# TARGET T0160 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0160.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 81 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 S 0.026 0.030 0.012 0.049 0.005 0.057 0.820 3 H 0.024 0.013 0.039 0.054 0.242 0.130 0.498 4 M 0.038 0.008 0.072 0.067 0.215 0.227 0.373 5 A 0.043 0.018 0.069 0.054 0.233 0.155 0.428 6 K 0.040 0.017 0.033 0.030 0.342 0.064 0.473 7 H 0.067 0.019 0.038 0.028 0.154 0.115 0.580 8 E 0.119 0.032 0.046 0.018 0.245 0.134 0.408 9 Q 0.195 0.014 0.031 0.009 0.257 0.077 0.416 10 I 0.499 0.027 0.011 0.004 0.058 0.019 0.382 11 L 0.865 0.011 0.003 0.002 0.023 0.006 0.091 12 V 0.916 0.009 0.001 0.001 0.010 0.003 0.060 13 L 0.889 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.074 14 D 0.446 0.011 0.001 0.001 0.024 0.006 0.512 15 P 0.085 0.008 0.039 0.006 0.165 0.526 0.171 16 P 0.023 0.009 0.084 0.004 0.160 0.670 0.050 17 S 0.103 0.008 0.111 0.005 0.297 0.271 0.205 18 D 0.489 0.031 0.026 0.003 0.092 0.045 0.315 19 L 0.807 0.041 0.003 0.001 0.022 0.011 0.114 20 K 0.889 0.014 0.002 0.001 0.010 0.006 0.078 21 F 0.859 0.014 0.001 0.001 0.015 0.003 0.106 22 K 0.644 0.014 0.002 0.001 0.052 0.009 0.278 23 G 0.358 0.022 0.006 0.004 0.154 0.031 0.425 24 P 0.175 0.019 0.013 0.003 0.154 0.136 0.502 25 F 0.051 0.011 0.037 0.003 0.249 0.481 0.168 26 T 0.029 0.011 0.052 0.002 0.413 0.300 0.193 27 D 0.049 0.010 0.042 0.002 0.517 0.160 0.220 28 V 0.272 0.016 0.020 0.002 0.197 0.097 0.396 29 V 0.657 0.030 0.004 0.001 0.049 0.009 0.250 30 T 0.837 0.015 0.004 0.001 0.018 0.004 0.122 31 T 0.886 0.012 0.005 0.001 0.012 0.003 0.081 32 N 0.927 0.001 0.003 0.001 0.012 0.002 0.055 33 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 34 K 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 35 L 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 36 Q 0.903 0.009 0.001 0.001 0.016 0.002 0.069 37 N 0.558 0.028 0.002 0.001 0.112 0.008 0.291 38 P 0.103 0.008 0.012 0.001 0.266 0.107 0.504 39 S 0.042 0.010 0.033 0.002 0.344 0.255 0.314 40 D 0.028 0.008 0.080 0.003 0.437 0.256 0.188 41 R 0.071 0.016 0.066 0.004 0.437 0.102 0.305 42 K 0.284 0.039 0.045 0.003 0.134 0.043 0.453 43 V 0.622 0.021 0.013 0.001 0.052 0.014 0.276 44 C 0.895 0.005 0.005 0.001 0.022 0.007 0.066 45 F 0.954 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.033 46 K 0.967 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 47 V 0.935 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.057 48 K 0.895 0.010 0.001 0.001 0.013 0.003 0.078 49 T 0.745 0.013 0.001 0.001 0.040 0.012 0.189 50 T 0.319 0.017 0.003 0.001 0.301 0.071 0.289 51 A 0.133 0.018 0.004 0.001 0.391 0.052 0.401 52 P 0.036 0.008 0.089 0.010 0.425 0.282 0.150 53 R 0.082 0.009 0.127 0.014 0.307 0.304 0.159 54 R 0.428 0.019 0.077 0.008 0.106 0.088 0.274 55 Y 0.691 0.013 0.015 0.006 0.067 0.037 0.172 56 C 0.858 0.023 0.004 0.002 0.024 0.013 0.078 57 V 0.786 0.028 0.002 0.001 0.033 0.005 0.146 58 R 0.528 0.041 0.002 0.001 0.048 0.007 0.373 59 P 0.190 0.009 0.011 0.002 0.126 0.076 0.586 60 N 0.126 0.005 0.016 0.001 0.410 0.308 0.133 61 S 0.479 0.028 0.024 0.002 0.106 0.122 0.239 62 G 0.532 0.004 0.008 0.002 0.140 0.033 0.281 63 V 0.808 0.024 0.002 0.001 0.033 0.007 0.126 64 I 0.689 0.074 0.001 0.001 0.020 0.002 0.213 65 D 0.177 