# TARGET T0168 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0168.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.005 0.333 0.088 0.564 2 K 0.019 0.004 0.012 0.747 0.065 0.153 3 E 0.027 0.005 0.011 0.744 0.075 0.137 4 L 0.037 0.003 0.017 0.743 0.083 0.118 5 I 0.053 0.003 0.020 0.599 0.139 0.187 6 K 0.056 0.007 0.020 0.500 0.193 0.225 7 E 0.076 0.015 0.023 0.489 0.174 0.223 8 H 0.103 0.014 0.021 0.270 0.205 0.387 9 Q 0.104 0.015 0.025 0.219 0.277 0.360 10 K 0.049 0.008 0.028 0.167 0.324 0.424 11 D 0.021 0.007 0.022 0.200 0.297 0.454 12 I 0.016 0.003 0.061 0.465 0.236 0.219 13 N 0.012 0.004 0.050 0.509 0.218 0.206 14 P 0.014 0.005 0.072 0.541 0.181 0.187 15 A 0.021 0.004 0.042 0.721 0.102 0.110 16 L 0.023 0.003 0.029 0.801 0.065 0.079 17 Q 0.041 0.006 0.025 0.774 0.053 0.101 18 L 0.020 0.002 0.011 0.919 0.014 0.034 19 H 0.012 0.001 0.006 0.964 0.007 0.011 20 D 0.008 0.001 0.006 0.972 0.007 0.007 21 W 0.007 0.001 0.006 0.975 0.006 0.005 22 V 0.008 0.001 0.007 0.965 0.011 0.009 23 E 0.006 0.001 0.010 0.960 0.014 0.009 24 Y 0.009 0.001 0.009 0.904 0.037 0.041 25 Y 0.014 0.001 0.009 0.789 0.059 0.129 26 R 0.042 0.008 0.016 0.518 0.141 0.275 27 P 0.075 0.012 0.030 0.453 0.221 0.209 28 F 0.075 0.009 0.041 0.359 0.287 0.229 29 A 0.043 0.010 0.039 0.205 0.504 0.199 30 A 0.031 0.007 0.035 0.152 0.587 0.188 31 N 0.025 0.005 0.028 0.149 0.554 0.239 32 G 0.067 0.011 0.012 0.063 0.428 0.419 33 Q 0.188 0.058 0.011 0.076 0.199 0.467 34 S 0.204 0.035 0.016 0.182 0.130 0.432 35 A 0.135 0.008 0.100 0.337 0.178 0.242 36 N 0.158 0.016 0.118 0.408 0.141 0.159 37 Y 0.072 0.007 0.093 0.593 0.100 0.135 38 I 0.062 0.007 0.065 0.600 0.125 0.141 39 P 0.045 0.004 0.074 0.706 0.117 0.055 40 A 0.018 0.002 0.095 0.757 0.100 0.029 41 L 0.013 0.004 0.102 0.772 0.085 0.024 42 G 0.011 0.002 0.112 0.700 0.124 0.051 43 K 0.026 0.008 0.051 0.414 0.283 0.217 44 V 0.024 0.043 0.022 0.153 0.269 0.490 45 N 0.011 0.016 0.007 0.014 0.646 0.306 46 D 0.008 0.003 0.129 0.016 0.783 0.062 47 S 0.015 0.003 0.151 0.009 0.781 0.041 48 Q 0.107 0.017 0.228 0.007 0.607 0.034 49 L 0.563 0.017 0.030 0.003 0.182 0.205 50 G 0.768 0.005 0.012 0.002 0.093 0.121 51 I 0.920 0.007 0.003 0.001 0.024 0.046 52 C 0.964 0.002 0.001 0.001 0.009 0.024 53 V 0.976 0.002 0.001 0.001 0.007 0.015 54 L 0.970 0.003 0.001 0.001 0.009 0.016 55 E 0.728 0.013 0.001 0.001 0.247 0.011 56 P 0.160 0.002 0.002 0.001 0.813 0.021 57 D 0.030 0.001 0.001 0.001 0.957 0.010 58 G 0.107 0.006 0.005 0.002 0.858 0.022 59 T 0.790 0.022 0.001 0.003 0.069 0.115 60 M 0.942 0.018 0.001 0.001 0.015 0.023 61 I 0.883 0.003 0.001 0.001 0.032 0.078 62 H 0.892 0.019 0.002 0.001 0.037 0.048 63 A 0.603 0.010 0.010 0.004 0.154 0.219 64 G 0.400 0.012 0.013 0.006 0.316 0.255 65 D 0.201 0.021 0.021 0.007 0.598 0.153 66 W 0.178 0.024 0.025 0.013 0.574 0.185 67 N 0.159 0.019 0.023 0.010 0.563 0.226 68 V 0.224 0.018 0.016 0.020 0.466 0.257 69 S 0.280 0.014 0.007 0.021 0.214 