# TARGET T0159 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0159.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.057 0.193 0.096 0.054 0.136 0.057 0.081 0.161 0.091 0.053 0.022 2 K 0.112 0.129 0.056 0.023 0.182 0.013 0.020 0.119 0.083 0.179 0.084 3 F 0.195 0.141 0.032 0.009 0.318 0.009 0.019 0.111 0.053 0.061 0.052 4 Y 0.143 0.154 0.050 0.019 0.260 0.031 0.053 0.130 0.058 0.055 0.047 5 R 0.198 0.143 0.092 0.022 0.310 0.010 0.012 0.073 0.031 0.046 0.064 6 E 0.036 0.134 0.059 0.077 0.077 0.041 0.064 0.213 0.141 0.132 0.026 7 G 0.038 0.129 0.175 0.108 0.088 0.030 0.033 0.143 0.105 0.118 0.034 8 V 0.071 0.131 0.037 0.009 0.144 0.015 0.053 0.276 0.166 0.067 0.032 9 F 0.164 0.079 0.031 0.014 0.195 0.013 0.051 0.147 0.081 0.142 0.082 10 V 0.102 0.169 0.130 0.065 0.162 0.029 0.034 0.108 0.058 0.104 0.040 11 N 0.027 0.151 0.099 0.078 0.068 0.102 0.144 0.222 0.069 0.029 0.012 12 G 0.057 0.078 0.071 0.077 0.054 0.024 0.028 0.111 0.096 0.316 0.088 13 A 0.050 0.222 0.208 0.061 0.109 0.028 0.043 0.115 0.071 0.070 0.025 14 A 0.159 0.083 0.050 0.018 0.154 0.026 0.038 0.204 0.112 0.087 0.070 15 Q 0.041 0.180 0.070 0.046 0.132 0.042 0.079 0.201 0.114 0.074 0.021 16 G 0.068 0.131 0.106 0.102 0.142 0.033 0.019 0.099 0.085 0.153 0.061 17 Y 0.137 0.168 0.037 0.007 0.346 0.011 0.030 0.106 0.073 0.053 0.032 18 L 0.221 0.177 0.043 0.004 0.336 0.003 0.010 0.027 0.022 0.070 0.087 19 I 0.044 0.431 0.277 0.025 0.166 0.004 0.004 0.015 0.008 0.012 0.014 20 D 0.027 0.326 0.151 0.045 0.118 0.027 0.024 0.161 0.084 0.025 0.013 21 K 0.020 0.014 0.012 0.009 0.025 0.014 0.056 0.522 0.267 0.045 0.017 22 K 0.014 0.024 0.011 0.005 0.018 0.008 0.034 0.431 0.263 0.177 0.014 23 T 0.018 0.052 0.009 0.007 0.031 0.005 0.024 0.356 0.346 0.138 0.014 24 A 0.005 0.032 0.010 0.013 0.013 0.015 0.101 0.473 0.307 0.028 0.002 25 D 0.008 0.013 0.006 0.008 0.014 0.013 0.150 0.268 0.269 0.231 0.020 26 Q 0.121 0.133 0.053 0.013 0.146 0.005 0.019 0.056 0.099 0.244 0.110 27 Y 0.031 0.218 0.047 0.023 0.116 0.042 0.059 0.125 0.288 0.034 0.018 28 K 0.160 0.042 0.020 0.002 0.123 0.002 0.003 0.012 0.085 0.397 0.153 29 I 0.318 0.108 0.009 0.001 0.328 0.001 0.001 0.010 0.027 0.095 0.104 30 T 0.027 0.032 0.012 0.014 0.065 0.109 0.374 0.184 0.108 0.057 0.018 31 N 0.029 0.626 0.216 0.007 0.085 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.010 32 I 0.012 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.209 0.661 0.085 0.008 33 A 0.002 0.009 0.010 0.014 0.003 0.015 0.043 0.615 0.284 0.004 0.001 34 Q 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.162 0.258 0.541 0.013 35 L 0.124 0.104 0.018 0.004 0.280 0.010 0.016 0.185 0.144 0.088 0.028 36 K 0.019 0.023 0.011 0.030 0.046 0.043 0.115 0.177 0.204 0.298 0.033 37 D 0.185 0.110 0.039 0.007 0.282 0.002 0.003 0.045 0.045 0.187 0.095 