# TARGET T0161 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0161.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.014 0.019 0.003 0.060 0.003 0.019 0.881 3 E 0.012 0.007 0.037 0.417 0.128 0.109 0.290 4 T 0.023 0.005 0.050 0.558 0.069 0.104 0.191 5 D 0.043 0.004 0.054 0.663 0.049 0.061 0.125 6 L 0.100 0.007 0.035 0.703 0.043 0.034 0.078 7 L 0.137 0.007 0.031 0.729 0.016 0.025 0.054 8 L 0.127 0.004 0.034 0.753 0.014 0.029 0.038 9 K 0.098 0.003 0.043 0.757 0.019 0.050 0.030 10 M 0.085 0.005 0.051 0.709 0.029 0.085 0.036 11 V 0.083 0.006 0.041 0.647 0.044 0.111 0.067 12 R 0.063 0.005 0.039 0.549 0.095 0.128 0.121 13 Q 0.085 0.005 0.024 0.323 0.247 0.088 0.229 14 P 0.131 0.008 0.029 0.188 0.110 0.135 0.400 15 V 0.216 0.026 0.031 0.225 0.073 0.052 0.377 16 K 0.337 0.016 0.028 0.224 0.063 0.039 0.293 17 L 0.320 0.011 0.044 0.342 0.045 0.057 0.181 18 Y 0.306 0.010 0.038 0.382 0.066 0.048 0.150 19 S 0.268 0.014 0.039 0.397 0.065 0.041 0.176 20 V 0.132 0.005 0.042 0.677 0.033 0.040 0.071 21 A 0.116 0.004 0.038 0.707 0.034 0.042 0.059 22 T 0.091 0.004 0.052 0.721 0.027 0.055 0.050 23 L 0.063 0.005 0.041 0.746 0.030 0.061 0.053 24 F 0.051 0.005 0.035 0.769 0.030 0.055 0.055 25 H 0.028 0.002 0.036 0.783 0.035 0.073 0.044 26 E 0.020 0.003 0.028 0.775 0.038 0.083 0.054 27 F 0.014 0.003 0.025 0.845 0.020 0.049 0.045 28 S 0.013 0.002 0.023 0.864 0.019 0.048 0.032 29 E 0.015 0.001 0.023 0.871 0.019 0.046 0.026 30 V 0.016 0.002 0.019 0.892 0.015 0.035 0.021 31 I 0.038 0.004 0.014 0.863 0.014 0.032 0.033 32 T 0.039 0.002 0.024 0.825 0.019 0.052 0.039 33 K 0.050 0.003 0.034 0.748 0.032 0.089 0.044 34 L 0.066 0.007 0.047 0.660 0.043 0.088 0.088 35 E 0.069 0.009 0.064 0.574 0.057 0.110 0.117 36 H 0.048 0.004 0.082 0.498 0.080 0.155 0.133 37 S 0.052 0.007 0.079 0.484 0.081 0.161 0.135 38 V 0.073 0.014 0.061 0.433 0.095 0.110 0.214 39 Q 0.078 0.011 0.047 0.352 0.110 0.119 0.283 40 K 0.069 0.013 0.035 0.339 0.179 0.113 0.252 41 E 0.071 0.011 0.018 0.197 0.226 0.059 0.418 42 P 0.047 0.009 0.034 0.173 0.109 0.122 0.506 43 T 0.069 0.018 0.101 0.216 0.117 0.154 0.325 44 S 0.105 0.012 0.123 0.212 0.134 0.110 0.305 45 L 0.126 0.016 0.108 0.262 0.105 0.097 0.285 46 L 0.133 0.031 0.062 0.235 0.134 0.087 0.319 47 S 0.065 0.021 0.053 0.176 0.117 0.097 0.472 48 E 0.022 0.008 0.098 0.441 0.105 0.133 0.194 49 E 0.012 0.004 0.092 0.517 0.106 0.153 0.116 50 N 0.009 0.006 0.083 0.503 0.070 0.188 0.142 51 W 0.009 0.006 0.048 0.619 0.071 0.080 0.168 52 H 0.009 0.004 0.036 