# TARGET T0162 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0162.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.008 0.010 0.006 0.008 0.968 2 A 0.008 0.018 0.055 0.128 0.034 0.127 0.630 3 D 0.007 0.015 0.052 0.117 0.228 0.120 0.460 4 F 0.006 0.005 0.128 0.357 0.146 0.144 0.214 5 E 0.017 0.007 0.166 0.345 0.087 0.187 0.192 6 D 0.017 0.010 0.169 0.267 0.090 0.114 0.333 7 R 0.048 0.089 0.073 0.283 0.099 0.158 0.250 8 V 0.027 0.026 0.012 0.152 0.286 0.118 0.379 9 S 0.011 0.015 0.002 0.145 0.140 0.059 0.627 10 D 0.001 0.001 0.007 0.860 0.043 0.028 0.061 11 E 0.001 0.001 0.007 0.968 0.007 0.012 0.005 12 E 0.001 0.001 0.007 0.966 0.004 0.018 0.005 13 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.007 0.003 14 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.003 15 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.007 0.003 16 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.004 17 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 18 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 21 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.009 0.001 22 T 0.001 0.001 0.006 0.868 0.003 0.122 0.001 23 H 0.001 0.001 0.006 0.615 0.016 0.357 0.006 24 A 0.001 0.010 0.003 0.324 0.293 0.088 0.282 25 P 0.001 0.005 0.002 0.036 0.178 0.032 0.747 26 P 0.001 0.002 0.032 0.324 0.159 0.389 0.093 27 G 0.003 0.004 0.052 0.520 0.098 0.239 0.083 28 E 0.007 0.004 0.040 0.831 0.027 0.031 0.060 29 F 0.011 0.003 0.014 0.927 0.005 0.012 0.028 30 N 0.005 0.001 0.008 0.950 0.010 0.015 0.010 31 E 0.008 0.001 0.011 0.933 0.006 0.032 0.010 32 V 0.004 0.002 0.006 0.947 0.002 0.032 0.007 33 F 0.004 0.001 0.004 0.959 0.005 0.020 0.006 34 N 0.004 0.001 0.005 0.963 0.007 0.014 0.007 35 D 0.002 0.001 0.004 0.968 0.004 0.015 0.006 36 V 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 37 R 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.006 0.001 38 L 0.001 0.001 0.013 0.965 0.002 0.018 0.001 39 L 0.002 0.001 0.021 0.919 0.004 0.050 0.003 40 L 0.003 0.005 0.013 0.803 0.035 0.121 0.020 41 N 0.004 0.004 0.010 0.452 0.120 0.296 0.114 42 N 0.002 0.002 0.015 0.222 0.232 0.155 0.371 43 D 0.001 0.004 0.099 0.688 0.057 0.103 0.049 44 N 0.001 0.001 0.105 0.741 0.039 0.098 0.015 45 L 0.001 0.002 0.130 0.758 0.019 0.064 0.025 46 L 0.002 0.003 0.072 0.796 0.017 0.070 0.041 47 R 0.002 0.002 0.038 0.811 0.027 0.084 0.036 48 E 0.002 0.001 0.026 0.811 0.033 0.095 0.032 49 G 0.002 0.003 0.029 0.788 0.027 0.098 0.054 50 A 0.002 0.003 0.024 0.820 0.019 0.055 0.078 51 A 0.001 0.001 0.016 0.924 0.012 0.030 0.016 52 H 0.001 0.001 0.010 0.943 0.009 0.028 0.008 53 A 0.001 0.001 0.008 0.951 0.007 0.024 0.010 54 F 0.001 0.001 0.012 0.955 0.004 0.018 0.009 55 A 0.001 0.001 0.022 0.931 0.004 0.035 0.006 56 Q 0.002 0.001 0.022 0.893 0.005 0.071 0.006 57 Y 0.003 0.003 0.015 0.807 0.049 0.076 0.046 58 N 0.013 0.012 0.046 