# TARGET T0160 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0160.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 81 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.096 0.153 0.136 0.051 0.165 0.033 0.043 0.097 0.083 0.091 0.051 2 S 0.087 0.182 0.108 0.042 0.161 0.030 0.036 0.093 0.088 0.117 0.056 3 H 0.105 0.185 0.109 0.021 0.224 0.011 0.019 0.077 0.081 0.121 0.048 4 M 0.086 0.160 0.065 0.021 0.160 0.021 0.051 0.141 0.127 0.125 0.044 5 A 0.074 0.194 0.149 0.046 0.154 0.021 0.039 0.093 0.066 0.119 0.044 6 K 0.048 0.272 0.232 0.069 0.112 0.026 0.041 0.080 0.054 0.044 0.021 7 H 0.045 0.247 0.210 0.062 0.116 0.030 0.063 0.102 0.060 0.041 0.023 8 E 0.076 0.135 0.060 0.038 0.119 0.060 0.116 0.104 0.125 0.114 0.054 9 Q 0.071 0.230 0.147 0.059 0.190 0.026 0.028 0.043 0.055 0.105 0.047 10 I 0.273 0.110 0.024 0.008 0.393 0.013 0.018 0.031 0.030 0.042 0.058 11 L 0.218 0.142 0.014 0.006 0.515 0.006 0.005 0.009 0.010 0.027 0.050 12 V 0.284 0.097 0.016 0.002 0.517 0.001 0.002 0.004 0.003 0.014 0.061 13 L 0.184 0.248 0.053 0.006 0.427 0.003 0.004 0.007 0.006 0.019 0.043 14 D 0.104 0.321 0.227 0.036 0.248 0.009 0.010 0.012 0.004 0.006 0.023 15 P 0.058 0.219 0.159 0.076 0.129 0.050 0.060 0.103 0.072 0.049 0.025 16 P 0.030 0.104 0.061 0.089 0.068 0.064 0.120 0.178 0.197 0.067 0.022 17 S 0.050 0.115 0.059 0.028 0.119 0.032 0.084 0.127 0.167 0.183 0.037 18 D 0.176 0.198 0.026 0.004 0.465 0.004 0.009 0.016 0.022 0.035 0.047 19 L 0.241 0.100 0.008 0.001 0.602 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.033 20 K 0.301 0.096 0.034 0.009 0.423 0.010 0.011 0.008 0.007 0.022 0.080 21 F 0.095 0.392 0.155 0.027 0.268 0.007 0.006 0.011 0.007 0.009 0.023 22 K 0.181 0.163 0.060 0.017 0.210 0.014 0.024 0.028 0.042 0.154 0.107 23 G 0.073 0.308 0.249 0.056 0.174 0.013 0.015 0.030 0.024 0.030 0.028 24 P 0.054 0.220 0.198 0.080 0.115 0.058 0.068 0.099 0.047 0.038 0.022 25 F 0.051 0.099 0.064 0.073 0.082 0.077 0.107 0.197 0.155 0.070 0.024 26 T 0.028 0.042 0.040 0.076 0.039 0.082 0.102 0.127 0.168 0.256 0.041 27 D 0.085 0.205 0.095 0.036 0.183 0.020 0.031 0.063 0.096 0.131 0.056 28 V 0.264 0.133 0.032 0.009 0.313 0.008 0.013 0.020 0.036 0.069 0.104 29 V 0.278 0.119 0.018 0.007 0.450 0.010 0.021 0.012 0.012 0.022 0.052 30 T 0.439 0.050 0.007 0.008 0.362 0.014 0.012 0.007 0.006 0.020 0.075 31 T 0.172 0.192 0.022 0.028 0.520 0.015 0.006 0.004 0.003 0.013 0.024 32 N 0.481 0.018 0.002 0.001 0.450 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 33 L 0.166 0.159 0.008 0.002 0.645 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 34 K 0.288 0.065 0.007 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 35 L 0.425 0.078 0.009 0.002 0.413 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.062 36 Q 0.114 0.099 0.027 0.050 0.277 0.126 0.098 0.042 0.026 0.085 0.056 37 N 0.161 0.259 0.199 0.040 0.286 0.009 0.006 0.009 0.005 0.006 0.020 38 P 0.023 0.012 0.009 0.021 0.017 0.036 0.053 0.192 0.384 0.216 0.036 39 S 0.029 0.433 0.245 0.042 0.147 0.013 0.023 0.026 0.026 0.012 0.005 40 D 0.060 0.029 0.012 0.026 0.047 0.031 0.074 0.085 0.222 0.288 0.127 41 R 0.055 0.421 0.168 0.018 0.205 0.013 0.022 0.020 0.022 0.036 0.019 42 K 0.391 0.081 0.009 0.002 0.415 0.005 0.007 