# TARGET T0161 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0161.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.006 0.006 0.126 0.184 0.658 2 S 0.024 0.017 0.010 0.229 0.230 0.489 3 E 0.024 0.011 0.048 0.525 0.224 0.168 4 T 0.024 0.004 0.056 0.594 0.182 0.140 5 D 0.039 0.006 0.076 0.602 0.154 0.123 6 L 0.047 0.015 0.052 0.717 0.082 0.087 7 L 0.061 0.009 0.050 0.745 0.067 0.068 8 L 0.085 0.003 0.083 0.728 0.059 0.042 9 K 0.091 0.003 0.086 0.662 0.087 0.071 10 M 0.080 0.004 0.071 0.647 0.100 0.099 11 V 0.107 0.008 0.023 0.630 0.106 0.126 12 R 0.135 0.005 0.019 0.470 0.152 0.219 13 Q 0.129 0.006 0.012 0.444 0.135 0.274 14 P 0.144 0.007 0.016 0.437 0.128 0.268 15 V 0.216 0.006 0.017 0.442 0.113 0.206 16 K 0.260 0.009 0.025 0.488 0.071 0.147 17 L 0.270 0.006 0.030 0.538 0.049 0.107 18 Y 0.237 0.004 0.023 0.611 0.040 0.086 19 S 0.300 0.006 0.021 0.540 0.039 0.094 20 V 0.181 0.003 0.017 0.718 0.030 0.051 21 A 0.127 0.002 0.024 0.758 0.044 0.045 22 T 0.144 0.004 0.035 0.701 0.067 0.049 23 L 0.122 0.005 0.030 0.716 0.079 0.046 24 F 0.074 0.002 0.023 0.754 0.078 0.068 25 H 0.047 0.004 0.030 0.744 0.095 0.081 26 E 0.034 0.003 0.029 0.740 0.095 0.098 27 F 0.022 0.002 0.017 0.846 0.049 0.064 28 S 0.025 0.003 0.023 0.800 0.065 0.084 29 E 0.023 0.002 0.025 0.856 0.045 0.049 30 V 0.036 0.003 0.023 0.862 0.037 0.040 31 I 0.045 0.003 0.025 0.847 0.037 0.042 32 T 0.057 0.003 0.023 0.821 0.042 0.054 33 K 0.055 0.004 0.024 0.778 0.056 0.083 34 L 0.058 0.007 0.025 0.720 0.084 0.105 35 E 0.073 0.006 0.049 0.593 0.143 0.137 36 H 0.069 0.006 0.067 0.508 0.181 0.169 37 S 0.097 0.010 0.072 0.373 0.225 0.224 38 V 0.134 0.013 0.075 0.339 0.232 0.206 39 Q 0.143 0.010 0.046 0.290 0.239 0.271 40 K 0.101 0.011 0.041 0.319 0.220 0.308 41 E 0.085 0.011 0.017 0.206 0.230 0.452 42 P 0.074 0.008 0.027 0.196 0.246 0.449 43 T 0.105 0.018 0.053 0.212 0.256 0.356 44 S 0.141 0.015 0.093 0.226 0.224 0.302 45 L 0.207 0.019 0.110 0.210 0.202 0.252 46 L 0.186 0.016 0.078 0.211 0.203 0.306 47 S 0.154 0.016 0.045 0.192 0.240 0.351 48 E 0.054 0.004 0.069 0.402 0.284 0.187 49 E 0.021 0.003 0.055 0.484 0.263 0.174 50 N 0.024 0.005 0.052 0.511 0.254 0.154 51 W 0.025 0.006 0.037 0.658 0.156 0.118 52 H 0.023 0.005 0.028 0.760 0.093 0.092 53 K 0.019 0.002 0.033 0.834 0.063 0.048 54 Q 0.021 0.003 0.034 0.817 0.060 0.065 55 F 0.025 0.004 0.026 0.837 0.050 0.059 56 L 0.029 0.002 0.027 0.853 0.041 0.048 57 K 0.040 0.003 0.031 0.828 0.046 0.053 58 F 0.036 0.002 0.034 0.849 0.036 0.044 59 A 0.033 0.002 0.065 0.786 0.055 0.058 60 Q 0.036 0.002 0.065 0.745 0.072 0.081 61 A 0.044 0.006 0.054 0.617 0.112 0.168 62 L 0.042 0.015 0.031 0.309 0.225 0.378 63 P 0.040 0.010 0.059 0.174 0.412 0.306 64 A 0.035 0.009 0.082 0.155 0.494 0.226 65 H 0.038 0.009 0.067 0.101 0.549 0.236 66 G 0.051 0.012 0.031 0.064 0.478 0.365 67 S 0.081 0.014 0.030 0.069 0.365 0.441 68 A 0.099 0.029 0.117 0.164 0.348 0.243 69 S 0.123 0.013 0.157 0.152 0.295 0.260 70 W 0.211 0.016 0.193 0.184 0.235 0.160 71 L 0.220 0.023 0.099 0.210 0.205 0.244 72 N 0.188 0.028 0.031 0.117 0.244 0.392 73 L 0.060 0.008 0.078 0.338 0.270 0.247 74 D 0.033 0.006 0.113 0.425 0.247 0.175 75 D 0.020 0.003 0.150 0.589 0.165 0.073 76 A 0.020 0.003 0.084 0.781 0.073 0.038 77 L 0.026 0.003 0.066 0.808 0.064 0.034 78 Q 0.030 0.002 