0.448 0.078 0.174 0.230 59 M 0.004 0.003 0.112 0.187 0.048 0.610 0.035 60 D 0.005 0.001 0.052 0.056 0.065 0.797 0.024 61 Q 0.066 0.009 0.034 0.057 0.264 0.233 0.337 62 F 0.213 0.031 0.007 0.013 0.122 0.062 0.552 63 T 0.593 0.008 0.005 0.007 0.069 0.010 0.308 64 P 0.809 0.007 0.002 0.001 0.024 0.004 0.152 65 V 0.849 0.009 0.001 0.001 0.009 0.002 0.129 66 K 0.881 0.017 0.001 0.001 0.009 0.002 0.089 67 I 0.759 0.016 0.003 0.001 0.014 0.005 0.202 68 E 0.392 0.024 0.018 0.002 0.175 0.195 0.194 69 G 0.092 0.009 0.035 0.003 0.265 0.400 0.196 70 Y 0.105 0.022 0.035 0.003 0.180 0.355 0.300 71 D 0.098 0.024 0.036 0.002 0.258 0.393 0.188 72 D 0.061 0.003 0.014 0.001 0.614 0.223 0.084 73 Q 0.372 0.011 0.007 0.001 0.102 0.089 0.418 74 V 0.929 0.018 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 75 L 0.974 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 76 I 0.960 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 77 T 0.715 0.006 0.003 0.001 0.017 0.008 0.250 78 E 0.452 0.010 0.020 0.004 0.106 0.157 0.250 79 H 0.258 0.015 0.049 0.009 0.208 0.271 0.190 80 G 0.187 0.025 0.052 0.010 0.332 0.163 0.230 81 D 0.171 0.044 0.045 0.011 0.133 0.138 0.458 82 L 0.123 0.059 0.062 0.008 0.156 0.430 0.162 83 G 0.037 0.008 0.028 0.006 0.173 0.684 0.064 84 N 0.037 0.003 0.013 0.002 0.359 0.475 0.112 85 G 0.244 0.011 0.008 0.003 0.196 0.089 0.449 86 R 0.681 0.054 0.003 0.001 0.055 0.015 0.191 87 F 0.800 0.024 0.003 0.001 0.035 0.007 0.129 88 L 0.763 0.048 0.003 0.002 0.034 0.007 0.144 89 D 0.318 0.018 0.008 0.003 0.040 0.011 0.602 90 P 0.050 0.003 0.096 0.014 0.077 0.702 0.057 91 R 0.033 0.005 0.074 0.012 0.087 0.753 0.035 92 N 0.170 0.017 0.074 0.013 0.191 0.203 0.331 93 K 0.323 0.009 0.015 0.012 0.143 0.061 0.438 94 I 0.715 0.013 0.008 0.009 0.089 0.026 0.140 95 S 0.910 0.006 0.002 0.004 0.014 0.005 0.058 96 F 0.936 0.004 0.001 0.005 0.008 0.002 0.043 97 K 0.910 0.005 0.001 0.009 0.010 0.002 0.064 98 F 0.775 0.005 0.002 0.036 0.017 0.005 0.160 99 D 0.579 0.003 0.007 0.100 0.114 0.021 0.176 100 H 0.631 0.011 0.018 0.164 0.045 0.033 0.098 101 L 0.541 0.005 0.027 0.277 0.031 0.050 0.070 102 R 0.518 0.009 0.024 0.291 0.042 0.043 0.072 103 K 0.337 0.005 0.033 0.318 0.079 0.063 0.165 104 E 0.215 0.027 0.044 0.313 0.074 0.152 0.175 105 A 0.105 0.022 0.074 0.337 0.100 0.172 0.190 106 S 0.073 0.009 0.091 0.251 0.124 0.294 0.157 107 D 0.044 0.009 0.052 0.109 0.267 0.191 0.329 108 P 0.058 0.032 0.046 0.117 0.255 0.094 0.400 109 Q 0.046 0.027 0.023 0.053 0.187 0.077 0.586 110 P 0.040 0.033 0.043 0.068 0.135 0.113 0.568 111 E 0.028 0.015 0.071 0.140 0.188 0.131 0.426 112 D 0.023 0.011 0.085 0.139 0.177 0.152 0.414 113 T 0.013 0.009 0.069 0.237 0.126 0.142 0.404 114 E 0.010 0.010 0.053 0.333 0.148 0.177 0.268 115 S 0.008 0.005 0.056 0.440 0.142 0.227 0.121 116 A 0.008 0.008 0.058 0.568 0.075 0.128 0.155 117 L 0.007 0.005 