# TARGET T0162 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0162.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.010 0.035 0.063 0.279 0.596 2 A 0.029 0.028 0.032 0.121 0.248 0.543 3 D 0.026 0.022 0.022 0.106 0.352 0.472 4 F 0.012 0.006 0.100 0.401 0.357 0.124 5 E 0.008 0.005 0.112 0.317 0.452 0.107 6 D 0.011 0.008 0.110 0.219 0.506 0.146 7 R 0.013 0.036 0.031 0.189 0.334 0.397 8 V 0.006 0.026 0.008 0.133 0.228 0.598 9 S 0.003 0.004 0.001 0.085 0.085 0.821 10 D 0.001 0.001 0.003 0.968 0.011 0.018 11 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.003 12 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 13 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 19 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 20 F 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.006 21 I 0.001 0.001 0.016 0.912 0.048 0.022 22 T 0.001 0.001 0.026 0.866 0.068 0.039 23 H 0.001 0.001 0.018 0.646 0.172 0.162 24 A 0.001 0.007 0.004 0.066 0.203 0.718 25 P 0.001 0.003 0.002 0.008 0.156 0.830 26 P 0.005 0.003 0.022 0.336 0.356 0.279 27 G 0.008 0.002 0.018 0.521 0.315 0.135 28 E 0.010 0.004 0.010 0.858 0.082 0.037 29 F 0.014 0.004 0.007 0.912 0.034 0.030 30 N 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.004 31 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.011 0.004 32 V 0.001 0.001 0.001 0.984 0.007 0.007 33 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 34 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.006 35 D 0.001 0.001 0.002 0.985 0.005 0.007 36 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 37 R 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.003 38 L 0.001 0.001 0.014 0.965 0.013 0.007 39 L 0.001 0.001 0.011 0.939 0.025 0.023 40 L 0.002 0.003 0.010 0.826 0.086 0.073 41 N 0.002 0.003 0.010 0.461 0.208 0.316 42 N 0.001 0.001 0.013 0.300 0.250 0.436 43 D 0.001 0.002 0.049 0.600 0.193 0.156 44 N 0.001 0.001 0.103 0.731 0.117 0.047 45 L 0.001 0.001 0.132 0.766 0.085 0.016 46 L 0.001 0.002 0.097 0.812 0.066 0.021 47 R 0.001 0.001 0.039 0.763 0.122 0.073 48 E 0.001 0.001 0.023 0.815 0.079 0.082 49 G 0.001 0.005 0.019 0.805 0.060 0.110 50 A 0.001 0.001 0.010 0.931 0.024 0.034 51 A 0.001 0.001 0.012 0.955 0.018 0.014 52 H 0.001 0.001 0.014 0.941 0.023 0.021 53 A 0.001 0.001 0.013 0.969 0.010 0.007 54 F 0.001 0.001 0.014 0.967 0.011 0.007 55 A 0.002 0.001 0.033 0.923 0.031 0.010 56 Q 0.003 0.001 0.037 0.867 0.060 0.032 57 Y 0.019 0.010 0.049 0.610 0.186 0.126 58 N 0.039 0.029 0.052 0.326 0.452 0.103 59 M 0.028 0.004 0.066 0.173 0.634 0.094 60 D 0.041 0.005 0.075 0.067 0.673 0.139 61 Q 0.169 0.024 0.041 0.033 0.526 0.207 62 F 0.260 0.010 0.006 0.007 0.190 0.526 63 T 0.581 0.019 0.004 0.005 0.095 0.296 64 P 0.822 0.007 0.003 0.003 0.051 0.114 65 V 0.895 0.012 0.002 0.003 0.026 0.061 66 K 0.880 0.007 0.004 0.003 0.037 0.070 67 I 0.761 0.010 0.010 0.003 0.114 0.102 68 E 0.352 0.009 0.020 0.005 0.415 0.199 69 G 0.115 0.013 0.031 0.004 0.704 0.132 70 Y 0.091 0.019 0.055 0.011 0.726 0.098 71 D 0.109 0.011 0.045 0.010 0.703 0.121 72 D 0.176 0.011 0.032 0.016 0.606 0.159 73 Q 0.392 0.007 0.009 0.011 0.260 0.321 74 V 0.897 0.012 0.001 0.006 0.024 0.060 75 L 0.960 0.004 0.001 0.003 