# TARGET T0167 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0167.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.062 0.038 0.018 0.060 0.024 0.044 0.509 0.101 0.063 0.040 2 K 0.040 0.066 0.026 0.006 0.050 0.005 0.012 0.607 0.112 0.057 0.019 3 T 0.006 0.013 0.007 0.004 0.009 0.005 0.005 0.791 0.132 0.025 0.004 4 T 0.004 0.014 0.005 0.004 0.007 0.004 0.009 0.867 0.077 0.006 0.002 5 E 0.005 0.007 0.004 0.002 0.007 0.002 0.010 0.865 0.069 0.022 0.006 6 Y 0.004 0.010 0.004 0.002 0.007 0.002 0.007 0.875 0.073 0.015 0.002 7 V 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.897 0.072 0.008 0.001 8 A 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.007 0.015 0.907 0.047 0.009 0.002 9 E 0.003 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.005 0.904 0.050 0.017 0.003 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.929 0.060 0.004 0.001 11 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.040 0.002 0.001 12 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.047 0.012 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.046 0.004 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.055 0.002 0.001 15 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.937 0.044 0.003 0.001 16 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.922 0.049 0.012 0.001 17 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.856 0.122 0.009 0.001 18 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.787 0.164 0.013 0.001 19 A 0.001 0.005 0.003 0.002 0.004 0.008 0.082 0.700 0.133 0.059 0.003 20 Y 0.015 0.014 0.003 0.003 0.016 0.010 0.138 0.408 0.121 0.251 0.020 21 I 0.029 0.343 0.072 0.007 0.166 0.013 0.041 0.143 0.069 0.098 0.020 22 S 0.095 0.386 0.162 0.010 0.153 0.003 0.003 0.066 0.021 0.054 0.047 23 N 0.003 0.006 0.003 0.001 0.010 0.005 0.008 0.745 0.202 0.015 0.002 24 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.900 0.075 0.006 0.001 25 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.880 0.075 0.032 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.048 0.005 0.001 27 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.036 0.001 0.001 28 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.032 0.004 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.048 0.007 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.063 0.005 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.906 0.072 0.006 0.001 32 H 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.857 0.103 0.013 0.001 33 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.016 0.696 0.234 0.034 0.002 34 L 0.005 0.012 0.005 0.003 0.007 0.009 0.046 0.544 0.317 0.045 0.006 35 S 0.023 0.008 0.003 0.001 0.015 0.003 0.017 0.134 0.197 0.551 0.046 36 S 0.081 0.455 0.035 0.002 0.349 0.002 0.003 0.013 0.021 0.018 0.020 37 H 0.009 0.009 0.006 0.040 0.011 0.145 0.312 0.231 0.146 0.073 0.017 38 Q 0.116 0.077 0.016 0.023 0.254 0.008 0.012 0.052 0.054 0.324 0.064 39 I 0.253 0.019 0.001 0.001 0.706 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.013 40 F 0.119 0.041 0.003 0.002 0.808 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.012 41 T 0.363 0.021 0.001 0.001 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 42 A 0.176 0.020 0.004 0.012 0.173 0.043 0.109 0.046 0.041 0.234 0.142 43 G 0.109 0.212 0.081 0.054 0.273 0.026 0.036 0.037 0.034 0.088 0.050 44 A 0.090 0.054 0.031 0.072 0.096 0.078 0.068 0.060 0.087 0.242 0.123 45 G 0.019 0.095 