0.464 70 F 0.468 0.047 0.011 0.032 0.139 0.303 71 T 0.630 0.029 0.014 0.022 0.126 0.179 72 M 0.542 0.014 0.067 0.031 0.203 0.144 73 Q 0.302 0.010 0.124 0.034 0.351 0.178 74 S 0.290 0.010 0.114 0.041 0.324 0.222 75 I 0.277 0.016 0.054 0.068 0.356 0.229 76 S 0.228 0.015 0.031 0.105 0.230 0.390 77 K 0.273 0.020 0.021 0.407 0.103 0.176 78 V 0.012 0.001 0.008 0.957 0.014 0.009 79 I 0.002 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 80 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 81 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 84 A 0.002 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 85 C 0.003 0.001 0.005 0.969 0.016 0.007 86 M 0.002 0.001 0.012 0.922 0.039 0.024 87 S 0.003 0.001 0.017 0.851 0.084 0.044 88 R 0.004 0.002 0.013 0.675 0.135 0.172 89 G 0.004 0.004 0.008 0.198 0.150 0.636 90 I 0.003 0.001 0.026 0.742 0.129 0.098 91 P 0.004 0.001 0.040 0.821 0.098 0.037 92 Y 0.005 0.001 0.057 0.880 0.049 0.007 93 V 0.010 0.001 0.047 0.889 0.041 0.011 94 L 0.015 0.002 0.053 0.853 0.057 0.020 95 D 0.009 0.001 0.036 0.886 0.047 0.022 96 R 0.018 0.001 0.018 0.775 0.088 0.100 97 V 0.033 0.053 0.013 0.206 0.232 0.463 98 D 0.041 0.007 0.008 0.026 0.258 0.660 99 V 0.119 0.013 0.042 0.035 0.347 0.444 100 E 0.159 0.047 0.030 0.024 0.351 0.388 101 P 0.130 0.021 0.026 0.016 0.350 0.458 102 T 0.077 0.016 0.012 0.010 0.399 0.487 103 G 0.048 0.036 0.018 0.023 0.407 0.468 104 D 0.041 0.046 0.019 0.050 0.425 0.419 105 A 0.030 0.011 0.052 0.222 0.360 0.325 106 F 0.050 0.020 0.045 0.394 0.269 0.221 107 N 0.056 0.009 0.040 0.505 0.228 0.162 108 S 0.094 0.019 0.044 0.559 0.154 0.131 109 I 0.115 0.013 0.055 0.626 0.105 0.086 110 I 0.192 0.007 0.060 0.578 0.087 0.075 111 R 0.195 0.010 0.060 0.597 0.071 0.067 112 L 0.193 0.015 0.062 0.536 0.088 0.106 113 E 0.196 0.017 0.059 0.458 0.116 0.155 114 I 0.170 0.027 0.050 0.326 0.176 0.251 115 N 0.055 0.049 0.026 0.147 0.468 0.254 116 K 0.008 0.015 0.019 0.023 0.868 0.066 117 P 0.005 0.002 0.011 0.007 0.914 0.061 118 G 0.006 0.011 0.008 0.003 0.893 0.078 119 K 0.034 0.079 0.004 0.002 0.740 0.141 120 P 0.095 0.091 0.005 0.002 0.473 0.334 121 F 0.072 0.043 0.010 0.003 0.505 0.367 122 N 0.064 0.024 0.004 0.002 0.506 0.401 123 P 0.078 0.008 0.006 0.003 0.296 0.609 124 M 0.352 0.053 0.016 0.016 0.225 0.338 125 I 0.544 0.028 0.010 0.025 0.141 0.252 126 N 0.616 0.015 0.008 0.027 0.110 0.223 127 A 0.674 0.007 0.008 0.028 0.086 0.197 128 G 0.875 0.008 0.006 0.026 0.029 0.055 129 A 0.970 0.001 0.002 0.007 0.006 0.014 130 L 0.978 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 131 T 0.969 0.004 0.002 0.010 0.004 0.010 132 I 0.927 0.004 0.010 0.024 0.015 0.021 133 A 0.601 0.003 0.085 0.074 0.138 0.099 134 S 0.352 0.013 0.094 0.084 0.245 0.212 135 I 0.234 0.103 0.067 0.128 0.278 0.190 136 L 0.078 0.046 0.016 0.023 0.791 0.045 137 P 0.013 0.001 0.013 0.009 0.903 0.062 138 G 0.010 0.002 0.008 0.005 0.904 0.072 139 E 0.047 0.051 0.005 0.010 