38 P 0.092 0.095 0.016 0.004 0.170 0.002 0.010 0.189 0.227 0.125 0.071 39 K 0.012 0.033 0.017 0.012 0.034 0.030 0.152 0.436 0.216 0.053 0.006 40 I 0.184 0.045 0.018 0.011 0.130 0.010 0.042 0.224 0.089 0.158 0.089 41 A 0.054 0.221 0.090 0.044 0.208 0.034 0.046 0.162 0.073 0.042 0.026 42 K 0.106 0.173 0.082 0.016 0.271 0.010 0.021 0.142 0.088 0.053 0.038 43 L 0.113 0.125 0.041 0.006 0.251 0.012 0.083 0.187 0.056 0.085 0.040 44 F 0.070 0.298 0.026 0.013 0.280 0.020 0.039 0.062 0.028 0.123 0.040 45 D 0.169 0.199 0.283 0.053 0.179 0.005 0.004 0.022 0.015 0.017 0.054 46 T 0.005 0.016 0.023 0.020 0.011 0.023 0.050 0.477 0.346 0.025 0.004 47 N 0.014 0.164 0.117 0.058 0.036 0.037 0.123 0.168 0.100 0.165 0.016 48 G 0.051 0.135 0.075 0.035 0.078 0.018 0.017 0.068 0.052 0.330 0.141 49 D 0.097 0.130 0.052 0.044 0.128 0.084 0.075 0.134 0.082 0.103 0.070 50 G 0.139 0.140 0.053 0.050 0.205 0.039 0.027 0.086 0.065 0.131 0.064 51 K 0.147 0.081 0.049 0.106 0.135 0.040 0.049 0.074 0.058 0.161 0.100 52 A 0.133 0.178 0.118 0.125 0.192 0.023 0.010 0.045 0.046 0.065 0.064 53 D 0.148 0.218 0.104 0.011 0.396 0.003 0.007 0.038 0.018 0.017 0.041 54 L 0.342 0.100 0.035 0.015 0.289 0.021 0.026 0.059 0.021 0.038 0.055 55 T 0.029 0.105 0.035 0.091 0.084 0.153 0.289 0.098 0.042 0.061 0.012 56 G 0.142 0.058 0.071 0.076 0.112 0.010 0.005 0.019 0.026 0.287 0.196 57 C 0.075 0.247 0.127 0.065 0.182 0.031 0.033 0.076 0.060 0.066 0.039 58 N 0.077 0.237 0.313 0.058 0.168 0.019 0.028 0.035 0.015 0.023 0.027 59 P 0.038 0.087 0.046 0.049 0.069 0.097 0.201 0.185 0.115 0.087 0.025 60 G 0.032 0.052 0.122 0.124 0.046 0.061 0.037 0.084 0.063 0.318 0.062 61 W 0.106 0.151 0.059 0.016 0.167 0.012 0.019 0.132 0.085 0.153 0.100 62 G 0.022 0.126 0.185 0.104 0.076 0.043 0.025 0.235 0.082 0.077 0.026 63 C 0.083 0.030 0.009 0.005 0.114 0.005 0.019 0.482 0.179 0.054 0.020 64 E 0.024 0.049 0.028 0.013 0.044 0.011 0.025 0.623 0.138 0.032 0.014 65 G 0.019 0.071 0.022 0.006 0.046 0.007 0.022 0.670 0.081 0.039 0.015 66 A 0.023 0.026 0.006 0.002 0.024 0.003 0.010 0.804 0.075 0.020 0.008 67 I 0.006 0.020 0.010 0.003 0.007 0.005 0.011 0.836 0.080 0.019 0.004 68 N 0.005 0.015 0.005 0.003 0.010 0.003 0.007 0.854 0.080 0.015 0.003 69 H 0.004 0.010 0.004 0.002 0.006 0.002 0.009 0.881 0.069 0.011 0.002 70 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.902 0.075 0.007 0.001 71 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.827 0.130 0.020 0.002 72 A 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.008 0.048 0.727 0.183 0.011 0.003 73 A 0.008 0.017 0.004 0.005 0.014 0.017 0.124 0.608 0.146 0.055 0.004 74 Y 0.028 0.515 0.165 0.012 0.148 0.006 0.008 0.034 0.028 0.042 0.013 75 E 0.166 0.028 0.020 0.047 0.046 0.028 0.021 0.069 0.091 0.285 0.198 76 L 0.064 0.161 0.101 0.064 0.139 0.032 0.028 0.113 