# TARGET T0156 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0156.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.106 0.048 0.026 0.124 0.024 0.030 0.343 0.113 0.054 0.041 2 A 0.047 0.091 0.048 0.012 0.102 0.009 0.026 0.405 0.149 0.085 0.025 3 I 0.135 0.071 0.016 0.008 0.133 0.010 0.022 0.292 0.180 0.091 0.044 4 S 0.020 0.121 0.037 0.035 0.087 0.040 0.087 0.369 0.163 0.033 0.007 5 F 0.186 0.054 0.014 0.004 0.143 0.006 0.024 0.116 0.093 0.270 0.090 6 R 0.080 0.374 0.112 0.017 0.270 0.015 0.013 0.048 0.022 0.022 0.026 7 P 0.137 0.129 0.058 0.017 0.162 0.019 0.029 0.186 0.069 0.086 0.107 8 T 0.033 0.153 0.116 0.020 0.088 0.004 0.004 0.312 0.200 0.052 0.017 9 A 0.004 0.011 0.005 0.005 0.010 0.008 0.014 0.740 0.187 0.014 0.003 10 D 0.005 0.011 0.005 0.001 0.011 0.002 0.021 0.845 0.085 0.011 0.003 11 L 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.768 0.139 0.064 0.006 12 V 0.007 0.038 0.009 0.004 0.024 0.003 0.010 0.737 0.145 0.018 0.004 13 D 0.003 0.010 0.005 0.003 0.006 0.005 0.035 0.749 0.164 0.016 0.003 14 D 0.005 0.008 0.006 0.005 0.007 0.011 0.124 0.629 0.110 0.088 0.006 15 I 0.031 0.151 0.058 0.018 0.073 0.013 0.034 0.356 0.137 0.101 0.028 16 G 0.023 0.058 0.030 0.028 0.032 0.027 0.051 0.421 0.193 0.105 0.030 17 P 0.014 0.039 0.027 0.021 0.026 0.038 0.151 0.419 0.150 0.100 0.016 18 D 0.038 0.055 0.026 0.020 0.060 0.028 0.097 0.313 0.138 0.192 0.034 19 V 0.100 0.210 0.051 0.019 0.169 0.016 0.039 0.153 0.100 0.091 0.051 20 R 0.065 0.103 0.092 0.073 0.114 0.033 0.042 0.165 0.099 0.161 0.053 21 S 0.123 0.142 0.069 0.023 0.190 0.016 0.044 0.192 0.084 0.072 0.045 22 C 0.089 0.149 0.071 0.034 0.167 0.022 0.032 0.140 0.103 0.141 0.053 23 D 0.058 0.193 0.126 0.042 0.160 0.019 0.039 0.148 0.120 0.066 0.028 24 L 0.066 0.136 0.085 0.024 0.127 0.016 0.035 0.224 0.162 0.095 0.031 25 Q 0.064 0.114 0.052 0.015 0.129 0.019 0.085 0.234 0.133 0.123 0.031 26 F 0.115 0.211 0.129 0.024 0.201 0.013 0.021 0.086 0.065 0.089 0.045 27 R 0.040 0.333 0.186 0.037 0.143 0.025 0.044 0.110 0.045 0.020 0.017 28 Q 0.127 0.163 0.065 0.014 0.206 0.017 0.041 0.129 0.077 0.109 0.050 29 F 0.087 0.166 0.136 0.055 0.140 0.030 0.052 0.150 0.068 0.075 0.041 30 G 0.022 0.080 0.141 0.234 0.042 0.122 0.076 0.140 0.055 0.072 0.018 31 G 0.021 0.100 0.096 0.161 0.039 0.072 0.094 0.201 0.104 0.092 0.021 32 R 0.045 0.044 0.028 0.034 0.047 0.024 0.026 0.080 0.099 0.447 0.126 33 S 0.098 0.263 0.066 0.023 0.261 0.018 0.034 0.072 0.066 0.064 0.035 34 Q 0.245 0.167 0.034 0.006 0.414 0.007 0.017 0.028 0.018 0.024 0.039 35 F 0.336 0.097 0.023 0.014 0.362 0.012 0.018 0.025 0.012 0.022 0.080 36 A 0.168 0.093 0.048 0.073 0.190 0.069 0.047 0.033 0.033 0.123 0.123 37 G 0.015 0.219 0.327 0.269 0.067 0.028 0.014 0.016 0.013 0.027 0.006 38 P 0.202 0.154 0.065 0.012 0.300 0.008 0.033 0.048 0.042 0.072 0.063 39 I 0.250 0.189 0.040 0.011 0.411 0.006 0.005 0.008 0.006 0.012 0.062 40 S 0.110 0.237 