0.759 0.129 140 S 0.056 0.057 0.002 0.020 0.154 0.711 141 A 0.011 0.003 0.059 0.764 0.106 0.058 142 Y 0.003 0.001 0.064 0.844 0.071 0.018 143 E 0.001 0.001 0.033 0.885 0.062 0.018 144 K 0.001 0.001 0.011 0.936 0.028 0.024 145 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.008 0.010 146 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.010 0.010 147 F 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.008 148 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 149 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 150 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 151 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 152 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 154 T 0.001 0.001 0.004 0.972 0.013 0.010 155 L 0.001 0.002 0.007 0.890 0.061 0.039 156 I 0.006 0.012 0.017 0.459 0.305 0.201 157 G 0.007 0.003 0.010 0.073 0.518 0.388 158 K 0.024 0.004 0.012 0.019 0.520 0.420 159 R 0.142 0.021 0.015 0.016 0.302 0.505 160 P 0.392 0.039 0.011 0.018 0.177 0.363 161 R 0.281 0.035 0.008 0.020 0.179 0.478 162 I 0.244 0.045 0.005 0.028 0.145 0.533 163 H 0.111 0.011 0.005 0.049 0.166 0.658 164 E 0.010 0.001 0.022 0.882 0.052 0.033 165 E 0.014 0.001 0.029 0.900 0.046 0.010 166 V 0.022 0.003 0.031 0.869 0.062 0.014 167 F 0.036 0.006 0.023 0.817 0.078 0.039 168 R 0.039 0.007 0.019 0.800 0.084 0.050 169 S 0.052 0.005 0.023 0.694 0.151 0.075 170 E 0.029 0.003 0.021 0.721 0.126 0.100 171 W 0.026 0.012 0.027 0.635 0.165 0.135 172 E 0.032 0.010 0.019 0.565 0.196 0.178 173 T 0.016 0.006 0.012 0.550 0.170 0.246 174 A 0.019 0.009 0.011 0.366 0.220 0.375 175 H 0.008 0.005 0.011 0.629 0.137 0.210 176 R 0.001 0.002 0.004 0.951 0.017 0.025 177 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 178 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 179 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 180 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 181 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 182 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 183 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 184 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 185 K 0.001 0.001 0.003 0.980 0.010 0.006 186 E 0.001 0.001 0.006 0.959 0.020 0.015 187 T 0.002 0.001 0.005 0.848 0.050 0.095 188 N 0.004 0.002 0.006 0.062 0.181 0.745 189 F 0.028 0.025 0.013 0.039 0.245 0.650 190 L 0.074 0.026 0.033 0.058 0.482 0.328 191 E 0.013 0.006 0.054 0.054 0.609 0.264 192 A 0.007 0.009 0.034 0.062 0.463 0.426 193 E 0.005 0.010 0.018 0.106 0.273 0.589 194 V 0.001 0.001 0.014 0.961 0.012 0.012 195 E 0.001 0.001 0.013 0.967 0.013 0.006 196 E 0.001 0.001 0.022 0.965 0.009 0.002 197 T 0.001 0.001 0.013 0.980 0.005 0.001 198 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.007 0.001 199 E 0.001 0.001 0.005 0.980 0.011 0.004 200 V 0.001 0.001 0.003 0.981 0.009 0.007 201 Y 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 202 L 0.001 0.002 0.004 