0.010 0.015 0.013 0.052 43 V 0.256 0.144 0.027 0.007 0.507 0.005 0.003 0.005 0.005 0.011 0.029 44 C 0.495 0.037 0.008 0.005 0.352 0.005 0.004 0.002 0.002 0.006 0.084 45 F 0.094 0.331 0.031 0.005 0.516 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 46 K 0.371 0.059 0.012 0.001 0.520 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 47 V 0.291 0.159 0.016 0.002 0.490 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.028 48 K 0.203 0.145 0.026 0.011 0.413 0.016 0.023 0.023 0.013 0.034 0.092 49 T 0.219 0.196 0.078 0.013 0.394 0.006 0.007 0.020 0.013 0.021 0.035 50 T 0.046 0.032 0.021 0.044 0.070 0.068 0.126 0.167 0.206 0.183 0.038 51 A 0.080 0.321 0.197 0.043 0.284 0.008 0.011 0.014 0.012 0.016 0.014 52 P 0.067 0.051 0.009 0.013 0.086 0.013 0.034 0.140 0.362 0.150 0.075 53 R 0.032 0.131 0.092 0.026 0.117 0.057 0.165 0.142 0.148 0.076 0.013 54 R 0.422 0.046 0.007 0.003 0.334 0.005 0.009 0.017 0.023 0.034 0.100 55 Y 0.151 0.203 0.024 0.015 0.513 0.007 0.005 0.009 0.009 0.023 0.040 56 C 0.273 0.087 0.024 0.002 0.527 0.001 0.002 0.005 0.004 0.019 0.056 57 V 0.177 0.245 0.066 0.006 0.437 0.004 0.008 0.012 0.006 0.011 0.030 58 R 0.094 0.369 0.175 0.025 0.252 0.014 0.023 0.016 0.006 0.007 0.019 59 P 0.121 0.312 0.154 0.021 0.223 0.014 0.020 0.035 0.025 0.035 0.040 60 N 0.079 0.099 0.068 0.060 0.162 0.084 0.135 0.147 0.078 0.056 0.032 61 S 0.083 0.154 0.089 0.081 0.141 0.052 0.053 0.046 0.059 0.179 0.063 62 G 0.034 0.206 0.262 0.219 0.097 0.035 0.015 0.021 0.023 0.056 0.033 63 V 0.159 0.304 0.064 0.002 0.356 0.001 0.004 0.018 0.018 0.035 0.039 64 I 0.138 0.387 0.108 0.009 0.276 0.007 0.013 0.012 0.007 0.012 0.030 65 D 0.037 0.264 0.494 0.057 0.118 0.008 0.002 0.005 0.003 0.004 0.010 66 P 0.003 0.015 0.009 0.030 0.006 0.140 0.416 0.240 0.133 0.006 0.001 67 G 0.018 0.006 0.008 0.008 0.009 0.005 0.007 0.022 0.101 0.720 0.096 68 S 0.061 0.445 0.044 0.006 0.342 0.009 0.016 0.011 0.017 0.037 0.012 69 I 0.542 0.017 0.002 0.001 0.323 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.097 70 V 0.137 0.198 0.011 0.013 0.612 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 71 Y 0.427 0.009 0.001 0.001 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 72 V 0.260 0.065 0.002 0.001 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 S 0.272 0.033 0.001 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 74 V 0.432 0.024 0.002 0.001 0.482 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 75 M 0.222 0.123 0.016 0.007 0.572 0.004 0.004 0.004 0.002 0.007 0.041 76 L 0.264 0.130 0.042 0.010 0.398 0.008 0.008 0.009 0.006 0.036 0.088 77 Q 0.117 0.274 0.184 0.047 0.282 0.011 0.008 0.016 0.012 0.016 0.034 78 P 0.058 0.162 0.087 0.060 0.117 0.053 0.089 0.147 0.120 0.077 0.030 79 F 0.069 0.176 0.141 0.048 0.127 0.026 0.042 0.085 0.098 0.137 0.051 80 D 0.068 0.247 0.136 0.027 0.184 0.021 0.038 0.108 0.085 0.061 0.026 81 Y 0.081 0.172 0.125 0.028 0.133 0.031 0.059 0.110 0.084 0.126 0.052 82 D 0.081 0.288 0.209 0.036 0.177 0.019 0.022 0.060 0.037 0.044 0.027 83 P 0.067 0.214 0.113 0.031 0.146 0.030 0.043 0.152 0.113 0.059 0.032 84 N 0.077 0.106 0.054 0.022 0.117 0.023 0.040 0.197 0.195 0.127 0.043 85 E 0.104 0.057 0.019 0.013 0.120 0.019 0.040 0.208 0.205 