# TARGET T0166 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0166.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 341 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.052 0.084 0.050 0.018 0.071 0.021 0.029 0.392 0.159 0.096 0.028 2 T 0.008 0.041 0.029 0.012 0.017 0.013 0.022 0.656 0.148 0.044 0.011 3 D 0.008 0.023 0.006 0.001 0.019 0.001 0.006 0.797 0.113 0.022 0.005 4 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.883 0.103 0.005 0.001 5 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.056 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.034 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 9 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.033 0.001 0.001 10 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.026 0.003 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.042 0.002 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.049 0.003 0.001 13 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.938 0.044 0.006 0.001 14 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.923 0.047 0.010 0.001 15 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.872 0.094 0.015 0.002 16 D 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.019 0.855 0.089 0.019 0.002 17 S 0.002 0.010 0.003 0.002 0.005 0.011 0.055 0.774 0.093 0.040 0.003 18 I 0.009 0.015 0.003 0.002 0.015 0.004 0.040 0.796 0.080 0.028 0.007 19 S 0.011 0.024 0.007 0.001 0.012 0.005 0.015 0.640 0.174 0.097 0.013 20 N 0.006 0.013 0.004 0.001 0.016 0.003 0.012 0.739 0.169 0.034 0.005 21 I 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.023 0.819 0.122 0.013 0.002 22 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.006 0.003 0.024 0.775 0.145 0.035 0.001 23 F 0.014 0.011 0.005 0.004 0.019 0.005 0.027 0.646 0.169 0.090 0.012 24 K 0.005 0.021 0.019 0.008 0.011 0.012 0.079 0.594 0.229 0.019 0.003 25 E 0.004 0.014 0.005 0.006 0.007 0.017 0.182 0.564 0.163 0.036 0.003 26 L 0.007 0.624 0.211 0.006 0.107 0.005 0.006 0.010 0.011 0.010 0.003 27 S 0.117 0.006 0.004 0.007 0.022 0.004 0.005 0.006 0.021 0.438 0.370 28 L 0.100 0.411 0.121 0.005 0.269 0.002 0.003 0.006 0.009 0.043 0.030 29 T 0.018 0.525 0.310 0.026 0.092 0.004 0.002 0.004 0.003 0.007 0.009 30 R 0.011 0.013 0.010 0.009 0.022 0.016 0.022 0.515 0.357 0.018 0.007 31 G 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.011 0.778 0.161 0.030 0.003 32 Q 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.826 0.118 0.032 0.001 33 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.898 0.085 0.004 0.001 34 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.949 0.037 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.033 0.002 0.001 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.928 0.063 0.002 0.001 37 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.915 0.066 0.001 0.001 38 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.906 0.064 0.008 0.001 39 V 0.004 0.007 0.002 0.002 0.009 0.006 0.039 0.684 0.222 0.023 0.002 40 C 0.005 0.010 0.004 0.005 0.007 0.009 0.096 0.571 0.236 0.055 0.004 41 E 0.008 0.024 0.007 0.004 0.018 0.022 0.235 0.312 0.194 0.163 0.014 42 N 0.085 0.357 0.077 0.018 0.212 0.012 0.014 0.032 0.050 0.104 0.038 43 P 0.024 0.091 0.076 0.057 0.057 0.099 0.177 0.139 0.176 0.076 0.026 44 G 0.091 0.100 0.045 0.008 0.073 0.006 0.010 0.025 0.067 0.454 0.120 45 I 0.041 0.516 0.111 0.005 0.243 0.004 0.007 0.010 0.012 0.034 0.017 46 I 0.014 0.664 0.266 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.734 0.253 0.006 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.056 0.001 0.001 49 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.045 0.009 0.001 50 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.057 0.004 