# TARGET T0169 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0169.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 246 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.971 2 D 0.568 0.027 0.001 0.004 0.008 0.004 0.388 3 I 0.518 0.039 0.003 0.005 0.027 0.008 0.401 4 R 0.466 0.011 0.007 0.006 0.065 0.019 0.426 5 T 0.266 0.022 0.009 0.008 0.165 0.029 0.500 6 I 0.042 0.015 0.003 0.002 0.143 0.009 0.786 7 T 0.014 0.005 0.001 0.001 0.061 0.004 0.914 8 S 0.001 0.001 0.312 0.437 0.071 0.154 0.024 9 S 0.001 0.002 0.325 0.460 0.065 0.120 0.028 10 D 0.001 0.001 0.146 0.680 0.051 0.040 0.080 11 Y 0.001 0.001 0.011 0.956 0.006 0.013 0.014 12 E 0.001 0.001 0.006 0.950 0.004 0.030 0.009 13 M 0.001 0.001 0.005 0.952 0.003 0.033 0.006 14 V 0.001 0.001 0.002 0.975 0.007 0.008 0.006 15 T 0.003 0.001 0.002 0.979 0.004 0.007 0.005 16 S 0.002 0.001 0.003 0.966 0.003 0.020 0.005 17 V 0.002 0.001 0.006 0.954 0.007 0.019 0.011 18 L 0.002 0.001 0.018 0.937 0.005 0.029 0.008 19 N 0.003 0.001 0.026 0.814 0.012 0.134 0.011 20 E 0.002 0.001 0.024 0.658 0.036 0.237 0.041 21 W 0.005 0.007 0.027 0.423 0.134 0.192 0.211 22 W 0.008 0.009 0.033 0.145 0.167 0.118 0.519 23 G 0.009 0.008 0.070 0.138 0.143 0.172 0.460 24 G 0.008 0.007 0.102 0.205 0.165 0.196 0.317 25 R 0.010 0.007 0.090 0.285 0.159 0.130 0.317 26 Q 0.010 0.006 0.084 0.420 0.112 0.120 0.249 27 L 0.008 0.006 0.056 0.496 0.087 0.097 0.251 28 K 0.005 0.003 0.031 0.662 0.052 0.060 0.188 29 E 0.004 0.001 0.014 0.851 0.025 0.040 0.065 30 K 0.004 0.002 0.008 0.894 0.015 0.026 0.050 31 L 0.005 0.002 0.004 0.932 0.012 0.015 0.031 32 P 0.007 0.001 0.002 0.956 0.008 0.011 0.015 33 R 0.007 0.001 0.003 0.960 0.006 0.013 0.011 34 L 0.004 0.001 0.005 0.956 0.005 0.020 0.009 35 F 0.005 0.001 0.011 0.933 0.006 0.033 0.011 36 F 0.008 0.001 0.022 0.852 0.012 0.089 0.016 37 E 0.008 0.001 0.027 0.650 0.032 0.249 0.031 38 H 0.013 0.004 0.033 0.281 0.193 0.243 0.233 39 F 0.015 0.006 0.060 0.068 0.249 0.240 0.362 40 Q 0.020 0.004 0.094 0.018 0.200 0.523 0.140 41 D 0.072 0.004 0.073 0.006 0.298 0.357 0.192 42 T 0.368 0.006 0.018 0.002 0.182 0.057 0.367 43 S 0.856 0.009 0.003 0.001 0.015 0.007 0.109 44 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 45 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 46 T 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 47 S 0.907 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 0.071 48 E 0.635 0.004 0.010 0.001 0.059 0.201 0.090 49 H 0.014 0.001 0.008 0.001 0.075 0.898 0.005 50 N 0.016 0.001 0.005 0.001 0.113 0.850 0.015 51 S 0.773 0.010 0.001 0.001 0.040 0.009 0.167 52 M 0.936 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 53 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 54 G 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 55 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 56 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 57 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 58 G 0.947 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 59 F 0.863 0.010 0.001 0.001 0.019 0.004 0.102 60 Q 0.603 0.044 0.011 0.003 0.073 0.049 0.218 61 S 0.162 0.014 0.041 0.006 0.228 0.274 0.275 62 Q 0.088 0.008 0.051 0.013 0.254 0.341 0.245 63 S 0.074 0.011 0.057 0.027 0.201 0.338 0.293 64 D 0.100 0.020 0.047 0.037 0.270 0.174 0.353 65 P 0.138 0.013 0.058 0.044 0.235 0.218 0.294 66 E 0.266 0.013 0.037 0.029 0.229 0.142 0.284 67 T 0.663 0.015 0.011 0.014 0.070 0.026 0.202 68 A 0.860 0.009 0.003 0.006 0.018 0.005 0.099 69 Y 0.936 0.005 0.003 0.004 0.010 0.003 0.039 70 I 0.960 0.003 0.003 0.004 0.006 0.003 0.022 71 H 0.915 0.002 0.006 0.012 0.016 0.005 0.044 72 F 0.921 0.002 0.006 0.007 0.011 0.005 0.048 73 S 0.932 0.001 0.005 0.007 0.011 0.011 0.034 74 G 0.940 0.003 0.003 0.004 0.014 0.006 0.030 75 V 0.842 0.035 0.002 0.005 0.024 