# TARGET T0165 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0165.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.005 0.005 0.028 0.138 0.813 2 Q 0.022 0.041 0.020 0.075 0.246 0.596 3 L 0.026 0.035 0.067 0.070 0.544 0.259 4 F 0.020 0.007 0.084 0.078 0.605 0.205 5 D 0.014 0.011 0.048 0.037 0.556 0.333 6 L 0.014 0.057 0.016 0.044 0.456 0.412 7 P 0.007 0.011 0.006 0.048 0.159 0.769 8 L 0.005 0.002 0.100 0.679 0.124 0.091 9 D 0.011 0.002 0.099 0.757 0.091 0.040 10 Q 0.010 0.002 0.114 0.800 0.050 0.024 11 L 0.022 0.005 0.064 0.817 0.047 0.045 12 Q 0.028 0.003 0.058 0.797 0.065 0.050 13 T 0.041 0.005 0.039 0.731 0.083 0.102 14 Y 0.079 0.012 0.027 0.571 0.127 0.184 15 K 0.108 0.027 0.028 0.373 0.204 0.261 16 P 0.098 0.006 0.018 0.134 0.270 0.474 17 E 0.056 0.016 0.014 0.060 0.273 0.582 18 K 0.060 0.016 0.005 0.025 0.159 0.735 19 T 0.051 0.025 0.005 0.024 0.150 0.745 20 A 0.025 0.011 0.005 0.030 0.117 0.813 21 P 0.021 0.009 0.054 0.144 0.204 0.569 22 K 0.013 0.006 0.107 0.311 0.212 0.350 23 D 0.011 0.006 0.146 0.414 0.174 0.249 24 F 0.010 0.008 0.142 0.542 0.170 0.129 25 S 0.013 0.005 0.114 0.582 0.186 0.100 26 E 0.010 0.005 0.117 0.652 0.148 0.068 27 F 0.013 0.007 0.086 0.660 0.164 0.071 28 W 0.014 0.003 0.047 0.709 0.138 0.089 29 K 0.022 0.002 0.025 0.593 0.201 0.157 30 L 0.019 0.003 0.017 0.489 0.213 0.260 31 S 0.019 0.009 0.017 0.558 0.143 0.254 32 L 0.013 0.003 0.035 0.755 0.115 0.079 33 E 0.007 0.002 0.046 0.819 0.080 0.045 34 E 0.004 0.001 0.038 0.844 0.064 0.047 35 L 0.007 0.002 0.032 0.786 0.080 0.093 36 A 0.007 0.003 0.033 0.747 0.105 0.105 37 K 0.009 0.003 0.027 0.689 0.124 0.149 38 V 0.018 0.004 0.032 0.585 0.151 0.211 39 Q 0.033 0.005 0.038 0.439 0.209 0.277 40 A 0.040 0.004 0.040 0.515 0.169 0.231 41 E 0.072 0.008 0.039 0.473 0.155 0.253 42 P 0.125 0.009 0.053 0.458 0.147 0.209 43 D 0.158 0.010 0.045 0.439 0.119 0.229 44 L 0.137 0.012 0.048 0.368 0.131 0.305 45 Q 0.111 0.013 0.047 0.293 0.191 0.345 46 P 0.087 0.008 0.062 0.204 0.286 0.354 47 V 0.052 0.011 0.059 0.147 0.365 0.366 48 D 0.052 0.016 0.046 0.065 0.402 0.418 49 Y 0.062 0.018 0.034 0.043 0.425 0.419 50 P 0.054 0.020 0.030 0.026 0.409 0.462 51 A 0.056 0.023 0.046 0.018 0.551 0.306 52 D 0.075 0.008 0.033 0.007 0.480 0.396 53 G 0.154 0.017 0.022 0.004 0.376 0.428 54 V 0.237 0.025 0.005 0.002 0.180 0.552 55 K 0.373 0.011 0.003 0.001 0.078 0.534 56 V 0.583 0.007 0.003 0.001 0.065 0.340 57 Y 0.842 0.005 0.002 0.001 0.034 0.117 58 R 0.936 0.002 0.001 0.001 0.014 0.047 59 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 60 T 0.976 0.002 0.001 0.001 0.005 0.017 61 Y 0.947 0.003 0.001 0.001 0.015 0.035 62 K 0.897 0.008 0.001 0.001 0.033 0.060 63 S 0.457 0.019 0.008 0.002 0.395 0.120 64 F 0.040 0.004 0.025 0.005 0.885 0.040 65 G 0.016 0.002 