# TARGET T0161 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0161.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.159 0.083 0.030 0.172 0.022 0.029 0.138 0.090 0.108 0.057 2 S 0.051 0.249 0.143 0.038 0.121 0.026 0.031 0.175 0.068 0.070 0.028 3 E 0.099 0.079 0.033 0.016 0.122 0.013 0.026 0.340 0.140 0.097 0.037 4 T 0.025 0.097 0.047 0.019 0.051 0.022 0.031 0.484 0.150 0.062 0.013 5 D 0.047 0.043 0.020 0.011 0.060 0.010 0.024 0.568 0.116 0.072 0.030 6 L 0.046 0.076 0.021 0.005 0.069 0.005 0.013 0.606 0.103 0.040 0.016 7 L 0.038 0.033 0.011 0.005 0.054 0.007 0.013 0.667 0.120 0.038 0.014 8 L 0.041 0.036 0.011 0.008 0.072 0.009 0.016 0.596 0.169 0.029 0.011 9 K 0.019 0.035 0.017 0.010 0.039 0.010 0.045 0.632 0.148 0.034 0.009 10 M 0.053 0.043 0.015 0.008 0.076 0.015 0.050 0.451 0.139 0.126 0.023 11 V 0.075 0.114 0.029 0.010 0.179 0.010 0.034 0.339 0.112 0.070 0.027 12 R 0.057 0.071 0.047 0.039 0.079 0.061 0.082 0.252 0.129 0.153 0.031 13 Q 0.032 0.299 0.267 0.037 0.133 0.013 0.019 0.114 0.041 0.034 0.012 14 P 0.134 0.135 0.039 0.008 0.184 0.010 0.038 0.225 0.109 0.064 0.054 15 V 0.103 0.250 0.060 0.012 0.299 0.012 0.018 0.104 0.064 0.046 0.031 16 K 0.100 0.211 0.049 0.009 0.296 0.011 0.027 0.186 0.052 0.035 0.024 17 L 0.240 0.055 0.012 0.007 0.205 0.011 0.024 0.232 0.081 0.064 0.068 18 Y 0.047 0.131 0.050 0.043 0.136 0.046 0.046 0.342 0.093 0.045 0.022 19 S 0.134 0.100 0.035 0.006 0.200 0.005 0.016 0.351 0.069 0.041 0.042 20 V 0.043 0.042 0.015 0.009 0.051 0.009 0.016 0.586 0.157 0.052 0.020 21 A 0.017 0.027 0.009 0.008 0.035 0.010 0.022 0.671 0.170 0.021 0.009 22 T 0.017 0.029 0.012 0.004 0.035 0.005 0.025 0.718 0.130 0.017 0.007 23 L 0.015 0.012 0.006 0.004 0.020 0.008 0.035 0.693 0.133 0.065 0.009 24 F 0.027 0.027 0.006 0.005 0.041 0.008 0.021 0.584 0.205 0.061 0.015 25 H 0.010 0.036 0.019 0.013 0.025 0.015 0.044 0.656 0.154 0.023 0.006 26 E 0.018 0.026 0.015 0.007 0.025 0.011 0.067 0.596 0.120 0.101 0.014 27 F 0.041 0.032 0.012 0.006 0.051 0.007 0.020 0.521 0.191 0.095 0.024 28 S 0.009 0.036 0.012 0.007 0.023 0.009 0.029 0.675 0.171 0.023 0.005 29 E 0.018 0.022 0.008 0.004 0.033 0.006 0.034 0.692 0.122 0.049 0.010 30 V 0.026 0.025 0.008 0.005 0.037 0.011 0.036 0.699 0.105 0.041 0.009 31 I 0.066 0.027 0.007 0.005 0.072 0.006 0.018 0.559 0.148 0.062 0.032 32 T 0.017 0.079 0.034 0.020 0.050 0.022 0.043 0.586 0.120 0.023 0.006 33 K 0.057 0.061 0.028 0.009 0.081 0.009 0.035 0.459 0.121 0.111 0.029 34 L 0.076 0.081 0.029 0.011 0.126 0.015 0.032 0.409 0.128 0.062 0.030 35 E 0.044 0.054 0.025 0.019 0.067 0.026 0.053 0.454 0.153 0.080 0.025 36 H 0.052 0.114 0.045 0.019 0.112 0.019 0.038 0.313 0.142 0.112 0.032 37 S 0.082 0.086 0.036 0.018 0.131 0.016 0.045 0.298 0.138 0.114 0.035 38 V 0.105 0.111 0.031 0.013 0.179 0.018 0.047 0.230 0.126 0.098 0.042 39 Q 0.092 0.161 