0.035 0.770 0.038 0.054 0.092 118 K 0.008 0.002 0.018 0.875 0.022 0.035 0.039 119 Q 0.007 0.002 0.014 0.896 0.015 0.035 0.031 120 W 0.002 0.001 0.009 0.927 0.012 0.018 0.030 121 R 0.001 0.001 0.003 0.973 0.005 0.008 0.010 122 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.009 0.002 123 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 124 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 125 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 126 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 127 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 129 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 130 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 131 Y 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.017 0.001 132 V 0.001 0.001 0.005 0.963 0.005 0.021 0.005 133 K 0.001 0.001 0.040 0.907 0.004 0.040 0.007 134 D 0.002 0.001 0.042 0.737 0.016 0.193 0.009 135 H 0.004 0.002 0.038 0.490 0.031 0.412 0.023 136 Y 0.012 0.024 0.015 0.067 0.282 0.141 0.459 137 P 0.015 0.009 0.041 0.014 0.223 0.356 0.341 138 N 0.006 0.001 0.030 0.003 0.185 0.713 0.061 139 G 0.042 0.012 0.059 0.007 0.305 0.347 0.228 140 F 0.323 0.029 0.043 0.013 0.119 0.092 0.381 141 C 0.654 0.042 0.031 0.009 0.055 0.037 0.171 142 T 0.711 0.018 0.024 0.007 0.040 0.029 0.171 143 V 0.793 0.007 0.016 0.008 0.035 0.043 0.098 144 Y 0.884 0.011 0.007 0.006 0.015 0.014 0.062 145 G 0.831 0.006 0.006 0.004 0.018 0.010 0.125 146 K 0.817 0.009 0.005 0.004 0.030 0.013 0.122 147 S 0.736 0.020 0.005 0.004 0.032 0.014 0.188 148 I 0.367 0.017 0.035 0.006 0.110 0.185 0.280 149 D 0.096 0.005 0.039 0.002 0.264 0.495 0.099 150 G 0.077 0.003 0.027 0.001 0.380 0.409 0.102 151 Q 0.331 0.009 0.012 0.001 0.161 0.104 0.382 152 Q 0.773 0.005 0.001 0.001 0.028 0.003 0.190 153 T 0.960 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.028 154 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 155 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 156 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 157 C 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 158 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.029 159 E 0.933 0.007 0.001 0.002 0.007 0.002 0.048 160 S 0.711 0.008 0.008 0.007 0.025 0.018 0.224 161 H 0.486 0.006 0.018 0.010 0.164 0.119 0.197 162 Q 0.371 0.013 0.013 0.006 0.285 0.113 0.200 163 F 0.312 0.050 0.006 0.008 0.178 0.023 0.424 164 Q 0.096 0.020 0.004 0.004 0.074 0.015 0.787 165 P 0.040 0.007 0.146 0.040 0.140 0.343 0.284 166 K 0.024 0.005 0.237 0.045 0.131 0.476 0.082 167 N 0.058 0.013 0.341 0.042 0.130 0.203 0.212 168 F 0.114 0.027 0.133 0.057 0.137 0.263 0.270 169 W 0.122 0.058 0.066 0.037 0.123 0.412 0.182 170 N 0.057 0.007 0.027 0.012 0.245 0.535 0.117 171 G 0.060 0.007 0.011 0.005 0.425 0.275 0.217 172 R 0.289 0.033 0.013 0.005 0.194 0.083 0.383 173 W 0.684 0.028 0.005 0.002 0.052 