0.008 0.025 76 I 0.970 0.005 0.001 0.002 0.006 0.017 77 T 0.820 0.008 0.004 0.006 0.086 0.076 78 E 0.355 0.008 0.018 0.014 0.351 0.254 79 H 0.066 0.007 0.041 0.014 0.630 0.243 80 G 0.047 0.024 0.044 0.018 0.659 0.208 81 D 0.086 0.050 0.039 0.019 0.500 0.305 82 L 0.068 0.042 0.059 0.020 0.633 0.177 83 G 0.046 0.006 0.030 0.008 0.752 0.158 84 N 0.065 0.009 0.028 0.006 0.714 0.179 85 G 0.237 0.013 0.016 0.004 0.431 0.298 86 R 0.733 0.035 0.007 0.002 0.086 0.137 87 F 0.856 0.016 0.003 0.001 0.043 0.081 88 L 0.821 0.020 0.002 0.001 0.050 0.106 89 D 0.588 0.022 0.003 0.003 0.147 0.237 90 P 0.098 0.006 0.076 0.093 0.606 0.120 91 R 0.036 0.005 0.124 0.116 0.616 0.103 92 N 0.068 0.008 0.108 0.097 0.582 0.137 93 K 0.183 0.007 0.095 0.146 0.349 0.221 94 I 0.542 0.018 0.023 0.133 0.090 0.194 95 S 0.843 0.008 0.015 0.060 0.037 0.037 96 F 0.889 0.003 0.006 0.041 0.026 0.035 97 K 0.852 0.008 0.003 0.060 0.027 0.049 98 F 0.511 0.004 0.015 0.288 0.073 0.109 99 D 0.134 0.004 0.035 0.557 0.157 0.113 100 H 0.052 0.004 0.048 0.751 0.111 0.034 101 L 0.050 0.003 0.055 0.766 0.099 0.027 102 R 0.062 0.004 0.034 0.766 0.089 0.045 103 K 0.088 0.006 0.054 0.671 0.104 0.077 104 E 0.095 0.010 0.032 0.681 0.086 0.095 105 A 0.106 0.010 0.046 0.619 0.134 0.086 106 S 0.051 0.006 0.034 0.467 0.217 0.224 107 D 0.035 0.010 0.021 0.124 0.331 0.479 108 P 0.026 0.017 0.048 0.192 0.361 0.357 109 Q 0.021 0.017 0.084 0.166 0.356 0.356 110 P 0.019 0.011 0.154 0.198 0.353 0.266 111 E 0.022 0.012 0.099 0.243 0.324 0.300 112 D 0.015 0.013 0.053 0.201 0.328 0.391 113 T 0.012 0.008 0.040 0.339 0.307 0.294 114 E 0.007 0.003 0.033 0.554 0.226 0.177 115 S 0.009 0.004 0.036 0.614 0.201 0.137 116 A 0.015 0.006 0.036 0.697 0.139 0.108 117 L 0.019 0.004 0.018 0.860 0.048 0.051 118 K 0.018 0.001 0.012 0.916 0.027 0.027 119 Q 0.010 0.001 0.009 0.932 0.019 0.028 120 W 0.007 0.001 0.007 0.936 0.013 0.036 121 R 0.004 0.001 0.004 0.962 0.007 0.022 122 D 0.002 0.001 0.003 0.976 0.007 0.012 123 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.005 0.011 124 C 0.001 0.001 0.002 0.957 0.008 0.031 125 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.007 126 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 127 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 128 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 129 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 132 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 133 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 134 D 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.004 135 H 0.001 0.001 0.004 0.926 0.025 0.043 136 Y 0.002 0.010 0.007 0.081 0.350 0.549 137 P 0.003 0.004 0.023 0.030 0.700 0.240 138 N 0.004 0.004 0.053 0.023 0.830 0.087 139 G 0.016 0.007 0.042 0.014 0.848 0.073 140 F 0.155 0.035 0.059 0.016 0.554 0.181 141 C 0.485 0.027 0.039 0.016 0.253 0.179 142 T 0.706 0.007 0.028 0.011 0.156 0.093 143 V 0.819 0.009 0.015 0.008 0.076 0.074 144 Y 0.906 0.003 0.005 0.004 0.038 0.044 145 G 0.920 0.003 0.004 0.004 0.036 0.033 146 K 0.914 0.008 0.002 0.003 0.038 0.035 147 S 0.802 0.008 0.007 0.003 0.128 0.052 148 I 0.354 0.008 0.032 0.006 0.505 0.095 149 D 0.100 0.006 0.051 0.006 0.768 0.069 150 G 