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.886 0.101 0.004 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.836 0.126 0.009 0.001 53 L 0.002 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 0.045 0.682 0.205 0.048 0.002 54 I 0.022 0.483 0.036 0.002 0.162 0.007 0.019 0.097 0.096 0.064 0.011 55 K 0.077 0.008 0.002 0.003 0.029 0.002 0.007 0.040 0.080 0.591 0.159 56 V 0.073 0.279 0.145 0.016 0.208 0.008 0.020 0.052 0.054 0.101 0.045 57 D 0.030 0.489 0.205 0.039 0.152 0.006 0.006 0.017 0.012 0.026 0.018 58 R 0.038 0.066 0.028 0.010 0.097 0.011 0.021 0.328 0.342 0.042 0.017 59 T 0.003 0.009 0.007 0.005 0.008 0.012 0.045 0.685 0.186 0.035 0.005 60 T 0.006 0.029 0.008 0.001 0.018 0.001 0.022 0.720 0.112 0.079 0.004 61 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.822 0.138 0.025 0.002 62 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.930 0.055 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.035 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.043 0.005 0.001 65 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.061 0.005 0.001 66 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.046 0.002 0.001 67 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.953 0.033 0.004 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.936 0.047 0.006 0.001 69 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.825 0.143 0.007 0.003 70 E 0.001 0.006 0.003 0.002 0.003 0.003 0.022 0.860 0.083 0.016 0.001 71 Q 0.001 0.680 0.277 0.012 0.016 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 0.001 72 G 0.033 0.018 0.016 0.013 0.011 0.003 0.003 0.011 0.006 0.579 0.307 73 F 0.060 0.362 0.054 0.011 0.245 0.031 0.043 0.105 0.031 0.042 0.018 74 I 0.258 0.102 0.011 0.003 0.550 0.004 0.005 0.019 0.008 0.009 0.031 75 Y 0.207 0.154 0.043 0.015 0.433 0.033 0.023 0.035 0.017 0.011 0.028 76 R 0.184 0.153 0.069 0.013 0.412 0.013 0.012 0.026 0.020 0.035 0.063 77 Q 0.095 0.335 0.157 0.004 0.334 0.002 0.007 0.014 0.010 0.018 0.024 78 E 0.087 0.373 0.129 0.011 0.260 0.015 0.018 0.015 0.012 0.042 0.039 79 D 0.051 0.461 0.185 0.010 0.278 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 80 A 0.005 0.007 0.005 0.006 0.012 0.009 0.039 0.473 0.434 0.010 0.002 81 S 0.007 0.048 0.032 0.010 0.017 0.018 0.126 0.185 0.134 0.408 0.015 82 N 0.157 0.106 0.012 0.003 0.368 0.003 0.014 0.049 0.039 0.142 0.108 83 K 0.108 0.089 0.027 0.008 0.135 0.014 0.056 0.216 0.150 0.125 0.072 84 K 0.083 0.210 0.049 0.012 0.282 0.022 0.106 0.088 0.035 0.093 0.021 85 I 0.513 0.040 0.002 0.001 0.390 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.039 86 K 0.142 0.164 0.011 0.015 0.570 0.046 0.024 0.009 0.002 0.004 0.012 87 R 0.296 0.030 0.002 0.001 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 88 I 0.363 0.047 0.003 0.002 0.533 0.008 0.004 0.002 0.001 0.003 0.033 89 Y 0.180 0.187 0.019 0.001 0.570 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.036 90 A 0.221 0.216 0.055 0.011 0.311 0.004 0.002 0.005 0.004 0.043 0.127 91 T 0.002 0.317 0.625 0.036 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.002 0.003 0.006 0.010 0.002 0.024 0.038 0.669 0.237 0.007 0.002 93 K 0.002 0.078 0.061 0.007 0.009 0.003 0.014 0.664 0.135 0.025 0.003 94 G 0.002 0.007 0.007 0.006 0.002 0.003 0.002 0.623 0.140 0.192 0.017 95 K 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.895 0.080 0.002 0.001 96 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.906 0.070 0.004 0.002 97 V 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.859 0.101 0.019 0.001 98 Y 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.844 0.129 0.009 0.002 99 P 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.038 0.835 0.108 0.003 0.001 100 I 0.004 