0.153 0.062 86 K 0.075 0.095 0.046 0.041 0.111 0.043 0.063 0.185 0.154 0.141 0.047 87 S 0.090 0.086 0.041 0.041 0.134 0.052 0.110 0.158 0.119 0.122 0.045 88 K 0.171 0.107 0.022 0.027 0.189 0.033 0.034 0.076 0.086 0.157 0.097 89 H 0.141 0.102 0.039 0.045 0.294 0.026 0.046 0.050 0.037 0.157 0.062 90 K 0.285 0.090 0.013 0.005 0.543 0.002 0.004 0.005 0.003 0.013 0.037 91 F 0.178 0.119 0.007 0.002 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 92 M 0.164 0.074 0.005 0.001 0.739 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 93 V 0.539 0.020 0.001 0.001 0.398 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 94 Q 0.143 0.173 0.020 0.027 0.515 0.066 0.022 0.005 0.001 0.004 0.023 95 T 0.381 0.059 0.008 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.099 96 I 0.133 0.231 0.037 0.025 0.447 0.026 0.023 0.022 0.014 0.014 0.028 97 F 0.267 0.107 0.028 0.008 0.315 0.007 0.020 0.014 0.016 0.094 0.123 98 A 0.071 0.300 0.283 0.076 0.162 0.014 0.014 0.018 0.013 0.021 0.029 99 P 0.016 0.234 0.332 0.165 0.050 0.037 0.027 0.052 0.041 0.033 0.012 100 P 0.015 0.073 0.048 0.044 0.034 0.111 0.202 0.210 0.183 0.063 0.017 101 N 0.042 0.056 0.048 0.016 0.056 0.010 0.013 0.068 0.110 0.490 0.091 102 I 0.110 0.152 0.033 0.004 0.225 0.006 0.013 0.141 0.155 0.111 0.050 103 S 0.022 0.067 0.043 0.016 0.047 0.035 0.054 0.469 0.164 0.061 0.021 104 D 0.033 0.103 0.041 0.007 0.064 0.003 0.011 0.460 0.124 0.131 0.023 105 M 0.007 0.031 0.012 0.001 0.012 0.001 0.003 0.756 0.146 0.027 0.004 106 E 0.001 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.875 0.096 0.005 0.001 107 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.901 0.067 0.007 0.002 108 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.856 0.097 0.027 0.001 109 W 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.729 0.214 0.034 0.003 110 K 0.001 0.009 0.002 0.002 0.004 0.004 0.032 0.743 0.188 0.013 0.001 111 E 0.006 0.016 0.007 0.004 0.017 0.010 0.133 0.534 0.137 0.129 0.007 112 A 0.069 0.068 0.057 0.024 0.076 0.025 0.084 0.234 0.094 0.207 0.062 113 K 0.051 0.191 0.116 0.065 0.102 0.055 0.071 0.193 0.076 0.054 0.028 114 P 0.034 0.096 0.070 0.070 0.070 0.087 0.101 0.186 0.108 0.150 0.026 115 D 0.073 0.107 0.127 0.045 0.124 0.020 0.031 0.086 0.068 0.248 0.071 116 E 0.120 0.151 0.061 0.034 0.166 0.027 0.042 0.087 0.068 0.158 0.086 117 L 0.114 0.191 0.068 0.039 0.236 0.024 0.033 0.073 0.047 0.121 0.053 118 M 0.229 0.150 0.024 0.006 0.456 0.008 0.016 0.035 0.016 0.027 0.033 119 D 0.383 0.067 0.009 0.007 0.440 0.009 0.007 0.015 0.007 0.011 0.047 120 S 0.183 0.186 0.037 0.012 0.504 0.010 0.010 0.011 0.005 0.011 0.030 121 K 0.397 0.093 0.017 0.004 0.381 0.003 0.004 0.004 0.004 0.012 0.082 122 P 0.136 0.316 0.052 0.015 0.428 0.009 0.006 0.005 0.004 0.007 0.023 123 R 0.360 0.078 0.008 0.002 0.485 0.003 0.004 0.003 0.002 0.006 0.049 124 C 0.254 0.100 0.007 0.002 0.604 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.025 125 V 0.385 0.030 0.007 0.012 0.410 0.028 0.025 0.011 0.006 0.016 0.070 126 F 0.176 0.197 0.051 0.010 0.510 0.003 0.002 0.006 0.004 0.010 0.031 127 E 0.308 0.104 0.033 0.010 0.373 0.007 0.008 0.015 0.012 0.035 0.096 128 M 0.130 0.227 0.127 0.037 0.306 0.020 0.018 0.024 0.015 0.039 0.055