0.076 0.007 0.106 0.010 0.742 0.060 151 Q 0.247 0.005 0.029 0.006 0.484 0.229 152 Q 0.804 0.007 0.003 0.001 0.078 0.107 153 T 0.961 0.002 0.001 0.001 0.007 0.030 154 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 155 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 156 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 157 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 158 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 159 E 0.882 0.003 0.002 0.002 0.037 0.075 160 S 0.584 0.011 0.016 0.005 0.143 0.240 161 H 0.274 0.007 0.038 0.011 0.361 0.309 162 Q 0.177 0.012 0.024 0.009 0.384 0.393 163 F 0.218 0.077 0.016 0.010 0.293 0.386 164 Q 0.124 0.028 0.014 0.010 0.519 0.305 165 P 0.057 0.016 0.041 0.016 0.641 0.228 166 K 0.031 0.018 0.056 0.021 0.722 0.153 167 N 0.068 0.014 0.097 0.018 0.613 0.190 168 F 0.228 0.044 0.051 0.016 0.363 0.297 169 W 0.317 0.077 0.025 0.010 0.277 0.294 170 N 0.385 0.021 0.012 0.005 0.307 0.269 171 G 0.356 0.012 0.009 0.002 0.335 0.286 172 R 0.636 0.025 0.005 0.001 0.173 0.160 173 W 0.774 0.013 0.002 0.001 0.070 0.140 174 R 0.751 0.003 0.001 0.001 0.054 0.190 175 S 0.894 0.002 0.001 0.001 0.018 0.086 176 E 0.962 0.003 0.001 0.001 0.008 0.026 177 W 0.958 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 178 K 0.962 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 179 F 0.946 0.006 0.001 0.001 0.014 0.033 180 T 0.849 0.008 0.002 0.001 0.085 0.055 181 I 0.601 0.036 0.006 0.001 0.225 0.131 182 T 0.181 0.017 0.008 0.001 0.692 0.101 183 P 0.067 0.010 0.018 0.001 0.848 0.055 184 P 0.072 0.010 0.019 0.002 0.743 0.153 185 T 0.178 0.016 0.024 0.001 0.689 0.091 186 A 0.381 0.005 0.017 0.002 0.365 0.230 187 Q 0.778 0.015 0.006 0.001 0.091 0.110 188 V 0.937 0.006 0.001 0.001 0.022 0.034 189 A 0.955 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 190 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 191 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 192 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 193 K 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 194 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 195 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 196 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 197 H 0.964 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 198 Y 0.935 0.007 0.001 0.001 0.025 0.032 199 Y 0.754 0.010 0.004 0.001 0.194 0.037 200 E 0.203 0.014 0.016 0.009 0.661 0.098 201 D 0.115 0.003 0.006 0.003 0.709 0.165 202 G 0.378 0.008 0.007 0.006 0.459 0.143 203 N 0.783 0.009 0.001 0.003 0.054 0.151 204 V 0.964 0.005 0.001 0.001 0.008 0.022 205 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 206 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 207 V 0.937 0.002 0.001 0.003 0.023 0.033 208 S 0.826 0.004 0.002 0.004 0.056 0.108 209 H 0.528 0.008 0.005 0.005 0.202 0.252 210 K 0.238 0.019 0.014 0.011 0.397 0.322 211 D 0.231 0.017 0.025 0.020 0.366 0.341 212 I 0.190 0.020 0.154 0.061 0.410 0.166 213 Q 0.193 0.006 0.124 0.066 0.377 0.234 214 D 0.313 0.020 0.102 0.120 0.294 0.151 215 S 0.357 0.021 0.024 0.108 0.243 0.247 216 V 0.422 0.013 0.020 0.177 0.171 0.197 217 Q 0.431 0.014 0.028 0.154 0.185 0.189 218 V 