0.024 0.004 0.921 0.033 66 N 0.062 0.006 0.020 0.003 0.861 0.048 67 A 0.519 0.011 0.004 0.002 0.229 0.236 68 R 0.874 0.015 0.001 0.001 0.021 0.089 69 I 0.959 0.005 0.001 0.001 0.008 0.028 70 T 0.961 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 71 G 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 72 W 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 73 Y 0.958 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 74 A 0.907 0.005 0.001 0.001 0.022 0.063 75 V 0.726 0.017 0.003 0.002 0.070 0.183 76 P 0.376 0.021 0.007 0.003 0.236 0.357 77 D 0.114 0.021 0.015 0.002 0.521 0.326 78 K 0.044 0.010 0.026 0.004 0.700 0.215 79 E 0.024 0.007 0.031 0.003 0.752 0.182 80 G 0.041 0.013 0.020 0.003 0.627 0.296 81 P 0.080 0.033 0.011 0.002 0.322 0.552 82 H 0.131 0.027 0.002 0.001 0.199 0.639 83 P 0.246 0.003 0.002 0.001 0.085 0.664 84 A 0.932 0.004 0.001 0.001 0.009 0.054 85 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 86 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 87 K 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 88 Y 0.891 0.004 0.001 0.001 0.013 0.090 89 H 0.410 0.006 0.003 0.004 0.104 0.474 90 G 0.084 0.007 0.006 0.004 0.292 0.607 91 Y 0.039 0.026 0.019 0.006 0.415 0.494 92 N 0.031 0.020 0.067 0.021 0.528 0.332 93 A 0.023 0.012 0.129 0.043 0.517 0.276 94 S 0.014 0.013 0.095 0.071 0.463 0.345 95 Y 0.007 0.007 0.091 0.130 0.463 0.303 96 D 0.006 0.006 0.089 0.216 0.438 0.245 97 G 0.008 0.016 0.102 0.284 0.371 0.218 98 E 0.012 0.013 0.065 0.460 0.236 0.215 99 I 0.008 0.003 0.039 0.668 0.138 0.143 100 H 0.006 0.003 0.021 0.877 0.037 0.056 101 E 0.002 0.001 0.007 0.977 0.007 0.007 102 M 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.003 103 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 104 N 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 105 W 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.001 106 A 0.001 0.001 0.010 0.978 0.010 0.003 107 L 0.001 0.001 0.016 0.949 0.023 0.011 108 H 0.004 0.001 0.015 0.718 0.089 0.173 109 G 0.005 0.001 0.001 0.003 0.083 0.908 110 Y 0.198 0.002 0.001 0.001 0.072 0.727 111 A 0.914 0.001 0.001 0.001 0.015 0.069 112 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 114 G 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 115 M 0.893 0.007 0.001 0.001 0.020 0.079 116 L 0.344 0.015 0.003 0.001 0.409 0.229 117 V 0.040 0.010 0.020 0.006 0.805 0.120 118 R 0.024 0.015 0.029 0.005 0.821 0.105 119 G 0.028 0.030 0.037 0.006 0.830 0.068 120 Q 0.057 0.038 0.028 0.012 0.585 0.281 121 Q 0.072 0.080 0.053 0.023 0.508 0.264 122 S 0.053 0.025 0.057 0.022 0.575 0.268 123 S 0.054 0.029 0.055 0.034 0.495 0.333 124 E 0.054 0.031 0.057 0.050 0.437 0.371 125 D 0.080 0.025 0.061 0.089 0.419 0.326 126 T 0.120 0.029 0.058 0.110 0.310 0.373 127 S 0.170 