0.188 0.271 0.038 0.101 0.057 0.046 0.035 0.111 0.038 46 R 0.036 0.063 0.042 0.028 0.057 0.027 0.043 0.303 0.222 0.154 0.027 47 S 0.018 0.083 0.051 0.023 0.032 0.025 0.059 0.380 0.226 0.086 0.015 48 G 0.005 0.015 0.033 0.044 0.011 0.017 0.016 0.616 0.187 0.049 0.008 49 L 0.006 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.008 0.848 0.110 0.010 0.004 50 M 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.898 0.080 0.008 0.001 51 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.066 0.004 0.001 52 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.040 0.001 0.001 53 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.032 0.004 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.062 0.006 0.001 55 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.899 0.087 0.005 0.001 56 M 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.890 0.070 0.009 0.001 57 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.814 0.121 0.032 0.003 58 L 0.011 0.007 0.002 0.001 0.016 0.003 0.040 0.672 0.171 0.066 0.011 59 M 0.004 0.011 0.004 0.003 0.010 0.010 0.091 0.632 0.211 0.021 0.003 60 H 0.018 0.015 0.006 0.007 0.019 0.016 0.146 0.475 0.158 0.131 0.009 61 M 0.015 0.522 0.218 0.013 0.146 0.006 0.016 0.026 0.018 0.017 0.004 62 G 0.164 0.033 0.030 0.040 0.059 0.018 0.021 0.037 0.044 0.307 0.248 63 F 0.057 0.439 0.142 0.013 0.245 0.009 0.013 0.032 0.022 0.017 0.012 64 N 0.238 0.096 0.020 0.013 0.348 0.013 0.016 0.051 0.036 0.065 0.104 65 A 0.256 0.105 0.024 0.018 0.349 0.014 0.017 0.057 0.048 0.049 0.061 66 H 0.108 0.229 0.069 0.012 0.383 0.010 0.017 0.074 0.030 0.037 0.031 67 I 0.318 0.098 0.023 0.005 0.366 0.006 0.014 0.051 0.021 0.030 0.067 68 V 0.134 0.135 0.060 0.062 0.227 0.052 0.052 0.093 0.059 0.076 0.051 69 G 0.070 0.132 0.083 0.087 0.140 0.061 0.113 0.124 0.073 0.072 0.044 70 E 0.103 0.127 0.069 0.040 0.154 0.022 0.039 0.072 0.081 0.216 0.077 71 I 0.082 0.227 0.109 0.052 0.206 0.029 0.038 0.067 0.057 0.090 0.043 72 L 0.176 0.110 0.052 0.032 0.222 0.030 0.049 0.074 0.074 0.108 0.073 73 T 0.121 0.208 0.121 0.046 0.215 0.020 0.021 0.060 0.081 0.062 0.045 74 P 0.072 0.306 0.147 0.015 0.204 0.013 0.020 0.080 0.070 0.042 0.033 75 P 0.157 0.188 0.031 0.002 0.282 0.004 0.018 0.064 0.065 0.128 0.060 76 L 0.182 0.219 0.112 0.023 0.239 0.018 0.027 0.049 0.031 0.047 0.052 77 A 0.012 0.169 0.553 0.171 0.054 0.015 0.002 0.010 0.004 0.007 0.003 78 E 0.001 0.008 0.006 0.027 0.003 0.083 0.573 0.229 0.068 0.004 0.001 79 G 0.008 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.004 0.011 0.035 0.779 0.148 80 D 0.011 0.679 0.069 0.003 0.230 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 81 L 0.315 0.024 0.001 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 82 V 0.197 0.048 0.001 0.003 0.734 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 I 0.282 0.023 0.001 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 84 I 0.274 0.084 0.007 0.001 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 85 G 0.309 0.098 0.012 0.005 0.395 0.006 0.005 0.003 0.002 0.024 0.141 86 S 0.094 0.346 0.201 0.033 0.218 0.013 0.019 0.012 0.010 0.019 0.035 87 G 0.069 0.135 0.120 0.075 0.084 0.048 0.048 0.089 0.146 0.139 0.047 88 S 0.019 0.383 0.199 0.073 0.113 0.046 0.049 0.045 0.044 0.020 0.008 89 G 0.012 0.042 0.054 0.067 0.018 0.046 0.029 0.098 0.128 0.418 0.089 90 E 0.036 0.144 0.051 0.006 0.081 0.010 0.049 0.187 0.133 0.271 0.032 91 T 0.047 0.379 0.182 