# TARGET T0154 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0154.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.007 0.007 0.017 0.172 0.727 2 T 0.169 0.045 0.010 0.025 0.116 0.635 3 I 0.209 0.040 0.025 0.026 0.177 0.524 4 P 0.178 0.010 0.060 0.035 0.244 0.472 5 A 0.218 0.052 0.058 0.028 0.281 0.363 6 F 0.175 0.053 0.023 0.016 0.297 0.435 7 H 0.124 0.028 0.017 0.013 0.468 0.350 8 P 0.098 0.011 0.061 0.027 0.588 0.215 9 G 0.087 0.019 0.056 0.026 0.584 0.228 10 E 0.184 0.016 0.057 0.040 0.411 0.292 11 L 0.367 0.013 0.024 0.022 0.188 0.386 12 N 0.517 0.028 0.029 0.028 0.100 0.297 13 V 0.779 0.014 0.017 0.034 0.045 0.110 14 Y 0.734 0.014 0.014 0.067 0.040 0.130 15 S 0.465 0.032 0.006 0.073 0.051 0.373 16 A 0.083 0.006 0.004 0.182 0.062 0.663 17 P 0.001 0.001 0.007 0.975 0.007 0.009 18 G 0.001 0.001 0.007 0.977 0.012 0.004 19 D 0.001 0.001 0.011 0.974 0.013 0.002 20 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 21 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.009 0.004 23 V 0.001 0.001 0.001 0.963 0.015 0.020 24 S 0.001 0.001 0.002 0.963 0.015 0.019 25 R 0.001 0.001 0.002 0.971 0.016 0.011 26 A 0.001 0.001 0.002 0.972 0.014 0.010 27 L 0.003 0.001 0.005 0.963 0.019 0.010 28 R 0.003 0.001 0.009 0.968 0.012 0.008 29 L 0.002 0.001 0.008 0.963 0.016 0.011 30 T 0.002 0.001 0.007 0.890 0.030 0.070 31 G 0.003 0.001 0.001 0.010 0.085 0.901 32 R 0.029 0.002 0.001 0.003 0.129 0.836 33 R 0.429 0.021 0.002 0.004 0.114 0.430 34 V 0.837 0.017 0.001 0.003 0.035 0.108 35 M 0.865 0.005 0.001 0.004 0.020 0.105 36 L 0.857 0.007 0.001 0.017 0.017 0.101 37 V 0.511 0.008 0.001 0.041 0.044 0.395 38 P 0.142 0.008 0.003 0.407 0.090 0.350 39 T 0.020 0.003 0.010 0.677 0.105 0.186 40 M 0.004 0.002 0.009 0.948 0.022 0.015 41 G 0.001 0.001 0.017 0.961 0.017 0.003 42 A 0.001 0.001 0.024 0.941 0.029 0.005 43 L 0.001 0.002 0.009 0.964 0.019 0.006 44 H 0.001 0.001 0.002 0.981 0.010 0.007 45 E 0.001 0.001 0.001 0.965 0.017 0.016 46 G 0.001 0.001 0.002 0.970 0.008 0.020 47 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 48 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 56 R 0.001 0.001 0.002 0.951 0.020 0.025 57 V 0.002 0.010 0.005 0.609 0.241 0.132 58 P 0.010 0.033 0.002 0.032 0.818 0.105 59 G 0.005 0.002 0.002 0.002 0.946 0.043 60 S 0.068 0.003 0.002 0.001 0.874 0.052 61 V 0.891 0.005 0.001 0.001 0.065 0.039 62 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 63 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 64 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 65 S 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 66 I 0.916 0.001 0.001 0.001 0.018 0.065 67 F 0.836 0.009 0.002 0.001 0.048 0.105 68 V 0.508 0.039 0.004 0.003 0.136 0.311 69 N 0.189 0.015 0.014 0.005 0.469 0.307 70 P 0.098 0.005 0.159 0.030 0.521 0.186 71 M 0.265 0.026 0.111 0.038 0.384 0.176 72 Q 0.381 0.051 0.047 0.057 0.273 0.191 73 F 0.157 0.029 0.008 0.032 0.154 0.619 74 G 0.079 0.029 0.010 0.038 0.183 0.662 75 A 0.035 0.009 0.036 0.094 0.229 0.596 76 G 0.016 0.012 0.066 0.145 0.292 0.469 77 E 0.017 0.017 0.176 0.207 0.304 0.280 78 D 0.022 0.017 0.172 0.196 0.277 0.315 79 L 0.014 0.010 0.229 0.509 0.163 0.075 80 D 0.014 0.003 0.150 0.455 0.297 0.081 81 A 0.017 0.010 0.061 0.281 0.508 0.124 82 Y 0.040 0.059 0.023 0.108 0.581 0.189 