# TARGET T0169 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0169.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 246 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.174 0.018 0.004 0.576 0.002 0.002 0.006 0.004 0.013 0.027 2 D 0.146 0.153 0.025 0.001 0.635 0.001 0.002 0.004 0.002 0.010 0.020 3 I 0.352 0.120 0.016 0.002 0.431 0.001 0.002 0.006 0.004 0.010 0.055 4 R 0.032 0.395 0.244 0.022 0.239 0.021 0.017 0.011 0.006 0.006 0.008 5 T 0.203 0.301 0.109 0.001 0.313 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.050 6 I 0.082 0.387 0.150 0.014 0.245 0.017 0.027 0.011 0.009 0.026 0.031 7 T 0.003 0.661 0.291 0.009 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.421 0.551 0.006 0.001 9 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.614 0.326 0.034 0.002 10 D 0.028 0.034 0.008 0.001 0.041 0.001 0.010 0.237 0.111 0.500 0.029 11 Y 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.721 0.239 0.015 0.002 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.909 0.076 0.001 0.001 13 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.898 0.063 0.030 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.061 0.007 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.048 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.941 0.046 0.004 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.903 0.072 0.008 0.001 18 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.808 0.156 0.013 0.001 19 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.057 0.698 0.178 0.051 0.002 20 E 0.008 0.036 0.015 0.005 0.026 0.011 0.177 0.472 0.120 0.119 0.010 21 W 0.059 0.092 0.030 0.010 0.090 0.017 0.089 0.227 0.135 0.202 0.049 22 W 0.063 0.210 0.123 0.029 0.132 0.019 0.048 0.144 0.093 0.099 0.042 23 G 0.037 0.177 0.088 0.035 0.101 0.035 0.061 0.215 0.124 0.100 0.028 24 G 0.053 0.139 0.067 0.016 0.119 0.018 0.046 0.201 0.160 0.141 0.038 25 R 0.060 0.167 0.087 0.014 0.131 0.014 0.029 0.204 0.136 0.114 0.043 26 Q 0.046 0.156 0.061 0.011 0.111 0.018 0.033 0.310 0.134 0.088 0.030 27 L 0.053 0.122 0.049 0.009 0.093 0.009 0.019 0.349 0.129 0.134 0.035 28 K 0.024 0.101 0.042 0.007 0.053 0.006 0.011 0.539 0.143 0.060 0.014 29 E 0.008 0.025 0.009 0.003 0.017 0.003 0.008 0.794 0.111 0.017 0.005 30 K 0.004 0.008 0.003 0.002 0.007 0.003 0.008 0.864 0.082 0.017 0.003 31 L 0.004 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 0.884 0.068 0.016 0.003 32 P 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.886 0.083 0.013 0.002 33 R 0.003 0.006 0.002 0.002 0.006 0.003 0.009 0.884 0.072 0.010 0.003 34 L 0.004 0.006 0.003 0.002 0.007 0.003 0.014 0.811 0.109 0.038 0.004 35 F 0.006 0.010 0.003 0.002 0.013 0.004 0.023 0.701 0.188 0.045 0.005 36 F 0.008 0.024 0.003 0.003 0.020 0.008 0.073 0.640 0.170 0.044 0.006 37 E 0.019 0.034 0.011 0.008 0.036 0.024 0.146 0.344 0.149 0.207 0.021 38 H 0.128 0.089 0.064 0.029 0.119 0.023 0.036 0.107 0.083 0.205 0.118 39 F 0.053 0.163 0.082 0.047 0.121 0.042 0.059 0.207 0.144 0.057 0.026 40 Q 0.022 0.045 0.028 0.034 0.041 0.057 0.126 0.234 0.221 0.174 0.019 41 D 0.095 0.124 0.053 0.026 0.161 0.020 0.048 0.084 0.099 0.228 0.060 42 T 0.258 0.132 0.023 0.010 0.444 0.007 0.007 0.012 0.011 0.037 0.058 43 S 0.183 0.123 0.012 0.004 0.644 0.003 0.004 0.005 0.002 0.006 0.014 44 F 0.366 0.041 0.002 0.001 0.569 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 45 I 0.277 0.082 0.007 0.001 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 46 T 0.109 0.227 0.007 0.001 0.626 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.022 47 S 0.239 0.217 0.267 0.048 0.105 0.020 0.013 0.025 0.010 0.007 0.049 48 E 0.006 0.006 0.045 0.140 0.006 0.199 0.085 0.270 0.202 0.032 0.008 49 H 0.001 0.340 0.182 0.432 0.008 0.013 0.009 0.007 0.005 0.002 0.001 50 N 0.002 0.004 0.005 0.008 0.002 0.003 0.005 0.015 0.035 0.813 0.106 51 S 0.009 0.667 0.119 0.001 0.188 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 