0.057 0.022 0.206 0.015 0.041 0.204 0.091 0.079 0.034 40 K 0.082 0.143 0.090 0.042 0.129 0.044 0.082 0.155 0.083 0.111 0.040 41 E 0.058 0.336 0.217 0.031 0.188 0.013 0.019 0.067 0.027 0.025 0.019 42 P 0.121 0.181 0.059 0.014 0.191 0.014 0.029 0.168 0.102 0.068 0.052 43 T 0.063 0.147 0.060 0.023 0.161 0.021 0.034 0.218 0.160 0.084 0.029 44 S 0.078 0.141 0.059 0.013 0.156 0.014 0.031 0.290 0.124 0.061 0.033 45 L 0.114 0.096 0.034 0.009 0.157 0.014 0.027 0.270 0.114 0.113 0.053 46 L 0.098 0.142 0.067 0.027 0.155 0.022 0.027 0.226 0.099 0.084 0.053 47 S 0.045 0.261 0.153 0.037 0.104 0.016 0.022 0.201 0.081 0.059 0.022 48 E 0.037 0.083 0.035 0.018 0.075 0.014 0.030 0.435 0.177 0.078 0.017 49 E 0.021 0.082 0.038 0.020 0.045 0.034 0.064 0.469 0.140 0.069 0.018 50 N 0.053 0.046 0.022 0.014 0.073 0.014 0.035 0.428 0.107 0.153 0.055 51 W 0.032 0.058 0.023 0.009 0.039 0.008 0.019 0.566 0.138 0.087 0.022 52 H 0.016 0.043 0.019 0.007 0.029 0.007 0.013 0.679 0.138 0.040 0.009 53 K 0.009 0.019 0.007 0.006 0.016 0.009 0.018 0.772 0.117 0.020 0.007 54 Q 0.014 0.017 0.010 0.004 0.019 0.004 0.020 0.789 0.086 0.030 0.007 55 F 0.012 0.013 0.005 0.002 0.014 0.002 0.007 0.757 0.136 0.047 0.006 56 L 0.012 0.038 0.009 0.004 0.032 0.006 0.012 0.737 0.126 0.019 0.005 57 K 0.016 0.022 0.008 0.005 0.023 0.006 0.030 0.753 0.103 0.025 0.009 58 F 0.013 0.010 0.007 0.005 0.018 0.007 0.019 0.695 0.162 0.056 0.008 59 A 0.017 0.035 0.010 0.010 0.038 0.009 0.023 0.584 0.224 0.040 0.010 60 Q 0.019 0.028 0.014 0.009 0.036 0.011 0.044 0.555 0.199 0.075 0.010 61 A 0.028 0.049 0.032 0.016 0.048 0.018 0.061 0.364 0.138 0.223 0.022 62 L 0.043 0.349 0.167 0.027 0.166 0.011 0.021 0.122 0.048 0.030 0.017 63 P 0.062 0.194 0.122 0.023 0.113 0.016 0.039 0.221 0.118 0.061 0.032 64 A 0.045 0.082 0.061 0.021 0.087 0.042 0.137 0.326 0.116 0.063 0.020 65 H 0.048 0.146 0.091 0.066 0.094 0.053 0.090 0.146 0.077 0.153 0.037 66 G 0.043 0.123 0.120 0.131 0.073 0.054 0.033 0.098 0.065 0.198 0.062 67 S 0.086 0.151 0.064 0.021 0.170 0.016 0.024 0.163 0.117 0.137 0.049 68 A 0.090 0.076 0.034 0.017 0.133 0.016 0.025 0.253 0.194 0.105 0.057 69 S 0.034 0.093 0.038 0.017 0.082 0.018 0.052 0.431 0.156 0.059 0.020 70 W 0.111 0.054 0.019 0.009 0.126 0.010 0.024 0.287 0.144 0.159 0.057 71 L 0.039 0.205 0.063 0.028 0.131 0.042 0.063 0.260 0.100 0.051 0.019 72 N 0.157 0.178 0.084 0.012 0.187 0.005 0.011 0.121 0.048 0.111 0.087 73 L 0.033 0.084 0.041 0.015 0.059 0.013 0.018 0.417 0.190 0.108 0.022 74 D 0.015 0.068 0.030 0.015 0.036 0.016 0.033 0.606 0.138 0.033 0.010 75 D 0.011 0.019 0.011 0.006 0.021 0.005 0.021 0.672 0.148 0.074 0.012 76 A 0.009 0.018 0.007 0.003 0.014 0.006 0.027 0.758 0.113 0.040 0.004 77 L 0.018 0.025 0.006 0.003 0.030 0.003 0.012 0.676 0.169 0.048 0.008 78 Q 0.015 0.024 0.008 0.005 0.026 0.006 0.026 0.688 0.160 0.032 