0.036 0.076 0.159 0.265 0.294 128 I 0.191 0.021 0.088 0.176 0.257 0.266 129 S 0.170 0.019 0.068 0.203 0.246 0.294 130 P 0.120 0.022 0.055 0.213 0.265 0.325 131 H 0.077 0.012 0.038 0.201 0.300 0.371 132 G 0.060 0.010 0.055 0.228 0.322 0.325 133 H 0.055 0.014 0.051 0.254 0.298 0.327 134 A 0.060 0.011 0.043 0.285 0.242 0.359 135 L 0.069 0.009 0.055 0.467 0.182 0.218 136 G 0.098 0.011 0.077 0.547 0.150 0.117 137 W 0.106 0.008 0.123 0.558 0.129 0.076 138 M 0.120 0.006 0.126 0.569 0.109 0.069 139 T 0.083 0.004 0.116 0.608 0.111 0.079 140 K 0.062 0.005 0.084 0.609 0.121 0.119 141 G 0.073 0.011 0.058 0.419 0.202 0.237 142 I 0.115 0.022 0.052 0.286 0.265 0.261 143 L 0.109 0.021 0.046 0.214 0.346 0.264 144 D 0.048 0.011 0.035 0.105 0.647 0.155 145 K 0.024 0.005 0.081 0.120 0.669 0.100 146 D 0.029 0.007 0.070 0.098 0.675 0.121 147 T 0.072 0.012 0.071 0.126 0.568 0.152 148 Y 0.156 0.029 0.039 0.180 0.290 0.306 149 Y 0.214 0.039 0.044 0.216 0.221 0.265 150 Y 0.170 0.014 0.045 0.355 0.200 0.217 151 R 0.100 0.005 0.041 0.514 0.159 0.181 152 G 0.073 0.009 0.034 0.545 0.145 0.194 153 V 0.042 0.007 0.025 0.838 0.035 0.053 154 Y 0.015 0.001 0.021 0.933 0.013 0.017 155 L 0.010 0.001 0.017 0.953 0.008 0.011 156 D 0.005 0.001 0.014 0.963 0.005 0.011 157 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 158 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 159 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 160 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 163 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 164 I 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.004 165 S 0.001 0.001 0.011 0.959 0.019 0.010 166 S 0.001 0.001 0.011 0.807 0.095 0.085 167 F 0.002 0.002 0.028 0.312 0.458 0.198 168 D 0.004 0.002 0.020 0.027 0.602 0.344 169 E 0.012 0.009 0.055 0.016 0.770 0.139 170 V 0.061 0.041 0.017 0.008 0.653 0.219 171 D 0.057 0.018 0.016 0.007 0.653 0.250 172 E 0.023 0.002 0.568 0.017 0.363 0.028 173 T 0.044 0.002 0.462 0.015 0.439 0.038 174 R 0.133 0.003 0.545 0.026 0.246 0.047 175 I 0.716 0.004 0.017 0.016 0.065 0.182 176 G 0.895 0.006 0.004 0.013 0.020 0.062 177 V 0.969 0.003 0.001 0.008 0.005 0.014 178 T 0.931 0.001 0.002 0.023 0.010 0.033 179 G 0.687 0.004 0.012 0.119 0.041 0.136 180 G 0.457 0.008 0.038 0.208 0.100 0.188 181 S 0.225 0.043 0.025 0.251 0.115 0.342 182 Q 0.008 0.002 0.010 0.926 0.026 0.028 183 G 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.003 184 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 185 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 186 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 187 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 188 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 189 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 