0.727 0.043 0.064 0.118 53 K 0.007 0.002 0.032 0.829 0.027 0.063 0.040 54 Q 0.006 0.003 0.034 0.827 0.018 0.073 0.039 55 F 0.011 0.005 0.023 0.862 0.021 0.045 0.035 56 L 0.015 0.003 0.027 0.869 0.015 0.037 0.034 57 K 0.008 0.001 0.031 0.860 0.016 0.061 0.023 58 F 0.005 0.002 0.051 0.845 0.015 0.058 0.024 59 A 0.005 0.002 0.108 0.771 0.016 0.069 0.028 60 Q 0.008 0.001 0.123 0.658 0.017 0.168 0.026 61 A 0.009 0.004 0.112 0.573 0.045 0.189 0.068 62 L 0.025 0.023 0.040 0.332 0.230 0.074 0.277 63 P 0.032 0.011 0.062 0.225 0.108 0.174 0.386 64 A 0.032 0.022 0.085 0.223 0.125 0.268 0.245 65 H 0.030 0.010 0.090 0.163 0.136 0.341 0.230 66 G 0.040 0.009 0.050 0.116 0.285 0.208 0.292 67 S 0.050 0.013 0.059 0.162 0.215 0.101 0.401 68 A 0.072 0.018 0.167 0.225 0.128 0.125 0.266 69 S 0.074 0.011 0.237 0.225 0.077 0.162 0.215 70 W 0.108 0.021 0.226 0.217 0.082 0.117 0.228 71 L 0.116 0.024 0.127 0.225 0.126 0.109 0.272 72 N 0.114 0.036 0.053 0.224 0.094 0.083 0.396 73 L 0.042 0.011 0.054 0.496 0.065 0.059 0.274 74 D 0.023 0.004 0.045 0.671 0.051 0.074 0.132 75 D 0.014 0.002 0.041 0.804 0.033 0.069 0.037 76 A 0.013 0.003 0.022 0.854 0.029 0.045 0.033 77 L 0.022 0.004 0.017 0.867 0.015 0.039 0.035 78 Q 0.032 0.002 0.026 0.841 0.018 0.050 0.031 79 A 0.032 0.003 0.033 0.821 0.024 0.059 0.028 80 V 0.032 0.009 0.035 0.795 0.026 0.069 0.034 81 V 0.030 0.010 0.021 0.650 0.058 0.162 0.068 82 G 0.010 0.003 0.016 0.390 0.118 0.331 0.133 83 N 0.008 0.003 0.020 0.273 0.227 0.234 0.235 84 S 0.014 0.009 0.049 0.378 0.142 0.155 0.252 85 R 0.009 0.004 0.063 0.611 0.072 0.119 0.122 86 S 0.009 0.003 0.053 0.743 0.048 0.065 0.079 87 A 0.012 0.003 0.036 0.820 0.032 0.047 0.052 88 F 0.012 0.004 0.027 0.846 0.018 0.043 0.049 89 L 0.011 0.002 0.016 0.907 0.011 0.025 0.029 90 H 0.014 0.001 0.011 0.928 0.010 0.019 0.017 91 Q 0.014 0.001 0.010 0.940 0.007 0.015 0.013 92 L 0.006 0.001 0.009 0.956 0.006 0.013 0.009 93 I 0.005 0.001 0.010 0.954 0.005 0.018 0.007 94 A 0.006 0.001 0.016 0.901 0.007 0.061 0.009 95 K 0.004 0.001 0.017 0.832 0.012 0.120 0.014 96 L 0.010 0.004 0.020 0.744 0.056 0.101 0.065 97 K 0.014 0.004 0.042 0.638 0.067 0.131 0.104 98 S 0.019 0.003 0.071 0.533 0.086 0.188 0.102 99 R 0.032 0.004 0.069 0.409 0.112 0.261 0.113 100 H 0.108 0.012 0.046 0.324 0.105 0.198 0.207 101 L 0.264 0.018 0.036 0.263 0.078 0.064 0.278 102 Q 0.413 0.012 0.040 0.228 0.064 0.051 0.193 103 V 0.557 0.010 0.036 0.186 0.042 0.033 0.137 104 L 0.576 0.011 0.033 0.203 0.033 0.031 0.113 105 E 0.537 0.017 