0.023 0.002 0.593 0.003 0.006 0.005 0.002 0.005 0.014 41 T 0.358 0.071 0.006 0.001 0.534 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 42 V 0.237 0.148 0.021 0.011 0.519 0.013 0.007 0.010 0.004 0.004 0.026 43 R 0.256 0.138 0.030 0.004 0.443 0.005 0.008 0.011 0.006 0.017 0.082 44 C 0.203 0.219 0.081 0.017 0.330 0.007 0.009 0.021 0.011 0.028 0.074 45 F 0.046 0.168 0.129 0.099 0.119 0.092 0.121 0.092 0.050 0.057 0.027 46 Q 0.048 0.144 0.167 0.156 0.075 0.114 0.068 0.070 0.047 0.069 0.041 47 D 0.083 0.185 0.109 0.049 0.173 0.031 0.039 0.121 0.075 0.102 0.034 48 N 0.046 0.142 0.092 0.032 0.064 0.021 0.026 0.201 0.156 0.169 0.053 49 A 0.031 0.101 0.050 0.016 0.074 0.011 0.018 0.465 0.147 0.060 0.026 50 L 0.011 0.045 0.012 0.002 0.026 0.001 0.009 0.754 0.114 0.020 0.005 51 L 0.005 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.855 0.114 0.011 0.002 52 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.881 0.098 0.004 0.001 53 S 0.005 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.012 0.880 0.078 0.004 0.002 54 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.010 0.797 0.152 0.026 0.001 55 L 0.014 0.010 0.002 0.002 0.020 0.002 0.009 0.520 0.362 0.053 0.007 56 S 0.004 0.012 0.004 0.005 0.008 0.017 0.090 0.552 0.270 0.035 0.003 57 Q 0.025 0.049 0.016 0.005 0.051 0.008 0.044 0.188 0.158 0.431 0.025 58 P 0.201 0.204 0.103 0.017 0.222 0.009 0.016 0.051 0.047 0.054 0.077 59 S 0.012 0.103 0.407 0.236 0.042 0.053 0.027 0.079 0.024 0.010 0.007 60 A 0.005 0.071 0.027 0.069 0.023 0.153 0.313 0.222 0.088 0.025 0.003 61 G 0.017 0.009 0.010 0.027 0.018 0.014 0.015 0.030 0.054 0.708 0.097 62 G 0.109 0.199 0.021 0.004 0.612 0.002 0.006 0.006 0.004 0.017 0.019 63 V 0.090 0.060 0.003 0.001 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 L 0.137 0.034 0.001 0.001 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 65 V 0.270 0.040 0.002 0.001 0.622 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.057 66 I 0.108 0.216 0.011 0.007 0.465 0.011 0.021 0.027 0.010 0.061 0.063 67 D 0.121 0.293 0.331 0.030 0.121 0.009 0.008 0.015 0.013 0.020 0.038 68 G 0.024 0.025 0.051 0.035 0.028 0.043 0.062 0.350 0.295 0.059 0.028 69 A 0.006 0.327 0.255 0.195 0.029 0.036 0.046 0.031 0.024 0.046 0.006 70 G 0.009 0.089 0.124 0.098 0.021 0.042 0.019 0.051 0.053 0.396 0.096 71 S 0.069 0.199 0.050 0.006 0.179 0.023 0.038 0.177 0.136 0.092 0.031 72 L 0.203 0.047 0.014 0.005 0.175 0.009 0.017 0.180 0.201 0.080 0.071 73 H 0.023 0.023 0.016 0.030 0.031 0.049 0.130 0.464 0.169 0.053 0.013 74 T 0.105 0.063 0.018 0.019 0.120 0.011 0.031 0.286 0.192 0.112 0.043 75 A 0.042 0.143 0.070 0.053 0.136 0.040 0.080 0.292 0.093 0.033 0.018 76 L 0.102 0.053 0.027 0.014 0.109 0.022 0.085 0.341 0.090 0.098 0.058 77 V 0.015 0.073 0.061 0.034 0.020 0.015 0.028 0.429 0.184 0.119 0.022 78 G 0.003 0.022 0.024 0.048 0.006 0.013 0.012 0.667 0.171 0.030 0.004 79 D 