# TARGET T0155 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0155.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.070 0.043 0.025 0.123 0.018 0.040 0.177 0.118 0.203 0.068 2 A 0.165 0.127 0.032 0.021 0.215 0.018 0.022 0.135 0.094 0.102 0.069 3 D 0.080 0.125 0.049 0.051 0.185 0.055 0.060 0.204 0.064 0.103 0.023 4 R 0.273 0.084 0.009 0.003 0.486 0.002 0.005 0.054 0.026 0.027 0.031 5 I 0.261 0.124 0.012 0.004 0.544 0.003 0.003 0.021 0.005 0.004 0.018 6 E 0.215 0.148 0.016 0.001 0.549 0.002 0.005 0.014 0.004 0.007 0.038 7 L 0.493 0.052 0.013 0.007 0.256 0.004 0.003 0.011 0.006 0.017 0.138 8 R 0.001 0.026 0.022 0.124 0.006 0.495 0.283 0.032 0.010 0.002 0.001 9 G 0.309 0.014 0.004 0.002 0.092 0.001 0.001 0.003 0.010 0.141 0.424 10 L 0.253 0.100 0.003 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 11 T 0.207 0.062 0.007 0.002 0.668 0.006 0.013 0.005 0.001 0.005 0.023 12 V 0.447 0.064 0.006 0.005 0.418 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.052 13 H 0.256 0.026 0.006 0.056 0.191 0.094 0.069 0.019 0.017 0.118 0.147 14 G 0.104 0.287 0.170 0.034 0.337 0.004 0.003 0.007 0.006 0.015 0.033 15 R 0.246 0.096 0.035 0.029 0.271 0.024 0.040 0.048 0.032 0.062 0.118 16 H 0.048 0.070 0.041 0.115 0.078 0.174 0.192 0.068 0.054 0.114 0.047 17 G 0.087 0.100 0.102 0.096 0.152 0.034 0.022 0.096 0.063 0.166 0.082 18 V 0.201 0.137 0.053 0.015 0.166 0.017 0.020 0.142 0.092 0.093 0.064 19 Y 0.040 0.311 0.290 0.044 0.166 0.010 0.010 0.070 0.022 0.018 0.017 20 D 0.038 0.029 0.012 0.005 0.054 0.005 0.014 0.607 0.201 0.024 0.010 21 H 0.006 0.007 0.005 0.002 0.010 0.004 0.013 0.746 0.177 0.026 0.003 22 E 0.016 0.016 0.004 0.003 0.027 0.004 0.025 0.750 0.103 0.044 0.008 23 R 0.019 0.019 0.010 0.005 0.022 0.010 0.057 0.653 0.161 0.034 0.010 24 V 0.017 0.026 0.021 0.035 0.019 0.040 0.181 0.483 0.107 0.059 0.011 25 A 0.008 0.616 0.161 0.020 0.083 0.018 0.031 0.032 0.016 0.011 0.003 26 G 0.111 0.007 0.004 0.006 0.020 0.005 0.006 0.011 0.032 0.475 0.321 27 Q 0.064 0.473 0.134 0.011 0.269 0.005 0.005 0.005 0.007 0.012 0.015 28 R 0.344 0.074 0.009 0.004 0.447 0.004 0.009 0.008 0.008 0.014 0.078 29 F 0.131 0.242 0.022 0.003 0.581 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.011 30 V 0.306 0.037 0.003 0.001 0.629 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 31 I 0.286 0.102 0.010 0.005 0.554 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 32 D 0.263 0.117 0.012 0.006 0.521 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.063 33 V 0.332 0.063 0.007 0.001 0.535 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.046 34 T 0.282 0.106 0.014 0.010 0.466 0.015 0.014 0.017 0.012 0.009 0.055 35 V 0.213 0.126 0.019 0.013 0.458 0.016 0.015 0.021 0.015 0.025 0.078 36 W 0.315 0.060 0.017 0.004 0.351 0.003 0.007 0.014 0.022 0.082 0.125 37 I 0.104 0.259 0.096 0.034 0.255 0.035 0.049 0.057 0.043 0.036 0.031 38 D 0.236 0.235 0.063 0.010 0.267 0.006 0.010 0.032 0.025 0.040 0.077 39 L 0.022 0.020 0.009 0.013 0.038 0.011 0.013 0.273 0.496 0.087 0.017 40 A 0.009 0.024 0.020 0.016 0.013 0.019 0.070 0.539 0.257 0.027 0.005 41 E 0.009 0.027 0.018 0.011 0.017 0.014 0.043 0.408 0.245 0.195 0.013 42 A 0.032 0.078 0.029 0.017 0.067 0.023 0.046 0.383 0.208 0.092 0.025 43 A 0.047 0.074 0.038 0.025 0.071 0.013 0.024 0.199 0.197 0.253 0.059 44 N 0.069 0.185 