# TARGET T0164 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0164.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.117 0.132 0.087 0.034 0.174 0.017 0.032 0.115 0.068 0.151 0.071 2 S 0.038 0.237 0.146 0.045 0.079 0.032 0.028 0.191 0.093 0.087 0.025 3 T 0.021 0.094 0.068 0.027 0.046 0.036 0.041 0.425 0.143 0.078 0.021 4 D 0.019 0.045 0.017 0.003 0.035 0.002 0.010 0.623 0.160 0.062 0.023 5 V 0.002 0.017 0.013 0.003 0.005 0.002 0.005 0.742 0.163 0.045 0.003 6 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.880 0.101 0.005 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.942 0.046 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.039 0.005 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.074 0.005 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.917 0.075 0.002 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.927 0.054 0.004 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.804 0.146 0.030 0.001 13 Q 0.005 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.632 0.274 0.040 0.005 14 N 0.001 0.007 0.001 0.003 0.003 0.011 0.078 0.660 0.219 0.017 0.001 15 N 0.012 0.027 0.015 0.004 0.023 0.020 0.130 0.201 0.169 0.370 0.028 16 D 0.301 0.106 0.012 0.001 0.352 0.001 0.002 0.024 0.045 0.066 0.091 17 P 0.017 0.024 0.011 0.007 0.035 0.021 0.067 0.339 0.402 0.066 0.012 18 D 0.046 0.218 0.076 0.007 0.135 0.003 0.009 0.091 0.102 0.289 0.025 19 L 0.316 0.022 0.002 0.001 0.217 0.001 0.004 0.089 0.145 0.078 0.125 20 E 0.007 0.047 0.024 0.028 0.034 0.061 0.143 0.495 0.144 0.016 0.002 21 E 0.362 0.025 0.003 0.001 0.314 0.001 0.009 0.082 0.033 0.103 0.068 22 V 0.124 0.220 0.013 0.010 0.537 0.025 0.011 0.028 0.010 0.009 0.013 23 N 0.328 0.074 0.021 0.003 0.364 0.002 0.002 0.012 0.007 0.033 0.155 24 L 0.184 0.089 0.034 0.015 0.215 0.008 0.010 0.107 0.097 0.112 0.128 25 N 0.017 0.041 0.029 0.084 0.028 0.086 0.206 0.283 0.143 0.069 0.014 26 N 0.073 0.088 0.068 0.039 0.109 0.020 0.033 0.172 0.125 0.206 0.067 27 I 0.121 0.138 0.033 0.027 0.204 0.021 0.040 0.154 0.104 0.105 0.053 28 M 0.053 0.121 0.070 0.062 0.142 0.078 0.122 0.172 0.088 0.067 0.025 29 N 0.067 0.079 0.047 0.022 0.074 0.014 0.028 0.121 0.110 0.334 0.104 30 I 0.061 0.268 0.134 0.034 0.145 0.016 0.033 0.110 0.059 0.096 0.047 31 P 0.025 0.417 0.305 0.029 0.062 0.007 0.006 0.067 0.026 0.038 0.019 32 V 0.006 0.019 0.010 0.003 0.018 0.008 0.016 0.711 0.191 0.014 0.004 33 P 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.851 0.119 0.010 0.003 34 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.855 0.116 0.023 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.073 0.003 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.042 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.029 0.002 0.001 38 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.080 0.004 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.873 0.120 0.003 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.894 0.086 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.767 