# TARGET T0155 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0155.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.990 2 A 0.081 0.027 0.022 0.026 0.010 0.068 0.765 3 D 0.175 0.008 0.041 0.015 0.230 0.079 0.452 4 R 0.630 0.012 0.027 0.007 0.060 0.024 0.240 5 I 0.905 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.080 6 E 0.965 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.023 7 L 0.965 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 8 R 0.700 0.006 0.022 0.004 0.044 0.172 0.053 9 G 0.415 0.001 0.015 0.001 0.171 0.278 0.118 10 L 0.798 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.180 11 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 12 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 14 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 15 R 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 16 H 0.756 0.003 0.004 0.006 0.044 0.014 0.174 17 G 0.409 0.007 0.014 0.015 0.145 0.064 0.346 18 V 0.251 0.053 0.015 0.043 0.204 0.041 0.393 19 Y 0.131 0.016 0.044 0.160 0.161 0.060 0.427 20 D 0.031 0.008 0.130 0.495 0.079 0.126 0.131 21 H 0.019 0.005 0.150 0.523 0.052 0.162 0.088 22 E 0.014 0.004 0.167 0.608 0.039 0.112 0.057 23 R 0.023 0.005 0.176 0.464 0.069 0.167 0.095 24 V 0.024 0.013 0.152 0.360 0.081 0.246 0.125 25 A 0.012 0.011 0.055 0.103 0.127 0.596 0.097 26 G 0.013 0.004 0.013 0.011 0.139 0.691 0.128 27 Q 0.041 0.005 0.001 0.001 0.388 0.009 0.556 28 R 0.308 0.005 0.001 0.001 0.120 0.006 0.558 29 F 0.967 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.021 30 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 31 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 32 D 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 33 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 34 T 0.941 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 35 V 0.888 0.006 0.005 0.002 0.015 0.004 0.080 36 W 0.739 0.003 0.006 0.003 0.055 0.011 0.183 37 I 0.532 0.035 0.007 0.005 0.136 0.013 0.272 38 D 0.209 0.036 0.002 0.008 0.074 0.007 0.665 39 L 0.018 0.004 0.223 0.435 0.049 0.113 0.157 40 A 0.006 0.002 0.367 0.340 0.075 0.180 0.031 41 E 0.004 0.001 0.462 0.290 0.029 0.192 0.023 42 A 0.009 0.005 0.259 0.373 0.079 0.140 0.135 43 A 0.011 0.014 0.215 0.275 0.059 0.319 0.108 44 N 0.017 0.010 0.186 0.206 0.089 0.382 0.110 45 S 0.017 0.006 0.102 0.180 0.243 0.237 0.216 46 D 0.020 0.015 0.034 0.097 0.331 0.188 0.315 47 D 0.024 0.016 0.014 0.059 0.246 0.103 0.539 48 L 0.012 0.009 0.184 0.464 0.074 0.139 0.119 49 A 0.006 0.001 0.413 0.313 0.044 0.192 0.029 50 D 0.013 0.001 0.532 0.200 0.024 0.207 0.023 51 T 0.101 0.014 0.309 0.225 0.059 0.124 0.167 52 Y 0.213 0.129 0.042 0.141 0.080 0.039 0.356 53 D 0.104 0.020 0.010 0.195 0.106 0.031 0.535 54 Y 0.002 0.001 0.006 0.970 0.008 0.006 0.009 55 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 0.002 56 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 59 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 61 A 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.006 0.003 62 A 0.002 0.001 0.005 0.984 0.001 0.006 0.001 63 E 0.001 0.001 0.005 0.976 0.002 0.015 0.001 64 I 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.024 0.001 65 V 0.002 0.001 0.004 0.941 0.011 0.037 0.006 66 A 0.002 0.001 0.008 0.697 0.046 0.215 0.031 67 G 0.003 0.001 0.003 0.206 0.342 0.355 0.090 68 P 