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.018 0.862 0.100 0.006 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.048 0.004 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.052 0.005 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.002 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.031 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.001 0.001 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.041 0.003 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.852 0.130 0.004 0.001 87 S 0.001 0.011 0.004 0.002 0.002 0.004 0.066 0.827 0.079 0.004 0.001 88 T 0.001 0.559 0.422 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 89 G 0.057 0.013 0.007 0.004 0.013 0.002 0.002 0.006 0.006 0.440 0.450 90 W 0.168 0.230 0.032 0.010 0.300 0.011 0.007 0.020 0.022 0.077 0.122 91 T 0.039 0.084 0.032 0.189 0.104 0.136 0.201 0.058 0.035 0.085 0.037 92 G 0.082 0.322 0.166 0.022 0.380 0.002 0.003 0.004 0.003 0.007 0.009 93 L 0.128 0.103 0.004 0.001 0.755 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 94 I 0.218 0.057 0.006 0.001 0.633 0.007 0.015 0.015 0.003 0.008 0.037 95 V 0.278 0.067 0.027 0.019 0.384 0.021 0.017 0.013 0.008 0.031 0.133 96 H 0.134 0.065 0.038 0.054 0.125 0.051 0.062 0.067 0.088 0.204 0.111 97 G 0.026 0.150 0.109 0.032 0.085 0.008 0.013 0.054 0.144 0.323 0.054 98 A 0.072 0.195 0.112 0.039 0.191 0.023 0.036 0.121 0.109 0.064 0.036 99 V 0.094 0.147 0.051 0.014 0.174 0.017 0.064 0.188 0.138 0.077 0.037 100 R 0.026 0.203 0.069 0.024 0.083 0.044 0.082 0.278 0.120 0.049 0.022 101 D 0.216 0.201 0.086 0.004 0.205 0.002 0.003 0.082 0.043 0.085 0.075 102 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.526 0.404 0.047 0.003 103 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.837 0.136 0.004 0.001 104 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.741 0.194 0.049 0.001 105 L 0.008 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.014 0.671 0.228 0.056 0.008 106 R 0.003 0.005 0.002 0.003 0.005 0.005 0.034 0.616 0.311 0.013 0.004 107 G 0.007 0.006 0.002 0.003 0.006 0.013 0.071 0.349 0.240 0.296 0.007 108 I 0.044 0.563 0.064 0.002 0.273 0.002 0.003 0.009 0.010 0.019 0.010 109 D 0.136 0.005 0.003 0.016 0.026 0.016 0.026 0.040 0.069 0.377 0.285 110 I 0.029 0.439 0.284 0.046 0.147 0.002 0.002 0.013 0.012 0.018 0.008 111 G 0.163 0.167 0.047 0.028 0.405 0.012 0.017 0.072 0.029 0.023 0.038 112 I 0.194 0.062 0.022 0.022 0.217 0.036 0.057 0.203 0.106 0.040 0.042 113 K 0.165 0.122 0.052 0.019 0.308 0.012 0.022 0.092 0.043 0.087 0.079 114 A 0.246 0.111 0.038 0.014 0.345 0.009 0.012 0.060 0.029 0.068 0.067 115 L 0.041 0.096 0.063 0.097 0.099 0.118 0.156 0.146 0.080 0.083 0.021 116 G 0.102 0.170 0.120 0.056 0.222 0.012 0.016 0.062 0.047 0.117 0.075 117 T 0.162 0.183 0.058 0.020 0.238 0.020 0.043 0.086 0.057 0.080 0.054 118 N 0.049 0.411 0.229 0.026 0.186 0.007 0.012 0.021 0.014 0.023 0.021 119 P 0.143 0.159 0.069 0.026 0.206 0.019 