0.149 0.044 0.001 42 L 0.015 0.026 0.003 0.001 0.031 0.003 0.030 0.559 0.240 0.080 0.011 43 K 0.004 0.013 0.004 0.008 0.008 0.024 0.129 0.542 0.206 0.058 0.003 44 T 0.031 0.093 0.042 0.015 0.074 0.022 0.080 0.182 0.112 0.301 0.049 45 N 0.202 0.130 0.025 0.004 0.317 0.003 0.007 0.055 0.090 0.089 0.079 46 T 0.024 0.034 0.016 0.010 0.053 0.027 0.100 0.306 0.327 0.087 0.016 47 Y 0.093 0.126 0.038 0.006 0.222 0.004 0.020 0.084 0.097 0.266 0.045 48 V 0.385 0.046 0.004 0.002 0.271 0.002 0.003 0.025 0.039 0.062 0.161 49 K 0.016 0.125 0.042 0.044 0.102 0.123 0.227 0.218 0.069 0.029 0.004 50 K 0.474 0.022 0.002 0.001 0.394 0.001 0.002 0.011 0.006 0.027 0.061 51 F 0.144 0.205 0.011 0.007 0.585 0.016 0.006 0.008 0.003 0.003 0.012 52 S 0.285 0.089 0.016 0.001 0.486 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.106 53 I 0.294 0.075 0.030 0.015 0.172 0.007 0.007 0.036 0.058 0.088 0.218 54 V 0.009 0.053 0.040 0.121 0.026 0.193 0.285 0.163 0.084 0.022 0.004 55 G 0.056 0.065 0.026 0.059 0.061 0.026 0.025 0.040 0.072 0.461 0.111 56 T 0.102 0.185 0.084 0.068 0.262 0.018 0.017 0.043 0.050 0.109 0.062 57 R 0.043 0.146 0.079 0.038 0.092 0.040 0.066 0.169 0.136 0.143 0.048 58 S 0.138 0.111 0.043 0.017 0.153 0.012 0.031 0.122 0.092 0.187 0.094 59 N 0.022 0.265 0.263 0.093 0.051 0.036 0.025 0.102 0.049 0.072 0.022 60 D 0.022 0.048 0.025 0.009 0.045 0.011 0.020 0.528 0.232 0.046 0.014 61 P 0.005 0.013 0.006 0.002 0.010 0.002 0.010 0.747 0.179 0.021 0.005 62 V 0.001 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.802 0.132 0.039 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.088 0.004 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.042 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.034 0.003 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.085 0.005 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.896 0.097 0.002 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.918 0.064 0.004 0.001 69 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.775 0.150 0.050 0.001 70 L 0.009 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.013 0.613 0.268 0.048 0.008 71 K 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.011 0.092 0.711 0.165 0.009 0.001 72 V 0.006 0.015 0.013 0.006 0.013 0.022 0.136 0.321 0.173 0.281 0.014 73 N 0.236 0.127 0.017 0.002 0.383 0.002 0.003 0.042 0.059 0.058 0.071 74 N 0.018 0.023 0.009 0.009 0.038 0.018 0.058 0.338 0.394 0.079 0.015 75 T 0.048 0.160 0.053 0.007 0.159 0.005 0.029 0.123 0.107 0.285 0.025 76 L 0.456 0.032 0.003 0.001 0.275 0.002 0.003 0.026 0.036 0.040 0.128 77 K 0.016 0.093 0.032 0.058 0.083 0.128 0.230 0.240 0.086 0.029 0.005 78 S 0.445 0.022 0.002 0.001 0.391 0.001 0.003 0.018 0.009 0.043 0.065 79 L 0.126 0.190 0.010 0.005 0.622 0.014 0.007 0.007 0.003 0.005 0.011 80 N 0.351 0.052 0.010 0.001 0.457 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.113 81 V 0.205 0.078 0.032 0.024 0.145 0.012 0.014 0.054 0.094 0.145 0.198 82 E 0.018 0.104 0.075 0.126 0.051 0.127 