0.021 0.208 174 R 0.814 0.014 0.006 0.001 0.039 0.005 0.121 175 S 0.883 0.009 0.005 0.001 0.011 0.004 0.087 176 E 0.926 0.002 0.004 0.001 0.012 0.009 0.046 177 W 0.957 0.002 0.002 0.001 0.008 0.004 0.026 178 K 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.046 179 F 0.928 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.059 180 T 0.858 0.006 0.001 0.001 0.012 0.002 0.122 181 I 0.683 0.026 0.003 0.002 0.053 0.018 0.215 182 T 0.360 0.022 0.006 0.003 0.119 0.034 0.456 183 P 0.022 0.002 0.049 0.006 0.185 0.682 0.054 184 P 0.014 0.002 0.044 0.003 0.162 0.718 0.056 185 T 0.148 0.023 0.060 0.005 0.180 0.106 0.477 186 A 0.437 0.011 0.015 0.004 0.145 0.062 0.327 187 Q 0.763 0.013 0.009 0.002 0.073 0.027 0.113 188 V 0.858 0.016 0.002 0.001 0.012 0.003 0.107 189 A 0.871 0.003 0.002 0.001 0.034 0.010 0.079 190 A 0.938 0.003 0.002 0.001 0.018 0.004 0.035 191 V 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 192 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 193 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 194 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 195 Q 0.945 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.041 196 V 0.948 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.033 197 H 0.879 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.102 198 Y 0.860 0.011 0.001 0.001 0.020 0.006 0.102 199 Y 0.650 0.043 0.003 0.001 0.023 0.022 0.258 200 E 0.231 0.011 0.014 0.003 0.115 0.383 0.245 201 D 0.037 0.006 0.012 0.002 0.443 0.414 0.087 202 G 0.027 0.004 0.004 0.002 0.784 0.080 0.099 203 N 0.193 0.016 0.008 0.005 0.161 0.096 0.521 204 V 0.770 0.063 0.003 0.003 0.018 0.011 0.131 205 Q 0.894 0.010 0.003 0.004 0.016 0.005 0.068 206 L 0.894 0.006 0.005 0.005 0.016 0.005 0.069 207 V 0.863 0.008 0.005 0.007 0.014 0.009 0.094 208 S 0.694 0.020 0.009 0.006 0.043 0.029 0.198 209 H 0.471 0.007 0.015 0.007 0.175 0.059 0.267 210 K 0.397 0.010 0.025 0.011 0.238 0.070 0.249 211 D 0.471 0.029 0.020 0.014 0.101 0.037 0.327 212 I 0.470 0.016 0.046 0.026 0.087 0.095 0.260 213 Q 0.351 0.016 0.059 0.033 0.170 0.145 0.225 214 D 0.394 0.021 0.053 0.040 0.185 0.094 0.214 215 S 0.465 0.015 0.015 0.021 0.077 0.032 0.374 216 V 0.633 0.013 0.008 0.017 0.066 0.024 0.239 217 Q 0.743 0.024 0.006 0.013 0.036 0.013 0.165 218 V 0.496 0.063 0.011 0.028 0.056 0.021 0.324 219 S 0.202 0.019 0.019 0.048 0.216 0.083 0.412 220 S 0.050 0.018 0.043 0.065 0.274 0.140 0.409 221 D 0.016 0.007 0.123 0.233 0.154 0.146 0.320 222 V 0.012 0.003 0.122 0.421 0.146 0.185 0.111 223 Q 0.008 0.006 0.103 0.535 0.125 0.121 0.103 224 T 0.005 0.008 0.025 0.754 0.049 0.048 0.110 225 A 0.001 0.001 0.006 0.945 0.009 0.014 0.025 226 K 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.009 0.004 227 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 228 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 229 