0.035 0.144 0.080 0.061 0.057 120 R 0.050 0.111 0.068 0.037 0.100 0.067 0.117 0.189 0.104 0.128 0.030 121 K 0.076 0.152 0.126 0.072 0.128 0.032 0.034 0.101 0.057 0.148 0.074 122 S 0.135 0.194 0.081 0.029 0.203 0.014 0.020 0.093 0.060 0.114 0.056 123 T 0.051 0.426 0.169 0.016 0.179 0.013 0.021 0.061 0.033 0.020 0.012 124 K 0.197 0.121 0.058 0.018 0.208 0.016 0.031 0.142 0.070 0.066 0.073 125 T 0.067 0.164 0.088 0.099 0.102 0.085 0.104 0.123 0.055 0.067 0.046 126 G 0.080 0.159 0.170 0.102 0.139 0.040 0.034 0.087 0.047 0.088 0.054 127 A 0.108 0.108 0.061 0.073 0.145 0.056 0.047 0.100 0.118 0.128 0.055 128 G 0.038 0.183 0.169 0.169 0.122 0.046 0.035 0.062 0.058 0.085 0.031 129 E 0.219 0.145 0.036 0.008 0.269 0.010 0.015 0.047 0.066 0.110 0.076 130 R 0.205 0.174 0.031 0.008 0.440 0.006 0.010 0.022 0.019 0.030 0.055 131 D 0.241 0.036 0.016 0.027 0.178 0.034 0.060 0.039 0.052 0.170 0.149 132 V 0.034 0.452 0.233 0.036 0.222 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.006 133 E 0.237 0.164 0.020 0.001 0.542 0.001 0.003 0.008 0.002 0.002 0.019 134 I 0.163 0.164 0.011 0.002 0.580 0.006 0.012 0.012 0.008 0.015 0.028 135 T 0.436 0.054 0.020 0.009 0.341 0.005 0.007 0.008 0.003 0.013 0.103 136 L 0.073 0.082 0.099 0.285 0.112 0.178 0.029 0.029 0.014 0.054 0.046 137 G 0.005 0.035 0.036 0.540 0.012 0.119 0.112 0.056 0.029 0.050 0.006 138 G 0.020 0.015 0.030 0.086 0.019 0.036 0.027 0.046 0.078 0.558 0.085 139 V 0.045 0.537 0.093 0.003 0.298 0.001 0.002 0.005 0.006 0.004 0.006 140 T 0.290 0.149 0.040 0.001 0.471 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.037 141 F 0.198 0.242 0.046 0.008 0.386 0.010 0.023 0.019 0.009 0.017 0.042 142 V 0.009 0.072 0.413 0.403 0.028 0.053 0.008 0.004 0.001 0.003 0.004 143 P 0.003 0.027 0.016 0.065 0.009 0.172 0.518 0.124 0.054 0.011 0.002 144 G 0.010 0.005 0.006 0.030 0.005 0.029 0.064 0.055 0.120 0.582 0.095 145 D 0.087 0.303 0.052 0.006 0.456 0.016 0.024 0.009 0.012 0.025 0.010 146 I 0.323 0.030 0.002 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 147 A 0.314 0.069 0.006 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 148 Y 0.278 0.124 0.006 0.001 0.467 0.002 0.002 0.002 0.001 0.014 0.105 149 S 0.064 0.466 0.053 0.024 0.336 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 150 D 0.001 0.091 0.841 0.061 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 D 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.019 0.068 0.682 0.217 0.001 0.001 152 D 0.001 0.762 0.218 0.006 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 153 G 0.009 0.024 0.023 0.011 0.018 0.001 0.001 0.002 0.007 0.283 0.621 154 I 0.035 0.464 0.017 0.001 0.478 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 155 I 0.217 0.056 0.002 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 156 V 0.311 0.066 0.011 0.004 0.557 0.008 0.010 0.008 0.001 0.002 0.022 157 V 0.229 0.107 0.023 0.019 0.409 0.018 0.020 0.026 0.016 0.041 0.092