0.138 0.117 0.043 77 T 0.051 0.102 0.044 0.084 0.089 0.079 0.098 0.166 0.161 0.095 0.031 78 N 0.028 0.044 0.028 0.042 0.045 0.074 0.114 0.185 0.261 0.151 0.028 79 T 0.225 0.097 0.023 0.007 0.399 0.003 0.006 0.028 0.049 0.085 0.076 80 V 0.263 0.077 0.009 0.003 0.587 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.040 81 T 0.143 0.138 0.014 0.001 0.677 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.014 82 H 0.396 0.068 0.010 0.005 0.367 0.006 0.007 0.007 0.006 0.025 0.103 83 N 0.136 0.234 0.100 0.050 0.375 0.027 0.022 0.016 0.007 0.008 0.025 84 Q 0.113 0.134 0.058 0.045 0.117 0.060 0.070 0.073 0.063 0.168 0.099 85 G 0.057 0.195 0.228 0.161 0.119 0.032 0.028 0.045 0.026 0.063 0.046 86 N 0.047 0.158 0.072 0.046 0.076 0.065 0.075 0.195 0.111 0.117 0.038 87 Y 0.022 0.065 0.097 0.062 0.030 0.037 0.043 0.386 0.144 0.095 0.019 88 A 0.020 0.035 0.016 0.005 0.030 0.006 0.015 0.635 0.175 0.048 0.014 89 A 0.017 0.025 0.009 0.004 0.030 0.004 0.013 0.736 0.134 0.017 0.012 90 M 0.004 0.010 0.006 0.003 0.011 0.003 0.008 0.862 0.081 0.012 0.002 91 M 0.008 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.868 0.097 0.007 0.003 92 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.927 0.060 0.002 0.001 93 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.959 0.027 0.002 0.001 94 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.049 0.003 0.001 95 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.076 0.004 0.001 96 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.886 0.094 0.004 0.001 97 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.852 0.092 0.013 0.001 98 Y 0.007 0.006 0.002 0.001 0.007 0.003 0.046 0.696 0.192 0.031 0.008 99 K 0.007 0.015 0.006 0.009 0.011 0.022 0.076 0.577 0.142 0.127 0.008 100 E 0.005 0.569 0.110 0.016 0.068 0.024 0.076 0.087 0.026 0.016 0.002 101 G 0.033 0.005 0.009 0.014 0.007 0.006 0.008 0.014 0.038 0.641 0.226 102 K 0.005 0.578 0.336 0.007 0.065 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 103 P 0.201 0.104 0.007 0.001 0.661 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.021 104 V 0.156 0.084 0.003 0.001 0.725 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.009 105 F 0.295 0.021 0.001 0.001 0.615 0.003 0.007 0.005 0.001 0.008 0.042 106 Y 0.297 0.078 0.014 0.004 0.550 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.044 107 Y 0.266 0.096 0.024 0.008 0.322 0.009 0.012 0.019 0.024 0.089 0.131 108 T 0.157 0.207 0.072 0.014 0.342 0.007 0.028 0.042 0.024 0.040 0.067 109 W 0.091 0.136 0.084 0.076 0.148 0.077 0.061 0.055 0.058 0.146 0.069 110 T 0.025 0.260 0.365 0.117 0.103 0.026 0.020 0.044 0.022 0.009 0.009 111 P 0.078 0.046 0.023 0.013 0.076 0.015 0.028 0.323 0.255 0.104 0.038 112 Y 0.030 0.097 0.045 0.019 0.098 0.017 0.055 0.392 0.173 0.057 0.016 113 W 0.083 0.056 