0.209 0.155 0.090 0.037 0.008 83 S 0.062 0.057 0.023 0.062 0.067 0.052 0.060 0.064 0.102 0.357 0.094 84 N 0.079 0.194 0.135 0.096 0.220 0.020 0.018 0.042 0.043 0.097 0.056 85 F 0.044 0.128 0.059 0.029 0.084 0.032 0.062 0.217 0.151 0.145 0.047 86 I 0.113 0.105 0.054 0.026 0.117 0.018 0.037 0.131 0.090 0.224 0.084 87 S 0.014 0.266 0.292 0.110 0.040 0.040 0.031 0.126 0.040 0.032 0.010 88 G 0.014 0.021 0.016 0.008 0.019 0.015 0.030 0.589 0.206 0.069 0.013 89 S 0.006 0.037 0.017 0.002 0.016 0.002 0.010 0.749 0.137 0.019 0.006 90 G 0.001 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.856 0.101 0.023 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.064 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.033 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.026 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.059 0.002 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.087 0.003 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.899 0.078 0.004 0.001 97 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.785 0.143 0.027 0.001 98 L 0.011 0.025 0.003 0.002 0.029 0.004 0.057 0.570 0.218 0.072 0.010 99 Q 0.008 0.019 0.006 0.009 0.012 0.025 0.133 0.475 0.200 0.107 0.007 100 S 0.039 0.152 0.070 0.017 0.093 0.025 0.073 0.134 0.099 0.244 0.055 101 N 0.145 0.228 0.048 0.007 0.315 0.005 0.007 0.048 0.085 0.062 0.050 102 T 0.021 0.020 0.012 0.007 0.033 0.019 0.094 0.315 0.371 0.090 0.016 103 S 0.057 0.196 0.054 0.006 0.170 0.004 0.019 0.108 0.129 0.230 0.028 104 L 0.343 0.032 0.004 0.002 0.215 0.002 0.003 0.036 0.066 0.088 0.209 105 I 0.014 0.136 0.056 0.039 0.088 0.126 0.201 0.235 0.081 0.021 0.003 106 E 0.500 0.021 0.002 0.001 0.344 0.001 0.003 0.016 0.009 0.029 0.075 107 L 0.139 0.223 0.014 0.013 0.549 0.020 0.007 0.010 0.005 0.007 0.014 108 R 0.303 0.090 0.028 0.003 0.428 0.002 0.002 0.005 0.003 0.018 0.117 109 I 0.212 0.147 0.053 0.018 0.279 0.008 0.009 0.041 0.034 0.066 0.134 110 D 0.030 0.088 0.060 0.115 0.074 0.082 0.168 0.221 0.103 0.047 0.012 111 N 0.047 0.050 0.041 0.058 0.052 0.074 0.085 0.117 0.135 0.272 0.069 112 Q 0.164 0.160 0.039 0.013 0.409 0.006 0.012 0.048 0.052 0.046 0.052 113 S 0.051 0.044 0.012 0.017 0.064 0.031 0.079 0.167 0.256 0.228 0.050 114 Q 0.056 0.172 0.095 0.037 0.137 0.035 0.084 0.155 0.109 0.093 0.027 115 P 0.082 0.118 0.049 0.031 0.104 0.038 0.064 0.146 0.110 0.165 0.092 116 L 0.130 0.145 0.080 0.034 0.169 0.012 0.018 0.065 0.063 0.191 0.094 117 G 0.016 0.361 0.419 0.049 0.056 0.010 0.006 0.041 0.014 0.018 0.008 118 N 0.011 0.023 0.013 0.007 0.019 0.010 0.017 0.674 0.188 0.029 0.009 119 N 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.848 0.112 0.014 0.003 120 V 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.896 0.071 0.017 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.027 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.030 0.003 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.054 0.003 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.921 0.073 