0.085 0.012 0.150 0.018 0.047 0.126 0.096 0.167 0.043 45 S 0.084 0.340 0.051 0.011 0.199 0.007 0.015 0.088 0.078 0.092 0.036 46 D 0.034 0.041 0.029 0.023 0.066 0.037 0.108 0.335 0.201 0.097 0.029 47 D 0.066 0.109 0.050 0.014 0.075 0.008 0.017 0.240 0.138 0.217 0.066 48 L 0.057 0.026 0.005 0.004 0.092 0.006 0.018 0.385 0.275 0.099 0.033 49 A 0.008 0.026 0.008 0.017 0.018 0.043 0.088 0.586 0.180 0.023 0.003 50 D 0.020 0.010 0.004 0.004 0.031 0.004 0.026 0.396 0.155 0.315 0.035 51 T 0.093 0.058 0.009 0.005 0.136 0.011 0.038 0.392 0.105 0.118 0.035 52 Y 0.040 0.148 0.038 0.011 0.243 0.016 0.045 0.323 0.064 0.047 0.025 53 D 0.170 0.194 0.057 0.002 0.305 0.001 0.004 0.129 0.023 0.039 0.075 54 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.716 0.258 0.017 0.002 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.928 0.061 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.043 0.005 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.060 0.004 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 59 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.026 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.025 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.078 0.003 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.074 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.935 0.045 0.002 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.076 0.813 0.092 0.013 0.001 65 V 0.007 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.055 0.661 0.146 0.103 0.008 66 A 0.003 0.137 0.032 0.015 0.029 0.073 0.191 0.388 0.088 0.043 0.002 67 G 0.064 0.061 0.056 0.019 0.048 0.011 0.012 0.046 0.041 0.442 0.200 68 P 0.066 0.289 0.178 0.022 0.123 0.015 0.028 0.107 0.063 0.063 0.045 69 P 0.071 0.152 0.034 0.014 0.095 0.013 0.025 0.269 0.156 0.122 0.048 70 R 0.026 0.090 0.029 0.011 0.066 0.017 0.020 0.457 0.199 0.071 0.014 71 K 0.019 0.056 0.022 0.007 0.035 0.009 0.024 0.698 0.078 0.032 0.019 72 L 0.012 0.029 0.008 0.001 0.020 0.001 0.006 0.798 0.091 0.029 0.006 73 I 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.890 0.090 0.009 0.001 74 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.930 0.054 0.002 0.001 75 T 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.933 0.040 0.003 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.897 0.070 0.020 0.001 77 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.887 0.085 0.019 0.002 78 A 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.924 0.053 0.004 0.001 79 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.015 0.933 0.035 0.006 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.886 0.089 0.014 0.002 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.840 0.141 0.011 0.001 82 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.871 0.103 0.006 0.001 83 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.057 0.735 0.145 0.052 0.001 84 V 0.014 0.015 0.002 0.001 0.021 0.005 0.071 0.492 0.199 0.164 0.016 85 M 0.014 0.035 0.008 0.008 0.028 0.016 0.111 0.455 0.214 0.099 0.013 86 D 0.033 0.040 0.020 0.019 0.043 0.031 0.136 0.161 0.137 0.336 0.043 87 D 0.141 0.174 0.050 0.012 0.292 0.009 0.016 0.051 0.076 0.112 0.067 88 Q 0.039 0.096 0.052 0.034 0.077 0.041 0.112 0.204 0.237 0.085 0.025 89 R 0.098 0.067 0.029 0.010 0.123 0.012 0.056 0.080 0.142 0.319 0.064 90 V 0.318 0.138 