0.017 0.008 0.102 0.015 0.039 0.431 0.142 0.068 0.039 114 V 0.054 0.043 0.027 0.017 0.075 0.020 0.069 0.381 0.161 0.119 0.034 115 S 0.052 0.085 0.029 0.036 0.074 0.041 0.083 0.317 0.180 0.076 0.026 116 N 0.044 0.143 0.069 0.022 0.124 0.012 0.035 0.177 0.166 0.168 0.039 117 E 0.096 0.095 0.039 0.013 0.144 0.015 0.088 0.173 0.106 0.181 0.051 118 L 0.140 0.234 0.076 0.012 0.264 0.010 0.036 0.068 0.041 0.064 0.055 119 K 0.071 0.163 0.260 0.139 0.115 0.069 0.051 0.071 0.021 0.015 0.023 120 P 0.013 0.152 0.040 0.061 0.053 0.078 0.270 0.198 0.079 0.049 0.007 121 G 0.021 0.011 0.025 0.073 0.019 0.034 0.039 0.111 0.123 0.476 0.068 122 K 0.060 0.225 0.059 0.021 0.159 0.042 0.064 0.117 0.120 0.103 0.029 123 D 0.248 0.096 0.033 0.012 0.317 0.005 0.006 0.022 0.037 0.083 0.140 124 V 0.192 0.077 0.021 0.007 0.216 0.005 0.010 0.054 0.138 0.172 0.107 125 V 0.099 0.252 0.096 0.013 0.263 0.016 0.037 0.104 0.073 0.030 0.016 126 W 0.216 0.178 0.056 0.014 0.276 0.006 0.009 0.045 0.043 0.086 0.073 127 L 0.072 0.345 0.135 0.026 0.248 0.012 0.018 0.071 0.036 0.020 0.017 128 Q 0.066 0.133 0.112 0.049 0.115 0.063 0.081 0.151 0.079 0.098 0.053 129 V 0.204 0.231 0.121 0.011 0.280 0.004 0.010 0.030 0.012 0.022 0.075 130 P 0.032 0.274 0.087 0.031 0.077 0.020 0.021 0.149 0.169 0.117 0.023 131 F 0.019 0.067 0.030 0.026 0.046 0.017 0.042 0.250 0.409 0.081 0.013 132 S 0.034 0.070 0.036 0.020 0.056 0.018 0.081 0.284 0.295 0.086 0.021 133 A 0.056 0.044 0.019 0.010 0.073 0.027 0.173 0.173 0.120 0.254 0.051 134 L 0.138 0.182 0.100 0.044 0.216 0.019 0.019 0.074 0.057 0.084 0.067 135 P 0.021 0.084 0.155 0.277 0.048 0.122 0.052 0.091 0.069 0.059 0.022 136 G 0.062 0.125 0.090 0.038 0.120 0.031 0.048 0.185 0.132 0.134 0.035 137 D 0.062 0.072 0.047 0.021 0.080 0.013 0.029 0.166 0.154 0.299 0.058 138 K 0.044 0.126 0.058 0.039 0.110 0.044 0.113 0.218 0.102 0.111 0.033 139 N 0.126 0.171 0.087 0.025 0.214 0.011 0.010 0.083 0.047 0.139 0.086 140 A 0.136 0.091 0.019 0.009 0.233 0.008 0.019 0.254 0.138 0.058 0.036 141 D 0.098 0.053 0.023 0.017 0.126 0.018 0.047 0.361 0.142 0.075 0.039 142 T 0.070 0.201 0.043 0.010 0.209 0.008 0.034 0.288 0.069 0.048 0.020 143 K 0.173 0.133 0.024 0.010 0.254 0.013 0.026 0.163 0.052 0.088 0.063 144 L 0.083 0.216 0.226 0.072 0.133 0.020 0.026 0.105 0.042 0.039 0.038 145 P 0.038 0.143 0.134 0.053 0.076 0.049 0.085 0.284 0.080 0.040 0.017 146 N 0.031 0.179 0.105 0.074 0.059 0.041 0.077 0.177 0.091 0.135 0.031 147 G 0.029 0.070 0.131 0.183 0.043 0.046 0.026 0.112 0.081 0.205 0.073 148 A 0.067 0.169 0.068 0.024 0.140 0.039 0.075 0.200 0.126 0.062 0.029 149 N 0.183 0.069 0.042 0.020 0.177 0.026 0.061 0.151 0.088 0.115 0.068 150 Y 0.046 0.168 0.114 0.088 0.114 0.044 0.052 0.116 0.082 0.142 0.034 151 G 0.031 0.083 0.172 0.301 0.060 0.084 0.031 0.068 0.044 0.091 0.036