# TARGET T0157 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0157.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.147 0.107 0.048 0.145 0.036 0.070 0.110 0.089 0.094 0.054 2 S 0.125 0.172 0.072 0.032 0.176 0.024 0.042 0.074 0.081 0.131 0.070 3 G 0.107 0.248 0.070 0.035 0.210 0.028 0.029 0.046 0.060 0.107 0.059 4 T 0.257 0.126 0.025 0.007 0.473 0.006 0.010 0.020 0.017 0.021 0.038 5 L 0.369 0.062 0.014 0.009 0.434 0.016 0.014 0.021 0.013 0.011 0.037 6 L 0.208 0.135 0.022 0.017 0.486 0.014 0.011 0.018 0.009 0.022 0.057 7 A 0.247 0.123 0.037 0.011 0.432 0.005 0.007 0.017 0.009 0.034 0.078 8 F 0.209 0.190 0.027 0.008 0.438 0.011 0.011 0.017 0.012 0.029 0.049 9 D 0.353 0.069 0.036 0.010 0.420 0.006 0.008 0.014 0.006 0.011 0.066 10 F 0.070 0.074 0.036 0.095 0.083 0.053 0.060 0.142 0.163 0.180 0.045 11 G 0.019 0.075 0.099 0.283 0.045 0.101 0.092 0.099 0.072 0.094 0.020 12 T 0.189 0.170 0.036 0.009 0.273 0.016 0.022 0.046 0.067 0.106 0.066 13 K 0.185 0.175 0.063 0.021 0.380 0.013 0.027 0.027 0.021 0.035 0.055 14 S 0.336 0.110 0.027 0.007 0.375 0.010 0.018 0.023 0.014 0.028 0.053 15 I 0.227 0.127 0.028 0.053 0.297 0.046 0.034 0.033 0.023 0.036 0.095 16 G 0.155 0.101 0.048 0.091 0.301 0.038 0.029 0.043 0.023 0.092 0.081 17 V 0.288 0.095 0.013 0.004 0.527 0.004 0.010 0.020 0.009 0.008 0.021 18 A 0.254 0.107 0.016 0.011 0.520 0.010 0.008 0.019 0.006 0.007 0.041 19 V 0.272 0.034 0.010 0.010 0.255 0.020 0.027 0.030 0.018 0.124 0.201 20 G 0.040 0.355 0.173 0.086 0.170 0.015 0.010 0.024 0.020 0.082 0.025 21 Q 0.121 0.239 0.195 0.049 0.165 0.018 0.020 0.059 0.032 0.039 0.063 22 R 0.034 0.045 0.033 0.023 0.039 0.031 0.053 0.317 0.317 0.078 0.028 23 I 0.028 0.102 0.055 0.054 0.055 0.042 0.106 0.264 0.175 0.099 0.019 24 T 0.046 0.108 0.061 0.037 0.066 0.022 0.037 0.134 0.106 0.316 0.066 25 G 0.051 0.087 0.050 0.048 0.073 0.050 0.063 0.189 0.149 0.187 0.054 26 T 0.079 0.177 0.069 0.015 0.214 0.014 0.050 0.168 0.102 0.081 0.031 27 A 0.222 0.101 0.042 0.016 0.206 0.016 0.023 0.064 0.061 0.157 0.091 28 R 0.043 0.345 0.215 0.048 0.192 0.022 0.040 0.052 0.018 0.017 0.009 29 P 0.137 0.271 0.113 0.021 0.220 0.006 0.010 0.051 0.036 0.075 0.059 30 L 0.139 0.108 0.032 0.018 0.276 0.027 0.030 0.157 0.129 0.048 0.037 31 P 0.067 0.146 0.062 0.016 0.179 0.026 0.048 0.276 0.099 0.061 0.021 32 A 0.329 0.062 0.009 0.002 0.338 0.002 0.009 0.062 0.030 0.087 0.070 33 I 0.117 0.319 0.041 0.008 0.428 0.009 0.006 0.036 0.010 0.009 0.016 34 K 0.194 0.165 0.042 0.005 0.418 0.007 0.012 0.051 0.018 0.026 0.062 35 A 0.167 0.153 0.074 0.031 0.203 0.023 0.033 0.123 0.061 0.057 0.077 36 Q 0.027 0.127 0.074 0.122 0.057 0.131 0.145 0.138 0.082 0.073 0.024 37 D 0.086 0.136 0.050 0.061 0.157 0.031 0.043 0.093 0.111 0.174 0.059 38 G 0.034 0.096 0.088 0.071 0.063 0.025 0.029 0.081 0.099 0.349 0.064 39 T 0.041 0.397 0.197 0.019 0.139 0.007 0.016 0.082 0.044 0.036 0.021 40 P 0.049 0.207 0.052 0.008 0.128 0.015 0.043 0.319 0.098 0.049 0.031 41 D 0.057 0.332 0.242 0.013 0.101 0.004 0.006 0.138 0.035 0.046 0.027 42 W 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.767 0.205 0.010 0.002 43 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.934 0.051 0.001 0.001 44 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.043 0.010 