52 M 0.641 0.013 0.001 0.001 0.278 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 53 T 0.069 0.095 0.026 0.124 0.157 0.279 0.204 0.010 0.003 0.010 0.023 54 G 0.175 0.213 0.032 0.016 0.527 0.004 0.004 0.004 0.003 0.006 0.016 55 F 0.360 0.043 0.005 0.002 0.551 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.028 56 L 0.322 0.084 0.007 0.003 0.523 0.008 0.005 0.002 0.001 0.003 0.040 57 I 0.316 0.072 0.012 0.002 0.472 0.002 0.003 0.005 0.004 0.013 0.100 58 G 0.228 0.151 0.059 0.026 0.327 0.015 0.016 0.016 0.019 0.053 0.092 59 F 0.130 0.225 0.136 0.050 0.282 0.021 0.015 0.020 0.024 0.047 0.050 60 Q 0.118 0.203 0.104 0.054 0.198 0.033 0.046 0.074 0.069 0.058 0.043 61 S 0.091 0.153 0.099 0.059 0.164 0.037 0.080 0.101 0.083 0.089 0.043 62 Q 0.076 0.124 0.083 0.045 0.123 0.048 0.072 0.147 0.122 0.116 0.045 63 S 0.074 0.123 0.099 0.055 0.121 0.066 0.080 0.132 0.090 0.113 0.045 64 D 0.085 0.136 0.098 0.059 0.145 0.041 0.054 0.116 0.098 0.121 0.046 65 P 0.084 0.140 0.073 0.034 0.141 0.036 0.057 0.166 0.122 0.111 0.036 66 E 0.105 0.094 0.054 0.027 0.152 0.030 0.061 0.156 0.096 0.177 0.049 67 T 0.259 0.100 0.027 0.015 0.281 0.010 0.021 0.048 0.035 0.090 0.115 68 A 0.216 0.203 0.052 0.035 0.385 0.014 0.011 0.017 0.007 0.021 0.039 69 Y 0.148 0.240 0.027 0.004 0.527 0.007 0.013 0.014 0.004 0.007 0.011 70 I 0.631 0.012 0.001 0.001 0.283 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.065 71 H 0.084 0.137 0.026 0.107 0.291 0.229 0.072 0.021 0.007 0.011 0.015 72 F 0.346 0.055 0.006 0.001 0.494 0.002 0.003 0.006 0.005 0.012 0.071 73 S 0.287 0.080 0.010 0.013 0.453 0.025 0.008 0.008 0.011 0.020 0.083 74 G 0.316 0.073 0.014 0.001 0.467 0.001 0.003 0.004 0.004 0.030 0.086 75 V 0.062 0.471 0.192 0.009 0.212 0.003 0.002 0.002 0.002 0.019 0.027 76 H 0.035 0.505 0.180 0.009 0.263 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 77 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.009 0.392 0.577 0.007 0.001 78 D 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.113 0.658 0.176 0.040 0.001 79 F 0.013 0.010 0.002 0.002 0.013 0.011 0.102 0.455 0.108 0.265 0.019 80 R 0.011 0.040 0.019 0.015 0.017 0.033 0.106 0.542 0.141 0.064 0.013 81 K 0.029 0.039 0.032 0.032 0.037 0.026 0.080 0.281 0.116 0.293 0.035 82 M 0.007 0.368 0.261 0.091 0.031 0.040 0.071 0.088 0.012 0.024 0.006 83 Q 0.023 0.061 0.066 0.092 0.027 0.050 0.054 0.301 0.049 0.197 0.078 84 I 0.014 0.048 0.024 0.002 0.016 0.001 0.008 0.711 0.135 0.028 0.013 85 G 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.905 0.071 0.009 0.001 86 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.049 0.001 0.001 87 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.040 0.002 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.004 0.001 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.048 0.002 0.001 90 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.950 0.036 0.002 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.023 0.003 0.001 92 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.065 0.006 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.052 0.002 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.951 0.035 0.003 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.917 0.063 0.006 0.001 96 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.900 0.071 0.010 0.004 97 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.767 0.188 0.011 0.001 98 Q 0.003 0.038 0.013 0.006 0.010 0.010 0.089 0.679 0.124 0.026 0.002 99 R 0.001 0.618 0.337 0.006 0.021 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.001 100 G 0.059 0.009 0.006 0.004 0.012 0.001 0.003 0.005 0.009 0.482 0.408 101 C 0.222 0.227 0.017 0.002 0.415 0.002 0.002 0.006 0.010 0.025 0.072 102 T 0.050 0.127 0.029 0.110 0.233 0.159 0.165 0.055 0.025 0.031 0.017 103 R 0.466 0.035 0.003 0.001 0.447 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.032 104 V 0.220 0.084 