83 P 0.027 0.026 0.014 0.103 0.562 0.268 84 R 0.029 0.013 0.008 0.074 0.516 0.360 85 T 0.011 0.010 0.004 0.096 0.327 0.553 86 P 0.001 0.001 0.004 0.962 0.022 0.011 87 D 0.001 0.001 0.002 0.978 0.016 0.004 88 D 0.001 0.001 0.001 0.975 0.018 0.006 89 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.005 90 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 95 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.013 0.008 96 E 0.001 0.001 0.008 0.852 0.037 0.102 97 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.058 0.932 98 V 0.017 0.001 0.001 0.002 0.092 0.887 99 E 0.308 0.008 0.003 0.002 0.102 0.577 100 I 0.926 0.014 0.001 0.001 0.012 0.046 101 A 0.952 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 102 F 0.917 0.003 0.001 0.001 0.010 0.067 103 T 0.720 0.007 0.001 0.003 0.064 0.204 104 P 0.166 0.018 0.002 0.006 0.232 0.576 105 T 0.039 0.014 0.004 0.012 0.232 0.699 106 T 0.024 0.011 0.520 0.107 0.231 0.107 107 A 0.040 0.006 0.621 0.113 0.142 0.078 108 A 0.046 0.012 0.690 0.113 0.104 0.035 109 M 0.077 0.055 0.225 0.165 0.223 0.254 110 Y 0.034 0.039 0.074 0.058 0.574 0.222 111 P 0.014 0.007 0.129 0.026 0.739 0.085 112 D 0.010 0.006 0.085 0.011 0.823 0.066 113 G 0.022 0.014 0.048 0.005 0.814 0.096 114 L 0.141 0.038 0.024 0.006 0.410 0.380 115 R 0.245 0.033 0.012 0.005 0.193 0.513 116 T 0.520 0.019 0.008 0.005 0.120 0.328 117 T 0.702 0.028 0.004 0.004 0.058 0.202 118 V 0.635 0.061 0.002 0.005 0.052 0.244 119 Q 0.413 0.019 0.005 0.012 0.124 0.427 120 P 0.116 0.009 0.088 0.053 0.330 0.403 121 G 0.050 0.010 0.162 0.066 0.449 0.264 122 P 0.033 0.011 0.172 0.075 0.489 0.220 123 L 0.039 0.018 0.143 0.144 0.388 0.267 124 A 0.062 0.021 0.150 0.144 0.378 0.245 125 A 0.103 0.017 0.232 0.195 0.293 0.160 126 E 0.113 0.023 0.231 0.248 0.241 0.144 127 L 0.150 0.029 0.151 0.239 0.270 0.161 128 E 0.204 0.011 0.048 0.150 0.300 0.287 129 G 0.124 0.021 0.022 0.058 0.340 0.435 130 G 0.118 0.032 0.016 0.033 0.434 0.366 131 P 0.076 0.035 0.015 0.023 0.420 0.431 132 R 0.042 0.030 0.028 0.025 0.544 0.332 133 P 0.031 0.009 0.106 0.051 0.560 0.242 134 T 0.045 0.010 0.158 0.077 0.494 0.216 135 H 0.069 0.028 0.228 0.105 0.447 0.122 136 F 0.051 0.041 0.105 0.190 0.353 0.261 137 A 0.048 0.010 0.044 0.419 0.266 0.213 138 G 0.015 0.006 0.010 0.656 0.088 0.224 139 V 0.002 0.001 0.001 0.988 0.003 0.006 140 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 141 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 145 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 146 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.007 0.002 147 L 0.001 0.001 0.009 0.939 0.037 0.014 148 Q 0.001 0.001 0.036 0.785 0.108 0.070 149 I 0.004 0.007 0.032 0.609 0.221 0.128 150 V 0.008 0.038 0.016 0.180 0.246 0.511 151 R 0.015 0.016 0.003 0.015 0.382 0.570 152 P 0.012 0.001 0.018 0.294 0.462 0.213 153 D 0.020 0.004 0.025 0.347 0.540 0.064 154 R 0.066 0.011 0.072 0.436 0.382 0.033 155 V 0.140 0.011 0.103 0.513 0.185 0.048 156 F 0.054 0.018 0.157 0.595 0.158 0.019 157 F 0.047 0.005 0.079 0.335 0.407 0.126 158 G 0.011 0.002 0.013 0.106 0.432 0.436 159 E 0.005 0.008 0.119 0.173 0.479 0.216 160 K 0.011 0.016 0.109 0.133 0.462 0.269 161 D 0.020 0.018 0.142 0.356 0.272 0.193 162 Y 0.027 0.004 0.057 0.642 0.179 0.091 163 Q 0.010 0.002 0.025 0.835 0.086 0.043 