0.006 0.126 0.002 0.002 0.152 0.065 0.025 0.013 92 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.784 0.193 0.005 0.001 93 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.910 0.076 0.004 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.090 0.008 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.071 0.001 0.001 96 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.037 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.886 0.080 0.031 0.001 98 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.899 0.089 0.005 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.050 0.001 0.001 100 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.042 0.004 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.055 0.005 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.796 0.187 0.002 0.001 103 S 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.024 0.802 0.135 0.023 0.001 104 L 0.001 0.577 0.393 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 105 H 0.071 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.316 0.599 106 G 0.084 0.517 0.029 0.001 0.345 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 107 I 0.074 0.141 0.009 0.016 0.665 0.037 0.034 0.011 0.003 0.003 0.007 108 V 0.523 0.010 0.001 0.001 0.455 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 109 A 0.181 0.042 0.002 0.005 0.733 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 110 A 0.177 0.063 0.008 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 111 L 0.402 0.027 0.008 0.005 0.215 0.006 0.009 0.007 0.008 0.060 0.253 112 T 0.057 0.245 0.055 0.036 0.294 0.045 0.108 0.046 0.040 0.055 0.018 113 I 0.141 0.134 0.032 0.022 0.209 0.016 0.033 0.033 0.066 0.178 0.137 114 N 0.156 0.225 0.130 0.031 0.316 0.012 0.008 0.013 0.025 0.043 0.042 115 P 0.014 0.062 0.025 0.025 0.038 0.063 0.165 0.254 0.300 0.044 0.009 116 E 0.036 0.022 0.014 0.017 0.018 0.024 0.023 0.015 0.041 0.699 0.091 117 S 0.048 0.354 0.249 0.044 0.229 0.007 0.004 0.014 0.011 0.022 0.017 118 S 0.053 0.241 0.119 0.011 0.065 0.009 0.017 0.244 0.138 0.071 0.033 119 I 0.025 0.020 0.008 0.004 0.029 0.005 0.013 0.538 0.251 0.095 0.011 120 G 0.024 0.048 0.009 0.005 0.041 0.007 0.014 0.589 0.230 0.024 0.008 121 K 0.020 0.022 0.014 0.011 0.045 0.010 0.049 0.606 0.193 0.026 0.004 122 Q 0.060 0.014 0.011 0.013 0.045 0.019 0.064 0.284 0.183 0.261 0.046 123 A 0.133 0.233 0.022 0.012 0.333 0.010 0.009 0.058 0.047 0.091 0.052 124 D 0.056 0.024 0.007 0.022 0.081 0.092 0.146 0.248 0.118 0.163 0.041 125 L 0.170 0.154 0.035 0.010 0.516 0.002 0.002 0.021 0.013 0.040 0.037 126 I 0.219 0.083 0.008 0.003 0.644 0.002 0.005 0.009 0.003 0.005 0.021 127 I 0.172 0.121 0.010 0.001 0.658 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.027 128 R 0.297 0.099 0.020 0.006 0.434 0.004 0.007 0.008 0.005 0.021 0.100 129 M 0.106 0.288 0.142 0.038 0.299 0.014 0.014 0.019 0.016 0.035 0.031 130 P 0.102 0.262 0.128 0.030 0.240 0.018 0.032 0.058 0.038 0.048 0.045 131 G 0.092 0.192 0.123 0.036 0.213 0.025 0.043 0.082 0.068 0.083 0.043 132 S 0.047 0.209 0.223 0.087 0.129 0.040 0.048 0.090 0.057 0.044 0.028 133 P 0.079 0.160 0.091 0.028 0.158 0.026 0.053 0.179 0.115 0.074 0.038 134 K 0.070 0.120 0.069 0.022 0.141 0.032 0.066 0.185 0.113 0.131 0.050 135 D 0.074 0.176 0.057 0.030 0.187 0.030 0.051 0.131 0.075 0.133 0.056 136 Q 0.100 0.133 0.147 0.053 0.126 0.025 0.034 0.117 0.088 0.110 0.066 137 S 0.028 0.087 0.087 0.058 