0.061 0.812 0.062 0.033 79 A 0.032 0.003 0.049 0.796 0.071 0.048 80 V 0.050 0.009 0.034 0.685 0.125 0.096 81 V 0.054 0.008 0.027 0.604 0.164 0.143 82 G 0.035 0.005 0.022 0.495 0.229 0.214 83 N 0.022 0.005 0.024 0.395 0.284 0.270 84 S 0.018 0.008 0.036 0.549 0.224 0.164 85 R 0.014 0.006 0.050 0.675 0.158 0.098 86 S 0.010 0.003 0.053 0.748 0.108 0.078 87 A 0.011 0.002 0.049 0.821 0.072 0.045 88 F 0.023 0.005 0.042 0.812 0.062 0.055 89 L 0.027 0.003 0.026 0.872 0.034 0.038 90 H 0.029 0.002 0.021 0.879 0.032 0.037 91 Q 0.026 0.002 0.018 0.881 0.033 0.040 92 L 0.016 0.002 0.013 0.926 0.020 0.023 93 I 0.013 0.001 0.016 0.919 0.024 0.027 94 A 0.009 0.001 0.024 0.904 0.031 0.031 95 K 0.008 0.001 0.022 0.868 0.046 0.054 96 L 0.014 0.002 0.025 0.789 0.079 0.091 97 K 0.019 0.004 0.025 0.743 0.099 0.110 98 S 0.028 0.003 0.030 0.677 0.138 0.124 99 R 0.049 0.003 0.029 0.573 0.172 0.174 100 H 0.121 0.008 0.035 0.427 0.193 0.217 101 L 0.269 0.009 0.030 0.347 0.146 0.198 102 Q 0.400 0.008 0.030 0.287 0.092 0.182 103 V 0.619 0.008 0.024 0.196 0.053 0.100 104 L 0.637 0.008 0.023 0.196 0.055 0.081 105 E 0.600 0.008 0.022 0.199 0.069 0.102 106 L 0.407 0.006 0.050 0.223 0.161 0.155 107 N 0.272 0.011 0.061 0.162 0.275 0.220 108 K 0.219 0.013 0.056 0.117 0.371 0.224 109 I 0.207 0.018 0.051 0.087 0.354 0.284 110 G 0.132 0.012 0.024 0.040 0.332 0.459 111 S 0.137 0.023 0.024 0.037 0.297 0.483 112 E 0.145 0.019 0.015 0.032 0.196 0.593 113 P 0.168 0.026 0.038 0.042 0.207 0.518 114 L 0.155 0.037 0.035 0.044 0.234 0.495 115 D 0.095 0.017 0.056 0.048 0.309 0.474 116 L 0.046 0.007 0.344 0.090 0.370 0.144 117 S 0.035 0.005 0.308 0.076 0.429 0.147 118 N 0.050 0.010 0.248 0.063 0.454 0.174 119 L 0.101 0.023 0.042 0.046 0.401 0.388 120 P 0.101 0.023 0.026 0.033 0.279 0.537 121 A 0.164 0.023 0.027 0.037 0.289 0.459 122 P 0.228 0.009 0.052 0.061 0.257 0.393 123 F 0.511 0.018 0.063 0.062 0.145 0.201 124 Y 0.686 0.009 0.049 0.061 0.078 0.117 125 V 0.797 0.011 0.019 0.052 0.044 0.077 126 L 0.670 0.013 0.014 0.072 0.072 0.159 127 L 0.377 0.014 0.010 0.080 0.123 0.396 128 P 0.115 0.004 0.064 0.239 0.271 0.307 129 E 0.040 0.005 0.142 0.291 0.339 0.183 130 S 0.050 0.008 0.172 0.336 0.315 0.118 131 F 0.064 0.007 0.102 0.441 0.275 0.112 132 A 0.096 0.006 0.054 0.566 0.158 0.121 133 A 0.121 0.006 0.040 0.649 0.098 0.086 134 R 0.181 0.004 0.028 0.596 0.082 0.108 135 I 0.291 0.006 0.022 0.546 0.053 0.082 136 T 0.374 0.005 0.020 0.493 0.040 0.067 137 L 0.478 0.004 0.017 0.394 0.037 0.070 138 L 0.466 0.008 0.016 0.365 0.055 0.089 139 V 0.424 0.006 0.024 0.338 0.090 0.117 140 Q 0.239 0.006 0.041 0.338 0.189 0.188 141 D 0.165 0.007 0.088 0.247 0.312 0.181 142 K 0.129 0.009 0.081 0.196 0.406 0.179 143 A 0.100 0.016 0.056 0.211 0.358 0.260 144 L 0.122 0.007 0.052 0.166 0.383 0.270 145 P 0.150 0.005 0.051 0.164 0.289 0.341 146 Y 0.441 0.016 0.058 0.167 0.154 0.163 147 V 0.673 0.010 0.022 0.128 0.069 0.098 148 R 0.795 0.005 0.010 0.071 0.034 0.086 149 V 0.761 0.005 0.008 0.085 0.031 0.110 150 S 0.669 0.007 0.013 0.157 0.042 0.113 151 F 0.536 0.007 0.046 0.255 0.063 0.094 152 E 0.515 0.004 0.054 0.220 0.097 0.110 153 Y 0.405 0.013 0.091 0.208 0.130 0.153 154 W 0.296 0.026 0.036 0.179 0.123 0.339 155 H 0.113 0.014 0.023 0.160 0.115 0.575 156 A 0.002 0.001 0.001 0.008 0.024 0.965