0.009 79 A 0.027 0.044 0.018 0.007 0.057 0.010 0.053 0.627 0.113 0.032 0.011 80 V 0.054 0.025 0.012 0.009 0.065 0.017 0.075 0.536 0.112 0.073 0.023 81 V 0.033 0.095 0.048 0.049 0.082 0.063 0.095 0.335 0.101 0.084 0.015 82 G 0.030 0.128 0.087 0.107 0.067 0.070 0.050 0.196 0.079 0.158 0.028 83 N 0.053 0.084 0.083 0.044 0.077 0.027 0.036 0.256 0.109 0.169 0.063 84 S 0.037 0.128 0.062 0.014 0.078 0.010 0.024 0.380 0.153 0.083 0.030 85 R 0.022 0.049 0.021 0.010 0.037 0.010 0.019 0.565 0.178 0.075 0.014 86 S 0.019 0.036 0.014 0.005 0.033 0.006 0.014 0.677 0.145 0.041 0.010 87 A 0.008 0.018 0.008 0.004 0.015 0.005 0.016 0.791 0.111 0.019 0.006 88 F 0.008 0.013 0.006 0.002 0.013 0.002 0.009 0.836 0.085 0.023 0.004 89 L 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.006 0.849 0.105 0.017 0.002 90 H 0.002 0.007 0.003 0.002 0.005 0.003 0.010 0.867 0.089 0.009 0.002 91 Q 0.004 0.007 0.003 0.002 0.007 0.002 0.015 0.891 0.058 0.009 0.002 92 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.003 0.013 0.868 0.082 0.017 0.002 93 I 0.006 0.004 0.002 0.001 0.007 0.003 0.008 0.797 0.142 0.027 0.005 94 A 0.004 0.019 0.008 0.005 0.009 0.007 0.018 0.795 0.121 0.013 0.002 95 K 0.007 0.016 0.008 0.004 0.015 0.006 0.031 0.741 0.114 0.052 0.005 96 L 0.036 0.035 0.016 0.007 0.046 0.010 0.032 0.573 0.145 0.082 0.020 97 K 0.021 0.061 0.023 0.014 0.041 0.017 0.049 0.532 0.160 0.069 0.013 98 S 0.033 0.071 0.023 0.014 0.065 0.021 0.051 0.479 0.130 0.094 0.018 99 R 0.032 0.096 0.052 0.019 0.073 0.029 0.077 0.386 0.117 0.101 0.017 100 H 0.127 0.066 0.021 0.008 0.129 0.008 0.025 0.290 0.106 0.143 0.078 101 L 0.126 0.125 0.026 0.010 0.207 0.012 0.017 0.281 0.095 0.057 0.044 102 Q 0.060 0.142 0.045 0.014 0.171 0.019 0.040 0.383 0.068 0.043 0.015 103 V 0.235 0.040 0.010 0.006 0.219 0.006 0.013 0.290 0.075 0.053 0.052 104 L 0.063 0.215 0.057 0.037 0.211 0.032 0.035 0.258 0.057 0.021 0.014 105 E 0.203 0.108 0.036 0.006 0.295 0.005 0.012 0.166 0.050 0.055 0.063 106 L 0.107 0.106 0.030 0.022 0.155 0.030 0.051 0.267 0.118 0.076 0.038 107 N 0.066 0.162 0.092 0.053 0.136 0.032 0.056 0.182 0.100 0.084 0.037 108 K 0.117 0.091 0.063 0.033 0.114 0.032 0.061 0.207 0.097 0.127 0.059 109 I 0.046 0.276 0.119 0.070 0.144 0.046 0.062 0.103 0.051 0.060 0.023 110 G 0.058 0.098 0.093 0.164 0.090 0.050 0.038 0.078 0.062 0.194 0.075 111 S 0.100 0.158 0.105 0.050 0.154 0.026 0.047 0.110 0.100 0.107 0.043 112 E 0.031 0.311 0.279 0.048 0.115 0.015 0.025 0.083 0.044 0.030 0.018 113 P 0.125 0.189 0.075 0.012 0.211 0.011 0.031 0.121 0.093 0.081 0.051 114 L 0.091 0.232 0.073 0.015 0.237 0.026 0.043 0.105 0.082 0.060 0.036 115 D 0.161 0.191 0.080 0.012 0.239 0.010 0.019 0.061 0.053 0.096 0.078 116 L 0.115 0.072 0.025 0.016 0.148 0.013 0.015 0.148 0.263 0.131 0.054 117 S 0.013 0.067 0.034 0.029 0.036 0.034 0.109 0.372 0.255 