164 Q 0.016 0.003 0.010 0.927 0.026 0.018 165 L 0.005 0.001 0.002 0.986 0.004 0.003 166 V 0.002 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 167 L 0.003 0.001 0.002 0.991 0.002 0.002 168 I 0.003 0.001 0.001 0.991 0.003 0.002 169 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 170 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 171 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.006 172 V 0.002 0.001 0.009 0.970 0.013 0.006 173 A 0.002 0.001 0.023 0.918 0.035 0.022 174 D 0.005 0.002 0.048 0.865 0.045 0.036 175 F 0.013 0.004 0.033 0.754 0.069 0.127 176 N 0.015 0.001 0.003 0.024 0.094 0.864 177 L 0.114 0.009 0.003 0.010 0.108 0.757 178 D 0.396 0.009 0.003 0.004 0.084 0.504 179 V 0.826 0.002 0.003 0.005 0.031 0.133 180 A 0.964 0.002 0.001 0.002 0.007 0.024 181 V 0.974 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 182 V 0.920 0.001 0.001 0.002 0.022 0.054 183 G 0.836 0.005 0.001 0.002 0.033 0.124 184 V 0.541 0.017 0.002 0.003 0.109 0.327 185 P 0.307 0.006 0.009 0.007 0.234 0.438 186 T 0.387 0.010 0.015 0.010 0.221 0.357 187 V 0.598 0.046 0.017 0.015 0.155 0.169 188 R 0.701 0.040 0.007 0.016 0.096 0.140 189 E 0.437 0.029 0.018 0.024 0.416 0.076 190 A 0.113 0.007 0.032 0.041 0.702 0.105 191 D 0.024 0.002 0.022 0.023 0.844 0.086 192 G 0.067 0.016 0.019 0.016 0.767 0.115 193 L 0.244 0.072 0.019 0.041 0.311 0.314 194 A 0.331 0.064 0.051 0.057 0.311 0.186 195 M 0.352 0.030 0.076 0.053 0.319 0.169 196 S 0.249 0.036 0.059 0.027 0.461 0.168 197 S 0.147 0.010 0.037 0.024 0.586 0.197 198 R 0.181 0.015 0.041 0.018 0.516 0.229 199 N 0.253 0.040 0.041 0.016 0.440 0.211 200 R 0.336 0.038 0.046 0.023 0.323 0.234 201 Y 0.254 0.040 0.030 0.021 0.235 0.421 202 L 0.051 0.021 0.007 0.017 0.200 0.704 203 D 0.013 0.003 0.003 0.047 0.129 0.805 204 P 0.002 0.001 0.030 0.824 0.084 0.059 205 A 0.002 0.001 0.027 0.811 0.111 0.047 206 Q 0.002 0.001 0.027 0.883 0.065 0.023 207 R 0.001 0.001 0.010 0.942 0.021 0.026 208 A 0.001 0.001 0.008 0.955 0.021 0.014 209 A 0.001 0.001 0.011 0.959 0.013 0.016 210 A 0.001 0.001 0.009 0.940 0.018 0.031 211 V 0.001 0.001 0.005 0.973 0.010 0.011 212 A 0.001 0.001 0.005 0.966 0.011 0.017 213 L 0.001 0.001 0.002 0.973 0.008 0.017 214 S 0.001 0.001 0.001 0.981 0.005 0.012 215 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.010 216 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.006 217 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 218 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 219 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 220 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 221 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 222 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 223 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.005 224 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.008 0.007 225 T 0.001 0.001 0.005 0.964 0.018 0.012 226 A 0.001 0.001 0.007 0.866 0.054 0.072 227 G 0.001 0.001 0.005 0.109 0.200 0.684 228 A 0.010 0.005 0.016 0.105 0.325 0.540 229 Q 0.027 0.029 0.026 0.139 0.356 0.423 230 A 0.016 0.013 0.026 0.166 0.257 0.522 231 A 0.002 0.001 0.031 0.892 0.046 0.029 232 L 0.001 0.001 0.012 0.943 0.031 0.013 233 D 0.001 0.001 0.008 0.965 0.019 0.008 234 A 0.002 0.001 0.004 0.974 0.010 0.010 235 A 0.002 0.001 