0.970 0.009 0.015 203 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 204 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 205 C 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 206 A 0.002 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 207 M 0.003 0.001 0.003 0.984 0.006 0.004 208 E 0.003 0.001 0.002 0.985 0.004 0.005 209 S 0.005 0.001 0.003 0.961 0.006 0.025 210 T 0.006 0.004 0.003 0.884 0.010 0.093 211 T 0.001 0.001 0.004 0.983 0.003 0.010 212 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 213 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 214 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 215 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 216 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 217 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 218 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 219 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 220 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 221 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 222 A 0.001 0.001 0.011 0.949 0.024 0.015 223 H 0.001 0.001 0.017 0.887 0.057 0.037 224 D 0.004 0.002 0.020 0.415 0.236 0.323 225 G 0.013 0.006 0.007 0.027 0.280 0.666 226 Y 0.046 0.036 0.012 0.012 0.281 0.612 227 H 0.058 0.057 0.018 0.011 0.389 0.467 228 P 0.032 0.021 0.050 0.014 0.667 0.217 229 I 0.033 0.021 0.136 0.019 0.703 0.088 230 R 0.036 0.005 0.083 0.011 0.778 0.087 231 H 0.058 0.005 0.096 0.010 0.716 0.115 232 E 0.259 0.034 0.027 0.009 0.329 0.343 233 Q 0.462 0.062 0.013 0.006 0.139 0.318 234 V 0.389 0.040 0.008 0.005 0.112 0.447 235 I 0.212 0.055 0.002 0.004 0.097 0.629 236 P 0.044 0.013 0.002 0.019 0.115 0.807 237 K 0.001 0.001 0.036 0.878 0.051 0.034 238 D 0.001 0.001 0.026 0.912 0.050 0.011 239 V 0.001 0.001 0.023 0.946 0.026 0.004 240 A 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.007 241 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 242 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 243 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 244 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 245 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 246 L 0.004 0.001 0.002 0.984 0.005 0.005 247 M 0.009 0.001 0.005 0.964 0.010 0.012 248 L 0.012 0.002 0.009 0.943 0.014 0.020 249 T 0.007 0.001 0.009 0.933 0.017 0.033 250 C 0.009 0.002 0.005 0.907 0.020 0.057 251 G 0.026 0.008 0.013 0.577 0.137 0.240 252 M 0.019 0.004 0.016 0.702 0.145 0.114 253 Y 0.024 0.009 0.019 0.658 0.178 0.112 254 N 0.023 0.008 0.016 0.625 0.259 0.069 255 A 0.015 0.005 0.024 0.708 0.180 0.068 256 S 0.022 0.010 0.026 0.614 0.221 0.106 257 G 0.039 0.004 0.034 0.559 0.274 0.091 258 K 0.057 0.006 0.028 0.598 0.189 0.122 259 Y 0.189 0.028 0.034 0.541 0.143 0.066 260 A 0.237 0.007 0.025 0.559 0.122 0.050 261 A 0.338 0.007 0.023 0.444 0.117 0.070 262 F 0.296 0.015 0.028 0.396 0.148 0.117 263 V 0.149 0.011 0.025 0.300 0.198 0.316 264 G 