0.004 0.088 76 H 0.342 0.009 0.002 0.005 0.035 0.007 0.600 77 P 0.003 0.001 0.465 0.175 0.015 0.330 0.012 78 D 0.002 0.001 0.517 0.133 0.048 0.290 0.009 79 F 0.002 0.002 0.683 0.132 0.027 0.123 0.031 80 R 0.008 0.006 0.265 0.206 0.093 0.319 0.103 81 K 0.009 0.004 0.115 0.086 0.084 0.620 0.082 82 M 0.015 0.005 0.058 0.125 0.329 0.208 0.259 83 Q 0.020 0.011 0.034 0.183 0.255 0.156 0.342 84 I 0.020 0.019 0.029 0.460 0.157 0.063 0.252 85 G 0.003 0.001 0.010 0.824 0.029 0.018 0.114 86 K 0.001 0.001 0.003 0.980 0.005 0.006 0.006 87 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 88 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 90 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 92 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 96 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 97 K 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.016 0.004 98 Q 0.003 0.001 0.015 0.818 0.015 0.138 0.011 99 R 0.001 0.001 0.004 0.072 0.013 0.909 0.001 100 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.007 101 C 0.068 0.003 0.001 0.001 0.040 0.008 0.880 102 T 0.493 0.007 0.001 0.001 0.109 0.006 0.383 103 R 0.932 0.003 0.001 0.001 0.013 0.002 0.048 104 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 105 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 106 C 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 107 V 0.884 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.098 108 T 0.527 0.018 0.003 0.002 0.070 0.007 0.372 109 S 0.135 0.013 0.007 0.005 0.163 0.025 0.653 110 P 0.036 0.007 0.055 0.038 0.255 0.317 0.292 111 V 0.012 0.009 0.054 0.097 0.211 0.303 0.313 112 N 0.006 0.003 0.026 0.214 0.146 0.053 0.552 113 K 0.004 0.002 0.019 0.793 0.036 0.049 0.097 114 V 0.003 0.002 0.014 0.904 0.009 0.040 0.027 115 S 0.001 0.001 0.005 0.973 0.003 0.010 0.008 116 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 117 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 118 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 120 T 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 121 K 0.001 0.001 0.005 0.927 0.002 0.064 0.001 122 L 0.001 0.001 0.005 0.392 0.017 0.581 0.004 123 G 0.002 0.001 0.002 0.015 0.048 0.882 0.050 124 F 0.075 0.011 0.002 0.006 0.050 0.012 0.843 125 D 0.573 0.028 0.006 0.008 0.029 0.004 0.351 126 I 0.715 0.010 0.018 0.010 0.022 0.008 0.217 127 E 0.752 0.007 0.033 0.017 0.035 0.022 0.134 128 K 0.809 0.004 0.018 0.014 0.031 0.017 0.108 129 G 0.849 0.007 0.010 0.013 0.029 0.011 0.082 130 T 0.829 0.013 0.006 0.015 0.021 0.008 0.108 131 K 0.705 0.017 0.009 0.016 0.056 0.019 0.177 132 T 0.470 0.013 0.014 0.018 0.099 0.072 0.315 133 V 0.196 0.013 0.031 0.025 0.186 0.312 0.238 134 N 0.104 0.008 0.027 0.014 0.295 0.317 0.234 135 G 0.192 0.010 0.031 0.018 0.383 0.123 0.243 136 I 0.358 0.025 0.038 0.028 0.141 0.081 0.329 137 S 0.607 0.032 0.033 0.019 0.065 0.048 0.196 138 V 0.702 0.023 0.034 0.022 0.039 0.045 0.135 139 F 0.689 0.027 0.036 0.023 0.043 0.046 0.136 140 A 0.608 0.023 0.034 0.023 0.061 0.045 0.205 141 N 0.477 0.034 0.033 0.021 0.099 0.075 0.261 142 Y 0.273 0.029 0.033 0.022 0.170 0.175 0.298 143 D 0.086 0.013 0.025 0.016 0.252 0.287 0.322 144 G 0.036 0.007 0.019 0.012 0.344 0.228 0.355 145 P 0.064 0.011 0.015 0.023 0.361 0.155 0.372 146 G 0.116 0.021 0.048 0.157 0.246 0.155 0.257 147 Q 0.125 0.022 0.058 0.364 0.131 0.064 0.236 148 D 0.201 0.034 0.051 0.429 0.046 0.039 0.200 149 R 0.237 0.010 0.036 0.579 0.028 0.028 0.081 150 V 0.345 0.003 0.030 0.522 0.016 0.022 0.061 151 L 0.320 0.006 0.037 0.539 0.020 0.026 0.052 152 F 0.365 0.006 0.041 0.442 0.032 0.044 0.070 153 V 0.273 0.007 0.046 0.401 0.060 0.080 0.133 154 K 0.197 0.007 0.027 0.262 0.149 0.177 0.181 155 N 0.088 0.014 0.012 0.118 0.009 0.151 0.607 156 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999