0.016 0.003 0.001 0.044 0.009 0.751 66 P 0.008 0.002 0.017 0.001 0.124 0.828 0.022 67 G 0.004 0.001 0.014 0.001 0.088 0.880 0.013 68 S 0.195 0.018 0.009 0.001 0.294 0.052 0.431 69 I 0.581 0.019 0.001 0.001 0.021 0.009 0.369 70 V 0.938 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.044 71 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 72 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 73 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 74 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 75 M 0.952 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 76 L 0.793 0.005 0.001 0.001 0.037 0.003 0.160 77 Q 0.357 0.020 0.006 0.003 0.121 0.015 0.478 78 P 0.143 0.013 0.027 0.008 0.203 0.136 0.469 79 F 0.069 0.012 0.051 0.011 0.260 0.217 0.380 80 D 0.071 0.019 0.050 0.018 0.237 0.118 0.487 81 Y 0.080 0.028 0.040 0.026 0.208 0.132 0.487 82 D 0.037 0.016 0.028 0.023 0.121 0.050 0.726 83 P 0.045 0.015 0.059 0.026 0.122 0.120 0.611 84 N 0.045 0.010 0.140 0.044 0.179 0.314 0.268 85 E 0.057 0.010 0.141 0.040 0.206 0.295 0.251 86 K 0.126 0.016 0.086 0.044 0.204 0.180 0.344 87 S 0.253 0.026 0.066 0.022 0.166 0.112 0.355 88 K 0.252 0.017 0.060 0.011 0.253 0.139 0.268 89 H 0.314 0.016 0.023 0.002 0.185 0.047 0.413 90 K 0.804 0.004 0.002 0.001 0.030 0.005 0.155 91 F 0.973 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 92 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 93 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 94 Q 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 95 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 96 I 0.915 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.074 97 F 0.831 0.010 0.001 0.001 0.030 0.004 0.123 98 A 0.378 0.033 0.002 0.002 0.076 0.009 0.500 99 P 0.106 0.013 0.006 0.003 0.169 0.064 0.640 100 P 0.020 0.008 0.030 0.014 0.329 0.387 0.212 101 N 0.010 0.012 0.045 0.023 0.315 0.218 0.377 102 I 0.008 0.005 0.152 0.252 0.247 0.175 0.160 103 S 0.010 0.009 0.117 0.403 0.137 0.176 0.148 104 D 0.007 0.020 0.084 0.516 0.094 0.108 0.171 105 M 0.003 0.004 0.044 0.774 0.026 0.055 0.095 106 E 0.002 0.001 0.028 0.894 0.015 0.038 0.022 107 A 0.003 0.001 0.035 0.908 0.010 0.029 0.015 108 V 0.002 0.001 0.028 0.917 0.010 0.023 0.019 109 W 0.002 0.003 0.031 0.897 0.007 0.040 0.020 110 K 0.003 0.001 0.053 0.789 0.012 0.125 0.017 111 E 0.003 0.001 0.046 0.679 0.022 0.226 0.022 112 A 0.006 0.006 0.049 0.465 0.117 0.199 0.158 113 K 0.011 0.011 0.037 0.201 0.190 0.241 0.308 114 P 0.010 0.005 0.041 0.066 0.216 0.340 0.322 115 D 0.020 0.006 0.055 0.055 0.306 0.299 0.260 116 E 0.083 0.008 0.055 0.055 0.242 0.191 0.365 117 L 0.331 0.012 0.035 0.040 0.176 0.064 0.342 118 M 0.680 0.014 0.018 0.020 0.045 0.019 0.204 119 D 0.852 0.009 0.009 0.008 0.024 0.006 0.093 120 S 0.882 0.005 0.007 0.005 0.013 0.004 0.084 121 K 0.899 0.004 0.005 0.003 0.011 0.003 0.076 122 P 0.885 0.002 0.005 0.002 0.019 0.004 0.082 123 R 0.916 0.002 0.002 0.001 0.014 0.004 0.061 124 C 0.936 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 125 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.040 126 F 0.935 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.054 127 E 0.854 0.009 0.001 0.002 0.002 0.004 0.128 128 M 0.038 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.952