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.053 0.006 0.001 46 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.053 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.939 0.046 0.005 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.912 0.070 0.006 0.001 49 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.804 0.168 0.014 0.002 50 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.740 0.203 0.008 0.001 51 E 0.005 0.022 0.003 0.003 0.018 0.005 0.130 0.524 0.200 0.087 0.004 52 W 0.037 0.312 0.129 0.005 0.159 0.007 0.011 0.016 0.057 0.234 0.032 53 Q 0.353 0.097 0.040 0.002 0.227 0.001 0.004 0.008 0.016 0.072 0.178 54 P 0.405 0.066 0.003 0.001 0.353 0.001 0.001 0.008 0.015 0.019 0.130 55 D 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.146 0.700 0.098 0.019 0.011 0.001 56 E 0.203 0.058 0.004 0.001 0.701 0.001 0.001 0.006 0.003 0.016 0.007 57 I 0.125 0.049 0.001 0.001 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 58 I 0.407 0.012 0.002 0.001 0.334 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.230 59 V 0.050 0.131 0.067 0.164 0.121 0.068 0.212 0.030 0.017 0.067 0.074 60 G 0.050 0.149 0.179 0.114 0.085 0.022 0.021 0.015 0.041 0.261 0.064 61 L 0.044 0.273 0.404 0.056 0.125 0.015 0.013 0.016 0.017 0.014 0.022 62 P 0.077 0.374 0.163 0.009 0.234 0.006 0.015 0.037 0.025 0.037 0.024 63 L 0.042 0.273 0.050 0.021 0.190 0.047 0.140 0.130 0.059 0.036 0.012 64 N 0.167 0.162 0.257 0.036 0.116 0.016 0.010 0.033 0.032 0.068 0.103 65 M 0.028 0.042 0.073 0.069 0.038 0.087 0.059 0.240 0.241 0.092 0.030 66 D 0.010 0.244 0.182 0.213 0.036 0.053 0.098 0.063 0.037 0.055 0.009 67 G 0.010 0.024 0.032 0.050 0.010 0.017 0.009 0.021 0.039 0.671 0.117 68 T 0.048 0.321 0.105 0.020 0.199 0.026 0.046 0.102 0.055 0.055 0.022 69 E 0.178 0.113 0.041 0.030 0.151 0.034 0.033 0.059 0.056 0.193 0.111 70 Q 0.021 0.277 0.351 0.117 0.096 0.022 0.017 0.052 0.016 0.016 0.014 71 P 0.075 0.118 0.028 0.004 0.090 0.005 0.011 0.443 0.126 0.053 0.047 72 L 0.016 0.027 0.018 0.005 0.022 0.004 0.011 0.679 0.163 0.045 0.010 73 T 0.004 0.015 0.005 0.002 0.008 0.004 0.007 0.864 0.084 0.006 0.001 74 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.918 0.058 0.004 0.002 75 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.941 0.043 0.006 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.060 0.003 0.001 77 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.037 0.001 0.001 78 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.024 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 81 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.038 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.938 0.044 0.007 0.001 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.821 0.156 0.013 0.001 84 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.781 0.172 0.010 0.001 85 G 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.006 0.117 0.671 0.149 0.041 0.001 86 R 0.015 0.030 0.013 0.009 0.023 0.038 0.279 0.326 0.122 0.135 0.011 87 F 0.081 0.455 0.062 0.006 0.261 0.006 0.011 0.026 0.025 0.041 0.026 88 G 0.105 0.010 0.009 0.040 0.035 0.027 0.026 0.030 0.085 0.462 0.172 89 V 0.022 0.546 0.218 0.010 0.188 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 90 E 0.195 0.158 0.021 0.002 0.581 0.002 0.003 