0.012 0.002 0.416 0.002 0.002 0.005 0.008 0.028 0.070 91 H 0.097 0.148 0.037 0.039 0.412 0.079 0.087 0.035 0.017 0.036 0.014 92 A 0.490 0.020 0.002 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 93 V 0.151 0.104 0.005 0.003 0.726 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 94 E 0.248 0.040 0.002 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 95 V 0.320 0.068 0.003 0.001 0.581 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 96 A 0.216 0.108 0.014 0.003 0.627 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 97 V 0.266 0.145 0.043 0.006 0.474 0.004 0.003 0.006 0.002 0.004 0.046 98 H 0.108 0.255 0.164 0.048 0.244 0.015 0.027 0.024 0.017 0.045 0.053 99 K 0.044 0.311 0.396 0.057 0.103 0.014 0.012 0.021 0.014 0.015 0.014 100 P 0.028 0.163 0.093 0.046 0.081 0.066 0.186 0.200 0.087 0.037 0.012 101 Q 0.065 0.139 0.151 0.064 0.095 0.018 0.019 0.033 0.082 0.262 0.071 102 A 0.018 0.267 0.394 0.103 0.064 0.031 0.029 0.050 0.024 0.012 0.008 103 P 0.095 0.247 0.140 0.013 0.161 0.013 0.044 0.092 0.053 0.089 0.052 104 I 0.070 0.326 0.271 0.049 0.110 0.012 0.009 0.046 0.035 0.038 0.035 105 P 0.039 0.283 0.076 0.028 0.151 0.043 0.057 0.188 0.097 0.025 0.013 106 Q 0.048 0.071 0.047 0.036 0.064 0.021 0.081 0.302 0.216 0.080 0.033 107 T 0.058 0.033 0.019 0.013 0.066 0.035 0.146 0.207 0.133 0.239 0.051 108 F 0.190 0.073 0.016 0.016 0.164 0.011 0.009 0.054 0.096 0.178 0.193 109 D 0.006 0.038 0.047 0.078 0.027 0.207 0.316 0.161 0.090 0.028 0.002 110 D 0.254 0.045 0.010 0.003 0.204 0.003 0.021 0.065 0.067 0.207 0.122 111 V 0.142 0.247 0.022 0.002 0.553 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 112 A 0.337 0.053 0.009 0.006 0.517 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.059 113 V 0.228 0.081 0.002 0.001 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 114 V 0.217 0.036 0.001 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 115 I 0.436 0.018 0.001 0.001 0.526 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 116 R 0.275 0.084 0.006 0.002 0.548 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.074 117 R 0.300 0.137 0.024 0.007 0.418 0.005 0.003 0.004 0.002 0.010 0.087 118 S 0.207 0.202 0.111 0.030 0.284 0.011 0.009 0.018 0.017 0.043 0.067 119 R 0.089 0.207 0.223 0.125 0.097 0.060 0.055 0.064 0.037 0.020 0.023 120 R 0.013 0.055 0.096 0.248 0.019 0.161 0.177 0.117 0.071 0.031 0.012 121 G 0.018 0.109 0.127 0.336 0.035 0.073 0.028 0.025 0.029 0.169 0.051 122 G 0.077 0.121 0.113 0.093 0.145 0.034 0.023 0.032 0.035 0.217 0.112 123 R 0.154 0.184 0.095 0.054 0.213 0.060 0.055 0.037 0.032 0.059 0.058 124 G 0.113 0.177 0.114 0.125 0.225 0.024 0.015 0.022 0.025 0.071 0.088 125 W 0.194 0.178 0.051 0.011 0.394 0.005 0.014 0.031 0.028 0.049 0.046 126 V 0.145 0.263 0.057 0.003 0.447 0.002 0.005 0.016 0.011 0.022 0.029 127 V 0.092 0.369 0.095 0.005 0.382 0.007 0.011 0.014 0.004 0.005 0.017 128 P 0.134 0.264 0.246 0.029 0.192 0.011 0.008 0.024 0.017 0.027 0.049 129 A 0.027 0.063 0.055 0.103 0.039 0.155 0.191 0.190 0.112 0.047 0.019 130 G 0.034 0.109 0.106 0.072 0.072 0.021 0.026 0.072 0.087 0.317 0.084 131 G 0.050 0.119 0.127 0.117 0.085 0.041 0.029 0.074 0.079 0.206 0.075 132 A 0.079 0.225 0.130 0.024 0.213 0.016 0.029 0.118 0.067 0.065 0.034 133 V 0.117 0.170 0.062 0.015 0.204 0.017 0.042 0.149 0.087 0.087 0.051