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 230 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 231 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 232 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 233 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.018 0.001 234 N 0.001 0.001 0.003 0.921 0.008 0.061 0.007 235 A 0.001 0.001 0.004 0.909 0.006 0.069 0.012 236 E 0.001 0.001 0.003 0.923 0.011 0.036 0.026 237 N 0.001 0.001 0.005 0.944 0.011 0.027 0.012 238 E 0.001 0.001 0.005 0.960 0.006 0.020 0.008 239 Y 0.001 0.001 0.005 0.970 0.004 0.013 0.007 240 Q 0.001 0.001 0.003 0.977 0.003 0.011 0.003 241 T 0.002 0.001 0.004 0.973 0.003 0.015 0.003 242 A 0.001 0.001 0.005 0.970 0.003 0.016 0.004 243 I 0.004 0.001 0.006 0.954 0.006 0.020 0.008 244 S 0.009 0.001 0.014 0.898 0.012 0.050 0.016 245 E 0.009 0.001 0.028 0.783 0.018 0.145 0.017 246 N 0.011 0.002 0.039 0.575 0.037 0.291 0.046 247 Y 0.041 0.011 0.073 0.343 0.109 0.231 0.192 248 Q 0.090 0.019 0.100 0.214 0.170 0.192 0.215 249 T 0.120 0.040 0.058 0.125 0.176 0.207 0.275 250 M 0.062 0.040 0.027 0.096 0.231 0.139 0.405 251 S 0.033 0.013 0.012 0.075 0.242 0.124 0.502 252 D 0.007 0.002 0.048 0.397 0.167 0.317 0.063 253 T 0.007 0.004 0.040 0.548 0.088 0.261 0.052 254 T 0.035 0.017 0.051 0.559 0.073 0.111 0.154 255 F 0.062 0.035 0.058 0.528 0.059 0.064 0.194 256 K 0.077 0.013 0.097 0.624 0.039 0.054 0.095 257 A 0.044 0.004 0.220 0.541 0.027 0.079 0.083 258 L 0.033 0.010 0.331 0.417 0.045 0.069 0.094 259 R 0.026 0.008 0.567 0.182 0.047 0.097 0.075 260 R 0.014 0.002 0.448 0.166 0.057 0.243 0.069 261 Q 0.006 0.011 0.256 0.161 0.116 0.346 0.105 262 L 0.007 0.010 0.012 0.030 0.669 0.035 0.236 263 P 0.031 0.006 0.009 0.013 0.191 0.068 0.682 264 V 0.287 0.083 0.024 0.032 0.075 0.046 0.453 265 T 0.444 0.047 0.038 0.041 0.048 0.027 0.354 266 R 0.453 0.012 0.073 0.050 0.070 0.038 0.305 267 T 0.484 0.004 0.060 0.038 0.140 0.058 0.216 268 K 0.577 0.033 0.029 0.018 0.082 0.030 0.230 269 I 0.533 0.037 0.007 0.018 0.081 0.011 0.312 270 D 0.279 0.013 0.003 0.007 0.041 0.010 0.648 271 W 0.039 0.002 0.296 0.294 0.073 0.225 0.070 272 N 0.023 0.002 0.382 0.171 0.074 0.319 0.030 273 K 0.032 0.003 0.396 0.157 0.081 0.278 0.053 274 I 0.329 0.018 0.056 0.104 0.076 0.119 0.299 275 L 0.592 0.012 0.017 0.045 0.073 0.061 0.201 276 S 0.816 0.010 0.010 0.027 0.033 0.032 0.072 277 Y 0.778 0.013 0.007 0.041 0.027 0.014 0.121 278 K 0.798 0.011 0.005 0.044 0.022 0.013 0.106 279 I 0.608 0.017 0.006 0.056 0.030 0.033 0.249 280 G 0.227 0.008 0.027 0.086 0.149 0.094 0.408 281 K 0.178 0.010 0.070 0.190 0.228 0.140 0.183 282 E 0.169 0.022 0.084 0.245 0.138 0.119 0.222 283 M 0.151 0.038 0.064 0.227 0.130 0.171 0.218 284 Q 0.097 0.010 0.026 0.137 0.174 0.273 0.283 285 N 0.032 0.012 0.011 0.066 0.014 0.214 0.651 286 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998