0.004 0.003 0.001 0.007 0.004 0.055 0.797 0.074 0.047 0.005 101 I 0.008 0.010 0.005 0.002 0.008 0.003 0.006 0.581 0.222 0.142 0.014 102 V 0.003 0.029 0.008 0.002 0.008 0.003 0.010 0.825 0.103 0.008 0.002 103 R 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.016 0.883 0.070 0.014 0.001 104 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.021 0.877 0.067 0.019 0.002 105 N 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.888 0.078 0.016 0.003 106 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.930 0.051 0.006 0.001 107 H 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.932 0.038 0.008 0.001 108 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.055 0.008 0.001 109 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.914 0.068 0.010 0.001 110 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.905 0.077 0.005 0.001 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.891 0.061 0.007 0.001 112 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.808 0.140 0.019 0.002 113 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.031 0.606 0.264 0.079 0.003 114 Q 0.003 0.038 0.019 0.008 0.014 0.038 0.169 0.516 0.169 0.024 0.002 115 G 0.016 0.014 0.004 0.003 0.009 0.005 0.053 0.055 0.055 0.749 0.038 116 L 0.015 0.508 0.307 0.009 0.121 0.003 0.005 0.003 0.003 0.020 0.005 117 S 0.003 0.609 0.369 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.826 0.162 0.003 0.001 119 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.057 0.002 0.001 120 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.057 0.010 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 122 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.036 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.040 0.007 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.067 0.005 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.046 0.001 0.001 126 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.967 0.023 0.001 0.001 127 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.034 0.003 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.061 0.002 0.001 129 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.035 0.001 0.001 130 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.031 0.007 0.001 131 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.889 0.097 0.007 0.001 132 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.846 0.119 0.009 0.001 133 K 0.001 0.013 0.004 0.003 0.003 0.015 0.122 0.696 0.113 0.027 0.001 134 N 0.037 0.013 0.006 0.004 0.025 0.007 0.080 0.396 0.103 0.270 0.060 135 V 0.049 0.066 0.014 0.003 0.077 0.008 0.026 0.321 0.212 0.168 0.056 136 S 0.022 0.050 0.024 0.016 0.042 0.023 0.058 0.484 0.190 0.075 0.017 137 E 0.022 0.126 0.077 0.013 0.068 0.012 0.046 0.417 0.132 0.076 0.012 138 D 0.021 0.041 0.013 0.005 0.042 0.009 0.048 0.480 0.226 0.101 0.015 139 W 0.041 0.037 0.008 0.002 0.095 0.002 0.010 0.427 0.318 0.046 0.013 140 E 0.006 0.011 0.005 0.004 0.015 0.009 0.055 0.638 0.217 0.036 0.004 141 F 0.039 0.022 0.007 0.005 0.051 0.010 0.070 0.437 0.122 0.217 0.022 142 V 0.057 0.110 0.087 0.036 0.085 0.015 0.035 0.301 0.108 0.128 0.038 143 K 0.013 0.144 0.142 0.099 0.042 0.089 0.120 0.249 0.068 0.027 0.007 144 K 0.026 0.146 0.116 0.070 0.062 0.036 0.119 0.188 0.090 0.121 0.026 145 G 0.041 0.063 0.087 0.076 0.042 0.052 0.063 0.062 0.065 0.350 0.099 146 N 0.081 0.278 0.109 0.035 0.248 0.011 0.019 0.067 0.055 0.055 0.043 147 T 0.049 0.087 0.050 0.030 0.095 0.041 0.075 0.210 0.189 0.136 0.038 148 R 0.054 0.179 0.076 0.021 0.152 0.027 0.064 0.151 0.116 0.124 0.036 149 N 0.134 0.086 0.037 0.012 0.201 0.012 0.026 0.136 0.126 0.145 0.085 150 Y 0.058 0.119 0.087 0.028 0.120 0.016 0.030 0.160 0.154 0.178 0.048