190 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.001 191 A 0.001 0.001 0.021 0.947 0.026 0.005 192 A 0.001 0.002 0.050 0.733 0.150 0.064 193 L 0.004 0.005 0.037 0.275 0.376 0.305 194 S 0.008 0.002 0.053 0.054 0.612 0.271 195 D 0.017 0.001 0.072 0.023 0.641 0.246 196 I 0.208 0.015 0.174 0.024 0.437 0.142 197 P 0.602 0.007 0.053 0.017 0.208 0.113 198 K 0.739 0.001 0.020 0.011 0.081 0.147 199 A 0.979 0.002 0.001 0.002 0.005 0.011 200 A 0.988 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 201 V 0.980 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 202 A 0.927 0.002 0.003 0.008 0.014 0.046 203 D 0.739 0.012 0.009 0.020 0.056 0.164 204 Y 0.306 0.009 0.018 0.047 0.247 0.373 205 P 0.186 0.010 0.028 0.036 0.362 0.378 206 Y 0.141 0.029 0.038 0.077 0.359 0.355 207 L 0.082 0.025 0.054 0.149 0.338 0.353 208 S 0.082 0.012 0.049 0.186 0.307 0.365 209 N 0.042 0.007 0.107 0.439 0.246 0.159 210 F 0.044 0.010 0.126 0.506 0.210 0.104 211 E 0.049 0.006 0.142 0.533 0.190 0.080 212 R 0.052 0.007 0.105 0.539 0.198 0.100 213 A 0.045 0.012 0.080 0.547 0.183 0.132 214 I 0.053 0.010 0.079 0.432 0.231 0.195 215 D 0.053 0.009 0.058 0.366 0.237 0.277 216 V 0.029 0.010 0.047 0.350 0.220 0.345 217 A 0.022 0.009 0.052 0.338 0.255 0.323 218 L 0.015 0.003 0.091 0.486 0.241 0.163 219 E 0.016 0.005 0.108 0.541 0.217 0.113 220 Q 0.017 0.004 0.106 0.564 0.209 0.099 221 P 0.022 0.005 0.075 0.582 0.174 0.143 222 Y 0.025 0.006 0.066 0.639 0.142 0.121 223 L 0.036 0.009 0.066 0.633 0.144 0.113 224 E 0.055 0.006 0.058 0.615 0.140 0.126 225 I 0.063 0.005 0.054 0.617 0.127 0.135 226 N 0.080 0.008 0.087 0.562 0.142 0.122 227 S 0.094 0.005 0.091 0.551 0.144 0.115 228 F 0.112 0.008 0.060 0.549 0.134 0.137 229 F 0.139 0.021 0.042 0.387 0.160 0.251 230 R 0.127 0.012 0.034 0.268 0.231 0.327 231 R 0.087 0.010 0.059 0.289 0.252 0.303 232 N 0.063 0.017 0.069 0.221 0.347 0.283 233 G 0.051 0.011 0.093 0.205 0.390 0.250 234 S 0.036 0.009 0.077 0.197 0.385 0.296 235 P 0.028 0.011 0.054 0.220 0.361 0.326 236 E 0.022 0.011 0.033 0.243 0.293 0.397 237 T 0.021 0.009 0.022 0.231 0.207 0.511 238 E 0.013 0.004 0.040 0.590 0.140 0.213 239 V 0.010 0.003 0.044 0.767 0.094 0.083 240 Q 0.007 0.002 0.046 0.826 0.075 0.044 241 A 0.006 0.002 0.027 0.854 0.058 0.054 242 M 0.005 0.001 0.035 0.844 0.070 0.044 243 K 0.005 0.002 0.041 0.837 0.078 0.037 244 T 0.004 0.002 0.045 0.835 0.071 0.044 245 L 0.007 0.005 0.101 0.678 0.133 0.076 246 S 0.009 0.002 0.120 0.602 0.164 0.104 247 Y 0.013 0.003 0.058 0.542 0.178 0.206 248 F 0.015 0.007 0.016 0.297 0.185 0.479 249 D 0.009 0.005 0.004 0.072 0.101 0.807 250 I 0.004 0.001 0.056 0.765 0.086 0.087 251 M 0.004 0.001 0.118 0.743 0.109 0.025 252 N 0.006 0.003 0.172 0.641 0.153 0.026 253 L 0.010 0.004 0.147 0.588 0.195 0.056 