.024 0.048 0.156 0.336 0.365 0.018 0.005 31 N 0.026 0.011 0.005 0.002 0.017 0.004 0.013 0.032 0.065 0.754 0.070 32 A 0.064 0.380 0.055 0.003 0.365 0.003 0.006 0.018 0.015 0.068 0.023 33 S 0.046 0.499 0.172 0.003 0.103 0.002 0.004 0.086 0.031 0.034 0.020 34 W 0.010 0.004 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.693 0.253 0.015 0.003 35 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.901 0.087 0.001 0.001 36 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.900 0.066 0.014 0.001 37 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.831 0.115 0.040 0.001 38 M 0.002 0.009 0.002 0.001 0.006 0.002 0.006 0.785 0.170 0.015 0.002 39 K 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.020 0.831 0.125 0.007 0.002 40 M 0.009 0.007 0.006 0.002 0.010 0.003 0.038 0.700 0.153 0.065 0.007 41 I 0.038 0.015 0.002 0.002 0.039 0.005 0.024 0.469 0.270 0.110 0.025 42 I 0.004 0.043 0.018 0.014 0.020 0.045 0.137 0.562 0.144 0.009 0.001 43 N 0.013 0.013 0.006 0.005 0.013 0.006 0.008 0.050 0.070 0.772 0.043 44 D 0.126 0.243 0.079 0.005 0.401 0.002 0.004 0.053 0.041 0.020 0.027 45 P 0.006 0.007 0.004 0.004 0.009 0.007 0.031 0.645 0.259 0.024 0.005 46 R 0.010 0.035 0.010 0.007 0.026 0.014 0.060 0.554 0.170 0.107 0.007 47 Y 0.096 0.072 0.019 0.013 0.122 0.013 0.016 0.251 0.123 0.195 0.080 48 S 0.052 0.091 0.043 0.017 0.106 0.012 0.045 0.391 0.146 0.068 0.029 49 A 0.092 0.116 0.045 0.008 0.171 0.006 0.020 0.296 0.120 0.076 0.049 50 L 0.052 0.128 0.036 0.019 0.139 0.018 0.066 0.317 0.111 0.088 0.027 51 A 0.046 0.152 0.065 0.024 0.112 0.048 0.114 0.215 0.103 0.096 0.024 52 N 0.127 0.288 0.127 0.013 0.202 0.003 0.006 0.042 0.022 0.099 0.072 53 L 0.045 0.080 0.018 0.007 0.127 0.019 0.020 0.391 0.214 0.053 0.025 54 S 0.011 0.021 0.016 0.012 0.015 0.018 0.036 0.671 0.135 0.050 0.015 55 E 0.010 0.024 0.011 0.002 0.015 0.002 0.010 0.683 0.112 0.118 0.013 56 K 0.006 0.017 0.004 0.001 0.008 0.002 0.003 0.845 0.093 0.017 0.004 57 K 0.002 0.008 0.003 0.002 0.005 0.002 0.007 0.884 0.078 0.006 0.002 58 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.012 0.893 0.065 0.012 0.003 59 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.890 0.076 0.017 0.001 60 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.886 0.089 0.012 0.001 61 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.909 0.071 0.004 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.918 0.049 0.006 0.001 63 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.897 0.076 0.011 0.001 64 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.847 0.117 0.014 0.002 65 V 0.003 0.012 0.004 0.003 0.009 0.008 0.037 0.810 0.103 0.010 0.002 66 Q 0.021 0.014 0.006 0.004 0.027 0.006 0.049 0.692 0.113 0.058 0.010 67 T 0.029 0.120 0.042 0.013 0.084 0.020 0.061 0.411 0.138 0.069 0.014 68 E 0.061 0.106 0.044 0.020 0.093 0.016 0.034 0.335 0.130 0.121 0.039 69 K 0.036 0.120 0.089 0.035 0.079 0.050 0.096 0.292 0.101 0.079 0.023