0.286 0.019 0.030 0.196 0.223 0.245 219 S 0.118 0.010 0.027 0.164 0.293 0.388 220 S 0.033 0.008 0.020 0.104 0.305 0.530 221 D 0.006 0.002 0.076 0.697 0.150 0.070 222 V 0.003 0.001 0.047 0.790 0.122 0.037 223 Q 0.003 0.002 0.042 0.813 0.101 0.038 224 T 0.004 0.003 0.019 0.883 0.047 0.045 225 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.007 0.008 226 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 227 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.004 228 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 229 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 230 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 231 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 232 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 233 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 234 N 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 235 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.004 236 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 237 N 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.007 238 E 0.001 0.001 0.001 0.983 0.006 0.009 239 Y 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.008 240 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 241 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 242 A 0.001 0.001 0.006 0.967 0.013 0.012 243 I 0.003 0.001 0.005 0.960 0.015 0.016 244 S 0.003 0.001 0.007 0.935 0.030 0.025 245 E 0.002 0.001 0.008 0.926 0.036 0.028 246 N 0.006 0.001 0.012 0.825 0.072 0.083 247 Y 0.021 0.008 0.029 0.710 0.120 0.112 248 Q 0.035 0.009 0.063 0.578 0.149 0.166 249 T 0.029 0.009 0.105 0.472 0.200 0.186 250 M 0.021 0.013 0.083 0.350 0.262 0.272 251 S 0.011 0.008 0.057 0.358 0.286 0.280 252 D 0.002 0.001 0.082 0.721 0.139 0.055 253 T 0.004 0.001 0.047 0.789 0.108 0.051 254 T 0.013 0.010 0.036 0.733 0.103 0.105 255 F 0.005 0.001 0.008 0.949 0.014 0.023 256 K 0.006 0.001 0.008 0.973 0.009 0.004 257 A 0.004 0.001 0.011 0.972 0.009 0.003 258 L 0.003 0.001 0.014 0.963 0.014 0.005 259 R 0.004 0.001 0.031 0.922 0.032 0.011 260 R 0.004 0.001 0.030 0.882 0.052 0.030 261 Q 0.007 0.005 0.021 0.687 0.099 0.182 262 L 0.020 0.013 0.016 0.156 0.228 0.567 263 P 0.024 0.006 0.021 0.040 0.250 0.659 264 V 0.064 0.019 0.062 0.075 0.336 0.445 265 T 0.206 0.020 0.078 0.046 0.270 0.381 266 R 0.343 0.015 0.106 0.048 0.182 0.307 267 T 0.387 0.017 0.070 0.034 0.185 0.307 268 K 0.402 0.032 0.067 0.031 0.211 0.257 269 I 0.318 0.045 0.024 0.018 0.230 0.365 270 D 0.143 0.021 0.028 0.021 0.507 0.281 271 W 0.010 0.001 0.598 0.058 0.306 0.026 272 N 0.020 0.001 0.481 0.055 0.390 0.052 273 K 0.064 0.007 0.517 0.095 0.267 0.050 274 I 0.303 0.030 0.055 0.074 0.216 0.323 275 L 0.414 0.011 0.022 0.051 0.164 0.337 276 S 0.792 0.005 0.007 0.044 0.044 0.107 277 Y 0.879 0.005 0.004 0.044 0.018 0.050 278 K 0.833 0.011 0.002 0.074 0.017 0.062 279 I 0.616 0.002 0.008 0.178 0.042 0.153 280 G 0.328 0.013 0.033 0.263 0.123 0.240 281 K 0.077 0.006 0.133 0.442 0.183 0.159 282 E 0.065 0.003 0.155 0.361 0.233 0.183 283 M 0.052 0.019 0.097 0.455 0.189 0.189 284 Q 0.029 0.021 0.064 0.450 0.153 0.282 285 N 0.011 0.004 0.014 0.205 0.143 0.623 286 A 0.001 0.001 0.004 0.032 0.051 0.911