0.029 0.187 0.037 0.036 0.157 106 L 0.383 0.016 0.052 0.221 0.061 0.071 0.196 107 N 0.255 0.011 0.086 0.179 0.134 0.134 0.202 108 K 0.181 0.019 0.092 0.201 0.164 0.152 0.191 109 I 0.121 0.019 0.061 0.144 0.189 0.191 0.275 110 G 0.091 0.014 0.035 0.073 0.204 0.270 0.314 111 S 0.061 0.017 0.033 0.052 0.251 0.145 0.440 112 E 0.069 0.027 0.028 0.062 0.325 0.059 0.430 113 P 0.094 0.022 0.037 0.070 0.107 0.065 0.604 114 L 0.101 0.036 0.060 0.074 0.112 0.078 0.538 115 D 0.099 0.058 0.075 0.091 0.101 0.073 0.504 116 L 0.040 0.016 0.300 0.134 0.085 0.128 0.296 117 S 0.031 0.008 0.253 0.112 0.122 0.339 0.135 118 N 0.025 0.013 0.174 0.086 0.178 0.319 0.205 119 L 0.030 0.031 0.021 0.046 0.320 0.060 0.492 120 P 0.030 0.024 0.009 0.025 0.164 0.066 0.682 121 A 0.065 0.024 0.026 0.076 0.248 0.066 0.495 122 P 0.111 0.015 0.059 0.127 0.137 0.105 0.447 123 F 0.309 0.026 0.090 0.170 0.067 0.059 0.279 124 Y 0.584 0.019 0.061 0.154 0.041 0.026 0.115 125 V 0.641 0.014 0.037 0.126 0.027 0.025 0.130 126 L 0.557 0.022 0.031 0.113 0.055 0.042 0.180 127 L 0.310 0.029 0.010 0.058 0.138 0.026 0.429 128 P 0.067 0.006 0.061 0.200 0.109 0.120 0.437 129 E 0.014 0.003 0.196 0.408 0.089 0.198 0.092 130 S 0.017 0.005 0.204 0.444 0.079 0.157 0.094 131 F 0.027 0.005 0.160 0.600 0.036 0.098 0.074 132 A 0.059 0.006 0.071 0.671 0.038 0.078 0.078 133 A 0.100 0.005 0.055 0.654 0.045 0.072 0.070 134 R 0.170 0.005 0.033 0.639 0.039 0.058 0.057 135 I 0.275 0.007 0.019 0.580 0.025 0.028 0.065 136 T 0.300 0.004 0.020 0.578 0.024 0.029 0.046 137 L 0.382 0.005 0.025 0.488 0.019 0.035 0.046 138 L 0.371 0.007 0.029 0.473 0.021 0.046 0.052 139 V 0.248 0.008 0.031 0.477 0.061 0.069 0.106 140 Q 0.138 0.008 0.048 0.376 0.106 0.106 0.217 141 D 0.075 0.004 0.091 0.257 0.159 0.211 0.203 142 K 0.069 0.006 0.110 0.211 0.139 0.330 0.136 143 A 0.095 0.017 0.076 0.174 0.152 0.248 0.238 144 L 0.137 0.013 0.032 0.089 0.201 0.051 0.477 145 P 0.225 0.007 0.033 0.087 0.149 0.092 0.406 146 Y 0.497 0.017 0.036 0.094 0.071 0.077 0.209 147 V 0.700 0.012 0.017 0.104 0.031 0.022 0.114 148 R 0.788 0.007 0.008 0.079 0.017 0.012 0.090 149 V 0.763 0.010 0.009 0.095 0.018 0.011 0.094 150 S 0.645 0.008 0.016 0.102 0.031 0.022 0.175 151 F 0.452 0.013 0.042 0.226 0.056 0.046 0.165 152 E 0.426 0.008 0.068 0.229 0.067 0.054 0.149 153 Y 0.380 0.010 0.074 0.200 0.103 0.081 0.153 154 W 0.288 0.011 0.059 0.160 0.105 0.116 0.261 155 H 0.115 0.020 0.027 0.082 0.008 0.116 0.631 156 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998