0.002 0.976 0.009 0.011 236 R 0.001 0.001 0.002 0.980 0.009 0.008 237 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 238 V 0.001 0.001 0.006 0.971 0.012 0.010 239 L 0.001 0.001 0.036 0.933 0.020 0.010 240 D 0.001 0.001 0.050 0.870 0.054 0.025 241 A 0.001 0.002 0.038 0.773 0.092 0.095 242 A 0.004 0.013 0.055 0.220 0.537 0.171 243 P 0.008 0.005 0.055 0.048 0.733 0.152 244 G 0.016 0.002 0.043 0.015 0.777 0.146 245 V 0.134 0.019 0.018 0.006 0.606 0.216 246 A 0.545 0.028 0.003 0.001 0.093 0.329 247 V 0.770 0.005 0.001 0.001 0.039 0.184 248 D 0.838 0.001 0.001 0.001 0.023 0.137 249 Y 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 250 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 251 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 252 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 253 R 0.835 0.014 0.001 0.001 0.015 0.136 254 D 0.401 0.012 0.002 0.001 0.204 0.380 255 I 0.025 0.004 0.216 0.006 0.630 0.119 256 G 0.007 0.003 0.313 0.010 0.610 0.057 257 L 0.011 0.004 0.328 0.015 0.595 0.047 258 G 0.043 0.012 0.047 0.021 0.501 0.374 259 P 0.084 0.036 0.025 0.022 0.323 0.510 260 M 0.128 0.035 0.035 0.027 0.324 0.452 261 P 0.113 0.020 0.044 0.032 0.408 0.383 262 L 0.084 0.018 0.038 0.045 0.435 0.380 263 N 0.095 0.009 0.028 0.028 0.447 0.393 264 G 0.155 0.019 0.013 0.008 0.568 0.238 265 S 0.237 0.009 0.021 0.009 0.409 0.315 266 G 0.866 0.004 0.003 0.002 0.047 0.077 267 R 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 268 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 269 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 270 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 271 A 0.931 0.001 0.002 0.004 0.018 0.043 272 A 0.927 0.003 0.004 0.006 0.032 0.028 273 R 0.902 0.009 0.010 0.014 0.041 0.023 274 L 0.735 0.014 0.023 0.027 0.155 0.046 275 G 0.191 0.006 0.032 0.026 0.582 0.163 276 T 0.103 0.003 0.050 0.032 0.593 0.218 277 T 0.455 0.017 0.023 0.040 0.324 0.141 278 R 0.678 0.029 0.015 0.024 0.098 0.157 279 L 0.844 0.013 0.011 0.008 0.036 0.087 280 L 0.808 0.006 0.023 0.008 0.084 0.072 281 D 0.769 0.005 0.019 0.005 0.100 0.103 282 N 0.554 0.005 0.017 0.006 0.219 0.199 283 I 0.565 0.018 0.009 0.009 0.179 0.219 284 A 0.588 0.038 0.005 0.008 0.130 0.232 285 I 0.475 0.051 0.006 0.013 0.177 0.278 286 E 0.270 0.039 0.009 0.009 0.439 0.234 287 I 0.141 0.011 0.043 0.015 0.638 0.153 288 G 0.093 0.005 0.061 0.012 0.688 0.140 289 T 0.263 0.079 0.048 0.011 0.463 0.137 290 F 0.334 0.092 0.020 0.013 0.254 0.287 291 A 0.325 0.047 0.013 0.013 0.204 0.397 292 G 0.195 0.046 0.018 0.014 0.366 0.361 293 T 0.169 0.041 0.010 0.017 0.486 0.276 294 D 0.123 0.025 0.008 0.010 0.483 0.351 295 R 0.037 0.025 0.004 0.009 0.525 0.400 296 P 0.030 0.019 0.006 0.032 0.459 0.453 297 D 0.016 0.021 0.005 0.136 0.203 0.618 298 G 0.017 0.011 0.008 0.649 0.111 0.205 299 Y 0.018 0.008 0.003 0.879 0.032 0.061 300 R 0.004 0.001 0.001 0.989 0.003 0.003 301 A 0.005 0.001 0.001 0.989 0.003 0.001 302 I 0.008 0.001 0.002 0.981 0.006 0.003 303 L 0.016 0.001 0.003 0.967 0.009 0.003 304 E 0.011 0.001 0.007 0.956 0.019 0.006 305 S 0.016 0.002 0.012 0.889 0.046 0.035 306 H 0.025 0.007 0.019 0.717 0.106 0.126 307 W 0.028 0.024 0.042 0.567 0.108 0.231 308 R 0.018 0.011 0.031 0.248 0.149 0.542 309 N 0.001 0.002 0.002 0.012 0.036 0.948