0.059 0.004 0.005 0.024 0.200 0.707 265 V 0.077 0.035 0.006 0.010 0.197 0.675 266 P 0.084 0.017 0.011 0.011 0.235 0.642 267 A 0.125 0.043 0.041 0.020 0.361 0.411 268 K 0.117 0.024 0.062 0.015 0.552 0.229 269 S 0.084 0.011 0.054 0.007 0.704 0.140 270 G 0.083 0.010 0.027 0.002 0.655 0.223 271 V 0.156 0.026 0.009 0.001 0.420 0.388 272 S 0.214 0.007 0.002 0.001 0.223 0.553 273 G 0.399 0.004 0.001 0.001 0.090 0.505 274 G 0.932 0.006 0.001 0.001 0.016 0.045 275 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 276 M 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 277 A 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 278 L 0.962 0.003 0.001 0.001 0.006 0.027 279 V 0.849 0.015 0.001 0.002 0.026 0.107 280 P 0.236 0.013 0.001 0.003 0.128 0.619 281 P 0.035 0.008 0.058 0.069 0.511 0.319 282 S 0.008 0.003 0.165 0.212 0.469 0.143 283 A 0.004 0.001 0.243 0.289 0.399 0.064 284 R 0.007 0.003 0.214 0.259 0.388 0.130 285 R 0.014 0.006 0.132 0.241 0.413 0.194 286 E 0.019 0.023 0.096 0.138 0.401 0.324 287 Q 0.050 0.040 0.100 0.043 0.437 0.331 288 P 0.100 0.018 0.126 0.025 0.491 0.240 289 F 0.119 0.012 0.177 0.022 0.484 0.185 290 Q 0.112 0.017 0.212 0.024 0.475 0.160 291 S 0.283 0.018 0.101 0.011 0.375 0.213 292 G 0.416 0.008 0.032 0.003 0.277 0.264 293 C 0.683 0.008 0.005 0.001 0.103 0.199 294 G 0.906 0.002 0.001 0.001 0.023 0.068 295 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 296 G 0.962 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 297 I 0.937 0.003 0.001 0.001 0.010 0.048 298 Y 0.747 0.004 0.001 0.001 0.035 0.213 299 G 0.330 0.009 0.002 0.001 0.118 0.540 300 P 0.189 0.022 0.008 0.002 0.170 0.609 301 A 0.164 0.063 0.024 0.006 0.228 0.515 302 I 0.110 0.139 0.023 0.016 0.232 0.480 303 D 0.040 0.083 0.012 0.022 0.596 0.247 304 E 0.009 0.009 0.016 0.189 0.657 0.120 305 Y 0.001 0.001 0.013 0.397 0.553 0.035 306 G 0.001 0.003 0.012 0.455 0.503 0.026 307 N 0.002 0.006 0.006 0.819 0.124 0.044 308 S 0.001 0.003 0.004 0.918 0.051 0.023 309 L 0.001 0.001 0.006 0.931 0.044 0.018 310 T 0.001 0.001 0.005 0.949 0.024 0.020 311 G 0.001 0.001 0.004 0.974 0.007 0.013 312 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 313 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 314 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 315 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 316 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 317 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 318 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 319 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.002 320 Q 0.001 0.001 0.005 0.966 0.019 0.010 321 E 0.001 0.001 0.005 0.940 0.028 0.026 322 W 0.001 0.001 0.006 0.846 0.044 0.101 323 E 0.003 0.001 0.003 0.049 0.099 0.845 324 L 0.021 0.004 0.013 0.040 0.162 0.761 325 S 0.104 0.028 0.016 0.038 0.135 0.678 326 I 0.086 0.027 0.015 0.045 0.085 0.741 327 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.985