0.008 0.006 0.001 0.081 0.316 0.033 0.554 69 P 0.005 0.005 0.010 0.533 0.108 0.053 0.286 70 R 0.001 0.001 0.014 0.935 0.010 0.020 0.019 71 K 0.001 0.001 0.013 0.953 0.009 0.013 0.010 72 L 0.001 0.001 0.009 0.969 0.004 0.010 0.008 73 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.003 0.004 0.003 74 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.003 0.003 75 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.002 76 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 77 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.014 0.002 79 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.011 0.005 80 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.006 0.006 81 A 0.001 0.001 0.002 0.976 0.005 0.008 0.008 82 D 0.001 0.001 0.004 0.962 0.002 0.027 0.003 83 H 0.001 0.001 0.005 0.931 0.004 0.052 0.006 84 V 0.001 0.002 0.009 0.883 0.012 0.080 0.014 85 M 0.004 0.001 0.013 0.662 0.043 0.240 0.037 86 D 0.009 0.005 0.035 0.386 0.099 0.368 0.098 87 D 0.010 0.004 0.029 0.036 0.370 0.132 0.419 88 Q 0.010 0.004 0.043 0.014 0.288 0.448 0.192 89 R 0.061 0.013 0.055 0.006 0.219 0.343 0.302 90 V 0.353 0.011 0.013 0.002 0.100 0.027 0.495 91 H 0.703 0.012 0.006 0.001 0.075 0.009 0.195 92 A 0.905 0.005 0.003 0.001 0.011 0.003 0.074 93 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 94 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 95 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 96 A 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 97 V 0.895 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.088 98 H 0.502 0.016 0.002 0.001 0.102 0.009 0.368 99 K 0.135 0.019 0.003 0.001 0.343 0.019 0.479 100 P 0.032 0.015 0.007 0.003 0.192 0.061 0.689 101 Q 0.017 0.032 0.015 0.004 0.266 0.102 0.563 102 A 0.015 0.025 0.026 0.009 0.378 0.071 0.476 103 P 0.014 0.016 0.047 0.015 0.149 0.162 0.597 104 I 0.022 0.042 0.090 0.016 0.193 0.096 0.541 105 P 0.020 0.025 0.141 0.021 0.209 0.093 0.492 106 Q 0.021 0.013 0.173 0.031 0.128 0.295 0.339 107 T 0.021 0.020 0.255 0.032 0.139 0.241 0.293 108 F 0.038 0.025 0.264 0.023 0.183 0.167 0.299 109 D 0.050 0.016 0.210 0.019 0.188 0.357 0.159 110 D 0.116 0.012 0.106 0.008 0.209 0.322 0.228 111 V 0.367 0.014 0.005 0.002 0.126 0.024 0.463 112 A 0.829 0.003 0.001 0.001 0.051 0.007 0.110 113 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 114 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 115 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 116 R 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 117 R 0.815 0.012 0.002 0.001 0.021 0.004 0.146 118 S 0.499 0.015 0.009 0.003 0.128 0.031 0.314 119 R 0.165 0.013 0.014 0.003 0.318 0.092 0.395 120 R 0.061 0.016 0.015 0.002 0.400 0.255 0.252 121 G 0.092 0.026 0.017 0.002 0.348 0.193 0.322 122 G 0.138 0.029 0.021 0.003 0.272 0.081 0.456 123 R 0.263 0.013 0.023 0.005 0.190 0.113 0.392 124 G 0.562 0.013 0.019 0.010 0.147 0.062 0.187 125 W 0.755 0.025 0.007 0.013 0.037 0.012 0.151 126 V 0.814 0.020 0.006 0.014 0.018 0.008 0.121 127 V 0.753 0.035 0.007 0.018 0.021 0.006 0.159 128 P 0.417 0.018 0.013 0.031 0.059 0.030 0.431 129 A 0.122 0.008 0.012 0.028 0.188 0.167 0.476 130 G 0.039 0.011 0.028 0.040 0.299 0.296 0.288 131 G 0.029 0.008 0.046 0.053 0.346 0.210 0.308 132 A 0.067 0.019 0.048 0.084 0.045 0.159 0.577 133 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.988