0.004 0.004 0.661 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.015 105 K 0.274 0.039 0.006 0.001 0.624 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.047 106 C 0.326 0.090 0.011 0.005 0.478 0.005 0.005 0.005 0.003 0.007 0.065 107 V 0.295 0.097 0.017 0.006 0.426 0.005 0.007 0.010 0.009 0.031 0.096 108 T 0.202 0.200 0.074 0.021 0.332 0.011 0.010 0.022 0.016 0.041 0.072 109 S 0.062 0.346 0.195 0.046 0.222 0.014 0.018 0.034 0.020 0.021 0.021 110 P 0.052 0.099 0.064 0.039 0.075 0.052 0.081 0.308 0.158 0.044 0.029 111 V 0.021 0.059 0.047 0.034 0.035 0.050 0.112 0.368 0.135 0.116 0.022 112 N 0.062 0.085 0.041 0.014 0.075 0.011 0.014 0.344 0.157 0.147 0.049 113 K 0.006 0.024 0.015 0.005 0.011 0.008 0.009 0.709 0.181 0.025 0.007 114 V 0.002 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.902 0.069 0.007 0.002 115 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.097 0.009 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.068 0.001 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.035 0.001 0.001 118 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.035 0.001 0.001 119 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.056 0.004 0.001 120 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.835 0.142 0.003 0.001 121 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.114 0.834 0.041 0.003 0.001 122 L 0.002 0.513 0.424 0.005 0.040 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 123 G 0.143 0.030 0.019 0.052 0.041 0.016 0.016 0.025 0.018 0.298 0.341 124 F 0.211 0.238 0.032 0.003 0.391 0.002 0.003 0.020 0.016 0.031 0.054 125 D 0.039 0.497 0.094 0.020 0.281 0.013 0.011 0.022 0.008 0.006 0.009 126 I 0.599 0.031 0.005 0.001 0.283 0.002 0.003 0.014 0.005 0.006 0.051 127 E 0.050 0.162 0.054 0.161 0.147 0.166 0.104 0.077 0.030 0.029 0.020 128 K 0.149 0.171 0.120 0.030 0.281 0.008 0.010 0.047 0.026 0.069 0.088 129 G 0.230 0.128 0.041 0.010 0.297 0.017 0.027 0.088 0.051 0.050 0.060 130 T 0.185 0.213 0.051 0.013 0.362 0.007 0.015 0.047 0.026 0.036 0.045 131 K 0.099 0.165 0.052 0.036 0.182 0.061 0.117 0.136 0.078 0.040 0.033 132 T 0.177 0.168 0.124 0.032 0.235 0.011 0.013 0.041 0.037 0.087 0.074 133 V 0.152 0.120 0.046 0.031 0.174 0.031 0.047 0.139 0.101 0.085 0.074 134 N 0.033 0.088 0.090 0.153 0.061 0.100 0.116 0.102 0.075 0.154 0.028 135 G 0.048 0.159 0.181 0.134 0.096 0.030 0.025 0.093 0.075 0.119 0.040 136 I 0.149 0.189 0.051 0.012 0.236 0.013 0.025 0.115 0.080 0.074 0.056 137 S 0.146 0.171 0.054 0.015 0.371 0.011 0.018 0.078 0.053 0.044 0.040 138 V 0.265 0.101 0.022 0.007 0.363 0.009 0.017 0.083 0.042 0.038 0.055 139 F 0.189 0.137 0.051 0.023 0.305 0.023 0.035 0.076 0.040 0.059 0.062 140 A 0.115 0.257 0.092 0.028 0.268 0.017 0.021 0.070 0.044 0.046 0.042 141 N 0.154 0.191 0.089 0.019 0.245 0.015 0.029 0.092 0.054 0.053 0.059 142 Y 0.098 0.112 0.069 0.046 0.128 0.057 0.110 0.177 0.085 0.071 0.048 143 D 0.058 0.137 0.081 0.121 0.096 0.075 0.090 0.120 0.059 0.123 0.042 144 G 0.040 0.090 0.139 0.238 0.064 0.097 0.038 0.051 0.043 0.158 0.042 145 P 0.039 0.150 0.113 0.112 0.068 0.064 0.083 0.155 0.080 0.103 0.033 146 G 0.074 0.085 0.083 0.050 0.099 0.025 0.026 0.126 0.089 0.270 0.073 147 Q 0.077 0.255 0.062 0.013 0.154 0.017 0.045 0.207 0.097 0.047 0.026 148 D 0.210 0.073 0.034 0.013 0.189 0.010 0.016 0.213 0.066 0.092 0.084 149 R 0.101 0.130 0.028 0.013 0.162 0.014 0.024 0.354 0.109 0.043 0.023 150 V 0.190 0.075 0.015 0.006 0.290 0.008 0.015 0.296 0.063 0.018 0.024 151 L 0.160 0.077 0.024 0.020 0.199 0.019 0.029 0.323 0.073 0.038 0.037 152 F 0.099 0.150 0.032 0.010 0.244 0.013 0.024 0.287 0.063 0.048 0.030 153 V 0.185 0.104 0.030 0.014 0.206 0.012 0.021 0.204 0.076 0.076 0.071 154 K 0.041 0.232 0.135 0.052 0.148 0.049 0.055 0.177 0.065 0.028 0.018 155 N 0.160 0.143 0.055 0.014 0.215 0.010 0.026 0.132 0.071 0.098 0.078 156 I 0.100 0.141 0.075 0.023 0.164 0.017 0.027 0.150 0.117 0.133 0.053