0.056 0.041 0.081 0.268 0.173 0.100 0.021 138 N 0.036 0.226 0.172 0.097 0.085 0.033 0.043 0.090 0.055 0.125 0.037 139 G 0.031 0.140 0.092 0.077 0.056 0.042 0.037 0.094 0.084 0.267 0.080 140 S 0.078 0.113 0.053 0.024 0.143 0.027 0.049 0.149 0.140 0.161 0.062 141 Y 0.125 0.138 0.063 0.016 0.170 0.011 0.023 0.105 0.133 0.149 0.066 142 K 0.085 0.253 0.104 0.021 0.223 0.019 0.040 0.102 0.072 0.051 0.030 143 T 0.138 0.142 0.057 0.017 0.232 0.014 0.033 0.152 0.108 0.060 0.046 144 I 0.092 0.109 0.056 0.028 0.156 0.036 0.089 0.149 0.115 0.125 0.046 145 Q 0.091 0.191 0.134 0.049 0.185 0.027 0.038 0.108 0.059 0.077 0.040 146 P 0.104 0.154 0.060 0.023 0.153 0.016 0.022 0.117 0.111 0.169 0.071 147 M 0.055 0.189 0.113 0.039 0.164 0.020 0.033 0.195 0.122 0.047 0.023 148 G 0.047 0.074 0.038 0.014 0.073 0.019 0.048 0.354 0.188 0.109 0.037 149 S 0.042 0.056 0.017 0.007 0.078 0.010 0.047 0.447 0.190 0.084 0.021 150 L 0.034 0.033 0.016 0.012 0.034 0.018 0.035 0.384 0.203 0.195 0.036 151 F 0.012 0.100 0.063 0.022 0.044 0.012 0.026 0.585 0.105 0.026 0.005 152 E 0.005 0.010 0.005 0.002 0.007 0.002 0.011 0.803 0.128 0.023 0.005 153 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.875 0.105 0.005 0.001 154 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.076 0.002 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.059 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.054 0.001 0.001 157 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.039 0.001 0.001 158 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.051 0.001 0.001 159 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.053 0.001 0.001 160 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.045 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.027 0.001 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 163 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.029 0.001 0.001 165 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 166 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.053 0.001 0.001 167 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.933 0.053 0.003 0.001 168 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.817 0.107 0.012 0.001 169 K 0.004 0.030 0.006 0.002 0.011 0.007 0.163 0.636 0.097 0.042 0.002 170 K 0.004 0.713 0.154 0.006 0.051 0.010 0.025 0.013 0.009 0.012 0.002 171 G 0.120 0.020 0.014 0.007 0.032 0.002 0.003 0.006 0.013 0.432 0.351 172 L 0.038 0.515 0.192 0.008 0.159 0.006 0.007 0.009 0.012 0.028 0.027 173 D 0.078 0.437 0.080 0.006 0.338 0.001 0.001 0.010 0.011 0.010 0.028 174 S 0.006 0.012 0.006 0.002 0.022 0.003 0.012 0.437 0.485 0.013 0.002 175 E 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.010 0.074 0.648 0.201 0.054 0.002 176 T 0.016 0.029 0.014 0.004 0.026 0.003 0.022 0.542 0.144 0.183 0.016 177 M 0.016 0.022 0.006 0.004 0.019 0.005 0.021 0.585 0.249 0.061 0.012 178 F 0.010 0.047 0.021 0.011 0.031 0.010 0.062 0.464 0.286 0.050 0.007 179 T 0.026 0.042 0.014 0.006 0.042 0.011 0.152 0.462 0.158 0.074 0.012 180 H 0.061 0.085 0.040 0.022 0.095 0.030 0.131 0.202 0.117 0.171 0.045 181 H 0.167 0.101 0.068 0.038 0.182 0.014 0.021 0.121 0.078 0.102 0.107 182 A 0.040 0.123 0.061 0.031 0.126 0.043 0.056 0.239 0.173 0.084 0.026 183 N 0.121 0.106 0.058 0.020 0.200 0.010 0.025 0.153 0.104 0.148 0.057 184 L 0.070 0.093 0.040 0.014 0.103 0.011 0.024 0.241 0.186 0.169 0.050 185 E 0.054 0.160 0.076 0.026 0.130 0.024 0.055 0.270 0.105 0.068 0.030