254 A 0.006 0.002 0.247 0.513 0.183 0.049 255 D 0.011 0.006 0.244 0.410 0.240 0.090 256 R 0.018 0.005 0.162 0.288 0.307 0.220 257 V 0.041 0.018 0.023 0.094 0.333 0.491 258 K 0.040 0.014 0.008 0.018 0.190 0.731 259 V 0.074 0.015 0.002 0.011 0.159 0.739 260 P 0.151 0.002 0.002 0.008 0.077 0.760 261 V 0.897 0.008 0.001 0.006 0.011 0.077 262 L 0.972 0.002 0.001 0.002 0.003 0.021 263 M 0.964 0.002 0.001 0.003 0.005 0.025 264 S 0.899 0.004 0.003 0.006 0.014 0.075 265 I 0.506 0.007 0.012 0.009 0.086 0.380 266 G 0.185 0.011 0.023 0.009 0.311 0.462 267 L 0.082 0.021 0.017 0.006 0.527 0.347 268 I 0.062 0.066 0.024 0.011 0.544 0.293 269 D 0.024 0.035 0.020 0.005 0.851 0.066 270 K 0.021 0.003 0.060 0.014 0.855 0.047 271 V 0.029 0.007 0.069 0.016 0.813 0.065 272 T 0.048 0.090 0.017 0.013 0.706 0.125 273 P 0.037 0.028 0.007 0.030 0.353 0.544 274 P 0.002 0.001 0.105 0.684 0.158 0.050 275 S 0.001 0.001 0.099 0.788 0.093 0.018 276 T 0.001 0.001 0.069 0.879 0.041 0.010 277 V 0.001 0.001 0.008 0.961 0.012 0.017 278 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 279 A 0.003 0.001 0.004 0.977 0.010 0.007 280 A 0.004 0.001 0.003 0.975 0.010 0.008 281 Y 0.003 0.001 0.004 0.969 0.015 0.009 282 N 0.003 0.001 0.003 0.974 0.013 0.008 283 H 0.002 0.001 0.003 0.975 0.012 0.007 284 L 0.003 0.001 0.008 0.954 0.022 0.013 285 E 0.002 0.001 0.034 0.875 0.061 0.027 286 T 0.003 0.001 0.033 0.809 0.109 0.044 287 K 0.007 0.001 0.027 0.481 0.259 0.225 288 K 0.008 0.001 0.002 0.010 0.217 0.762 289 E 0.235 0.008 0.003 0.004 0.157 0.594 290 L 0.772 0.006 0.001 0.002 0.056 0.162 291 K 0.931 0.004 0.001 0.002 0.020 0.042 292 V 0.929 0.007 0.001 0.001 0.015 0.047 293 Y 0.856 0.008 0.003 0.004 0.032 0.097 294 R 0.683 0.007 0.008 0.008 0.087 0.206 295 Y 0.365 0.014 0.014 0.013 0.205 0.388 296 F 0.187 0.036 0.020 0.013 0.544 0.200 297 G 0.080 0.011 0.022 0.015 0.688 0.184 298 H 0.058 0.011 0.033 0.015 0.750 0.133 299 E 0.104 0.033 0.048 0.030 0.679 0.106 300 Y 0.134 0.040 0.056 0.051 0.457 0.262 301 I 0.106 0.030 0.072 0.061 0.452 0.280 302 P 0.113 0.027 0.049 0.056 0.390 0.366 303 A 0.095 0.045 0.046 0.066 0.307 0.441 304 F 0.076 0.042 0.046 0.058 0.411 0.368 305 Q 0.037 0.014 0.083 0.118 0.513 0.234 306 T 0.016 0.008 0.077 0.166 0.504 0.229 307 E 0.014 0.012 0.048 0.231 0.432 0.263 308 K 0.020 0.021 0.019 0.233 0.226 0.482 309 L 0.005 0.002 0.015 0.877 0.045 0.055 310 A 0.004 0.001 0.019 0.938 0.026 0.013 311 F 0.005 0.001 0.022 0.936 0.026 0.010 312 F 0.005 0.001 0.013 0.955 0.017 0.008 313 K 0.004 0.001 0.018 0.950 0.019 0.008 314 Q 0.005 0.001 0.020 0.937 0.025 0.012 315 H 0.005 0.001 0.028 0.896 0.031 0.039 316 L 0.012 0.013 0.013 0.744 0.044 0.174 317 K 0.008 0.005 0.010 0.453 0.049 0.475 318 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.985