0.042 0.008 118 N 0.058 0.044 0.023 0.012 0.059 0.008 0.022 0.067 0.105 0.542 0.060 119 L 0.086 0.348 0.154 0.029 0.209 0.010 0.016 0.055 0.033 0.034 0.027 120 P 0.061 0.187 0.154 0.056 0.113 0.041 0.062 0.118 0.081 0.085 0.042 121 A 0.048 0.288 0.223 0.040 0.152 0.014 0.023 0.089 0.058 0.046 0.020 122 P 0.137 0.164 0.045 0.010 0.262 0.016 0.044 0.138 0.076 0.063 0.046 123 F 0.150 0.147 0.034 0.015 0.352 0.013 0.020 0.093 0.066 0.062 0.048 124 Y 0.213 0.119 0.021 0.008 0.416 0.009 0.017 0.067 0.038 0.040 0.052 125 V 0.189 0.148 0.022 0.004 0.456 0.005 0.015 0.067 0.030 0.022 0.041 126 L 0.205 0.163 0.046 0.009 0.311 0.010 0.020 0.045 0.030 0.087 0.074 127 L 0.068 0.395 0.232 0.023 0.212 0.006 0.006 0.019 0.009 0.012 0.020 128 P 0.049 0.259 0.125 0.036 0.109 0.024 0.027 0.189 0.107 0.049 0.026 129 E 0.017 0.036 0.024 0.016 0.039 0.025 0.068 0.485 0.240 0.040 0.011 130 S 0.030 0.043 0.022 0.008 0.044 0.010 0.035 0.487 0.189 0.111 0.022 131 F 0.028 0.051 0.018 0.007 0.046 0.008 0.025 0.494 0.158 0.147 0.019 132 A 0.042 0.050 0.015 0.008 0.056 0.010 0.026 0.561 0.151 0.062 0.020 133 A 0.020 0.070 0.031 0.017 0.057 0.017 0.041 0.596 0.109 0.033 0.010 134 R 0.081 0.057 0.018 0.005 0.123 0.007 0.035 0.499 0.088 0.058 0.028 135 I 0.153 0.058 0.012 0.006 0.191 0.008 0.015 0.389 0.090 0.041 0.038 136 T 0.055 0.072 0.017 0.009 0.139 0.012 0.034 0.526 0.090 0.027 0.017 137 L 0.106 0.097 0.024 0.005 0.222 0.007 0.021 0.390 0.074 0.032 0.021 138 L 0.105 0.072 0.019 0.010 0.168 0.018 0.045 0.414 0.078 0.043 0.029 139 V 0.116 0.096 0.040 0.016 0.145 0.022 0.045 0.334 0.088 0.055 0.044 140 Q 0.047 0.161 0.083 0.043 0.099 0.035 0.054 0.288 0.105 0.060 0.023 141 D 0.046 0.135 0.065 0.041 0.097 0.032 0.044 0.247 0.167 0.099 0.026 142 K 0.042 0.093 0.056 0.026 0.081 0.020 0.055 0.270 0.177 0.148 0.033 143 A 0.075 0.117 0.057 0.025 0.106 0.023 0.062 0.182 0.120 0.190 0.044 144 L 0.078 0.344 0.137 0.023 0.218 0.011 0.015 0.069 0.042 0.039 0.025 145 P 0.069 0.194 0.077 0.020 0.174 0.028 0.074 0.202 0.093 0.041 0.025 146 Y 0.244 0.102 0.026 0.006 0.330 0.006 0.014 0.077 0.058 0.075 0.062 147 V 0.129 0.247 0.041 0.010 0.405 0.012 0.020 0.070 0.025 0.021 0.021 148 R 0.343 0.073 0.016 0.004 0.400 0.005 0.011 0.040 0.015 0.029 0.064 149 V 0.188 0.208 0.042 0.018 0.395 0.015 0.013 0.048 0.017 0.019 0.038 150 S 0.237 0.143 0.035 0.010 0.383 0.011 0.015 0.051 0.021 0.032 0.062 151 F 0.202 0.134 0.035 0.020 0.323 0.015 0.015 0.096 0.064 0.042 0.055 152 E 0.131 0.105 0.034 0.028 0.206 0.033 0.062 0.202 0.097 0.053 0.051 153 Y 0.182 0.098 0.034 0.018 0.252 0.018 0.036 0.142 0.076 0.077 0.066 154 W 0.108 0.131 0.054 0.040 0.196 0.034 0.053 0.167 0.095 0.076 0.046 155 H 0.114 0.137 0.090 0.045 0.179 0.025 0.034 0.119 0.082 0.111 0.063 156 A 0.067 0.149 0.087 0.044 0.129 0.033 0.054 0.179 0.114 0.106 0.039