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.929 0.052 0.003 0.001 127 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.809 0.126 0.034 0.001 128 L 0.009 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.018 0.645 0.236 0.046 0.008 129 E 0.001 0.007 0.003 0.004 0.003 0.017 0.123 0.671 0.157 0.015 0.001 130 K 0.008 0.034 0.025 0.009 0.021 0.034 0.206 0.273 0.135 0.238 0.017 131 N 0.278 0.124 0.020 0.002 0.312 0.002 0.005 0.035 0.050 0.077 0.096 132 T 0.034 0.041 0.015 0.010 0.063 0.022 0.070 0.272 0.338 0.108 0.028 133 T 0.059 0.215 0.061 0.010 0.213 0.006 0.018 0.123 0.103 0.169 0.023 134 L 0.377 0.038 0.005 0.003 0.243 0.004 0.007 0.042 0.060 0.078 0.144 135 L 0.032 0.210 0.081 0.061 0.157 0.077 0.120 0.161 0.067 0.026 0.008 136 K 0.423 0.041 0.006 0.002 0.343 0.001 0.006 0.027 0.015 0.047 0.087 137 F 0.093 0.313 0.035 0.025 0.437 0.029 0.014 0.017 0.009 0.012 0.017 138 G 0.292 0.097 0.037 0.007 0.381 0.003 0.004 0.011 0.007 0.035 0.127 139 Y 0.147 0.141 0.062 0.024 0.193 0.016 0.028 0.110 0.099 0.097 0.084 140 H 0.053 0.135 0.077 0.090 0.109 0.080 0.096 0.123 0.087 0.113 0.036 141 F 0.090 0.104 0.054 0.058 0.147 0.032 0.038 0.105 0.132 0.167 0.075 142 T 0.068 0.101 0.056 0.047 0.118 0.035 0.058 0.134 0.138 0.187 0.059 143 Q 0.091 0.139 0.071 0.024 0.172 0.018 0.039 0.126 0.091 0.172 0.058 144 Q 0.089 0.148 0.065 0.042 0.125 0.033 0.048 0.133 0.089 0.169 0.059 145 G 0.022 0.192 0.290 0.168 0.062 0.052 0.035 0.079 0.030 0.047 0.022 146 P 0.077 0.084 0.044 0.014 0.115 0.018 0.032 0.336 0.139 0.102 0.038 147 R 0.033 0.083 0.040 0.014 0.055 0.014 0.026 0.489 0.165 0.062 0.019 148 L 0.026 0.055 0.034 0.017 0.047 0.016 0.019 0.539 0.107 0.113 0.028 149 R 0.049 0.077 0.014 0.002 0.064 0.003 0.010 0.672 0.070 0.028 0.012 150 A 0.025 0.031 0.010 0.002 0.027 0.004 0.008 0.779 0.080 0.025 0.010 151 S 0.012 0.066 0.021 0.006 0.030 0.004 0.007 0.752 0.085 0.011 0.004 152 N 0.009 0.010 0.005 0.005 0.015 0.006 0.009 0.789 0.129 0.018 0.004 153 A 0.006 0.009 0.005 0.004 0.011 0.006 0.016 0.812 0.108 0.019 0.005 154 M 0.013 0.010 0.004 0.004 0.017 0.006 0.018 0.659 0.132 0.122 0.016 155 M 0.022 0.083 0.027 0.014 0.049 0.021 0.045 0.545 0.104 0.077 0.013 156 N 0.025 0.137 0.066 0.039 0.061 0.040 0.066 0.398 0.075 0.078 0.016 157 N 0.031 0.114 0.097 0.044 0.073 0.041 0.054 0.375 0.077 0.072 0.021 158 N 0.044 0.030 0.020 0.015 0.041 0.010 0.023 0.444 0.131 0.168 0.074 159 D 0.030 0.081 0.028 0.007 0.060 0.007 0.015 0.608 0.105 0.045 0.014 160 L 0.014 0.023 0.005 0.002 0.027 0.003 0.010 0.777 0.111 0.022 0.006 161 V 0.021 0.019 0.006 0.004 0.022 0.006 0.020 0.782 0.098 0.016 0.007 162 R 0.014 0.017 0.009 0.007 0.022 0.008 0.021 0.740 0.119 0.036 0.008 163 K 0.030 0.030 0.010 0.006 0.047 0.007 0.023 0.638 0.151 0.045 0.014 164 R 0.027 0.069 0.040 0.025 0.064 0.033 0.057 0.491 0.134 0.047 0.013 165 R 0.060 0.067 0.029 0.014 0.099 0.019 0.043 0.376 0.117 0.133 0.043 166 L 0.075 0.111 0.059 0.025 0.121 0.020 0.033 0.276 0.128 0.112 0.040