0.005 0.004 0.003 0.028 91 V 0.346 0.060 0.004 0.001 0.532 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.044 92 K 0.219 0.081 0.011 0.006 0.599 0.006 0.017 0.010 0.003 0.014 0.035 93 L 0.170 0.233 0.057 0.009 0.476 0.004 0.003 0.011 0.004 0.008 0.024 94 H 0.175 0.081 0.028 0.032 0.188 0.051 0.048 0.100 0.045 0.086 0.167 95 D 0.083 0.270 0.141 0.045 0.232 0.015 0.018 0.055 0.031 0.049 0.060 96 E 0.051 0.092 0.058 0.042 0.068 0.033 0.039 0.276 0.176 0.119 0.046 97 R 0.073 0.139 0.063 0.013 0.148 0.029 0.063 0.281 0.106 0.055 0.030 98 L 0.042 0.088 0.014 0.006 0.073 0.007 0.019 0.361 0.181 0.157 0.053 99 S 0.023 0.155 0.046 0.013 0.055 0.012 0.038 0.536 0.073 0.043 0.007 100 T 0.018 0.057 0.021 0.002 0.025 0.003 0.009 0.766 0.074 0.017 0.009 101 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.920 0.053 0.004 0.004 102 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.959 0.027 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.003 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.050 0.003 0.001 105 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.044 0.005 0.001 106 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.911 0.071 0.008 0.001 107 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.914 0.060 0.011 0.002 108 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.803 0.149 0.006 0.001 109 E 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.073 0.792 0.099 0.019 0.001 110 Q 0.001 0.725 0.234 0.003 0.026 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 111 G 0.108 0.005 0.003 0.004 0.014 0.001 0.002 0.005 0.006 0.351 0.500 112 G 0.117 0.285 0.093 0.012 0.241 0.012 0.011 0.041 0.037 0.083 0.068 113 Y 0.082 0.273 0.097 0.053 0.242 0.020 0.014 0.084 0.038 0.046 0.051 114 R 0.062 0.099 0.047 0.015 0.097 0.017 0.022 0.323 0.219 0.072 0.025 115 A 0.029 0.055 0.028 0.014 0.054 0.016 0.040 0.507 0.159 0.079 0.019 116 L 0.049 0.086 0.046 0.015 0.072 0.017 0.048 0.469 0.101 0.071 0.026 117 N 0.056 0.086 0.046 0.015 0.094 0.013 0.025 0.355 0.110 0.159 0.041 118 K 0.038 0.121 0.035 0.029 0.072 0.024 0.030 0.424 0.152 0.054 0.021 119 G 0.018 0.077 0.053 0.022 0.045 0.015 0.027 0.417 0.117 0.182 0.028 120 K 0.063 0.060 0.016 0.003 0.082 0.005 0.030 0.601 0.088 0.033 0.019 121 V 0.008 0.021 0.009 0.004 0.012 0.007 0.017 0.762 0.121 0.032 0.007 122 D 0.006 0.009 0.003 0.002 0.009 0.002 0.005 0.870 0.082 0.010 0.002 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.069 0.003 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.021 0.001 0.001 129 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.019 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.051 0.002 0.001 131 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.067 0.002 0.001 132 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.907 0.051 0.004 0.001 133 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.086 0.770 0.103 0.024 0.002 134 F 0.008 0.007 0.001 0.001 0.010 0.003 0.023 0.682 0.215 0.040 0.010 135 E 0.005 0.026 0.006 0.007 0.014 0.022 0.105 0.559 0.186 0.067 0.004 136 Q 0.020 0.121 0.044 0.015 0.069 0.027 0.106 0.283 0.109 0.182 0.024 137 G 0.095 0.068 0.031 0.011 0.092 0.022 0.066 0.196 0.121 0.205 0.093 138 Y 0.107 0.129 0.058 0.023 0.161 0.020 0.039 0.148 0.100 0.140 0.073